genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19013597--19013644	24	2.0	24	83	0	60	70	0	18	10	1.15
19013623--19013660	16	2.4	17	83	16	55	81	0	18	0	0.69
19013769--19013821	18	2.7	19	77	16	56	75	0	15	9	1.04
19013769--19013818	21	2.3	21	79	3	55	78	0	12	10	0.98
19018393--19018445	26	2.0	26	96	0	97	18	20	22	37	1.94
19018402--19018457	26	2.2	26	93	0	94	23	17	21	37	1.94
19021452--19021495	22	2.0	22	90	0	70	31	18	15	34	1.92
19021449--19021528	24	3.4	24	84	6	101	30	20	13	36	1.91
19022300--19022328	10	2.9	10	100	0	58	27	10	20	41	1.85
19029120--19029187	33	2.1	33	100	0	136	32	5	17	44	1.73
19033593--19033646	26	2.1	27	86	6	76	25	14	22	37	1.93
19033602--19033685	28	3.2	26	81	5	80	30	13	19	36	1.89
19035133--19035240	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
19040730--19040889	32	5.0	32	85	0	221	35	11	8	44	1.72
19040730--19040891	64	2.5	64	90	0	252	35	11	8	44	1.72
19042890--19042941	21	2.5	21	90	0	86	32	38	7	21	1.82
19050694--19050763	34	2.1	34	97	0	131	48	10	14	27	1.75
19052105--19052153	25	2.0	25	100	0	98	24	14	20	40	1.89
19053414--19053453	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
19053436--19053475	20	2.0	20	85	0	53	32	12	12	42	1.80
19053423--19053488	35	1.9	34	90	3	105	31	10	15	42	1.81
19054624--19054671	18	2.7	18	96	0	87	43	4	52	0	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19055118--19055143	6	4.3	6	100	0	52	30	69	0	0	0.89
19059370--19059394	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19059485--19059524	21	2.0	20	85	9	55	47	0	0	52	1.00
19059491--19059537	21	2.3	22	78	14	55	42	0	0	57	0.98
19060300--19060342	20	2.2	20	84	12	54	67	4	0	27	1.10
19061198--19062015	417	2.0	415	82	4	1006	37	19	15	27	1.92
19064308--19064484	45	4.0	45	84	5	222	22	16	28	32	1.96
19064320--19064521	45	4.7	44	77	12	186	23	16	29	29	1.97
19064320--19064484	86	1.9	89	84	10	225	23	16	29	30	1.96
19080966--19081014	19	2.4	21	86	10	66	24	28	16	30	1.96
19083614--19083660	4	11.8	4	100	0	94	0	74	0	25	0.82
19083658--19083686	4	7.2	4	100	0	58	0	51	0	48	1.00
19083605--19083686	12	6.8	12	92	0	92	0	64	0	35	0.94
19083748--19083818	13	5.4	13	68	9	54	36	0	2	60	1.11
19083746--19083829	26	3.2	26	81	9	116	34	1	2	61	1.16
19083731--19083822	26	3.6	25	81	11	114	31	2	2	64	1.18
19085939--19085963	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
19089438--19089475	18	2.1	19	85	5	51	18	18	0	63	1.32
19090870--19091301	99	4.4	98	88	1	596	32	10	19	37	1.87
19090870--19091301	197	2.2	198	86	2	609	32	10	19	37	1.87
19105831--19105870	19	2.1	19	95	0	71	32	10	0	57	1.32
19111143--19111172	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19118886--19118915	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
19120006--19120181	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
19120003--19120174	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
19127080--19127255	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
19127077--19127248	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
19129371--19130224	284	3.0	284	97	0	1591	32	18	9	39	1.83
19134796--19134869	23	3.2	22	75	9	76	41	1	4	52	1.28
19134813--19134881	25	2.8	25	82	8	88	39	0	4	56	1.19
19134853--19134913	14	4.5	13	73	15	52	37	0	1	60	1.07
19134968--19135016	16	3.2	16	72	19	50	36	0	2	61	1.08
19134998--19135036	21	1.9	21	89	5	62	33	0	2	64	1.08
19134998--19135059	24	2.8	20	81	13	61	35	0	4	59	1.19
19135122--19135171	12	3.7	13	76	23	50	48	0	0	52	1.00
19135153--19135211	32	1.9	30	86	6	82	47	5	1	45	1.34
19137650--19138305	132	5.0	131	79	5	570	35	18	18	28	1.94
19140559--19140608	22	2.2	22	79	13	57	0	16	22	62	1.33
