genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  208  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67508873--67508947	29	2.6	29	72	6	71	28	30	14	26	1.95
67511020--67511561	47	11.4	47	82	12	619	29	29	8	33	1.86
67511182--67511561	46	8.2	47	89	8	559	30	29	7	33	1.85
67532989--67533112	39	3.2	39	95	0	212	30	25	16	27	1.97
67532947--67533112	78	2.1	78	82	0	206	30	25	18	25	1.98
67535450--67535598	43	3.5	43	71	14	146	26	18	28	26	1.98
67542505--67542540	18	2.1	18	94	5	65	27	16	11	44	1.82
67545804--67546239	27	16.2	27	81	6	422	31	20	6	41	1.78
67545804--67546239	54	8.1	54	83	4	522	31	20	6	41	1.78
67545804--67546239	81	5.4	81	84	2	554	31	20	6	41	1.78
67546472--67546570	28	3.6	29	89	9	138	19	23	23	34	1.97
67546707--67546780	31	2.4	31	86	0	94	21	17	12	48	1.79
67546707--67546825	6	19.3	6	66	17	57	21	18	11	48	1.79
67546738--67546804	25	2.7	25	92	0	98	22	20	8	47	1.78
67548756--67548940	40	4.7	40	85	4	232	24	21	28	26	1.99
67548756--67548973	119	1.8	119	81	7	273	25	20	27	26	1.99
67554001--67554133	45	3.0	44	85	3	167	22	15	27	35	1.94
67559724--67559784	18	3.4	18	100	0	122	52	4	19	22	1.65
67562941--67562986	20	2.3	20	78	14	51	26	8	17	47	1.76
67568591--67568720	50	2.6	50	82	8	158	23	23	26	26	2.00
67569452--67569520	30	2.3	30	97	0	129	17	23	39	20	1.92
67569911--67569950	21	2.0	20	85	14	55	15	30	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67575133--67575206	22	3.3	22	64	17	62	28	10	31	29	1.91
67575117--67575518	47	8.6	47	92	2	664	32	8	29	29	1.86
67577783--67578130	40	8.7	40	92	0	545	24	22	28	25	1.99
67578307--67578357	25	2.0	25	88	0	75	29	7	33	29	1.85
67580268--67580308	20	2.0	20	100	0	82	24	14	29	31	1.95
67581611--67582024	47	8.6	47	89	6	639	32	7	29	29	1.86
67581689--67581715	12	2.2	12	100	0	54	18	14	40	25	1.89
67581708--67581786	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
67593685--67593759	38	2.0	38	94	0	132	30	5	21	42	1.75
67597556--67597725	48	3.6	48	84	9	183	27	17	31	24	1.97
67597504--67597824	46	6.8	48	75	12	195	26	17	30	25	1.97
67598681--67598720	21	2.0	20	85	14	55	12	32	25	30	1.92
67606005--67606154	40	3.8	40	89	1	221	23	21	28	26	1.99
67613944--67614161	40	5.5	40	88	2	307	23	22	27	26	2.00
67615673--67615737	33	2.0	33	85	11	89	16	24	27	30	1.97
67639789--67639835	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
67650007--67650117	29	3.8	29	82	10	136	31	28	12	27	1.93
67650171--67650212	18	2.4	17	84	15	50	16	45	26	11	1.82
67650306--67650373	16	4.2	16	84	5	84	8	16	23	51	1.72
67650307--67650365	24	2.5	24	86	8	77	6	16	22	54	1.66
67650307--67650368	8	7.9	8	79	15	58	6	17	24	51	1.69
67650331--67650373	8	5.4	8	85	0	50	6	18	25	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67651937--67652102	43	3.9	43	76	4	158	33	25	14	26	1.94
67743280--67743764	46	10.4	47	90	3	748	32	8	29	29	1.87
67743280--67743764	232	2.1	233	91	2	778	32	8	29	29	1.87
67743882--67743960	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
67757516--67757567	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
67757499--67757637	70	2.0	67	82	6	163	20	27	21	30	1.98
67760195--67760230	8	4.2	8	92	7	54	30	22	36	11	1.89
67762735--67762792	27	2.1	27	87	0	80	39	20	18	20	1.92
67765762--67765791	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
67767037--67767099	28	2.3	27	83	2	72	44	14	17	23	1.85
67767695--67767735	16	2.7	15	84	3	55	39	0	9	51	1.35
67770354--67770427	22	3.3	22	65	10	60	29	9	29	31	1.89
67770342--67770432	45	2.0	45	95	0	164	31	7	28	31	1.85
67774615--67774676	26	2.3	26	83	2	70	37	27	9	25	1.87
67774780--67774866	27	3.3	26	82	4	102	19	20	20	39	1.93
67779555--67779590	17	2.1	18	89	5	56	16	8	16	58	1.61
