genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23704497--23704596	29	3.7	29	67	17	79	24	13	5	58	1.55
23704482--23704589	51	2.1	51	96	1	198	24	12	4	59	1.51
23704838--23704877	15	2.6	15	81	18	55	62	0	0	37	0.95
23705480--23705525	23	2.0	23	83	8	58	43	0	0	56	0.99
23705901--23705939	20	2.0	20	85	10	53	61	5	2	30	1.31
23707827--23707960	48	2.8	46	82	10	153	32	9	5	51	1.59
23709542--23709579	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
23713471--23713501	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23713468--23713507	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23713697--23713952	55	4.8	53	80	8	213	21	24	17	36	1.94
23713744--23713944	108	1.8	110	86	4	291	23	24	16	35	1.95
23715861--23716494	126	5.0	126	92	0	1036	27	20	18	33	1.96
23717038--23717110	20	3.8	20	69	20	64	45	24	0	30	1.54
23717055--23717131	38	2.1	36	84	13	97	41	24	0	33	1.55
23717188--23717261	8	9.4	8	76	5	71	55	32	0	12	1.37
23717222--23717268	22	2.1	22	88	0	67	53	34	0	12	1.39
23718499--23718537	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
23718642--23718670	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
23718757--23718832	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
23725831--23725869	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
23725974--23726002	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
23726088--23726163	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23729764--23729804	21	2.0	21	85	9	57	26	9	9	53	1.65
23740419--23740552	61	2.2	59	82	10	164	26	29	19	24	1.98
23743149--23743206	28	2.0	28	83	6	71	27	12	8	51	1.68
23743374--23743436	29	2.2	29	80	11	67	69	4	4	20	1.25
23743411--23743457	20	2.3	20	75	10	51	70	4	2	23	1.16
23744999--23745050	26	2.0	26	100	0	104	53	11	15	19	1.71
23749875--23749924	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
23749851--23749936	21	3.9	23	77	10	81	37	24	22	16	1.93
23750307--23750368	15	4.1	15	83	10	81	54	9	0	35	1.33
23751563--23751602	20	2.0	21	90	5	64	5	17	7	70	1.30
23751610--23751641	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
23751664--23751692	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
23752926--23752963	20	1.9	20	88	0	58	44	5	15	34	1.69
23758598--23758638	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
23764087--23764147	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23766410--23766464	22	2.5	23	82	14	71	7	10	9	72	1.27
23768535--23768641	32	3.4	31	83	5	124	42	8	10	39	1.69
23777748--23777779	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
23781671--23781717	6	7.8	6	95	0	76	14	4	0	80	0.85
23784287--23784325	20	2.1	19	85	9	53	53	17	25	2	1.56
23784354--23784454	52	2.0	51	84	5	132	26	29	27	15	1.96
23784855--23784886	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23787430--23787466	6	6.3	6	87	6	58	29	0	2	67	1.04
23788827--23788860	16	2.1	16	100	0	68	26	8	17	47	1.77
23809575--23809639	34	1.9	34	93	6	114	44	23	10	21	1.83
23814356--23814396	21	2.0	21	85	9	57	43	0	2	53	1.13
23816643--23817114	130	3.6	130	78	3	297	34	18	19	27	1.95
23816767--23817133	130	2.8	130	83	0	430	34	17	18	29	1.95
23821529--23821579	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
23821451--23821673	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
23821592--23821743	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
23834032--23834359	130	2.5	130	85	0	422	32	20	19	28	1.96
23839204--23839375	52	3.2	52	82	5	202	25	15	27	31	1.96
23840231--23840255	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
23849409--23849442	18	1.9	18	88	5	52	55	11	23	8	1.63
23854646--23854800	52	3.0	52	76	6	161	25	18	27	28	1.98
