genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

This is table  123  of  290  ( 34756 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38551149--38551213	30	2.2	30	97	2	123	58	15	10	15	1.63
38584417--38584565	44	3.5	43	75	9	142	28	25	18	27	1.98
38592553--38592605	26	2.1	26	82	6	65	66	5	0	28	1.15
38596997--38597041	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
38601594--38601635	22	1.9	22	90	0	66	33	2	14	50	1.56
38603835--38603874	3	13.3	3	89	0	62	67	27	0	5	1.11
38605710--38605781	31	2.4	31	88	2	101	51	8	5	34	1.55
38606362--38606448	46	1.9	45	88	2	129	32	3	10	54	1.51
38612152--38612215	26	2.4	28	81	7	78	25	21	1	51	1.57
38612167--38612228	25	2.4	25	82	12	65	24	22	4	48	1.70
38612387--38612424	12	3.1	12	88	11	51	13	26	0	60	1.33
38613105--38613184	40	2.0	40	97	0	151	28	25	13	32	1.94
38618203--38618393	48	4.0	48	77	2	161	23	16	26	32	1.96
38618206--38618384	96	1.9	96	82	2	225	22	17	26	33	1.96
38625457--38625635	96	1.9	96	80	2	216	20	17	27	34	1.95
38630636--38630685	5	10.0	5	97	0	82	76	0	24	0	0.80
38633802--38633845	17	2.5	18	82	14	56	45	2	0	52	1.13
38633818--38633945	68	1.9	69	90	1	204	40	3	3	51	1.39
38642759--38642863	27	3.9	26	81	9	113	19	23	21	35	1.96
38642759--38642867	54	2.0	53	84	5	139	18	23	21	36	1.95
38646229--38646299	6	13.2	5	81	11	63	76	1	5	16	1.05
38646229--38646298	23	3.2	22	77	18	76	75	1	5	17	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38652462--38652492	13	2.4	13	94	0	53	19	32	32	16	1.94
38658345--38658426	28	2.9	28	87	0	110	34	10	25	29	1.90
38663091--38663136	6	7.3	6	83	9	56	21	2	0	76	0.90
38663103--38663136	13	2.7	13	90	4	52	17	2	0	79	0.86
38674610--38674635	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
38676105--38676146	20	2.2	20	86	4	59	59	14	23	2	1.47
38681019--38681285	40	6.7	40	95	0	480	21	28	20	29	1.98
38685842--38685902	12	5.0	11	81	13	59	24	1	0	73	0.92
38685870--38685899	7	4.4	7	95	4	53	23	0	0	76	0.78
38687255--38687496	89	2.7	89	82	3	290	22	22	19	35	1.96
38688753--38688801	24	2.0	26	84	8	66	48	24	4	22	1.67
38690836--38691276	43	10.2	43	89	1	632	25	16	26	30	1.96
38691236--38691469	56	4.2	56	84	1	308	27	14	23	34	1.93
38700462--38700533	32	2.2	32	83	9	85	54	19	2	23	1.57
38700464--38700513	9	5.6	9	79	6	57	54	22	2	22	1.55
38700464--38700533	18	4.1	18	70	22	60	54	20	2	22	1.58
38710074--38710230	45	3.5	45	92	0	251	22	17	26	33	1.96
38710074--38710294	90	2.5	88	82	5	252	23	17	24	33	1.96
38731231--38731468	119	2.0	119	100	0	476	28	16	12	42	1.85
38735416--38735465	25	2.0	25	96	0	91	24	22	20	34	1.97
38739494--38739555	21	3.0	21	72	25	60	37	6	0	56	1.25
38739560--38739613	20	2.6	21	80	11	67	33	3	0	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38739555--38739615	10	6.0	10	74	11	52	34	3	1	60	1.23
38740560--38740619	30	2.0	30	100	0	120	30	0	33	36	1.58
38748456--38748542	42	2.1	42	84	0	111	43	2	6	47	1.42
38749882--38749919	15	2.5	15	83	8	51	44	2	5	47	1.39
38751433--38751480	20	2.4	20	92	0	87	29	14	25	31	1.95
38766759--38766787	11	2.6	11	100	0	58	72	0	0	27	0.85
38779748--38779811	32	2.0	32	96	0	119	45	6	17	31	1.73
38783942--38784002	27	2.3	26	83	5	77	37	9	24	27	1.87
38783954--38784015	27	2.3	27	82	0	79	35	9	25	29	1.88
38785283--38785391	3	36.0	3	81	7	96	58	1	6	33	1.34
38785365--38785397	17	1.9	17	100	0	66	57	0	0	42	0.98
38785362--38785404	20	2.2	20	91	0	68	58	2	0	39	1.11
38787949--38787986	20	1.9	20	94	0	67	47	5	0	47	1.24
38788272--38788322	26	2.0	25	84	7	66	52	1	1	43	1.23
38789229--38789283	19	2.8	19	75	5	56	49	3	1	45	1.30
38791395--38791512	51	2.3	51	88	2	166	31	16	24	27	1.96