67783513--67783699	93	2.0	93	98	0	365	39	22	8	30	1.83
67791736--67791944	46	4.5	46	75	12	173	23	26	17	32	1.97
67799212--67799338	46	2.8	44	81	9	141	24	27	18	29	1.98
67799212--67799433	94	2.4	91	82	8	245	23	28	18	29	1.97
67812764--67812948	40	4.7	40	80	6	207	24	27	22	25	2.00
67812764--67812948	79	2.3	81	84	7	236	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67816252--67816364	27	4.1	27	78	4	93	37	19	11	31	1.87
67816340--67816400	27	2.3	27	88	0	86	40	24	4	29	1.76
67816394--67816586	27	7.3	27	82	3	205	36	17	19	26	1.94
67816404--67816586	54	3.4	54	84	3	237	35	18	20	25	1.95
67816790--67816859	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
67816790--67816872	25	3.4	25	82	11	84	30	21	22	25	1.99
67821038--67821134	26	3.8	26	93	2	153	25	24	22	26	2.00
67821354--67821437	31	2.7	31	88	1	125	32	15	25	27	1.95
67823496--67823520	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
67823519--67823544	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
67835408--67835457	26	1.9	26	87	0	73	20	16	24	40	1.91
67836394--67836425	17	1.9	17	93	6	57	46	12	21	18	1.82
67840983--67841089	52	2.1	52	96	0	196	26	18	31	23	1.97
67843164--67843262	26	3.8	26	82	1	99	16	18	23	42	1.89
67845149--67845185	19	1.9	19	100	0	74	32	18	5	43	1.73
67852007--67852267	47	5.5	47	94	3	452	32	8	28	30	1.87
67852005--67852267	96	2.8	95	93	4	458	32	9	28	30	1.88
67853864--67854065	40	5.1	40	79	9	202	25	22	27	24	2.00
67873934--67874013	29	2.7	30	86	3	108	28	32	15	23	1.95
67882244--67882322	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
67889694--67889731	19	2.0	19	100	0	76	10	36	26	26	1.89
67889695--67889739	19	2.4	19	92	0	72	11	35	24	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67891450--67891707	48	5.3	50	79	9	259	27	29	17	25	1.97
67891450--67891707	95	2.7	96	83	3	315	27	29	17	25	1.97
67892362--67892404	19	2.2	19	83	4	50	44	25	0	30	1.55
67894620--67894804	48	3.9	48	87	3	248	26	30	18	24	1.98
67903116--67903140	12	2.1	12	100	0	50	8	28	40	24	1.83
67905743--67905785	11	4.0	11	79	14	54	16	0	23	60	1.35
67910600--67910767	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
67910623--67910767	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
67915472--67915558	27	3.2	27	85	0	120	40	18	16	25	1.90
67915468--67915582	54	2.1	53	82	4	140	39	15	19	26	1.91
67915579--67915638	27	2.3	26	88	2	84	26	20	18	35	1.95
67915959--67916014	8	7.0	8	79	0	67	28	28	37	5	1.79
67915959--67916013	16	3.4	16	97	0	101	29	27	38	5	1.79
67922724--67922826	27	3.8	27	79	5	100	39	17	17	25	1.91
67927314--67927488	46	3.8	46	76	8	176	28	28	21	21	1.99
67927322--67927491	93	1.8	93	88	5	263	28	27	21	22	1.99
67932448--67932605	43	3.7	43	75	14	132	25	22	25	26	2.00
67932448--67932605	85	1.9	85	82	5	203	25	22	25	26	2.00
67935157--67935181	13	1.9	13	100	0	50	40	0	32	28	1.57
67936197--67936352	43	3.7	43	76	14	155	25	17	29	26	1.98
67938886--67938914	12	2.4	12	100	0	58	72	6	0	20	1.07
67941239--67941263	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67941846--67941987	39	3.6	39	92	0	221	23	21	26	28	1.99
67941824--67941987	39	4.2	39	89	1	213	24	21	26	27	2.00
67945576--67946180	47	12.7	47	93	5	1031	31	8	29	30	1.87
67946298--67946376	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67948226--67948328	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
67948310--67948383	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
67948694--67948929	40	5.9	40	80	4	201	25	22	27	25	2.00
67948694--67948914	80	2.8	80	81	4	232	24	23	27	24	2.00
67952331--67952874	47	11.7	47	98	1	1028	31	8	30	29	1.87
67952992--67953069	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290