genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79810141--79810177	20	1.9	19	89	10	58	24	2	5	67	1.25
79811180--79811257	19	4.1	20	71	14	65	33	7	20	38	1.81
79812922--79812984	32	2.0	32	93	0	108	26	6	6	60	1.45
79816983--79817128	50	2.9	50	98	0	283	38	30	14	17	1.89
79817250--79817290	20	2.0	20	90	0	64	29	4	7	58	1.46
79821795--79821826	12	2.7	12	95	0	55	40	9	15	34	1.80
79822411--79822452	20	2.2	20	86	4	59	23	4	2	69	1.20
79823863--79823932	3	24.7	3	71	11	58	64	0	30	5	1.17
79823868--79823937	14	5.0	14	69	19	56	67	0	28	4	1.10
79823868--79823935	11	6.4	11	72	17	54	66	0	29	4	1.11
79825031--79825073	21	2.0	21	86	0	59	27	27	18	25	1.98
79831994--79832051	30	1.9	30	85	3	80	32	8	22	36	1.85
79832815--79833274	47	9.5	46	76	14	281	35	15	24	24	1.95
79832916--79833061	55	2.7	53	83	10	179	34	17	24	23	1.96
79836613--79836637	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
79837222--79837246	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
79837253--79837320	32	2.3	28	82	10	82	45	1	1	51	1.19
79843026--79843198	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
79843023--79843193	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
79859836--79859951	50	2.4	49	82	5	139	28	23	14	33	1.94
79863621--79863729	37	2.9	37	94	0	182	26	30	20	22	1.98
79863878--79864284	50	8.2	50	85	7	580	31	25	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79863878--79864284	98	4.1	99	88	5	576	31	25	6	36	1.82
79863875--79864284	148	2.8	146	90	4	635	31	25	6	36	1.82
79864259--79864297	11	3.7	11	80	13	55	38	23	0	38	1.55
79864261--79864304	20	2.2	20	100	0	88	36	25	0	38	1.56
79864226--79864352	68	1.9	68	98	0	245	31	25	5	37	1.79
79864281--79864400	48	2.5	48	100	0	240	32	26	5	35	1.78
79864159--79864503	116	2.9	116	94	2	582	32	25	4	36	1.77
79864375--79864413	11	3.7	11	80	13	55	38	23	0	38	1.55
79864329--79864468	68	2.1	68	100	0	280	32	26	4	36	1.76
79864377--79864420	20	2.2	20	100	0	88	36	25	0	38	1.56
79864397--79864503	48	2.2	48	100	0	214	31	27	5	35	1.80
79872283--79872343	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79880175--79880210	18	2.0	18	94	0	63	50	2	5	41	1.40
79886470--79886523	3	18.3	3	77	11	58	62	0	35	1	1.06
79886477--79886524	23	2.1	23	88	7	71	58	0	39	2	1.10
79887072--79887212	61	2.4	59	87	2	201	36	10	20	31	1.87
79887643--79887691	21	2.3	21	85	0	62	8	20	34	36	1.82
79888359--79888494	42	3.2	42	87	1	191	41	18	8	32	1.80
79890141--79890185	15	3.0	15	80	0	54	37	37	6	17	1.76
79890470--79890861	64	6.2	63	91	1	527	47	14	12	25	1.79
79890731--79890836	34	3.2	34	65	24	100	44	14	16	25	1.85
79891001--79891080	30	2.7	29	75	7	88	51	15	6	27	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79890976--79891079	18	5.9	18	70	7	54	53	15	5	25	1.63
79891632--79891704	31	2.4	29	77	8	83	24	10	17	46	1.80
79892523--79892583	31	2.0	31	87	6	88	26	6	8	59	1.51
79902894--79902950	20	3.0	20	68	19	59	56	10	12	21	1.65
79915186--79915423	40	5.9	40	94	0	404	22	19	28	28	1.98
79915201--79915453	120	2.1	120	88	0	380	23	19	28	28	1.98
79923164--79923320	40	4.0	40	94	0	271	22	20	29	28	1.98
79923178--79923346	80	2.1	80	87	0	239	23	21	28	27	1.99
79926489--79926541	26	2.0	26	100	0	106	52	18	5	22	1.66
79929368--79929406	20	1.9	21	89	5	62	30	12	23	33	1.92
79931536--79931784	120	2.1	120	94	1	437	41	9	16	32	1.81
79931536--79931780	40	6.1	40	90	1	375	41	9	16	33	1.80
79931788--79931822	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
79932164--79932202	14	2.8	14	88	0	51	38	12	2	46	1.56
79932329--79932361	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
79932611--79932678	16	4.2	16	92	0	109	27	29	7	35	1.84
79936727--79936806	30	2.5	31	82	13	92	46	2	2	48	1.29
79940680--79940806	45	2.8	47	79	13	158	29	28	20	21	1.98