19141180--19141916	44	16.8	44	81	5	702	24	30	15	29	1.95
19141804--19142029	113	2.0	113	92	0	380	23	32	15	28	1.95
19141848--19141984	69	2.0	69	83	0	175	21	32	16	29	1.95
19141917--19142253	44	7.9	44	85	7	444	22	33	14	29	1.94
19141760--19142065	157	1.9	157	90	0	486	23	33	14	29	1.94
19141518--19142246	201	3.5	202	84	5	832	23	32	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19141409--19142253	245	3.3	245	83	5	821	23	32	14	29	1.94
19142120--19142186	33	2.0	33	100	0	134	19	32	11	35	1.88
19142076--19142230	77	2.0	77	94	0	274	20	33	15	30	1.93
19143517--19143583	5	13.4	5	79	17	77	1	20	0	77	0.85
19143517--19143591	15	5.0	14	78	18	80	1	20	0	78	0.82
19143517--19143592	21	3.8	20	76	17	70	1	19	0	78	0.81
19151151--19151189	16	2.5	15	83	4	51	61	2	2	33	1.23
19152034--19152101	34	2.0	34	94	0	118	47	8	25	19	1.78
19153058--19153100	14	2.9	15	79	6	52	32	48	2	16	1.58
19153081--19153142	21	3.0	21	78	0	61	43	35	0	20	1.53
19153177--19153214	15	2.6	15	87	4	60	44	36	0	18	1.50
19153280--19153322	17	2.4	18	84	11	61	48	2	0	48	1.14
19153449--19153590	39	3.6	40	74	14	123	30	21	20	27	1.98
19153479--19153578	41	2.5	39	80	13	105	29	20	21	30	1.98
19153627--19153739	36	3.1	36	88	6	147	31	15	20	31	1.94
19153634--19153781	40	3.9	38	81	11	135	29	18	21	31	1.97
19156881--19156974	30	3.1	30	92	0	152	29	23	21	25	1.99
19158862--19158900	18	2.1	19	95	4	71	43	0	2	53	1.14
19158914--19158946	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
19158909--19158980	36	1.9	38	86	5	103	37	1	1	59	1.15
19159064--19159182	62	1.9	62	96	0	220	38	3	3	54	1.34
19159104--19159143	19	2.0	20	85	4	55	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19159754--19159809	20	2.8	20	83	0	85	35	1	0	62	1.06
19160063--19160124	20	3.0	21	81	13	74	58	0	0	41	0.98
19160069--19160122	21	2.6	21	91	5	83	61	0	0	38	0.96
19164462--19164518	24	2.4	24	87	0	87	19	26	17	36	1.94
19164378--19164612	24	9.8	23	67	14	84	19	24	21	35	1.96
19168468--19168524	28	2.0	28	100	0	114	43	7	10	38	1.66
19169735--19169762	9	3.1	9	100	0	56	21	0	25	53	1.46
19171767--19171827	10	6.2	10	75	11	54	65	1	3	29	1.18
19174596--19174667	14	5.1	14	80	9	83	25	34	19	20	1.96
19174625--19174669	15	3.1	15	90	6	74	22	35	20	22	1.96
19174877--19174987	44	2.5	42	78	9	114	34	19	12	33	1.90
19174857--19174956	23	4.5	23	85	8	120	35	21	13	31	1.91
19174860--19175001	45	3.2	41	77	13	131	33	19	12	33	1.90
19175035--19175090	15	3.7	15	83	9	69	23	25	25	26	2.00
19175035--19175099	30	2.2	30	82	0	85	24	24	24	26	2.00
19176812--19176860	25	2.0	25	91	0	80	36	4	34	24	1.75
19180028--19180228	90	2.2	90	82	6	237	29	8	10	50	1.67
19180086--19180287	90	2.3	90	81	6	214	32	6	10	50	1.63
19180870--19180924	27	2.0	27	100	0	110	23	14	29	32	1.94
19186928--19187093	81	2.0	81	89	0	251	32	15	21	30	1.95
19194164--19194211	23	2.1	22	96	3	87	62	0	6	31	1.20
19198996--19199051	26	2.1	27	86	3	78	37	0	1	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19199003--19199082	19	4.3	19	73	6	65	33	0	3	62	1.13
19201141--19201172	12	2.6	13	85	14	50	0	50	3	46	1.17
19206145--19206198	17	3.1	17	76	10	56	53	0	3	42	1.18
19208615--19208664	12	4.2	12	86	0	64	6	40	6	48	1.52
19208606--19208664	18	3.3	18	80	4	66	8	40	5	45	1.56
19217956--19218099	73	2.0	73	94	0	252	31	9	17	42	1.80
19219988--19220079	44	2.1	44	89	0	139	34	25	19	20	1.96
19221574--19221645	33	2.2	33	88	11	105	52	6	0	40	1.28
19227327--19227380	26	2.1	26	85	0	72	29	37	12	20	1.90
19227359--19227501	48	3.0	48	83	8	184	26	28	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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