genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74620853--74621030	80	2.2	80	80	4	182	26	21	25	25	2.00
74628204--74628347	39	3.7	40	83	10	172	24	22	27	25	2.00
74639908--74639974	34	2.0	34	93	0	116	37	11	13	37	1.82
74641918--74641950	16	2.1	16	100	0	66	63	6	6	24	1.40
74652468--74652652	79	2.3	81	82	7	227	24	22	27	25	2.00
74652468--74652652	40	4.7	40	84	6	225	24	22	27	25	2.00
74652521--74652685	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
74655291--74655316	12	2.2	12	100	0	52	15	15	15	53	1.73
74656118--74656149	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
74658174--74658284	41	2.7	41	87	0	159	22	31	14	31	1.94
74658217--74658304	41	2.1	41	80	0	95	22	29	17	30	1.96
74663638--74663706	7	9.9	7	75	17	63	27	2	1	68	1.13
74664051--74664091	17	2.5	17	88	4	57	24	4	2	68	1.22
74664059--74664098	20	2.0	20	95	0	71	25	5	2	67	1.23
74668500--74668633	52	2.6	52	86	6	193	27	29	16	26	1.97
74671591--74671673	6	13.5	6	77	9	87	15	2	3	78	1.00
74671582--74671673	20	4.4	21	74	16	84	15	2	4	78	1.01
74672043--74672075	17	2.0	17	88	5	50	24	3	21	51	1.62
74673708--74673745	19	2.0	19	89	0	58	50	23	18	7	1.73
74674958--74675061	41	2.6	40	80	10	122	28	25	19	26	1.98
74678844--74678938	41	2.3	41	83	0	118	23	23	18	34	1.96
74683247--74683329	25	3.4	25	77	1	87	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74683262--74683333	24	2.9	25	81	6	85	26	22	19	31	1.97
74696851--74696996	40	3.7	40	80	7	163	24	21	27	26	2.00
74705175--74705325	27	5.6	27	81	4	106	29	28	14	27	1.95
74708425--74708482	28	2.1	28	100	0	116	34	27	17	20	1.95
74713096--74713246	27	5.6	27	81	4	106	29	28	14	27	1.95
74716084--74716358	51	5.6	47	89	6	370	33	8	28	30	1.86
74716084--74716356	98	2.8	94	85	8	366	32	8	27	30	1.87
74716084--74716596	161	3.4	151	84	10	655	32	8	28	29	1.87
74716244--74716466	114	2.0	110	96	3	410	34	9	27	28	1.89
74716358--74716647	47	6.2	47	91	0	427	32	10	30	27	1.89
74716095--74716588	255	1.9	258	91	3	814	32	9	28	29	1.88
74716766--74716844	37	2.1	37	92	0	131	25	18	30	25	1.98
74725110--74725260	40	3.7	40	83	5	187	35	26	14	23	1.93
74737132--74737308	40	4.5	39	85	10	220	24	23	27	24	2.00
74737132--74737308	79	2.2	79	86	7	236	24	23	27	24	2.00
74742568--74742619	22	2.3	22	83	9	61	40	3	0	55	1.18
74742664--74742697	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
74750015--74750126	27	4.2	26	79	7	107	38	23	21	16	1.93
74752551--74752748	39	5.1	39	96	0	342	21	26	29	22	1.99
74762228--74762298	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
74767211--74767383	46	3.7	46	77	11	183	22	19	27	30	1.98
74767208--74767378	93	1.8	93	89	2	272	22	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74767608--74767645	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
74770252--74770301	18	2.5	20	78	18	59	44	2	2	52	1.24
74772147--74772204	27	2.1	27	83	0	71	37	20	24	17	1.93
74772347--74772519	27	6.4	27	83	0	220	24	22	18	34	1.96
74773050--74773084	16	2.1	17	89	5	54	34	42	5	17	1.73
74775568--74775619	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
74775595--74775641	21	2.2	21	100	0	94	21	23	21	34	1.97
74775549--74775749	88	2.2	91	88	8	295	19	26	22	31	1.98
74776633--74776663	14	2.1	15	94	5	55	29	0	12	58	1.35
74782250--74782318	28	2.5	28	82	0	84	30	20	24	24	1.99
74782670--74782895	27	8.4	27	83	0	236	26	20	18	34	1.96
74782669--74782895	81	2.8	81	84	4	289	27	20	18	33	1.96
74784902--74785047	50	2.8	52	84	4	179	21	23	19	34	1.96
74784897--74785143	50	4.6	53	79	5	176	22	23	17	36	1.95
74788368--74788548	40	4.6	40	93	2	294	27	27	22	23	1.99
74796145--74796256	27	4.2	26	80	7	125	16	24	22	37	1.93
74796145--74796256	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
74803152--74803251	40	2.5	40	85	0	128	37	24	12	27	1.90
