genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19229201--19229233	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
19230901--19230934	11	3.2	10	88	12	50	29	0	0	70	0.87
19232553--19232690	40	3.5	40	81	0	159	33	11	18	36	1.87
19232679--19232884	79	2.7	78	89	2	308	32	15	22	30	1.94
19235628--19235713	25	3.4	25	88	0	127	20	27	15	36	1.93
19243336--19243392	29	1.9	29	85	3	78	42	10	10	36	1.74
19248251--19248360	49	2.2	49	87	6	152	22	29	14	33	1.94
19248533--19248646	49	2.3	49	80	3	131	27	24	14	34	1.94
19249337--19249378	20	2.0	22	90	9	70	40	16	0	42	1.48
19250022--19250068	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
19251022--19251065	15	3.0	15	86	3	63	31	9	0	59	1.29
19251019--19251080	29	2.1	30	82	8	74	29	9	0	61	1.28
19252448--19252499	20	2.6	19	79	14	52	36	0	0	63	0.95
19252549--19252608	24	2.5	24	71	12	61	43	0	1	55	1.10
19252625--19252668	15	2.8	17	80	16	58	56	4	0	38	1.20
19256790--19257556	81	9.5	80	84	5	382	35	15	23	25	1.94
19256784--19257556	162	4.8	160	85	3	858	35	15	23	25	1.94
19256952--19257556	243	2.5	243	89	2	914	35	15	23	25	1.94
19274377--19274401	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
19274673--19274715	18	2.3	19	80	4	52	27	0	0	72	0.85
19274675--19274717	19	2.3	19	84	8	52	27	0	0	72	0.85
19274606--19274867	138	1.9	136	81	7	316	28	9	5	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19294645--19294784	52	2.7	50	76	11	140	28	15	23	32	1.95
19295606--19295658	20	2.7	20	90	0	88	20	33	30	15	1.93
19296874--19296900	13	2.1	13	100	0	54	14	7	7	70	1.32
19298252--19298460	39	5.2	39	80	7	179	59	6	8	25	1.51
19298226--19298437	39	5.1	42	81	7	174	59	6	8	25	1.50
19300194--19300260	21	3.0	22	89	6	75	31	19	5	43	1.75
19300207--19300260	21	2.6	21	96	0	99	33	22	3	40	1.71
19302069--19302118	25	2.0	25	84	7	66	44	6	26	24	1.76
19302306--19302351	24	1.9	24	82	8	58	43	4	30	21	1.72
19302050--19302526	236	2.0	237	96	0	884	35	18	17	28	1.94
19303326--19303384	30	2.0	30	100	0	118	35	23	13	27	1.92
19305397--19305421	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19311093--19311149	21	2.7	22	72	8	64	59	5	1	33	1.30
19311406--19311466	28	2.1	29	87	3	88	32	1	8	57	1.38
19313296--19313348	26	2.0	26	100	0	106	43	15	18	22	1.87
19314745--19314789	22	2.0	22	82	0	54	35	11	17	35	1.86
19320762--19320797	14	2.5	14	90	4	54	0	22	13	63	1.29
19321325--19321835	44	11.1	44	67	15	156	29	18	17	33	1.94
19321289--19321789	94	5.3	94	78	3	436	30	18	17	33	1.94
19321631--19321929	138	2.2	138	80	7	340	29	19	17	33	1.95
19321539--19322110	232	2.5	232	80	4	609	28	20	18	33	1.96
19321771--19321981	94	2.2	94	83	1	271	26	20	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19321631--19322067	44	9.5	44	65	16	154	28	20	17	33	1.95
19322527--19322574	24	2.0	24	100	0	96	33	8	8	50	1.63
19324698--19324842	53	2.7	53	79	6	132	22	24	17	35	1.95
19331086--19331144	27	2.2	27	96	0	109	16	20	33	28	1.95
19331622--19331655	14	2.5	14	90	4	52	20	2	0	76	0.92
19341423--19341480	30	1.9	30	83	13	75	24	29	25	20	1.99
19347181--19347327	43	3.4	42	80	5	161	29	16	24	29	1.96
19350848--19350913	30	2.2	30	86	0	87	24	10	31	33	1.89
19351919--19351958	17	2.2	19	86	8	57	52	2	2	42	1.28
19360432--19360468	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
19362256--19362287	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
19364338--19364391	23	2.3	24	78	9	58	53	3	0	42	1.18
19367727--19367936	96	2.2	97	81	8	248	40	1	17	40	1.61
19368021--19368559	126	4.3	126	92	0	873	33	18	21	26	1.96
19371576--19372187	116	5.3	116	93	1	1023	47	8	3	40	1.52
19374397--19374459	20	3.0	22	83	6	67	42	0	28	28	1.56
19374410--19374460	20	2.5	20	90	6	75	41	0	29	29	1.57
