genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81921772--81921800	13	2.2	13	100	0	58	6	48	0	44	1.29
81922933--81922991	29	2.0	29	93	0	100	42	8	22	27	1.82
81924488--81924541	16	3.4	16	89	5	83	38	0	27	33	1.57
81924852--81924900	21	2.3	21	86	10	64	63	2	0	34	1.06
81926698--81926842	70	2.1	70	94	0	254	31	18	14	35	1.91
81928996--81929027	16	2.0	16	100	0	64	68	12	6	12	1.37
81934792--81934830	12	3.2	12	85	0	60	48	15	12	23	1.79
81934781--81934842	24	2.6	24	85	10	90	50	14	9	25	1.73
81936736--81936800	28	2.3	29	84	7	80	29	21	4	44	1.72
81940866--81941224	196	1.8	196	87	2	533	36	16	15	31	1.90
81943877--81943927	20	2.4	21	81	15	61	60	7	0	31	1.25
81954086--81954123	20	1.9	20	84	10	51	47	10	13	28	1.76
81955112--81955146	14	2.5	14	90	0	52	65	0	2	31	1.07
81955171--81955206	15	2.3	15	90	9	54	69	0	0	30	0.89
81960025--81960381	178	2.0	178	100	0	714	43	7	17	31	1.77
81969588--81969631	19	2.2	20	80	11	56	52	4	9	34	1.54
81971387--81972237	94	9.1	93	85	1	1004	28	19	19	32	1.96
81971493--81972028	50	11.3	48	64	23	174	28	20	19	31	1.97
81971440--81972237	282	2.8	282	92	1	1260	28	20	19	32	1.97
81972688--81972759	31	2.3	32	83	9	87	38	0	2	58	1.13
81974933--81975195	46	5.7	46	90	0	375	38	15	24	21	1.92
81974884--81975185	138	2.3	130	86	5	390	38	14	24	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81975880--81976132	94	2.7	94	83	2	285	30	22	16	30	1.96
81984796--81984908	3	37.0	3	68	15	54	61	3	4	30	1.33
81984834--81984898	19	3.4	19	76	19	64	56	3	6	33	1.39
81986381--81986435	25	2.2	25	77	6	58	32	1	7	58	1.36
81991106--81991137	12	2.7	12	95	0	55	0	3	3	93	0.40
81991106--81991139	13	2.7	13	90	4	52	0	2	5	91	0.51
81995352--81995428	10	8.6	9	70	12	52	42	0	1	55	1.07
81995354--81995428	19	4.2	18	72	14	66	42	0	1	56	1.08
81995371--81995429	27	2.2	27	81	3	66	45	0	1	52	1.10
81997402--81997435	17	2.1	16	88	5	50	23	0	0	76	0.79
81999364--81999421	26	2.2	26	78	6	64	36	15	8	39	1.78
81999554--81999586	6	5.5	6	96	0	57	15	18	0	66	1.25
81999554--81999594	18	2.3	18	86	0	55	12	21	0	65	1.25
82002834--82002900	32	2.1	32	97	0	125	26	8	25	38	1.85
82010790--82010833	23	1.9	23	100	0	88	27	22	11	38	1.88
82010990--82011053	3	21.3	3	88	6	94	31	3	1	64	1.19
82010991--82011063	15	5.3	14	75	16	55	27	5	2	64	1.29
82014668--82014712	22	2.1	22	84	12	58	55	0	8	35	1.31
82015277--82015341	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
82015303--82015341	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
82018370--82018441	37	1.9	37	85	0	99	34	19	23	22	1.96
82026076--82026100	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82042713--82042791	28	2.8	29	78	16	76	41	0	3	54	1.18
82044037--82044192	79	2.0	79	100	0	312	21	25	7	45	1.78
82049515--82049572	27	2.1	27	84	6	73	48	5	20	25	1.70
82051116--82051224	45	2.4	45	86	6	157	44	20	17	18	1.88
82051202--82051226	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
82051336--82051392	22	2.5	24	72	16	57	29	19	3	47	1.66
82052363--82052401	12	3.2	12	82	10	53	38	10	0	51	1.36
82052962--82052996	17	2.0	18	94	5	63	17	8	0	74	1.06
82052971--82053012	22	1.9	22	90	9	68	19	7	0	73	1.05
82059481--82059511	6	5.2	6	92	0	53	3	48	0	48	1.17
82064503--82064573	28	2.5	28	88	0	97	26	35	14	23	1.93
82064772--82064803	16	2.0	16	93	0	55	6	15	25	53	1.65
82066117--82066416	69	4.3	71	75	4	268	22	20	25	31	1.98
82066117--82066412	140	2.1	140	82	0	340	22	20	25	31	1.98
82068107--82068163	24	2.4	23	82	8	69	36	28	15	19	1.92
82068187--82068231	23	2.0	23	90	0	72	33	24	8	33	1.86
82068192--82068649	94	5.0	94	93	4	744	40	19	9	31	1.83
82076177--82076215	19	2.1	19	100	0	78	33	5	10	51	1.58
