genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  86  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26233670--26233705	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
26234167--26234322	82	1.9	81	82	11	192	48	8	3	40	1.49
26237551--26237602	12	4.2	12	72	13	52	53	1	1	42	1.23
26237553--26237605	20	2.8	19	79	20	67	54	1	1	41	1.22
26240326--26240356	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
26241400--26241440	20	2.2	18	86	8	55	58	2	2	36	1.24
26242840--26242922	41	2.0	41	90	2	132	51	24	4	19	1.65
26243927--26243955	11	2.5	12	94	5	51	86	0	13	0	0.58
26246276--26246332	21	2.7	21	83	5	80	21	22	35	21	1.96
26254685--26254826	58	2.4	60	87	3	200	26	28	17	26	1.98
26254685--26254876	28	6.7	28	69	13	122	26	30	18	25	1.98
26260101--26260197	10	10.0	9	75	18	63	58	4	1	36	1.24
26260108--26260150	11	4.0	12	77	22	51	58	6	0	34	1.25
26260101--26260151	20	2.5	20	90	6	77	56	5	0	37	1.23
26260553--26260604	9	5.7	9	73	13	52	59	0	1	38	1.08
26260550--26260612	28	2.2	28	80	0	72	61	0	1	36	1.05
26260554--26260604	19	2.8	18	85	5	75	58	0	1	39	1.09
26263018--26263051	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
26267196--26267222	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
26267835--26267899	16	4.1	16	85	0	85	32	0	32	35	1.58
26267835--26267904	32	2.2	32	87	5	97	34	0	30	35	1.58
26268138--26268172	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26268032--26268338	157	2.0	157	96	0	569	44	2	4	47	1.38
26268275--26268316	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
26268284--26268325	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26268753--26268777	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
26272259--26272291	15	2.2	15	94	0	57	27	15	15	42	1.86
26272393--26272436	15	2.8	16	79	6	54	34	15	13	36	1.87
26279403--26279579	39	4.5	39	91	1	255	24	27	22	25	2.00
26279323--26279596	39	7.0	39	84	4	250	26	27	21	24	2.00
26284429--26284467	17	2.1	20	86	13	57	25	5	5	64	1.35
26289070--26289404	39	8.5	39	92	2	521	29	28	22	18	1.98
26292920--26292966	22	2.1	22	96	0	85	59	12	4	23	1.51
26295192--26295217	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
26301375--26301435	23	2.6	25	77	15	67	52	4	0	42	1.23
26301394--26301451	25	2.3	25	82	11	73	43	5	0	51	1.24
26301434--26301508	19	3.7	20	77	13	64	33	5	0	61	1.19
26301466--26301519	24	2.2	24	90	0	81	35	3	0	61	1.14
26301489--26301570	16	5.3	15	73	18	62	30	4	3	60	1.34
26301766--26301852	15	5.2	16	67	16	52	42	1	0	56	1.07
26301772--26301821	21	2.2	23	89	10	77	38	0	0	62	0.96
26301812--26301862	25	1.9	28	88	11	81	43	3	0	52	1.19
26301810--26301852	12	3.3	13	77	9	52	46	2	0	51	1.13
26305580--26305611	14	2.2	15	94	5	57	40	6	3	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26313694--26314481	205	3.8	204	92	2	1267	31	17	20	30	1.95
26316107--26316170	26	2.5	25	76	16	69	45	3	0	51	1.17
26316179--26316253	10	6.8	10	73	20	53	34	1	2	61	1.18
26316179--26316242	24	2.8	24	88	4	87	35	1	0	62	1.05
26316465--26316537	21	3.3	23	80	19	77	38	1	0	60	1.06
26321794--26321834	21	2.0	21	100	0	82	21	4	24	48	1.69
26324761--26324810	15	3.1	16	77	11	57	48	6	0	46	1.27
26325330--26325373	20	2.2	20	84	8	54	59	4	4	31	1.38
26326007--26326063	29	2.0	29	93	3	98	24	7	14	54	1.64
26328060--26328201	75	1.9	75	82	5	180	26	21	22	29	1.99
26331461--26331545	6	14.8	6	93	1	79	67	4	0	28	1.11
26331521--26331547	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
26334418--26334474	20	2.8	20	79	10	62	43	15	10	29	1.80
26334687--26334750	22	2.9	22	83	9	85	32	21	26	18	1.97
26334743--26334799	23	2.3	26	85	8	75	38	17	15	28	1.91
26335625--26335649	8	3.1	8	100	0	50	48	24	0	28	1.52
