genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89910419--89910714	92	3.2	92	78	9	314	45	5	18	30	1.72
89920454--89920487	8	4.4	8	92	3	52	88	0	11	0	0.52
89923070--89923100	16	1.9	16	93	0	53	35	6	0	58	1.24
89926336--89926390	23	2.4	23	79	8	58	72	5	3	18	1.18
89934669--89934710	21	1.9	21	90	9	66	64	14	4	16	1.45
89936864--89936909	22	2.0	23	83	4	58	28	6	32	32	1.83
89937520--89937638	40	3.0	40	96	1	213	47	3	19	29	1.65
89938513--89938560	16	3.0	15	78	6	51	37	12	0	50	1.41
89942116--89942146	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
89950078--89951471	205	6.8	205	93	1	2302	29	18	22	29	1.97
89951655--89952005	44	8.0	45	73	13	257	31	17	24	25	1.97
89951568--89952006	133	3.3	132	92	3	715	31	18	24	25	1.97
89951538--89951998	88	5.2	87	75	10	368	31	18	24	26	1.97
89951988--89952012	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
89952462--89952507	22	2.0	23	87	4	67	30	4	32	32	1.77
89952469--89952518	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
89953094--89953263	40	4.3	40	88	3	139	54	2	14	27	1.55
89953094--89953264	79	2.2	79	79	9	188	54	2	15	27	1.55
89953122--89953273	40	3.8	40	91	3	229	49	3	17	29	1.64
89955719--89955751	13	2.4	14	85	5	50	57	3	0	39	1.14
89964597--89964652	26	2.2	26	90	6	87	28	25	17	28	1.98
89975895--89975948	26	2.2	25	90	6	83	27	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89983641--89983688	17	2.8	17	81	9	53	64	2	2	31	1.16
89984574--89984627	28	1.9	28	92	0	90	18	7	16	57	1.62
89984931--89984992	26	2.4	25	78	10	61	62	0	1	35	1.05
89987503--89987548	20	2.3	20	88	0	65	67	0	30	2	1.03
89989434--89989475	19	2.2	19	100	0	84	33	9	7	50	1.62
89991873--89991920	25	1.9	25	83	8	62	31	8	12	47	1.71
89995122--89995229	54	2.0	54	100	0	216	38	9	16	35	1.81
89995572--89995650	31	2.5	31	81	4	88	53	12	10	24	1.69
89996382--89996524	19	7.7	19	68	15	84	62	1	7	28	1.31
89996373--89996442	35	2.0	35	85	2	95	65	0	5	28	1.15
89996391--89996440	9	5.7	9	72	13	50	62	0	6	32	1.20
89996408--89996524	57	2.0	58	83	9	150	59	1	8	29	1.37
89996679--89996763	37	2.3	37	83	4	100	32	3	3	60	1.31
89996732--89996793	27	2.2	28	77	11	74	35	1	0	62	1.05
89996748--89996785	20	1.9	20	89	10	60	31	0	0	68	0.90
89996808--89997001	87	2.2	87	79	6	221	30	8	22	38	1.85
90001573--90001614	13	3.2	13	80	9	50	26	0	0	73	0.83
90001676--90001707	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
90008475--90008506	10	3.1	10	91	8	55	0	12	0	87	0.54
90008476--90008505	11	2.7	11	100	0	60	0	6	0	93	0.35
90031413--90031459	25	1.9	24	82	4	58	46	0	6	46	1.28
90031493--90031548	27	2.1	27	83	3	69	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90031798--90031876	32	2.4	34	79	16	94	39	0	0	60	0.97
90036716--90036746	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55
90040402--90040507	50	2.1	50	100	0	212	17	25	16	40	1.90
90050257--90050282	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
90057333--90057409	38	2.0	38	97	0	145	20	19	18	41	1.90
90059268--90059316	21	2.4	21	83	13	66	53	0	0	46	1.00
90059438--90059558	60	2.0	60	100	0	242	29	19	9	40	1.84
90060086--90060137	25	2.0	27	81	11	63	50	3	5	40	1.45
90063326--90063387	31	2.0	31	93	0	106	40	8	11	40	1.70
90065167--90065214	21	2.4	20	83	10	62	33	0	8	58	1.28
90065159--90065226	31	2.2	31	84	10	86	30	0	7	61	1.23
90073313--90073357	20	2.3	20	84	3	56	42	0	28	28	1.56
90073320--90073359	20	2.0	20	95	0	71	37	0	27	35	1.57
90073680--90073731	26	2.0	26	96	0	95	38	19	13	28	1.89
90085706--90085747	16	2.6	16	81	7	50	59	0	4	35	1.19
90088428--90088457	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
90088537--90088567	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