82076268--82076326	24	2.5	24	86	8	77	35	28	15	20	1.93
82076351--82076400	24	2.1	24	88	0	73	34	30	12	24	1.91
82076356--82076731	94	4.0	94	96	0	689	39	19	10	30	1.85
82081366--82081496	47	2.8	47	88	0	181	33	28	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82084110--82084149	19	2.1	19	95	0	71	32	10	0	57	1.32
82086465--82086501	13	2.8	13	91	0	56	29	24	37	8	1.84
82088023--82088054	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
82090613--82090650	18	2.1	18	100	0	76	18	28	26	26	1.98
82098150--82098188	12	3.3	12	85	3	53	82	0	10	7	0.86
82099808--82099988	35	5.2	35	77	1	157	20	11	29	37	1.88
82100947--82101017	37	1.9	37	91	0	115	25	33	19	21	1.97
82101158--82101539	48	8.0	48	87	2	538	30	25	6	37	1.81
82106082--82106113	9	3.7	9	95	4	57	43	12	31	12	1.80
82107660--82107768	42	2.5	42	86	5	139	32	26	15	25	1.96
82107660--82107777	43	2.8	43	84	5	141	32	25	15	27	1.95
82116292--82116348	27	2.1	27	90	0	87	40	7	28	24	1.81
82117045--82117110	34	2.0	33	84	3	87	25	7	21	45	1.78
82122102--82122207	40	2.7	40	79	8	117	24	16	25	33	1.95
82128164--82128218	25	2.2	26	93	3	94	52	9	3	34	1.50
82132097--82132167	32	2.2	32	84	0	88	18	33	29	18	1.95
82132170--82132227	24	2.4	24	97	0	107	29	32	20	17	1.95
82140128--82140174	23	2.0	23	83	0	58	53	2	2	42	1.25
82140663--82140704	22	1.9	22	90	0	66	61	7	7	23	1.47
82146252--82146300	19	2.5	19	78	15	55	30	8	4	57	1.47
82148448--82148811	131	2.8	129	78	4	343	33	18	19	28	1.95
82150750--82150827	39	2.0	39	100	0	156	38	12	15	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82157937--82157961	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
82158229--82158267	10	3.8	10	83	6	51	41	0	0	58	0.98
82158453--82158477	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
82160812--82160859	26	1.9	24	87	8	69	64	6	0	29	1.18
82160830--82160888	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
82162696--82162744	18	2.6	19	81	15	57	6	20	2	71	1.18
82164784--82164827	14	2.7	18	70	26	51	15	11	9	63	1.51
82166646--82166676	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
82167154--82167289	51	2.7	51	77	0	146	41	5	12	41	1.65
82168974--82169263	96	3.0	96	91	1	447	35	17	33	12	1.88
82170170--82170305	51	2.7	51	76	0	146	40	5	12	41	1.67
82171745--82171821	40	1.9	40	81	5	93	33	32	18	15	1.92
82172623--82172681	29	2.0	29	90	0	91	35	25	15	23	1.94
82174178--82174213	19	1.9	18	88	5	54	55	8	5	30	1.52
82174390--82174434	18	2.5	18	79	13	56	60	2	6	31	1.35
82174427--82174479	19	2.9	18	78	10	54	58	9	1	30	1.40
82174428--82174480	17	3.0	17	76	15	54	56	11	1	30	1.45
82174501--82174550	21	2.4	21	79	0	64	64	2	4	30	1.23
82174616--82174679	23	2.7	22	79	11	56	60	6	4	28	1.41
82174780--82174814	12	2.9	12	91	8	54	62	0	0	37	0.95
82175532--82175561	12	2.5	12	100	0	60	30	0	0	70	0.88
82175539--82175578	21	1.9	22	90	10	66	32	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82179494--82179564	16	4.4	16	85	0	88	30	26	4	38	1.76
82179494--82179564	32	2.2	32	89	0	106	30	26	4	38	1.76
82180850--82180904	16	3.4	16	90	5	85	36	7	27	29	1.84
82180886--82180979	44	2.1	44	86	4	125	34	6	25	34	1.81
82183984--82184288	153	2.0	153	96	0	565	28	26	17	27	1.98
82186066--82186091	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
82192048--82192286	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
82199199--82199478	41	6.8	41	90	5	381	27	20	24	28	1.99
82202524--82202628	40	2.7	40	92	1	176	45	5	38	10	1.62
82226785--82226829	20	2.2	20	88	0	63	24	8	11	55	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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