23855779--23855846	29	2.3	29	89	0	109	19	35	29	16	1.93
23857087--23857134	3	15.7	3	95	4	87	31	2	0	66	1.03
23857431--23857462	3	10.3	3	93	6	55	31	3	0	65	1.08
23866004--23866213	47	4.6	47	76	15	199	31	14	21	31	1.94
23866088--23866246	38	4.0	38	77	14	149	30	15	23	30	1.95
23866040--23866246	85	2.4	85	91	0	342	30	14	23	30	1.94
23869993--23870073	27	3.0	27	75	10	85	39	14	1	44	1.54
23869993--23870073	26	3.0	28	75	10	89	39	14	1	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23873176--23873210	17	2.1	17	94	0	61	37	25	2	34	1.71
23877768--23877823	6	9.3	6	94	0	58	35	8	32	23	1.86
23877771--23877824	18	3.0	18	86	0	72	37	9	29	24	1.86
23877790--23877823	12	2.8	12	100	0	68	35	14	32	17	1.91
23883664--23883744	20	4.1	20	70	9	58	37	4	1	56	1.29
23883669--23883744	30	2.5	31	82	6	93	38	5	1	55	1.31
23884024--23884082	11	5.9	10	76	11	50	44	5	1	49	1.34
23884025--23884082	20	2.9	21	75	17	61	44	5	1	48	1.35
23884690--23884769	21	3.8	20	73	14	61	20	11	23	45	1.83
23887225--23887412	48	3.9	48	71	2	137	32	26	18	22	1.97
23892873--23892943	21	3.3	20	69	9	52	21	26	36	15	1.93
23894045--23894144	48	2.1	48	82	0	119	31	11	23	35	1.89
23895951--23895990	20	2.0	20	85	0	53	37	0	5	57	1.21
23899654--23899692	11	3.6	11	79	6	53	28	2	53	15	1.55
23899646--23899693	21	2.3	21	100	0	96	31	4	50	14	1.62
23900947--23900984	3	12.3	3	88	5	58	71	0	28	0	0.87
23900947--23900985	19	2.1	19	95	0	69	71	0	28	0	0.86
23900934--23900989	25	2.3	23	88	8	85	76	0	23	0	0.78
23903216--23903447	33	7.0	33	81	5	186	16	41	12	29	1.84
23903216--23903427	66	3.2	66	81	1	228	16	42	11	29	1.83
23903791--23903827	14	2.6	14	100	0	74	48	13	13	24	1.78
23907596--23907629	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23908238--23908299	32	1.9	31	84	12	81	22	8	6	62	1.45
23909638--23909692	22	2.5	22	82	5	58	14	5	7	72	1.24
23910680--23910728	22	2.3	22	79	13	57	51	0	0	48	1.00
23914841--23915160	158	2.0	158	98	0	613	27	14	15	41	1.87
23927246--23927271	12	2.2	12	100	0	52	42	7	11	38	1.70
23927684--23927714	9	3.4	9	100	0	62	41	0	35	22	1.54
23927813--23927842	10	3.0	10	95	0	51	60	13	0	26	1.34
23932501--23932574	37	2.0	37	94	0	130	36	21	13	28	1.91
23936809--23937070	89	3.0	86	83	11	311	29	16	16	37	1.91
23936828--23937360	161	3.2	160	78	15	506	28	17	19	34	1.95
23937004--23937212	72	2.9	73	94	1	375	29	18	23	28	1.98
23937132--23937360	88	2.6	86	91	3	361	26	18	20	35	1.95
23937292--23937321	13	2.3	13	100	0	60	13	13	6	66	1.43
23937305--23937416	55	2.0	56	93	3	192	29	15	16	38	1.90
23937957--23938057	45	2.2	44	80	3	112	49	31	1	16	1.57
23938456--23938522	26	2.7	26	82	13	72	7	13	2	76	1.12
23939108--23939149	3	13.7	3	95	5	75	33	0	2	64	1.07
23939288--23939325	19	2.0	20	89	5	60	28	7	0	63	1.23
23939331--23939367	16	2.4	15	95	4	65	32	2	0	64	1.07
23939279--23939403	14	9.0	14	68	23	50	33	8	1	56	1.38
23939560--23939615	23	2.4	23	84	0	67	32	3	3	60	1.31
23941725--23941753	14	2.1	14	100	0	58	0	6	37	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23944364--23944388	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
23944701--23944737	19	1.9	19	94	0	65	51	2	8	37	1.46
23944700--23944744	19	2.3	19	84	3	63	51	2	8	37	1.46
23944728--23944765	14	2.7	14	91	0	58	39	2	5	52	1.38
23955195--23955230	16	2.2	16	100	0	72	30	11	5	52	1.59
23955621--23955668	23	2.1	22	88	3	69	8	0	8	83	0.82
23955628--23955668	17	2.4	18	92	8	68	4	0	9	85	0.73
23955631--23955668	6	6.7	6	85	8	53	2	0	10	86	0.66
23959011--23959065	6	9.3	6	82	7	51	12	0	7	80	0.91
23959724--23959821	22	4.5	22	69	7	74	13	32	22	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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