90092670--90092730	29	2.1	29	81	6	70	50	26	1	21	1.58
90098143--90098234	42	2.2	42	88	1	141	23	25	18	32	1.97
90099797--90099876	40	2.0	40	92	0	133	36	27	6	30	1.81
90105305--90105342	20	1.9	20	84	10	51	42	13	18	26	1.87
90109888--90109934	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90111569--90111609	20	2.0	20	100	0	82	36	9	19	34	1.85
90111703--90111896	103	1.9	103	87	0	289	40	19	18	22	1.92
90115600--90115646	16	2.6	17	77	16	51	61	0	8	29	1.25
90120954--90121042	27	3.2	27	78	20	103	39	6	16	37	1.76
90121390--90121452	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
90121390--90121452	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
90121516--90121566	26	2.0	26	88	3	77	50	7	1	39	1.42
90121643--90121731	46	2.0	46	86	8	130	38	23	5	32	1.78
90121713--90121767	16	3.4	16	87	5	76	32	25	5	36	1.79
90125198--90125257	27	2.2	27	88	5	86	78	0	10	11	0.97
90128072--90128141	27	2.6	27	73	8	70	18	21	17	42	1.89
90132506--90132578	33	2.2	34	82	4	87	46	2	1	49	1.24
90142793--90142854	25	2.5	25	97	0	115	29	32	12	25	1.93
90144858--90144889	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
90147823--90148126	47	6.4	47	88	3	421	34	8	29	27	1.86
90150410--90150474	27	2.3	29	81	13	89	3	3	24	69	1.17
90151328--90152035	72	9.7	72	85	5	904	31	20	16	31	1.94
90151328--90152022	220	3.2	217	88	4	993	31	20	16	31	1.95
90160311--90160346	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
90162145--90162176	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
90177769--90177817	25	1.9	26	95	4	91	42	12	12	32	1.79
90180509--90180537	12	2.3	13	94	5	51	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90193361--90193406	13	3.5	13	76	5	56	56	0	34	8	1.30
90193355--90193407	27	2.0	26	88	7	79	58	0	32	9	1.30
90196873--90196906	14	2.4	14	85	14	52	73	14	11	0	1.10
90197858--90197992	39	3.4	39	71	10	105	23	20	27	28	1.99
90213396--90213423	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
90214159--90214237	14	5.6	14	75	0	77	32	11	24	31	1.90
90216578--90216627	20	2.6	19	87	6	73	34	6	2	58	1.34
90217353--90217534	96	1.9	96	94	2	321	33	12	17	36	1.87
90221026--90221441	140	3.0	140	77	7	445	31	21	7	38	1.81
90222254--90222292	19	2.1	19	95	0	69	33	20	23	23	1.97
90225773--90225816	22	2.0	22	82	8	54	43	0	4	52	1.22
90226885--90226944	26	2.3	26	85	0	75	31	10	13	45	1.76
90227094--90227133	6	6.7	6	94	0	71	17	27	0	55	1.43
90229898--90229994	47	2.1	47	96	0	176	36	16	9	38	1.81
90233370--90233461	46	2.0	46	82	0	112	26	14	15	44	1.84
90235334--90235391	30	1.9	30	96	0	107	32	13	18	34	1.91
90238214--90238290	40	1.9	40	86	0	109	36	33	15	14	1.88
90246551--90246590	20	2.0	20	95	0	71	45	7	25	22	1.78
90246552--90246598	20	2.3	20	85	3	67	44	10	23	21	1.83
90250038--90250193	42	3.7	41	71	14	129	25	19	26	28	1.98
90258227--90258268	15	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
90258337--90258412	10	7.3	10	78	8	62	53	5	5	35	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90258312--90258401	43	2.1	43	100	0	180	56	6	4	32	1.45
90258578--90258617	16	2.4	16	87	4	53	57	7	0	35	1.27
90261380--90261585	53	3.9	50	74	9	142	25	22	16	35	1.94
90261435--90261587	54	2.8	52	83	4	164	25	22	16	35	1.95
90268037--90268066	16	1.9	15	93	6	51	43	6	3	46	1.46
90268055--90268101	10	4.9	10	82	17	64	42	10	0	46	1.38
90268067--90268103	17	2.2	17	100	0	74	43	13	0	43	1.44
90270785--90270854	7	9.6	7	96	3	113	25	1	2	70	1.10
90271417--90271480	14	4.5	14	80	9	60	46	31	0	21	1.52
90271557--90271599	14	2.9	15	79	6	61	46	27	2	23	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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