genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81116465--81116504	21	1.9	21	85	10	55	30	5	0	65	1.14
81116465--81116537	10	7.2	10	72	18	53	32	6	0	60	1.23
81116555--81116590	7	5.0	7	86	6	54	30	2	0	66	1.06
81116555--81116595	15	2.8	14	82	10	55	31	2	2	63	1.20
81119157--81119186	12	2.5	12	100	0	60	66	6	10	16	1.41
81120067--81120114	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
81120101--81120144	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
81120140--81120172	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
81121748--81121795	15	3.1	15	83	13	62	77	0	2	20	0.88
81124552--81124584	12	2.8	12	95	0	57	66	3	9	21	1.33
81125466--81125513	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
81125500--81125543	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
81125539--81125571	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
81128071--81128178	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
81129803--81129889	27	3.2	27	83	15	117	18	24	22	34	1.96
81135460--81135491	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
81136484--81136642	27	5.9	27	84	11	202	33	22	25	18	1.96
81136484--81136642	54	3.0	54	91	4	252	33	22	25	18	1.96
81138239--81138346	26	4.2	26	91	0	180	36	24	6	33	1.81
81138785--81138837	27	2.0	27	84	0	70	60	5	7	26	1.46
81139198--81139251	11	4.7	11	77	8	63	57	1	1	38	1.20
81139537--81139615	19	4.2	19	87	9	108	39	10	15	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81139537--81139615	36	2.1	38	88	9	117	39	10	15	35	1.81
81139537--81139632	19	4.9	21	87	8	100	37	10	15	36	1.82
81140649--81140736	44	2.0	44	95	0	158	32	12	21	32	1.91
81142829--81142913	4	21.2	4	95	0	134	45	28	1	24	1.60
81145736--81145814	28	2.9	28	92	5	126	25	11	18	44	1.83
81145725--81145821	27	3.6	27	88	5	133	26	11	17	44	1.83
81149308--81149382	27	2.8	27	85	0	105	28	12	16	44	1.83
81149325--81149403	27	2.9	26	85	7	88	26	12	18	41	1.87
81151284--81151309	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
81155730--81155772	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
81173748--81173835	46	1.9	46	86	2	124	28	15	30	25	1.96
81173749--81173845	45	2.1	46	80	1	106	31	17	27	22	1.97
81173832--81173866	17	2.1	17	100	0	70	54	17	5	22	1.64
81174530--81174861	179	1.9	179	83	3	445	32	21	16	29	1.95
81175624--81175667	13	3.4	13	80	0	52	38	25	0	36	1.56
81175750--81176024	46	6.0	46	88	1	336	21	21	14	42	1.89
81178403--81178438	19	1.9	19	88	5	56	0	22	2	75	0.94
81178668--81178717	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
81178843--81178889	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
81182154--81182239	30	2.9	30	94	0	154	16	51	6	25	1.69
81182750--81182830	15	5.1	15	74	20	58	29	3	1	65	1.17
81182935--81182964	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81183047--81183252	112	1.8	114	85	5	292	31	4	5	58	1.41
81189868--81189909	18	2.3	18	87	0	57	33	14	38	14	1.86
81189877--81189911	18	1.9	18	100	0	70	22	17	42	17	1.88
81191803--81191835	15	2.2	15	100	0	66	15	12	36	36	1.84
81194823--81195788	87	11.2	87	86	3	1121	34	21	23	20	1.97
81194823--81195772	173	5.5	173	86	3	1182	34	21	23	20	1.97
81195138--81195788	43	15.0	43	68	13	325	34	21	23	20	1.96
81195788--81195973	45	4.2	44	74	6	171	40	22	20	16	1.91
81197087--81197149	12	5.2	12	74	14	58	30	4	1	63	1.24
81197381--81197422	16	2.6	17	81	11	52	33	0	7	59	1.25
81202916--81202985	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
81202916--81203013	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
81205185--81205231	24	2.0	24	82	0	58	17	10	10	61	1.55
81227626--81228302	336	2.0	337	95	0	1230	39	17	15	27	1.90
81231267--81231307	15	2.8	15	81	3	57	46	2	7	43	1.44
81241472--81241523	21	2.4	22	78	12	54	46	0	21	32	1.52
