genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7570432--7570482	25	2.0	25	96	0	93	33	17	15	33	1.92
7576630--7576772	71	2.0	71	94	0	250	33	18	19	28	1.95
7579048--7579086	20	2.0	20	100	0	78	25	30	12	30	1.93
7579075--7579516	132	3.4	132	83	3	525	35	18	17	28	1.94
7579855--7579886	16	2.0	16	93	0	55	59	6	15	18	1.57
7580675--7580721	18	2.6	18	90	6	69	44	2	6	46	1.40
7580684--7580710	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
7582607--7582651	17	2.7	16	83	10	54	24	2	0	73	0.95
7590737--7590939	71	2.9	68	79	5	244	48	19	4	27	1.69
7590737--7590927	69	2.7	69	83	4	240	48	20	5	25	1.70
7591800--7591836	19	1.9	19	89	10	58	29	10	2	56	1.47
7594781--7594832	20	2.5	21	84	6	70	23	19	15	42	1.89
7594809--7594933	42	3.0	42	84	1	160	19	24	17	39	1.92
7594780--7594950	21	8.1	21	74	5	112	19	22	16	41	1.90
7596421--7596458	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
7597367--7597475	34	3.3	34	83	2	141	44	0	11	43	1.41
7597945--7597991	14	3.3	14	84	3	67	44	0	19	36	1.51
7597559--7598066	125	4.1	126	86	6	671	36	14	17	30	1.90
7599504--7599540	18	2.1	18	89	0	56	43	8	24	24	1.81
7600618--7601376	379	2.0	379	91	0	1232	28	28	21	21	1.98
7602221--7602351	47	2.8	47	83	2	174	34	26	15	23	1.94
7604197--7604243	24	2.0	24	87	8	69	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7604199--7604251	28	2.0	26	85	7	70	62	0	0	37	0.96
7609710--7609742	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
7617796--7617828	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
7637294--7637374	39	2.1	39	95	0	144	27	19	22	30	1.98
7645219--7645348	65	2.0	65	98	0	251	30	9	23	37	1.86
7646458--7646492	12	2.9	12	91	0	52	34	0	11	54	1.37
7647205--7647233	12	2.4	12	100	0	58	20	0	0	79	0.74
7647990--7648041	25	2.1	25	96	0	95	40	30	3	25	1.73
7649023--7649056	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
7649418--7649454	19	1.9	19	89	10	58	40	5	5	48	1.49
7652960--7653011	26	2.0	26	100	0	104	53	11	0	34	1.37
7661721--7661799	41	1.9	41	89	2	122	56	2	11	29	1.47
7662535--7662583	10	5.0	9	83	11	53	71	2	4	22	1.13
7662533--7662583	20	2.5	20	81	6	68	70	1	3	23	1.14
7663187--7663368	96	1.9	95	86	5	260	29	26	14	29	1.95
7664570--7664675	8	14.0	8	82	15	120	66	0	0	33	0.92
7664570--7664686	3	41.0	3	72	24	94	66	0	0	32	0.98
7664570--7664687	10	11.7	10	77	20	97	66	0	0	32	0.97
7664570--7664661	5	19.0	5	78	21	99	64	0	0	35	0.94
7668267--7668305	10	4.0	9	84	15	51	71	2	5	20	1.17
7671611--7671827	46	4.7	46	88	1	283	40	14	23	21	1.90
7671562--7671827	138	2.0	130	85	7	354	39	14	23	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7674822--7674985	81	2.0	81	87	4	233	28	21	10	39	1.86
7678646--7678685	21	1.9	21	90	10	64	67	0	30	2	1.04
7680251--7680295	14	3.4	14	75	25	53	42	0	0	57	0.98
7680241--7680291	17	2.8	17	74	23	50	37	0	0	62	0.95
7680253--7680298	22	2.1	21	84	4	56	43	0	0	56	0.99
7680347--7680388	19	2.2	19	87	8	59	38	2	2	57	1.25
7683020--7683318	153	2.0	153	91	0	490	34	14	27	24	1.93
7690298--7690329	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
7698014--7698046	4	8.2	4	100	0	66	75	24	0	0	0.80
7699012--7699044	15	2.1	16	94	5	59	90	0	9	0	0.44
7703430--7703497	31	2.3	30	77	7	75	33	8	14	42	1.77
7707393--7707455	16	3.8	16	85	6	72	30	3	3	63	1.25
7707393--7707435	3	15.0	3	80	9	54	32	4	0	62	1.15
7707383--7707464	33	2.4	34	76	13	89	29	3	2	64	1.23
7708218--7708256	18	2.1	18	85	9	51	30	2	5	61	1.31
7708670--7708720	15	3.6	14	74	10	50	35	1	7	54	1.40
7712473--7712722	50	4.8	52	82	6	269	20	28	24	26	1.99
