genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61258700--61258757	19	2.9	19	80	10	55	53	1	1	43	1.21
61258894--61258922	14	2.1	14	93	6	51	72	0	6	20	1.07
61269456--61269533	34	2.3	34	82	2	104	28	21	23	26	1.99
61277225--61277305	34	2.4	34	81	2	101	27	22	22	28	1.99
61278693--61278722	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
61281667--61281888	48	4.6	48	85	0	246	26	17	26	29	1.98
61284176--61284221	17	2.8	16	80	6	56	36	34	6	21	1.80
61284342--61284397	29	1.9	29	96	0	103	37	16	12	33	1.86
61285544--61285674	46	2.8	47	81	9	176	34	19	16	29	1.94
61289023--61289054	16	2.0	16	93	0	55	18	21	25	34	1.96
61292141--61292319	28	6.4	28	88	1	252	33	27	11	27	1.91
61300205--61300382	28	6.4	28	91	1	268	33	28	11	26	1.91
61303915--61303963	25	2.0	25	84	8	64	32	18	18	30	1.95
61305095--61305129	19	1.9	17	88	11	52	34	5	0	60	1.21
61310919--61310943	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
61310921--61311030	45	2.4	45	90	0	175	18	17	21	42	1.89
61311211--61311400	18	10.6	18	76	12	158	33	11	16	39	1.84
61311199--61311493	18	16.1	18	72	10	132	34	11	15	38	1.83
61317825--61317849	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
61317827--61317937	45	2.5	45	87	0	168	19	19	18	41	1.91
61317917--61317941	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
61319523--61319645	28	4.4	28	88	2	167	32	28	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61319522--61319645	55	2.2	57	86	2	180	32	29	12	25	1.93
61320097--61320122	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
61321634--61321819	18	10.4	18	71	13	98	33	12	15	38	1.85
61321627--61321789	71	2.3	71	80	6	168	34	12	15	36	1.86
61321725--61321905	54	3.2	55	74	17	156	35	12	14	37	1.84
61321636--61321918	36	7.7	36	68	14	139	34	12	15	37	1.85
61321688--61321918	18	12.5	18	68	13	78	35	11	14	37	1.83
61323526--61323570	20	2.2	21	96	4	83	33	4	22	40	1.74
61330397--61330479	24	3.5	23	85	9	105	28	21	24	25	1.99
61330466--61330493	14	2.0	14	100	0	56	28	14	28	28	1.95
61330443--61330516	37	2.0	37	100	0	148	29	18	24	27	1.98
61330480--61330550	23	3.1	23	100	0	142	29	21	21	28	1.98
61330421--61330539	60	2.0	61	96	1	222	31	20	23	25	1.98
61330602--61330640	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
61330603--61330647	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
61330684--61330731	25	1.9	25	86	0	69	27	12	25	35	1.92
61333249--61333328	40	2.0	40	100	0	160	37	2	20	40	1.66
61335059--61335112	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
61348399--61348467	36	1.9	36	85	5	95	39	11	24	24	1.89
61351624--61351663	20	2.0	20	100	0	80	35	15	10	40	1.80
61366043--61366098	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
61381315--61381454	34	4.3	33	67	31	88	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61381246--61381459	95	2.3	95	87	4	299	28	17	25	29	1.97
61384339--61384377	19	2.1	19	85	0	51	2	30	0	66	1.05
61384952--61384982	16	2.0	15	93	6	53	51	19	19	9	1.74
61385689--61385794	28	3.7	28	68	19	74	27	18	27	26	1.98
61385777--61385916	34	4.3	32	65	24	80	24	19	27	28	1.98
61385717--61385921	95	2.2	95	91	2	342	25	17	27	29	1.98
61388432--61388491	30	2.0	30	100	0	120	23	6	30	40	1.80
61388828--61388862	17	2.1	17	100	0	70	28	11	14	45	1.79
61390366--61390575	28	7.5	28	93	1	332	28	11	26	33	1.92
61394254--61394407	28	5.5	28	89	3	213	28	12	25	33	1.92
61397023--61397079	30	1.9	30	85	0	78	42	7	19	31	1.78
61404349--61404404	28	2.0	28	100	0	112	46	17	3	32	1.66
61420008--61420187	67	2.8	65	78	9	197	22	30	17	30	1.97
61424707--61424865	85	1.9	85	79	7	180	25	20	25	27	1.99
61428786--61428842	26	2.2	26	83	3	69	36	15	12	35	1.85
61428819--61429123	27	11.3	27	76	5	190	39	20	9	29	1.85