19374410--19374473	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
19382328--19382360	16	2.1	16	94	0	57	27	24	30	18	1.98
19384300--19384336	8	4.9	8	90	9	60	18	0	0	81	0.70
19386675--19386746	28	2.6	28	80	4	83	16	16	20	45	1.85
19386683--19386763	28	2.9	28	80	7	67	19	19	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19391588--19391628	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
19393502--19393559	24	2.3	25	77	20	66	41	3	31	24	1.71
19395750--19395819	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
19395750--19395847	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
19402963--19403032	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
19402963--19403060	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
19404995--19405243	41	6.1	40	82	8	263	36	23	21	19	1.95
19405025--19405243	82	2.7	80	90	4	325	35	23	21	19	1.96
19405505--19405541	15	2.5	15	86	4	58	18	5	32	43	1.73
19410085--19410167	6	13.5	6	71	9	60	22	3	2	71	1.14
19410436--19410534	42	2.3	43	91	1	155	20	21	31	27	1.98
19410436--19410554	42	2.8	42	87	1	139	23	21	27	26	1.99
19412566--19412594	15	2.0	15	93	6	51	75	0	3	20	0.94
19418611--19418742	40	3.3	40	86	0	183	23	26	17	32	1.97
19418667--19418733	20	3.3	20	68	14	57	20	34	14	29	1.93
19419417--19419451	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
19432578--19432631	22	2.5	23	88	8	78	16	0	31	51	1.45
19432602--19432640	15	2.6	16	84	12	55	12	0	33	53	1.39
19432736--19432804	19	3.8	19	83	14	92	30	1	23	44	1.62
19437097--19437131	18	1.9	18	88	11	54	37	8	25	28	1.85
19441062--19441094	7	4.7	7	92	0	57	57	12	0	30	1.35
19442023--19442194	48	3.6	48	85	6	249	50	5	9	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19442021--19442194	96	1.8	96	98	0	339	50	5	9	35	1.57
19442328--19442391	11	5.9	11	74	3	58	40	1	17	40	1.59
19446306--19446408	24	4.2	24	82	13	97	24	22	17	35	1.95
19446306--19446395	24	3.7	24	85	10	103	25	21	17	35	1.95
19446389--19446434	23	1.9	25	86	8	69	28	19	17	34	1.94
19460823--19460863	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19464246--19464279	16	2.1	17	88	5	52	50	0	5	44	1.26
19464780--19464823	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
19464858--19464882	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19465349--19465452	20	5.2	20	73	0	82	40	16	5	37	1.72
19465346--19465452	40	2.7	40	85	2	135	41	15	5	37	1.71
19465519--19465716	20	9.9	20	72	4	132	41	16	5	36	1.70
19465519--19465680	40	4.1	39	77	12	170	41	16	4	36	1.70
19465545--19465714	80	2.1	79	79	5	180	42	16	5	35	1.71
19466160--19466215	24	2.2	25	78	6	60	50	7	21	21	1.72
19467536--19467631	48	2.0	48	89	4	149	33	30	13	22	1.93
19468201--19468256	24	2.2	26	78	15	64	53	5	19	21	1.65
19470242--19470280	20	1.9	21	89	5	62	43	7	17	30	1.77
19470306--19470392	39	2.2	40	84	10	108	42	14	6	35	1.73
19470321--19470453	20	6.7	20	73	3	92	39	15	5	39	1.69
19470596--19470634	20	2.0	20	89	0	60	38	15	2	43	1.60
19470717--19470801	40	2.1	41	84	4	109	36	14	3	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19470745--19470802	20	3.0	18	75	10	53	39	13	1	44	1.54
19471613--19471642	15	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
19482071--19482095	10	2.5	10	100	0	50	36	44	12	8	1.71
19485023--19485226	91	2.3	89	82	5	225	33	14	22	29	1.94
19485481--19485599	61	2.0	61	96	0	220	21	10	17	50	1.75
19494024--19494063	22	1.9	20	85	10	53	50	10	2	37	1.50
19496288--19496355	29	2.3	29	80	14	77	33	5	14	45	1.69
19512714--19512746	17	1.9	17	100	0	66	21	18	6	54	1.64
19518898--19518936	14	2.6	14	84	8	51	76	5	5	12	1.11
19525645--19525817	40	4.3	40	78	0	148	46	24	13	15	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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