74803064--74803251	81	2.3	80	80	8	193	32	25	14	27	1.94
74806802--74806904	40	2.6	40	95	0	179	37	26	11	24	1.89
74806722--74806904	81	2.2	81	81	4	199	34	25	13	26	1.93
74815441--74815469	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74815749--74815785	17	2.1	19	85	10	51	16	37	24	21	1.93
74827044--74827077	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
74848622--74849101	47	10.1	47	94	1	771	31	9	30	28	1.89
74848622--74849101	96	5.0	94	92	3	780	31	9	30	28	1.89
74848625--74849101	143	3.3	143	94	1	823	31	9	30	28	1.89
74849220--74849298	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74852533--74852634	37	2.8	37	92	0	159	27	29	17	25	1.98
74852753--74853118	47	7.7	47	93	1	590	28	30	9	32	1.88
74852753--74853118	143	2.6	141	93	1	599	28	30	9	32	1.88
74852753--74853116	190	1.9	188	91	2	595	28	30	9	32	1.88
74862642--74862670	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
74874007--74874158	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
74874007--74874158	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
74882051--74882202	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
74882051--74882202	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
74887200--74887372	46	3.8	45	75	15	165	28	26	21	22	1.99
74892778--74892875	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
74892806--74892888	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
74892778--74892889	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
74900981--74901078	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
74901009--74901092	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
74909185--74909282	27	3.5	28	87	5	119	25	12	29	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74909213--74909296	27	3.0	27	85	5	87	29	10	26	33	1.90
74913464--74913575	27	4.1	27	80	7	129	39	22	23	15	1.91
74921308--74921419	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
74921308--74921419	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
74923543--74923575	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
74928177--74928259	42	2.0	42	100	0	166	33	13	31	21	1.92
74932652--74932830	89	2.0	89	96	0	331	31	21	13	33	1.92
74932564--74932793	42	5.3	42	80	11	232	30	23	15	30	1.95
74934523--74934597	6	12.3	6	78	13	82	50	14	17	17	1.78
74934763--74934871	27	4.0	27	85	3	130	37	20	21	21	1.94
74935068--74935182	27	4.3	27	82	4	133	26	21	15	36	1.93
74935055--74935163	54	2.0	54	82	7	132	27	22	19	30	1.98
74935070--74935173	54	1.9	53	90	1	163	24	24	17	34	1.96
74936348--74936391	22	1.9	22	86	9	61	38	15	2	43	1.60
74936557--74936621	24	2.7	25	85	4	80	27	21	18	32	1.97
74936563--74936687	25	5.0	26	74	14	77	29	20	23	26	1.99
74936642--74936707	25	2.7	24	81	11	71	33	18	25	22	1.97
74942629--74942731	37	2.8	37	95	0	179	24	31	21	23	1.99
74942872--74943064	95	2.0	96	87	1	280	31	23	7	37	1.82
74942872--74943064	48	4.0	48	84	1	262	31	23	7	37	1.82
74950407--74950450	22	2.0	22	100	0	88	36	0	13	50	1.42
74951968--74951994	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74953920--74954037	29	4.2	29	79	4	134	28	27	13	29	1.94
74954257--74954291	8	4.4	8	88	0	52	11	20	22	45	1.82
74954248--74954300	16	3.4	16	79	7	56	9	18	22	49	1.76
74955905--74956153	27	9.3	27	83	2	279	35	20	19	24	1.96
74955905--74956110	80	2.6	81	87	5	292	35	22	17	23	1.95
74956578--74956642	22	3.0	22	80	8	78	21	23	21	33	1.97
74956801--74956902	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
74957034--74957112	31	2.5	31	93	0	131	17	15	15	51	1.76
74957034--74957112	6	12.8	6	74	15	72	17	15	15	51	1.76
74957037--74957109	25	3.0	24	80	8	85	17	15	16	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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