genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21836923--21836957	17	2.1	17	100	0	70	45	17	0	37	1.48
21836857--21837005	56	2.6	57	90	5	223	44	11	1	42	1.48
21836940--21837044	39	2.7	40	91	2	169	43	10	1	43	1.49
21837033--21837057	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
21836994--21837156	56	3.0	55	82	12	178	42	12	1	42	1.52
21836879--21837172	95	3.0	96	89	9	440	42	10	2	44	1.51
21837046--21837139	39	2.3	42	90	7	149	41	10	2	45	1.50
21837113--21837156	17	2.6	17	100	0	88	47	15	0	36	1.46
21837070--21837189	56	2.1	57	90	3	190	40	10	2	45	1.52
21837161--21837204	13	3.5	13	81	6	63	38	6	2	52	1.41
21837164--21837202	12	3.2	12	81	3	51	38	7	2	51	1.44
21837369--21837486	33	3.2	38	63	25	90	49	1	5	43	1.37
21837357--21837497	71	2.0	70	91	8	234	48	1	7	42	1.39
21837537--21837925	25	16.0	26	75	18	333	46	19	0	33	1.55
21837558--21837726	92	1.8	91	87	8	254	46	20	1	32	1.58
21837850--21837914	31	2.0	34	85	8	91	44	16	0	38	1.48
21837921--21837954	17	2.0	17	88	11	52	41	17	0	41	1.50
21843325--21843395	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
21843614--21843647	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
21843713--21844084	42	8.9	40	85	6	368	27	20	20	30	1.98
21843713--21844084	126	3.0	125	86	2	460	27	20	20	30	1.98
21843713--21844085	84	4.5	83	84	4	435	27	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21843800--21844085	42	6.8	42	89	3	425	24	22	21	32	1.98
21854367--21854464	48	2.0	48	98	0	187	30	28	7	33	1.84
21855273--21855297	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21857488--21857553	34	1.9	34	90	0	105	51	24	1	22	1.57
21857970--21858050	40	2.0	40	92	0	135	32	12	17	38	1.87
21858880--21858907	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
21858890--21859012	57	2.1	58	83	4	151	24	20	7	47	1.75
21863484--21863546	13	4.8	13	75	12	58	39	23	1	34	1.65
21881916--21881986	3	23.3	3	71	8	54	30	2	5	60	1.34
21881929--21881989	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
21881952--21881997	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
21887560--21887621	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
21887773--21887860	25	3.5	25	81	6	97	29	23	23	22	1.99
21893711--21893813	12	8.5	12	71	19	63	59	6	0	33	1.24
21893711--21893813	6	16.0	6	67	22	50	59	6	0	33	1.24
21893712--21893813	30	3.4	30	76	16	95	58	6	0	34	1.25
21898846--21898915	10	7.6	9	78	13	63	58	2	0	38	1.13
21905234--21905266	11	3.0	11	83	16	50	69	3	0	27	1.03
21905660--21905704	20	2.2	20	84	0	54	33	2	4	60	1.29
21905846--21905887	21	2.0	21	100	0	84	19	19	19	42	1.89
21914808--21914870	30	2.1	30	93	0	108	23	1	15	58	1.46
21922092--21922132	6	6.8	6	100	0	82	34	0	48	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21925434--21925477	21	2.1	21	100	0	88	43	9	25	22	1.82
21940597--21940658	32	1.9	32	90	0	97	20	14	8	56	1.64
21951771--21952001	126	1.8	126	83	1	302	28	14	17	39	1.89
21963184--21963311	64	2.0	64	92	3	213	32	20	11	35	1.89
21963485--21963763	133	2.1	133	90	1	434	30	17	22	30	1.97
21963895--21963992	45	2.2	45	87	3	135	32	18	21	27	1.96
21963605--21964209	177	3.4	177	83	1	739	29	19	22	28	1.98
21963416--21964026	311	2.0	310	79	7	657	30	18	21	29	1.97
21966396--21966703	126	2.5	126	83	2	361	27	15	18	37	1.92
21970813--21970987	75	2.3	75	91	0	278	28	21	20	30	1.98
21977259--21977298	20	2.0	20	100	0	80	25	10	25	40	1.86
21978422--21978455	18	2.0	17	88	11	52	47	2	11	38	1.55
21979497--21979625	50	2.5	51	88	5	190	36	16	21	25	1.94
21979601--21979780	31	5.8	31	86	2	254	28	18	26	26	1.98
21979798--21979920	47	2.7	46	80	2	129	29	15	25	30	1.96
21979892--21980006	42	2.7	43	86	4	162	30	13	26	28	1.94
21980881--21980922	21	2.2	18	87	12	57	35	2	19	42	1.64
21981721--21981832	35	3.1	35	62	20	84	27	18	22	31	1.97
21981716--21981871	75	2.1	74	91	3	251	29	19	20	30	1.97