81243828--81243976	37	4.1	37	81	4	158	15	14	28	40	1.87
81248203--81248236	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
81249864--81249901	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
81251592--81251639	23	2.0	24	84	15	64	60	4	0	35	1.16
81256591--81256649	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
81256604--81256659	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81256630--81256698	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
81256576--81256717	17	8.6	17	67	21	61	45	1	0	52	1.14
81256945--81257012	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
81257934--81258071	71	1.9	71	100	0	276	40	2	6	50	1.43
81266147--81266194	25	1.9	25	91	8	80	14	14	2	68	1.30
81274629--81274706	30	2.6	30	85	0	102	26	12	20	39	1.89
81283032--81284118	542	2.0	542	98	0	2120	30	20	14	34	1.92
81285669--81285716	17	2.8	16	81	12	51	54	0	6	39	1.26
81285675--81285718	17	2.5	18	85	10	56	56	0	2	40	1.11
81286350--81286384	18	1.9	18	88	0	52	65	5	5	22	1.36
81291119--81291170	23	2.3	22	75	15	52	38	7	11	42	1.70
81291177--81291210	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
81292097--81292139	15	2.8	16	82	10	63	37	0	13	48	1.43
81292097--81292134	5	7.6	5	82	11	51	36	0	15	47	1.46
81292467--81292561	39	2.5	39	81	5	104	22	22	29	26	1.99
81293951--81294173	119	1.9	120	84	6	301	25	26	22	25	2.00
81293930--81294173	40	6.1	40	84	6	291	25	27	22	25	2.00
81296019--81296059	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
81302030--81302054	13	1.9	13	100	0	50	40	28	24	8	1.83
81308051--81308106	29	2.0	28	89	3	85	30	10	8	50	1.68
81312996--81313035	13	3.1	14	83	16	52	25	25	0	50	1.50
81314480--81314513	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81328816--81328945	46	2.8	45	90	4	206	33	16	27	22	1.96
81328947--81329404	132	3.5	131	85	2	562	30	18	24	26	1.98
81329380--81329559	89	2.0	89	81	0	207	32	21	23	22	1.98
81329553--81329924	179	2.1	180	86	2	525	32	17	24	25	1.97
81329575--81329915	45	7.6	45	81	0	351	32	18	22	26	1.97
81330910--81331020	29	3.8	29	68	9	82	26	7	2	63	1.33
81330925--81331041	15	8.1	14	71	17	62	25	8	1	64	1.32
81330925--81331041	58	2.0	58	81	6	139	25	8	1	64	1.32
81330953--81331072	44	2.8	44	79	13	108	26	9	0	63	1.30
81330988--81331033	15	2.9	15	93	6	74	23	8	2	65	1.32
81335636--81335680	12	3.6	12	83	16	56	31	0	2	66	1.04
81336552--81336671	11	10.8	11	74	0	96	57	29	6	6	1.50
81336552--81336664	22	5.2	22	81	1	111	57	29	6	7	1.50
81336552--81336689	33	4.1	33	72	12	111	57	30	5	6	1.48
81336832--81336873	9	4.7	9	87	0	66	9	40	14	35	1.78
81344156--81344207	26	2.0	27	85	11	72	67	1	15	15	1.32
81349730--81349947	47	4.7	46	80	10	232	25	21	30	22	1.98
81349727--81349947	94	2.4	94	84	6	274	25	21	30	22	1.99
81351262--81351437	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
81351259--81351430	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
81354620--81354676	29	2.0	29	100	0	114	52	7	12	28	1.64
81355034--81355058	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81359143--81359171	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
81367017--81367184	43	3.9	43	93	0	273	14	24	32	28	1.94
81367501--81367627	45	2.9	45	82	10	147	25	23	27	23	2.00
81379627--81379679	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
81385289--81385495	6	34.8	6	91	1	220	0	59	0	40	0.97
81385289--81385495	10	20.9	10	83	2	220	0	59	0	40	0.97
81385851--81385890	20	2.0	20	85	0	53	52	2	12	32	1.52
81388274--81388304	4	7.8	4	92	0	53	48	22	0	29	1.51
81388972--81389008	12	3.2	12	88	3	58	32	10	8	48	1.67
81390443--81390508	31	2.1	31	91	0	105	48	19	12	19	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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