genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16010010--16011182	412	2.8	403	79	12	1052	36	19	16	27	1.93
16010915--16010959	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
16010743--16011031	100	2.9	101	88	3	415	39	18	18	24	1.92
16010976--16011168	74	2.6	74	92	4	309	30	20	18	30	1.96
16018119--16018153	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
16018379--16018444	14	4.7	14	75	18	57	56	1	4	37	1.29
16018303--16018454	25	6.0	26	72	15	95	54	4	6	34	1.47
16018474--16018519	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
16018983--16019081	30	3.3	30	85	0	153	20	6	47	26	1.73
16020216--16020249	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
16021836--16021896	25	2.5	25	81	7	72	31	0	1	67	1.01
16021886--16021925	20	2.0	20	95	0	71	42	0	2	55	1.13
16046243--16046337	43	2.2	45	83	7	115	29	14	24	31	1.95
16045920--16046487	219	2.6	218	87	2	784	32	17	23	26	1.96
16046242--16046945	177	4.0	177	87	2	932	30	17	24	27	1.97
16046596--16046677	43	1.9	43	82	0	101	30	15	26	26	1.96
16046242--16046945	354	2.0	353	87	1	1027	30	17	24	27	1.97
16046662--16047256	311	1.9	311	82	5	754	31	17	23	27	1.97
16046817--16047061	134	1.8	134	83	5	325	31	16	22	29	1.96
16046817--16047096	134	2.1	134	81	4	323	30	17	22	29	1.97
16046973--16047296	177	1.8	178	89	2	508	31	18	24	25	1.97
16048825--16048867	19	2.2	20	84	16	54	11	4	9	74	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16049108--16049138	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
16049243--16049275	17	1.9	17	93	0	57	27	6	9	57	1.53
16054493--16054563	35	2.0	35	97	0	133	29	8	18	43	1.79
16058403--16058447	7	6.4	7	82	10	56	13	2	2	82	0.86
16058414--16058452	18	2.2	18	90	0	60	15	2	0	82	0.79
16058402--16058454	11	4.9	10	77	13	52	15	1	1	81	0.87
16058447--16058493	10	4.5	10	75	19	51	38	0	2	59	1.09
16058443--16058497	23	2.4	23	81	6	76	36	0	1	61	1.06
16058552--16058598	14	3.5	14	77	11	53	65	6	2	25	1.27
16058630--16058657	13	2.2	13	100	0	56	71	7	0	21	1.09
16060900--16060944	23	1.9	24	86	4	65	62	0	2	35	1.08
16060886--16060971	10	8.3	10	69	15	50	61	2	1	34	1.16
16060919--16060990	19	3.7	18	77	17	65	56	1	0	41	1.07
16061545--16061586	19	2.3	18	84	8	50	42	7	7	42	1.59
16065403--16065427	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
16068033--16068070	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
16068392--16068427	17	2.1	17	94	0	63	75	2	0	22	0.94
16069242--16069283	11	3.7	11	83	3	57	2	11	0	85	0.68
16069240--16069288	19	2.6	19	81	15	57	4	10	0	85	0.71
16069579--16070372	44	18.3	44	89	3	1180	22	31	17	29	1.96
16069579--16070372	172	4.6	172	86	4	1130	22	31	17	29	1.96
16069579--16070372	216	3.7	217	89	3	1208	22	31	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16070582--16070704	61	2.0	64	88	7	191	38	11	16	34	1.84
16082509--16082546	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
16085366--16085470	19	5.3	19	68	24	58	32	2	1	62	1.20
16085366--16085487	41	3.0	41	73	17	121	31	2	2	63	1.21
16085451--16085511	30	1.9	32	87	12	90	40	1	1	55	1.19
16093308--16093341	17	1.9	18	94	5	61	64	0	2	32	1.08
16093500--16093617	26	4.6	25	76	13	105	58	6	5	29	1.45
16095315--16095857	45	11.9	44	69	10	261	27	20	18	33	1.96
16095178--16095664	269	1.8	269	90	0	794	28	20	17	32	1.96
16095581--16095861	144	2.0	143	87	3	413	27	19	19	33	1.97
16095929--16095974	18	2.5	20	86	10	62	69	19	4	6	1.28
16097541--16097620	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
16099310--16099455	46	3.2	46	88	3	206	26	26	13	33	1.94
16099310--16099495	91	2.0	92	81	5	216	25	24	15	34	1.95
16100270--16100294	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
16100296--16100351	12	4.5	12	78	22	62	16	0	7	76	0.99