21982099--21982324	119	1.9	120	94	0	400	34	27	7	30	1.84
21982798--21982847	22	2.3	22	85	0	64	58	12	18	12	1.64
21987282--21987333	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21987365--21987401	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
22000116--22000178	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
22000301--22000333	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
22000967--22001041	23	3.3	23	94	0	123	38	1	10	49	1.46
22000976--22001040	13	5.5	12	71	22	57	40	1	9	49	1.44
22004213--22004258	23	2.0	23	83	8	58	28	8	30	32	1.87
22012439--22012626	59	3.2	58	68	10	157	42	3	4	50	1.38
22012428--22012724	119	2.5	120	94	2	508	42	2	5	49	1.38
22012548--22012582	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22012502--22012684	63	3.1	58	65	25	139	42	2	7	48	1.45
22012681--22012722	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22012672--22012713	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22012867--22012955	45	2.0	44	89	6	135	33	28	5	32	1.80
22012936--22012984	16	3.1	16	72	0	53	26	30	4	38	1.75
22014186--22014286	51	2.0	51	84	3	132	53	12	3	29	1.57
22016401--22016475	31	2.4	31	90	0	123	32	17	17	33	1.93
22018234--22018301	16	4.2	16	96	0	118	27	0	36	35	1.58
22018282--22018376	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
22018518--22018559	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22018527--22018568	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22018690--22018850	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
22023362--22023408	19	2.5	19	92	0	85	17	25	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038821--22038846	11	2.4	11	100	0	52	38	0	15	46	1.46
22039047--22039086	20	2.1	19	86	9	55	2	15	30	52	1.55
22039056--22039094	20	2.0	20	89	0	60	2	17	33	46	1.62
22042745--22042794	21	2.4	21	96	0	91	32	6	20	42	1.76
22043527--22043573	25	2.0	24	83	8	60	31	10	6	51	1.62
22047436--22047473	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
22050091--22050119	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
22051824--22051874	23	2.2	23	96	0	93	49	7	9	33	1.65
22053039--22053081	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
22053047--22053083	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
22053047--22053106	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
22053373--22053407	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
22060700--22060730	12	2.7	12	95	5	55	32	12	0	54	1.38
22064183--22064236	25	2.2	25	100	0	108	38	22	11	27	1.88
22080222--22080259	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
22084670--22084704	7	4.9	7	89	3	52	60	0	0	40	0.97
22090356--22090698	170	2.0	170	95	0	623	30	14	18	37	1.90
22093319--22093421	27	3.8	27	81	0	116	21	26	25	27	1.99
22093796--22093841	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
22093931--22094049	60	2.0	60	88	0	175	52	11	0	34	1.44
22094703--22094748	18	2.6	18	96	0	83	17	30	39	13	1.87
22094834--22094883	25	1.9	25	84	8	64	66	4	0	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22097030--22097098	16	4.3	16	92	0	111	40	5	31	21	1.77
22097078--22097168	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
22097078--22097184	46	2.5	44	85	11	143	28	3	30	36	1.75
22097327--22097365	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
22097332--22097365	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
22097562--22097600	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
22097567--22097600	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
22097312--22097802	117	4.3	117	91	4	770	51	4	1	42	1.31
22097633--22097672	20	2.0	21	85	5	55	60	7	0	32	1.25
22097651--22097752	44	2.4	42	75	14	100	50	5	0	43	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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