26339604--26339741	42	3.3	43	76	9	131	28	25	18	27	1.98
26339585--26339704	42	2.8	42	78	3	125	29	23	18	29	1.98
26339585--26339742	84	1.9	85	85	4	212	27	25	19	27	1.99
26349658--26349704	23	2.0	23	100	0	94	17	27	25	29	1.97
26350709--26350821	20	5.7	20	74	10	79	39	17	8	33	1.81
26350712--26350818	40	2.7	39	75	12	110	39	17	9	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26350989--26351079	23	4.0	23	78	8	89	35	17	20	26	1.95
26367022--26367061	14	2.9	14	92	0	62	40	10	17	32	1.83
26367049--26367087	19	2.1	19	95	0	69	33	10	10	46	1.72
26370866--26370903	6	6.5	6	93	3	51	44	0	55	0	0.99
26371071--26371097	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
26371577--26371640	20	3.5	20	73	20	75	51	3	9	35	1.50
26371574--26371646	35	2.1	35	97	0	137	52	2	10	34	1.51
26380539--26380587	22	2.3	21	82	3	53	77	8	6	8	1.12
26381118--26381142	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26381366--26381430	33	2.1	30	83	13	78	27	3	4	64	1.28
26382206--26382239	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
26388265--26388358	25	3.7	26	69	8	68	39	22	13	24	1.90
26393397--26393427	16	1.9	16	93	0	53	35	9	6	48	1.62
26397232--26397281	6	8.5	6	86	4	66	82	4	2	12	0.90
26405661--26405787	64	2.0	64	84	6	168	38	22	22	16	1.93
26405883--26405928	21	2.3	19	92	7	74	76	6	0	17	1.00
26407213--26407251	16	2.4	17	91	8	64	51	0	0	48	1.00
26420597--26420649	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
26435744--26435805	28	2.2	29	88	2	90	25	16	30	27	1.96
26440685--26440721	11	3.4	11	84	0	56	64	5	8	21	1.40
26447821--26447861	21	1.9	22	85	5	57	63	0	24	12	1.28
26449346--26449391	25	1.9	23	82	8	56	17	17	17	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26452133--26452206	29	2.6	28	81	14	89	24	16	33	25	1.95
26452135--26452206	28	2.5	29	81	4	92	25	16	31	26	1.96
26457112--26457149	11	3.5	11	85	0	58	65	5	7	21	1.38
26467660--26467717	29	1.9	30	83	13	75	36	3	6	53	1.45
26467754--26467787	18	1.9	17	94	5	59	50	0	2	47	1.16
26469254--26469310	28	2.0	28	100	0	114	28	29	14	28	1.95
26472640--26472664	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
26480568--26480657	34	2.6	33	84	8	108	36	12	24	26	1.91
26480568--26480695	37	3.6	36	78	13	120	39	12	21	27	1.89
26480626--26480712	37	2.4	37	80	7	104	39	13	18	28	1.89
26480720--26480767	23	2.1	23	84	7	62	45	6	12	35	1.67
26483976--26484013	14	2.8	14	80	4	51	26	0	0	73	0.83
26486100--26486140	19	2.2	19	95	4	75	73	0	4	21	1.02
26497500--26497549	12	4.1	12	78	19	50	24	36	2	38	1.67
26501781--26501897	32	3.7	32	82	7	141	39	11	9	40	1.73
26504116--26504170	18	2.9	19	72	20	53	63	5	0	30	1.17
26504334--26504440	57	1.9	56	90	5	173	49	10	8	31	1.67
26510725--26510806	42	2.0	42	97	0	155	30	7	17	45	1.75
26514562--26514609	19	2.6	19	80	3	62	39	4	12	43	1.62
26514623--26514713	42	2.1	43	83	4	121	30	6	13	49	1.67
26521764--26521788	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
26529250--26529289	20	2.0	20	85	0	53	37	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26530224--26530274	25	2.0	25	100	0	102	23	35	7	33	1.84
26535433--26535482	23	2.2	23	85	0	64	42	12	14	32	1.82
26535632--26535672	20	2.0	20	90	0	64	58	0	2	39	1.11
26535639--26535681	10	4.2	10	81	3	50	67	0	2	30	1.03
26542420--26542491	31	2.4	31	80	2	92	34	13	12	38	1.83
26553602--26553658	23	2.5	23	97	0	105	14	15	12	57	1.65
26554916--26554946	16	1.9	16	93	0	53	80	0	12	6	0.89
26554913--26554948	15	2.4	15	86	13	56	80	0	11	8	0.90
26560688--26560724	19	1.9	19	88	0	56	35	2	0	62	1.10
26561144--26561190	20	2.2	23	85	11	64	63	0	2	34	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290