38791483--38791514	14	2.3	14	94	0	55	34	9	28	28	1.88
38792931--38792975	23	2.0	23	86	8	65	40	0	15	44	1.47
38795196--38795253	28	2.1	28	100	0	116	31	10	10	48	1.71
38805701--38805776	22	3.5	21	66	25	59	34	17	25	23	1.96
38805704--38805791	44	2.0	44	100	0	176	36	15	22	25	1.94
38805726--38805791	22	3.0	22	68	24	66	39	15	21	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38808336--38808426	44	2.1	44	91	0	146	50	8	10	29	1.68
38809538--38809625	19	4.7	18	73	19	65	59	2	2	36	1.23
38809538--38809625	16	5.8	16	67	15	53	59	2	2	36	1.23
38811729--38811774	23	2.0	23	83	4	58	43	2	0	54	1.12
38812586--38812633	22	2.1	23	88	7	71	52	0	4	43	1.20
38815182--38815503	48	6.7	48	77	3	281	21	30	20	27	1.98
38815180--38815513	144	2.3	144	83	3	404	22	29	20	27	1.98
38822823--38823355	47	11.4	47	92	2	842	32	8	29	29	1.87
38822823--38823355	190	2.9	188	92	2	869	32	8	29	29	1.87
38823474--38823552	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
38830369--38830502	7	18.3	7	91	3	169	48	37	0	14	1.44
38832273--38832559	137	2.1	137	95	0	511	31	24	19	24	1.98
38834348--38834431	26	3.2	26	96	0	150	35	25	5	33	1.80
38835828--38835999	43	4.0	43	74	8	170	31	24	17	26	1.97
38835828--38835990	86	1.9	85	86	8	233	31	23	17	26	1.97
38842395--38842437	23	1.9	22	85	4	59	48	27	4	18	1.68
38844062--38844231	43	4.0	43	80	6	200	33	24	16	25	1.96
38858036--38858157	46	2.7	45	86	7	158	24	29	18	27	1.98
38861368--38861591	40	5.6	40	82	3	261	25	23	25	25	2.00
38861375--38861591	83	2.7	80	86	5	269	24	23	26	25	2.00
38865039--38865383	45	7.8	45	85	3	423	24	18	28	28	1.98
38865044--38865383	133	2.6	132	84	3	423	24	18	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38868170--38868256	25	3.5	25	75	6	95	24	20	18	36	1.95
38868236--38868301	24	2.7	24	78	2	78	31	22	21	24	1.98
38869127--38869166	20	2.0	20	90	0	62	32	17	30	20	1.95
38869781--38869814	17	2.0	17	100	0	68	11	35	29	23	1.90
38875478--38875669	40	4.8	40	87	1	269	23	22	28	25	1.99
38883211--38883402	40	4.8	40	91	1	305	23	23	29	23	1.99
38885955--38886218	40	6.6	40	87	3	332	24	23	26	26	2.00
38885962--38886193	123	1.9	123	91	0	383	24	22	27	25	2.00
38901227--38901253	12	2.2	12	100	0	54	37	25	18	18	1.94
38906677--38906750	21	3.5	21	73	0	67	17	17	17	47	1.83
38906674--38906794	42	2.9	42	81	2	109	19	22	16	42	1.89
38906742--38906799	21	2.8	21	76	5	55	20	29	12	37	1.89
38908994--38909349	177	2.0	177	97	0	676	40	15	14	29	1.87
38911765--38911939	48	3.6	48	79	7	185	25	26	21	26	2.00
38911765--38911998	96	2.4	96	83	5	276	26	26	19	27	1.99
38911815--38911985	48	3.6	47	81	6	193	25	26	18	29	1.98
38912360--38912416	25	2.3	25	93	0	96	24	22	15	36	1.94
38916172--38916244	37	2.0	37	100	0	146	10	8	13	67	1.42
38918782--38918997	43	5.0	43	89	3	283	29	26	16	27	1.97
38920566--38920646	34	2.4	34	87	2	110	32	8	16	43	1.78
38923691--38923761	37	1.9	37	100	0	142	45	8	5	40	1.58
38934791--38934821	12	2.7	11	95	5	53	6	9	0	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38935835--38935859	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
38935906--38935991	8	10.4	8	71	10	57	74	3	2	19	1.07
38935918--38935988	14	5.1	14	76	6	63	76	1	2	19	0.99
38936006--38936051	22	2.0	23	87	4	67	67	0	2	30	1.03
38939253--38939341	39	2.3	39	96	3	164	66	4	10	19	1.38
38941044--38941088	24	1.9	23	86	13	65	13	28	4	53	1.59
38949318--38949527	41	5.0	41	92	1	276	20	18	22	38	1.93
38963916--38964094	28	6.4	28	92	1	270	34	28	11	26	1.91
38972108--38972227	27	4.4	27	92	3	188	32	27	10	29	1.91
38972108--38972252	27	5.2	28	89	5	115	33	27	11	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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