16100298--16100350	10	5.5	10	80	19	60	16	0	7	75	1.02
16101823--16101859	19	1.9	19	88	0	56	64	5	10	18	1.43
16105935--16105998	17	3.9	16	78	12	67	67	0	4	28	1.11
16110435--16110481	24	2.0	24	91	0	76	36	0	40	23	1.55
16111436--16111525	19	4.9	19	83	15	127	36	12	14	36	1.84
16111814--16111847	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16114828--16114858	12	2.6	12	94	0	53	3	22	0	74	0.96
16114938--16114968	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
16116023--16116070	24	2.0	24	96	4	89	35	16	27	20	1.94
16117329--16117386	25	2.2	26	90	6	91	39	13	25	20	1.90
16122290--16122879	220	2.7	220	92	1	966	32	18	21	26	1.97
16122821--16123115	78	3.8	78	89	1	439	32	19	23	24	1.97
16123129--16123328	45	4.5	45	83	1	258	32	15	28	24	1.95
16124038--16124071	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
16124900--16124928	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
16138118--16138300	48	3.9	48	69	17	157	26	20	25	27	1.99
16139586--16139661	31	2.5	31	88	0	107	22	31	27	18	1.97
16143742--16143771	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
16149470--16149646	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
16149765--16150046	123	2.3	124	89	2	417	19	19	28	32	1.96
16149765--16149995	41	5.6	41	97	0	417	19	19	27	33	1.96
16151486--16151549	22	3.0	22	83	2	85	15	20	20	43	1.87
16152132--16152166	9	3.9	9	92	0	61	37	0	31	31	1.58
16152189--16152250	25	2.6	26	80	19	73	48	1	3	46	1.28
16152213--16152287	37	2.0	37	97	0	141	49	4	2	44	1.35
16152214--16152282	20	3.6	19	80	20	90	47	4	2	44	1.37
16152307--16152355	25	2.0	25	84	8	64	48	4	4	42	1.40
16154501--16154525	9	2.8	9	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16155118--16155156	15	2.6	15	87	0	60	33	25	35	5	1.78
16163554--16163599	13	3.6	13	85	5	67	21	10	23	43	1.84
16166258--16166305	21	2.3	21	85	0	60	45	20	0	33	1.52
16166267--16166305	5	7.6	5	82	5	51	41	25	0	33	1.56
16166267--16166308	21	2.0	21	95	0	75	40	26	0	33	1.56
16168750--16168788	18	2.2	18	85	0	51	76	7	0	15	0.99
16175562--16175594	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
16180796--16181078	18	15.3	18	69	12	126	36	16	12	34	1.86
16180787--16181078	36	7.9	36	68	13	162	37	16	11	34	1.86
16180875--16181066	54	3.6	54	73	10	162	37	17	12	32	1.87
16181189--16181366	53	3.4	53	91	0	284	41	21	19	17	1.91
16190566--16190590	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
16192124--16192320	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
16192537--16192600	32	2.0	31	90	3	101	28	9	23	39	1.86
16198496--16198525	13	2.3	13	94	0	51	66	0	0	33	0.92
16199783--16199979	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
16200198--16200261	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
16200205--16200278	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
16209962--16210019	25	2.4	24	80	8	64	46	0	12	41	1.41
16215091--16215116	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
16216061--16216114	23	2.3	23	96	0	99	27	31	11	29	1.91
16220657--16220702	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16220738--16220866	60	2.1	62	83	8	158	27	20	26	26	1.99
16221570--16221798	48	4.9	48	73	7	173	31	24	17	26	1.97
16224368--16224413	23	2.0	23	100	0	92	47	8	17	26	1.76
16229534--16229560	6	4.5	6	100	0	54	29	0	70	0	0.88
16234989--16235095	49	2.2	47	83	6	126	24	14	21	39	1.91
16240751--16240785	19	1.9	19	88	11	56	54	14	5	25	1.62
16250601--16250634	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
16250571--16250654	28	3.0	27	79	11	80	36	7	1	54	1.35
16252604--16252673	35	2.0	35	100	0	140	22	0	51	25	1.48
16252733--16252785	20	2.5	22	81	15	74	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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