61428809--61429123	54	5.8	54	80	4	280	39	20	9	29	1.85
61428819--61429096	81	3.4	80	75	7	240	40	20	9	29	1.84
61429364--61429484	41	3.0	41	87	0	170	24	23	27	24	2.00
61433661--61433922	45	5.9	45	84	6	308	24	28	22	24	1.99
61439636--61439714	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
61439620--61440092	47	10.1	47	92	2	781	31	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61442116--61442293	42	4.3	42	94	5	317	23	14	33	28	1.93
61442307--61442378	29	2.5	29	88	4	101	26	16	31	25	1.96
61442686--61442942	39	6.5	40	78	7	242	24	21	28	26	1.99
61446481--61446916	49	9.1	49	91	4	694	31	8	30	29	1.87
61446481--61446916	96	4.6	96	92	4	688	31	8	30	29	1.87
61446484--61446916	240	1.8	240	94	0	767	31	8	30	29	1.87
61448917--61448967	23	2.1	24	85	10	68	47	0	3	49	1.20
61448923--61448964	16	2.7	15	85	7	57	50	0	2	47	1.14
61454507--61454590	25	3.3	25	80	8	89	39	25	16	19	1.92
61454522--61454657	25	5.4	25	86	0	155	39	27	13	18	1.89
61454893--61455003	26	4.3	26	90	2	80	27	18	21	31	1.97
61454893--61455003	52	2.1	52	85	3	143	27	18	21	31	1.97
61454909--61455015	26	4.1	26	96	0	178	26	18	18	36	1.94
61454921--61455033	26	4.3	26	87	5	95	27	15	20	36	1.93
61454917--61455042	52	2.4	52	84	4	155	27	15	19	37	1.92
61457902--61458082	40	4.6	40	79	8	183	24	20	28	26	1.99
61457951--61458115	79	2.1	79	79	6	174	26	20	28	25	1.99
61461214--61461404	25	7.6	25	78	0	166	39	26	14	20	1.90
61461214--61461404	50	3.8	50	78	0	184	39	26	14	20	1.90
61461640--61461749	51	2.1	52	81	5	125	29	18	20	31	1.96
61461656--61461761	26	4.1	25	79	6	113	26	16	16	39	1.91
61461656--61461761	52	2.1	51	89	5	160	26	16	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61461664--61461780	52	2.2	52	80	8	123	29	15	17	37	1.91
61462467--61462514	23	2.1	23	92	0	78	18	18	22	39	1.92
61473986--61474043	28	2.1	28	96	3	109	20	13	15	50	1.78
61477450--61477489	13	3.1	13	92	0	71	15	30	37	17	1.90
61484008--61484039	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
61489181--61489207	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
61489974--61490031	30	2.0	29	90	10	91	25	12	22	39	1.89
61500677--61500707	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
61500674--61500713	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
61511830--61512045	55	4.0	54	77	6	231	22	24	16	36	1.94
61513621--61513877	55	4.8	54	78	7	242	36	17	24	21	1.95
61513628--61513828	108	1.8	110	88	4	309	34	18	24	22	1.96
61514067--61514097	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
61516615--61516641	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
61517404--61517464	30	2.1	29	96	3	113	26	16	24	32	1.96
61527194--61527249	22	2.5	23	97	2	105	23	7	25	44	1.78
61530493--61530535	13	3.4	13	84	15	63	20	0	2	76	0.89
61530493--61530535	6	6.8	6	80	19	52	20	0	2	76	0.89
61532473--61532567	32	3.0	32	87	0	127	29	26	9	34	1.88
61532649--61532744	28	3.4	28	77	0	111	22	28	18	30	1.98
61532660--61532771	56	2.0	56	89	0	170	24	30	16	28	1.97
61532670--61532771	28	3.6	28	78	5	116	25	32	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61538758--61538837	32	2.5	32	91	0	124	30	25	10	35	1.88
61538934--61539001	28	2.4	28	90	0	109	25	25	19	30	1.98
61542332--61542444	37	3.0	37	78	16	117	27	28	22	22	1.99
61542322--61542502	38	4.6	39	78	14	171	26	27	22	23	1.99
61550331--61550392	25	2.4	25	81	7	72	61	3	1	33	1.22
61554895--61555016	28	4.4	27	84	10	149	27	11	27	33	1.91
61554895--61555016	54	2.2	57	86	7	171	27	11	27	33	1.91
61562861--61562983	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
61562861--61562983	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
61562886--61562996	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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