genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66731891--66731982	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
66731872--66732035	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
66746315--66746363	18	2.6	19	78	15	57	36	16	16	30	1.91
66746743--66746813	29	2.4	29	92	0	115	32	25	11	30	1.91
66750472--66750567	29	3.3	29	85	1	131	23	13	32	30	1.93
66758438--66758503	25	2.6	25	92	0	105	28	25	19	25	1.99
66758438--66758520	25	3.4	25	88	1	96	31	21	20	26	1.98
66758754--66758818	31	2.1	32	88	5	98	29	15	26	29	1.96
66766227--66766274	20	2.3	21	89	3	71	35	10	16	37	1.83
66766321--66766416	25	3.9	25	91	1	158	27	26	20	26	1.99
66766321--66766429	25	4.4	24	86	6	130	29	23	21	25	1.99
66766333--66766441	50	2.2	50	81	6	123	26	25	22	25	2.00
66766662--66766726	31	2.1	32	88	5	98	30	15	24	29	1.96
66771458--66771510	7	7.6	7	95	0	97	41	43	1	13	1.54
66789459--66789598	29	4.9	28	76	11	117	26	32	12	28	1.93
66794052--66794192	29	4.9	29	81	4	153	25	32	14	26	1.95
66794052--66794200	57	2.6	58	80	4	169	26	32	14	27	1.94
66794274--66794309	9	4.0	9	85	0	54	19	36	13	30	1.91
66794274--66794319	18	2.6	18	85	0	56	19	34	15	30	1.93
66804112--66804335	40	5.6	40	81	5	236	24	20	26	28	1.99
66804112--66804335	83	2.8	80	81	8	240	24	20	26	28	1.99
66805093--66805125	11	2.8	12	86	13	50	54	0	6	39	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66812163--66812341	39	4.6	40	87	8	244	25	22	26	25	2.00
66812163--66812341	77	2.3	79	86	8	242	25	22	26	25	2.00
66813992--66814159	46	3.6	46	77	10	189	23	19	26	30	1.98
66817203--66817328	28	4.4	28	71	15	89	25	32	13	28	1.94
66817426--66817461	18	2.0	18	88	0	54	19	36	13	30	1.91
66836111--66836280	42	4.3	39	78	9	177	25	21	25	27	1.99
66846638--66846996	40	9.1	40	90	2	510	25	22	27	25	2.00
66849541--66849725	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
66849542--66849725	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
66849594--66849758	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
66851781--66852140	40	9.1	40	89	2	501	25	22	27	24	2.00
66851781--66852140	159	2.3	160	87	2	519	25	22	27	24	2.00
66854682--66854866	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
66854683--66854866	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
66854735--66854899	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
66856911--66857269	40	9.1	40	89	2	510	25	22	27	24	2.00
66860700--66860778	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
66860895--66861319	47	9.1	47	93	1	674	28	29	9	32	1.88
66860946--66861319	140	2.7	141	95	1	689	30	28	8	32	1.87
66860895--66861319	187	2.3	187	91	0	672	28	29	9	32	1.88
66864250--66864434	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
66864251--66864434	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66864303--66864467	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
66873552--66873627	27	2.9	27	86	2	91	25	21	19	34	1.96
66877078--66877316	50	4.9	50	77	8	224	27	18	30	23	1.98
66877092--66877311	95	2.3	97	85	3	284	27	19	29	23	1.98
66886707--66886829	38	3.2	38	86	2	176	28	24	24	22	2.00
66889306--66889370	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
66897460--66897484	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
66899524--66899748	40	5.7	40	80	8	226	24	28	21	25	1.99
66899524--66899748	80	2.8	80	82	6	251	24	28	21	25	1.99
66899680--66899757	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
66908958--66909064	42	2.5	44	78	6	112	27	18	22	31	1.97
66913767--66913893	42	3.0	41	78	12	121	24	17	25	33	1.96
66920136--66920514	47	8.1	47	94	0	598	32	9	30	28	1.88
66922561--66922632	29	2.5	29	88	4	101	26	15	31	26	1.95
66922946--66923141	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
66922946--66923142	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
