genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84926573--84926605	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
84928196--84928673	3	160.0	3	68	14	132	59	2	9	28	1.41
84928229--84928307	23	3.3	23	76	13	72	59	1	8	30	1.36
84928458--84928514	11	5.6	10	76	15	55	59	0	3	36	1.14
84928450--84928511	8	8.0	8	75	18	60	58	0	3	38	1.15
84928565--84928668	17	5.8	17	73	17	59	58	1	8	30	1.39
84937542--84937591	24	2.1	24	100	0	100	38	18	12	32	1.87
84938450--84938483	11	3.3	11	84	16	54	73	0	0	26	0.83
84938451--84938490	9	4.3	9	87	12	55	70	0	0	30	0.88
84942875--84942932	16	3.7	16	75	13	57	15	3	13	67	1.36
84942856--84942887	16	2.0	16	93	0	55	15	0	21	62	1.32
84945019--84945121	46	2.2	46	89	0	152	16	14	16	52	1.75
84947623--84947722	30	3.3	30	67	25	91	19	17	23	41	1.90
84947605--84947725	62	2.0	62	100	0	242	17	18	23	41	1.90
84957219--84957326	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
84960457--84960509	25	2.1	25	83	13	65	58	3	1	35	1.27
84960456--84960509	16	3.1	16	77	17	54	59	3	1	35	1.26
84960836--84960898	25	2.5	24	80	10	65	63	0	7	28	1.22
84964628--84964684	25	2.2	25	82	14	71	33	1	8	56	1.41
84965090--84965134	23	1.9	23	90	4	72	24	0	13	62	1.31
84965091--84965138	24	2.1	23	84	7	62	25	0	16	58	1.38
84965304--84965621	127	2.5	127	92	0	501	26	17	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84966478--84966525	25	1.9	25	87	8	71	29	4	0	66	1.10
84967124--84967168	21	2.2	20	84	11	56	42	4	0	53	1.21
84967451--84967546	9	10.4	9	72	16	72	66	3	0	30	1.07
84967450--84967534	37	2.2	40	82	16	108	67	2	0	30	1.04
84967475--84967546	28	2.7	26	81	14	83	66	2	0	30	1.06
84967459--84967890	10	45.7	9	65	23	101	59	4	2	33	1.29
84967490--84967574	37	2.3	38	77	18	92	64	4	0	30	1.14
84967543--84967605	31	2.0	31	87	6	92	68	3	0	28	1.05
84967625--84967676	21	2.5	21	81	12	54	53	3	3	38	1.37
84967783--84967896	19	5.8	20	73	13	94	58	2	1	36	1.22
84967852--84967901	22	2.3	22	89	3	75	58	0	0	42	0.98
84968453--84968517	25	2.5	25	77	5	67	40	1	3	55	1.25
84968483--84968514	17	2.0	17	88	11	50	34	0	0	65	0.93
84969983--84970034	3	17.3	3	100	0	104	65	0	34	0	0.93
84974148--84974200	23	2.3	23	83	0	70	49	0	5	45	1.26
84978444--84978481	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
84978543--84978587	23	2.0	23	82	8	56	28	11	20	40	1.86
84981065--84981100	17	2.2	16	90	5	54	80	13	0	5	0.88
84986547--84986587	19	2.2	19	86	8	57	31	19	7	41	1.79
84993839--84993995	53	3.0	52	80	6	181	43	19	21	15	1.87
84995164--84995459	163	1.8	163	85	2	416	32	17	22	26	1.97
85008781--85008820	21	1.9	21	89	0	62	32	35	5	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85014653--85014678	12	2.2	12	100	0	52	46	19	7	26	1.77
85016111--85016153	17	2.4	19	85	11	56	37	2	0	60	1.10
85016651--85016680	11	2.6	11	94	5	51	90	0	10	0	0.47
85016651--85016678	12	2.3	12	100	0	56	92	0	7	0	0.37
85019384--85019414	15	2.0	16	93	6	55	70	0	3	25	1.02
85019916--85019964	26	2.0	24	84	8	62	36	0	6	57	1.24
85019906--85019967	24	2.6	22	78	16	61	35	0	8	56	1.29
85021089--85021152	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
85021347--85021561	25	8.9	24	83	8	217	26	23	22	27	1.99
85021372--85021560	50	3.9	48	87	4	256	27	23	22	26	1.99
85021367--85021560	23	8.1	23	88	5	235	27	22	22	27	1.99
85021619--85021675	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
85021607--85021677	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
85021612--85021666	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
85021714--85021761	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
85022920--85023003	27	3.1	27	74	6	80	25	23	17	33	1.97