79940685--79940824	45	3.1	45	73	19	139	29	27	20	22	1.98
79943083--79943162	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
79946081--79946250	91	1.9	91	94	0	304	27	30	21	20	1.98
79946073--79946246	46	3.8	46	81	13	214	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79946078--79946265	46	4.1	45	75	11	159	28	29	21	20	1.98
79948316--79948399	43	2.0	43	85	0	114	27	29	20	22	1.98
79949926--79950071	37	3.9	37	93	1	240	29	30	17	22	1.96
79950217--79950401	48	3.8	48	87	4	282	31	26	6	35	1.82
79950217--79950400	98	1.9	97	89	4	291	30	26	6	35	1.82
79950371--79950564	47	4.1	47	87	2	255	25	29	11	32	1.91
79950324--79950564	94	2.6	94	83	4	272	26	29	10	33	1.90
79959015--79959060	15	3.1	15	96	0	83	13	13	15	58	1.63
79961996--79962339	47	7.3	47	91	3	482	32	9	30	27	1.89
79971000--79971119	58	2.1	57	81	7	136	27	20	6	45	1.76
79978299--79978727	47	9.1	47	94	1	732	31	9	30	28	1.88
79978846--79978924	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
79984634--79984816	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
79984632--79984816	40	4.7	40	83	7	234	25	28	22	23	2.00
79990645--79990696	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
80013834--80014025	78	2.5	77	89	4	296	28	28	20	23	1.99
80013834--80014089	39	6.5	38	80	10	241	27	27	20	24	1.99
80021689--80021795	40	2.7	40	84	5	119	25	27	21	26	1.99
80021735--80021955	40	5.5	40	89	4	279	25	27	23	23	2.00
80021695--80021955	80	3.3	80	82	4	244	25	27	23	24	2.00
80032553--80032578	9	2.9	9	100	0	52	0	11	19	69	1.18
80047169--80047204	19	1.9	19	88	5	56	55	0	5	38	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80049106--80049323	40	5.5	40	89	2	316	24	22	27	25	2.00
80055172--80055342	93	1.8	93	92	0	288	21	22	29	26	1.99
80055176--80055347	46	3.7	46	77	13	190	22	22	28	27	1.99
80062762--80062934	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
80062759--80062929	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80066694--80066727	17	2.0	17	88	0	50	11	23	41	23	1.87
80073687--80073949	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
80081614--80081876	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
80085271--80085302	15	2.1	15	94	0	55	43	18	3	34	1.66
80089345--80089538	44	4.7	40	81	6	217	25	15	22	36	1.94
80095496--80095538	21	2.2	18	84	12	50	13	2	18	65	1.38
80096325--80096361	19	1.9	19	94	0	65	56	2	10	29	1.47
80097674--80097957	45	6.3	45	84	7	303	21	19	15	44	1.87
80097699--80097958	90	2.9	89	87	3	378	21	19	15	44	1.87
80097697--80097957	135	1.9	135	90	3	418	21	19	15	44	1.87
80098421--80098458	18	2.1	18	100	0	76	52	21	0	26	1.47
80106175--80106253	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
80114487--80114565	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
80129890--80130061	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98
80129882--80130057	46	3.8	46	75	10	178	29	28	19	22	1.98
80138499--80138551	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
80143064--80143133	23	3.0	22	79	12	68	70	0	8	21	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80143088--80143141	12	4.2	13	81	11	67	75	0	7	16	1.01
80153561--80153665	39	2.7	39	82	2	122	24	25	23	25	2.00
80166861--80166935	22	3.4	22	73	14	82	50	16	12	21	1.76
80166846--80166935	44	2.0	44	100	0	180	51	15	11	22	1.75
80170122--80170188	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
80170238--80170358	49	2.5	49	93	4	208	28	19	23	28	1.98
80170239--80170358	25	4.9	25	93	3	208	28	20	23	28	1.99
80170237--80170383	24	6.0	24	89	5	145	29	19	23	28	1.98
80170577--80170639	31	2.0	31	100	0	126	39	15	22	22	1.92
80178237--80178303	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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