66923304--66923355	25	2.1	25	82	7	61	32	7	28	30	1.85
66923903--66924293	47	8.0	47	86	9	512	31	8	29	29	1.87
66923950--66924071	64	1.9	64	100	0	244	31	9	29	29	1.89
66923899--66924116	111	2.0	111	99	0	427	31	9	29	30	1.88
66924014--66924344	47	7.0	47	93	0	527	32	9	30	28	1.88
66926057--66926127	35	2.0	35	94	0	124	18	12	28	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66928538--66928580	20	2.2	19	83	4	50	37	6	20	34	1.80
66929529--66929641	44	2.6	43	81	10	124	23	17	28	30	1.97
66936460--66936492	17	2.0	16	94	5	57	6	30	0	63	1.18
66937580--66937663	27	3.2	27	86	6	111	17	23	21	36	1.94
66937578--66937663	26	3.3	26	85	8	120	17	23	22	37	1.94
66943140--66943169	15	2.0	15	93	0	51	13	23	16	46	1.82
66945860--66946000	67	2.0	67	83	5	174	33	21	26	19	1.97
66946866--66946993	40	3.2	40	87	4	181	22	21	25	29	1.99
66946866--66947023	80	2.0	80	80	7	178	24	20	24	30	1.99
66956747--66956799	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
66956756--66956854	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
66956756--66956862	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
66956851--66956929	38	2.1	38	82	0	95	22	32	8	35	1.85
66956886--66957020	27	5.0	27	82	3	164	28	21	8	40	1.83
66956886--66957044	54	2.9	54	81	1	167	30	20	9	40	1.84
66956916--66957218	27	11.1	27	77	8	123	37	20	8	33	1.83
66956930--66957099	54	3.1	54	80	3	146	35	18	9	36	1.83
66956970--66957164	81	2.4	81	78	1	185	37	21	9	31	1.85
66956997--66957136	54	2.6	54	85	4	192	40	22	8	29	1.83
66956997--66957164	54	3.1	53	76	13	155	39	22	8	29	1.84
66957277--66957344	27	2.5	27	90	4	102	33	20	25	20	1.97
66958594--66958632	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66958683--66958834	24	6.4	23	87	4	205	30	22	21	25	1.98
66958683--66958834	47	3.2	47	85	3	207	30	22	21	25	1.98
66958683--66958834	71	2.1	71	91	1	241	30	22	21	25	1.98
66959042--66959105	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
66972841--66972963	44	2.8	44	77	7	117	34	27	13	24	1.93
66973823--66973868	20	2.3	19	82	10	56	26	8	4	60	1.44
66974068--66974092	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
66977897--66977969	23	3.1	23	70	18	69	38	17	19	24	1.93
66980538--66980582	16	2.9	16	83	9	58	15	4	2	77	1.02
66983101--66983141	21	2.0	21	85	0	55	39	4	24	31	1.76
66992500--66992623	22	5.4	22	67	21	74	27	30	8	33	1.87
66992456--66992658	47	4.3	47	88	3	277	28	29	8	33	1.87
66996421--66996450	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
66999045--66999252	31	6.7	31	91	0	337	30	24	15	29	1.96
66999276--66999367	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
66999491--66999585	25	3.8	24	82	8	93	26	23	24	26	2.00
67000395--67000459	27	2.4	27	82	5	78	23	23	16	36	1.94
67000516--67000645	27	4.7	27	77	11	102	30	6	19	43	1.75
67000575--67000725	27	5.6	27	87	0	194	29	7	21	42	1.79
67000492--67000758	54	4.9	54	76	4	187	30	10	19	39	1.85
67000599--67000758	81	2.0	81	84	7	209	30	11	20	38	1.87
67000746--67000840	27	3.6	26	83	7	102	42	5	18	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67000761--67000848	27	3.3	27	85	6	108	42	4	22	30	1.74
67005978--67006068	45	2.0	45	93	0	155	45	18	4	31	1.69
67007217--67007246	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
67012197--67012270	29	2.6	29	80	0	85	27	29	14	28	1.95
67012475--67012526	24	2.2	24	85	0	68	11	15	15	57	1.65
67015732--67015766	14	2.5	14	85	0	52	48	0	2	48	1.16
67017974--67018003	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
67021862--67021966	23	4.5	23	74	2	75	42	18	19	20	1.89
67026054--67026316	47	5.6	44	75	10	179	31	18	27	23	1.97
67026054--67026316	140	1.9	141	82	8	340	31	18	27	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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