Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  58  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17864750--17864805
22
2.5
22
97
0
103
41
16
33
8
1.79
17866762--17866797
14
2.5
15
90
4
56
11
0
2
86
0.68
17869691--17869721
8
3.8
8
95
4
53
32
0
12
54
1.38
17891508--17891565
30
1.9
30
89
6
91
18
39
29
12
1.87
17894914--17894960
22
2.1
22
88
0
67
17
31
27
23
1.96
17895887--17895934
22
2.1
23
84
7
62
37
16
8
37
1.79
17896076--17896111
6
6.0
6
93
0
63
50
13
16
19
1.79
17896077--17896125
12
4.0
12
86
2
53
51
16
14
18
1.77
17896077--17896120
18
2.4
18
84
0
61
50
13
15
20
1.78
17896338--17896383
23
1.9
25
82
8
60
30
8
4
56
1.49
17897152--17897203
18
2.9
17
83
13
52
5
13
5
75
1.18
17903329--17903389
29
2.0
31
84
12
83
24
1
3
70
1.11
17904961--17905006
6
7.7
6
90
0
65
15
4
2
78
1.01
17908747--17908918
67
2.6
66
81
7
170
31
16
29
22
1.96
17908771--17908954
67
2.8
64
78
8
203
28
16
30
23
1.96
17913185--17913356
67
2.6
66
81
7
170
31
16
29
22
1.96
17913209--17913392
67
2.8
64
78
8
203
28
16
30
23
1.96
17915069--17915269
103
1.9
104
92
1
341
19
18
23
38
1.93
17919640--17919998
47
7.7
45
74
12
244
22
28
20
28
1.99
17919638--17920000
94
3.9
94
79
10
365
22
28
20
28
1.98
17926447--17926534
40
2.2
40
81
4
97
32
27
17
22
1.96
17931337--17931381
22
2.0
22
100
0
90
33
17
4
44
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17940716--17940791
23
3.3
23
81
7
100
34
14
21
30
1.93
17940835--17940885
27
1.9
26
84
4
66
60
0
1
37
1.08
17951137--17951194
29
2.0
29
89
0
89
31
12
41
15
1.84
17952352--17952392
20
2.0
20
100
0
82
19
0
29
51
1.47
17957102--17957148
24
2.0
24
83
8
60
38
0
0
61
0.96
17959710--17959848
40
3.5
40
74
6
131
32
24
15
27
1.96
17966785--17966926
40
3.6
40
77
8
139
35
24
14
26
1.93
17966803--17966927
37
3.2
40
76
7
130
36
23
14
26
1.93
17967778--17967834
25
2.2
26
81
3
62
3
28
1
66
1.18
17974872--17974906
17
2.1
17
94
0
61
25
31
8
34
1.86
17976028--17976071
16
2.6
17
82
7
54
72
6
4
15
1.22
17977957--17978002
20
2.3
19
82
10
56
30
8
2
58
1.40
17977964--17978002
21
1.9
20
89
5
60
28
10
2
58
1.44
17978901--17978984
40
2.2
38
85
8
107
33
2
2
61
1.21
17979355--17979410
12
4.5
13
73
22
50
46
3
0
50
1.19
17980140--17980189
24
2.1
24
96
0
91
50
6
12
32
1.64
17981803--17981854
18
2.9
18
94
0
95
17
42
26
13
1.86
17987360--17987468
47
2.3
47
74
10
107
37
21
13
27
1.91
17988233--17988321
4
21.8
4
75
8
72
5
24
3
66
1.29
17995443--17995487
20
2.2
20
84
0
54
4
20
0
75
0.97
17995455--17995485
16
1.9
16
93
0
53
3
16
0
80
0.83
17995507--17995539
4
8.2
4
93
0
57
3
24
0
72
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18000008--18000050
21
2.0
22
81
4
52
30
4
2
62
1.28
18003516--18003709
96
2.0
96
88
5
286
37
18
32
11
1.87
18007924--18008015
37
2.5
37
83
5
105
13
16
7
63
1.51
18010839--18010891
18
2.9
18
78
10
63
16
35
1
45
1.59
18012218--18012280
30
2.1
30
88
5
92
57
11
6
25
1.57
18016797--18016858
21
3.0
21
78
0
70
29
19
17
33
1.95
18016806--18016867
21
3.0
21
73
4
63
30
19
17
32
1.95
18016861--18016954
42
2.3
42
88
1
136
35
10
22
31
1.88
18016892--18016995
42
2.5
42
82
0
109
37
10
19
32
1.86
18022880--18022926
21
2.2
21
85
7
60
38
23
14
23
1.92
18023872--18023905
18
1.9
18
94
5
61
76
0
20
2
0.92
18024456--18024483
14
2.0
14
100
0
56
64
0
7
28
1.20
18030501--18030532
10
3.3
10
95
4
57
62
0
6
31
1.20
18030520--18030563
17
2.4
18
77
14
54
56
9
0
34
1.31
18038657--18038688
10
3.3
10
95
4
57
62
0
6
31
1.20
18048975--18049107
59
2.2
59
94
2
230
24
24
9
40
1.85