85023062--85023401	27	12.6	27	76	7	197	35	8	17	38	1.81
85023125--85023339	81	2.7	81	86	6	285	31	8	18	41	1.80
85023325--85023455	27	4.9	27	84	0	154	40	6	22	30	1.80
85027949--85028006	23	2.5	23	91	0	89	13	18	15	51	1.76
85028784--85028841	19	3.3	18	72	18	59	51	1	8	37	1.43
85030561--85030593	16	2.0	17	88	5	50	66	3	3	27	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85033294--85033590	159	1.9	158	83	6	386	29	12	11	45	1.77
85033443--85033651	87	2.4	86	76	11	199	33	12	11	42	1.79
85037090--85037142	5	10.8	5	80	11	65	16	1	1	79	0.92
85037088--85037161	15	5.0	15	75	20	68	18	2	1	77	0.97
85037117--85037163	19	2.5	20	82	10	62	19	4	0	76	0.95
85037088--85037156	25	2.8	25	80	14	72	18	2	1	76	0.98
85037117--85037163	9	5.0	9	87	7	58	19	4	0	76	0.95
85037972--85038011	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
85042267--85042308	20	2.0	21	90	4	68	33	4	4	57	1.41
85043878--85043971	46	2.1	45	88	4	136	30	29	19	20	1.97
85049120--85049310	48	4.0	48	92	0	292	30	24	7	37	1.83
85062955--85063027	25	2.9	25	75	4	76	52	4	6	36	1.48
85063233--85063273	21	2.0	21	85	9	57	60	7	2	29	1.36
85063608--85063666	26	2.3	26	80	13	70	61	6	0	32	1.22
85063562--85063759	47	4.2	45	68	15	107	60	4	4	30	1.35
85063793--85063986	3	65.0	3	69	15	91	60	3	5	30	1.35
85063555--85063819	140	1.9	139	86	6	374	60	5	3	31	1.36
85064535--85064568	16	2.1	16	94	0	59	8	5	64	20	1.43
85064548--85064572	13	1.9	13	100	0	50	16	8	60	16	1.58
85064605--85064629	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
85065200--85065359	86	1.8	87	87	2	241	37	21	13	26	1.91
85065284--85065666	73	5.2	72	90	5	570	33	20	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85065284--85065673	147	2.7	145	87	5	570	34	20	16	29	1.94
85066431--85066537	44	2.5	44	95	1	198	16	23	16	42	1.88
85073987--85074031	22	2.0	22	91	0	72	44	4	22	28	1.72
85078227--85078280	20	2.6	19	83	16	63	55	7	3	33	1.45
85078176--85078278	23	4.8	20	70	20	66	57	7	2	32	1.42
85078347--85078377	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
85078610--85078650	19	2.2	19	86	8	57	58	7	0	34	1.26
85078640--85078677	3	13.0	3	83	5	51	60	0	2	36	1.11
85078543--85078809	143	1.9	139	85	7	362	59	5	3	31	1.38
85078786--85078965	3	59.0	3	71	11	116	61	3	6	28	1.36
85080452--85080519	26	2.7	26	80	14	90	39	23	22	14	1.91
85083277--85083310	12	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
85085188--85085267	31	2.5	33	76	15	96	36	32	0	31	1.58
85088402--85088437	6	6.0	6	100	0	72	33	33	33	0	1.58
85098172--85098210	18	2.2	18	85	0	51	17	30	33	17	1.94
85106604--85106638	18	2.0	17	94	5	61	34	0	22	42	1.54
85110464--85110489	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
85111147--85111222	22	3.6	21	73	18	68	65	2	0	31	1.06
85111131--85111197	28	2.4	28	82	9	84	67	2	0	29	1.06
85111147--85111216	20	3.3	21	77	16	74	65	1	0	32	1.01
85111133--85111197	9	6.8	10	70	19	50	66	3	0	30	1.07
85111131--85111199	29	2.4	29	77	15	74	66	2	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85111251--85111298	22	2.2	21	85	14	62	68	2	4	25	1.18
85111275--85111335	19	3.2	20	76	15	58	59	3	1	36	1.24
85118906--85118965	30	2.0	30	83	0	75	41	15	18	25	1.89
85121800--85121846	21	2.2	21	77	7	51	25	25	29	19	1.98
85122510--85122562	17	3.2	18	76	15	60	71	1	0	26	0.96
85122853--85122896	21	2.0	21	82	4	52	22	38	2	36	1.67
85128280--85128323	23	1.9	23	86	9	63	45	9	0	45	1.35
85131768--85131826	22	2.7	21	78	5	55	16	13	5	64	1.45
85138416--85138473	20	2.8	20	80	10	73	63	6	1	27	1.29
85138894--85139025	29	4.5	29	69	15	83	35	4	3	56	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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