7712472--7712721	100	2.4	105	88	6	359	20	28	24	26	1.99
7712816--7712847	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7713059--7713116	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7713681--7713753	13	5.9	13	67	28	52	53	4	0	42	1.20
7715385--7715425	19	2.2	18	86	4	55	41	2	9	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7719570--7719641	30	2.3	30	88	9	101	61	6	4	27	1.41
7726456--7726486	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7734610--7734650	20	2.0	22	90	9	68	48	0	0	51	1.00
7734601--7734658	30	2.0	28	87	12	82	48	0	0	51	1.00
7734860--7734901	19	2.2	19	87	8	59	73	0	26	0	0.83
7735552--7735590	20	2.1	19	90	9	62	41	0	20	38	1.53
7737480--7737535	10	5.6	10	89	8	71	69	1	3	25	1.14
7737474--7737535	20	3.1	19	84	11	79	67	3	4	24	1.25
7737480--7737510	14	2.2	14	94	0	53	70	3	0	25	1.02
7738509--7738576	33	2.1	32	100	0	118	44	14	8	32	1.76
7753790--7753819	15	2.0	15	93	0	51	20	20	16	43	1.88
7757150--7757182	15	2.1	16	88	5	50	60	36	3	0	1.12
7766617--7766648	15	2.2	14	94	5	55	31	0	0	68	0.90
7767840--7767876	18	2.1	17	90	5	56	70	0	29	0	0.88
7767838--7767876	20	2.0	20	89	0	60	69	0	30	0	0.89
7767804--7767846	2	21.5	2	95	0	77	48	0	51	0	1.00
7767938--7768030	3	31.3	3	89	2	134	4	32	0	63	1.14
7768243--7768328	30	2.9	30	77	5	86	27	22	17	32	1.96
7773332--7773374	22	2.0	22	81	9	52	58	11	9	20	1.61
7782516--7782741	9	24.6	9	75	9	143	38	0	12	47	1.48
7782516--7782741	18	12.3	18	76	9	161	38	0	12	47	1.48
7782569--7782741	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7782492--7782713	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
7783063--7783130	24	2.8	24	89	8	111	44	7	20	27	1.78
7783222--7784131	373	2.4	371	98	0	1739	38	10	14	36	1.81
7795260--7795306	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
7795277--7795355	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
7795277--7795349	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
7795279--7795365	36	2.4	35	81	5	120	35	14	10	39	1.81
7797087--7797131	18	2.4	19	81	3	56	73	6	6	13	1.24
7797883--7798549	150	4.4	152	90	3	993	55	9	7	26	1.59
7803168--7803333	82	2.0	82	98	0	323	30	16	18	33	1.94
7807616--7807914	42	7.5	42	85	9	380	51	10	5	33	1.58
7807689--7807795	16	6.1	16	68	19	70	54	12	1	31	1.48
7807805--7807837	16	2.1	16	100	0	66	63	12	0	24	1.28
7807850--7807874	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
7807894--7807955	13	5.1	12	81	13	74	66	12	0	20	1.25
7807891--7807953	16	3.7	16	71	22	56	66	11	0	22	1.22
7807894--7807970	36	2.1	36	90	4	120	66	14	1	18	1.32
7808027--7808083	26	2.2	26	87	6	80	0	35	0	64	0.93
7808006--7808079	38	2.0	37	82	12	89	2	31	0	66	1.06
7808143--7808207	27	2.4	27	86	0	94	20	38	26	15	1.92
7808964--7809041	16	5.3	15	73	17	56	38	0	2	58	1.12
7818494--7818596	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818515--7818601	46	1.9	44	90	4	138	28	25	13	32	1.94
7825195--7825224	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
7825327--7825464	69	2.0	69	97	0	258	52	15	16	15	1.74
7827460--7828345	443	2.0	443	93	0	1531	36	13	15	33	1.88
7828518--7828761	130	1.9	127	91	2	398	35	18	17	28	1.94
7828523--7828789	130	2.1	130	87	1	385	35	17	16	29	1.93
7829271--7829303	12	2.8	12	86	13	50	66	0	0	33	0.92
7829711--7829745	17	2.0	18	94	5	63	68	0	5	25	1.11
7829804--7829848	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
7832330--7832593	46	5.7	46	90	0	404	22	24	14	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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