18051320--18051363
22
2.0
22
100
0
88
22
27
9
40
1.84
18055119--18055151
17
2.0
17
94
5
59
0
18
6
75
1.00
18055286--18055397
59
1.9
59
85
3
154
41
8
3
45
1.53
18065440--18065486
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
18065747--18065966
46
5.0
46
83
9
287
22
23
15
38
1.92
18065880--18065955
38
2.0
38
100
0
152
23
26
18
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18072358--18072390
5
6.6
5
86
13
50
18
0
0
81
0.68
18077440--18077634
49
3.9
49
82
6
241
28
24
18
28
1.98
18077440--18077625
100
1.9
100
93
0
318
29
23
18
28
1.98
18080133--18080163
16
1.9
16
100
0
62
38
6
0
54
1.26
18084118--18084486
182
2.0
182
96
0
684
36
24
6
32
1.81
18085048--18085101
22
2.5
22
84
6
65
46
12
24
16
1.82
18091315--18091353
17
2.3
17
100
0
78
82
0
17
0
0.68
18097376--18097472
33
2.8
35
74
20
98
44
2
1
52
1.19
18100374--18100469
48
2.0
48
93
0
165
41
14
11
32
1.82
18104947--18104985
3
13.0
3
100
0
78
33
0
0
66
0.92
18109689--18109877
79
2.4
79
90
0
288
41
16
11
30
1.84
18112924--18112999
11
6.8
11
72
19
59
56
1
0
42
1.07
18112888--18112939
20
2.5
20
73
14
52
44
5
1
48
1.38
18117750--18117800
25
2.0
25
96
0
93
35
5
15
43
1.71
18127369--18127443
18
4.2
18
89
0
114
32
17
24
26
1.97
18131396--18131635
108
2.3
105
82
8
287
30
19
10
39
1.86
18131532--18131570
16
2.4
18
76
24
50
10
10
2
76
1.10
18132299--18132376
20
3.5
20
67
21
57
42
1
44
11
1.48
18132806--18132882
31
2.6
27
74
23
75
38
0
0
61
0.96
18132830--18132872
22
2.0
22
81
9
52
39
0
0
60
0.97
18132808--18132877
28
2.5
29
77
20
69
37
0
0
62
0.95
18134178--18134274
40
2.5
40
78
8
103
28
24
16
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18135038--18135093
28
2.0
28
92
0
94
46
17
7
28
1.75
18135305--18135401
8
12.4
8
73
22
64
48
2
2
47
1.25
18135323--18135389
28
2.5
27
85
9
84
47
2
2
46
1.33
18135314--18135393
13
6.3
13
67
25
55
48
2
2
46
1.29
18137692--18137870
50
3.6
49
82
1
196
26
18
26
28
1.98
18140798--18141139
172
2.0
172
95
1
614
30
11
19
37
1.88
18143523--18143557
2
17.5
2
93
0
61
48
0
51
0
1.00
18144645--18144753
38
2.8
39
74
12
107
21
22
27
29
1.99
18153337--18153404
34
2.0
34
82
5
84
25
26
19
29
1.98
18155884--18155932
23
2.1
23
85
7
64
42
0
12
44
1.41
18156107--18156176
23
3.0
23
77
12
70
22
22
18
35
1.95
18156353--18156414
20
3.1
20
80
0
70
33
12
16
37
1.87
18156384--18156445
20
3.1
20
79
4
63
37
11
16
35
1.84
18156358--18156442
40
2.1
40
81
12
95
35
11
16
36
1.85
18159369--18159465
40
2.4
41
84
6
119
29
28
14
26
1.95
18160262--18160303
20
2.3
19
80
12
52
45
16
2
35
1.61
18164709--18164780
23
3.0
23
68
7
63
19
4
31
44
1.70
18164873--18164897
7
3.6
7
100
0
50
76
0
24
0
0.80
18165643--18165688
16
3.0
16
75
9
51
52
0
0
47
1.00
18171185--18171286
35
3.1
35
60
21
85
44
29
0
25
1.61
18171162--18171286
62
2.0
62
100
0
250
42
28
1
27
1.65
18171321--18171364
3
14.7
3
100
0
88
68
0
0
31
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18175575--18175760
73
2.5
73
98
0
354
40
24
6
28
1.79
18175761--18175795
3
11.7
3
100
0
70
68
0
0
31
0.90
18180794--18180859
33
2.0
33
100
0
132
57
9
12
21
1.62
18183736--18183785
20
2.5
20
76
3
55
28
10
8
54
1.62
18184298--18184355
28
2.1
28
96
0
107
55
8
25
10
1.62
18189333--18189377
24
1.9
23
86
4
63
57
11
6
24
1.57
18189359--18189385
14
1.9
14
100
0
54
70
7
0
22
1.12
18195810--18195884
20
3.8
19
72
11
62
24
5
1
69
1.17
18199020--18199129
27
4.1
27
84
5
143
36
23
24
15
1.94
18200515--18200610
12
8.0
12
65
9
52
22
37
4
35
1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290