genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81391946--81392037	38	2.3	39	81	5	105	35	20	19	23	1.95
81392437--81392462	7	3.7	7	100	0	52	15	0	53	30	1.42
81396919--81396986	19	3.7	19	84	7	104	36	11	11	39	1.79
81397514--81397698	44	4.2	44	75	10	153	28	23	16	31	1.96
81397444--81397792	134	2.6	134	85	1	439	28	22	17	32	1.96
81397889--81398324	176	2.5	176	88	2	635	27	23	16	32	1.96
81398126--81398456	133	2.5	131	85	3	457	28	24	17	29	1.97
81398272--81398588	88	3.6	88	74	13	314	29	22	16	31	1.96
81397933--81398762	309	2.7	305	84	3	1058	29	23	16	31	1.96
81398261--81398631	176	2.1	176	86	4	507	29	22	16	31	1.96
81397847--81398763	44	20.9	44	67	17	281	29	23	15	31	1.96
81398433--81398779	131	2.6	131	83	5	459	30	23	15	30	1.95
81399721--81399771	9	5.9	9	77	9	52	1	11	0	86	0.66
81404439--81404504	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
81404456--81404517	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
81406398--81407268	23	38.0	23	74	10	469	31	6	23	38	1.80
81406542--81407032	183	2.7	183	92	0	795	32	6	23	37	1.80
81406394--81407266	229	3.8	228	87	3	908	32	6	23	38	1.80
81407920--81408046	61	2.1	61	100	0	254	50	6	3	40	1.44
81408155--81408255	43	2.4	43	91	1	168	25	29	18	25	1.98
81408628--81408652	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
81410387--81410419	16	2.0	17	94	5	59	24	12	3	60	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81410550--81410605	21	2.7	20	76	13	51	35	1	1	60	1.17
81410639--81410667	12	2.3	13	94	5	51	6	20	0	72	1.07
81422633--81423186	205	2.7	205	90	1	876	30	17	22	28	1.97
81423149--81423231	43	1.9	44	85	2	114	30	16	27	25	1.97
81424956--81424988	16	2.0	17	94	5	59	24	12	3	60	1.46
81426290--81426333	22	2.0	22	100	0	88	27	22	31	18	1.97
81426741--81427018	139	2.0	139	93	0	475	33	19	16	30	1.94
81427534--81427657	3	39.7	3	74	9	72	62	3	5	28	1.33
81427823--81427975	3	52.3	3	67	12	61	59	1	7	31	1.35
81427828--81427877	17	2.9	17	80	11	50	62	2	8	28	1.35
81427820--81427861	20	2.1	20	86	0	57	61	2	4	30	1.29
81427819--81427858	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
81428051--81428106	13	4.2	13	74	19	53	64	1	7	26	1.29
81431881--81432105	121	1.9	119	80	8	267	48	4	10	36	1.59
81433128--81433235	26	4.2	26	91	0	180	33	7	24	35	1.83
81440180--81440287	26	4.2	26	91	0	171	32	6	23	37	1.80
81447204--81447313	26	4.2	26	77	14	118	35	7	21	35	1.81
81451577--81451627	23	2.3	24	80	16	65	70	1	5	21	1.18
81679789--81679896	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
81683727--81683761	12	2.9	12	86	0	52	17	48	14	20	1.81
81690852--81691023	86	2.0	86	100	0	344	45	4	16	33	1.68
81702588--81703248	326	2.0	326	85	2	873	34	13	17	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81711135--81711348	105	2.0	105	88	0	311	47	12	9	30	1.73
81718044--81718081	20	1.9	20	89	10	60	57	10	7	23	1.58
81718726--81718775	7	7.3	7	76	10	50	28	12	2	58	1.45
81720379--81720503	23	5.3	23	74	14	71	32	18	22	26	1.97
81720351--81720477	23	5.4	23	80	6	116	33	18	22	25	1.97
81720355--81720486	68	1.9	71	83	10	175	32	18	22	25	1.97
81720825--81720859	16	2.3	15	90	5	52	45	20	0	34	1.51
81721843--81721907	25	2.8	24	75	15	64	33	1	6	58	1.32
81727082--81727129	23	2.1	24	84	7	64	47	0	0	52	1.00
81727997--81728052	25	2.2	25	82	14	71	57	0	0	42	0.99
81728567--81728635	21	3.1	21	72	14	59	30	14	1	53	1.50
81728566--81728615	14	3.6	13	78	10	55	34	14	2	50	1.54
81733368--81733423	29	2.0	28	89	3	85	23	10	16	50	1.76
81735687--81735795	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
81735942--81736076	48	2.8	48	95	0	243	29	28	8	34	1.86
81736092--81736214	22	5.3	22	63	30	60	25	30	13	30	1.93
81736046--81736239	47	4.1	47	91	0	298	26	28	11	32	1.91
81736006--81736239	94	2.5	94	86	4	303	26	28	11	33	1.91
81736161--81736240	25	3.3	25	68	16	69	31	28	8	31	1.87
81739836--81739924	17	5.2	17	75	15	94	17	17	26	37	1.93
81739835--81739924	34	2.6	34	83	0	108	17	18	26	36	1.94
81739875--81740013	18	7.9	18	72	11	58	17	19	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81739945--81740013	18	3.8	18	84	0	75	15	18	28	36	1.92
81739929--81740013	36	2.4	35	86	5	116	15	20	27	37	1.92
81742348--81742403	21	2.6	22	94	5	98	28	28	8	33	1.87
81757798--81757856	19	3.1	19	85	11	68	37	0	6	55	1.26
81757798--81757857	20	3.0	20	81	11	63	36	0	6	56	1.26
81761844--81762059	39	5.5	40	80	10	214	26	21	27	25	1.99
81761840--81762024	79	2.3	78	83	5	221	26	21	27	24	1.99
81761840--81762059	79	2.8	79	76	13	220	27	20	26	25	1.99
81775145--81775210	33	1.9	33	84	9	87	40	4	21	33	1.73
81783938--81784132	50	3.9	50	85	2	266	23	27	19	29	1.98
81783941--81784132	100	1.9	100	90	0	303	23	27	19	29	1.98
81790466--81790620	64	2.5	63	89	2	231	40	5	8	45	1.58
81790997--81791123	33	3.9	32	72	6	103	27	13	38	20	1.90
81793017--81793100	37	2.2	38	81	12	93	66	5	3	23	1.30
81793761--81793785	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
81796338--81796399	25	2.5	24	80	15	63	59	1	9	29	1.38
81796344--81796396	26	2.1	25	82	10	63	60	0	9	30	1.28
81796478--81796524	23	2.0	23	83	0	58	55	8	6	29	1.55
81798142--81798742	176	3.4	175	82	2	704	27	24	16	30	1.97
81798686--81798839	45	3.2	45	66	21	114	26	27	16	29	1.97
81798677--81798864	99	1.9	99	90	2	297	27	26	18	28	1.98
81801586--81801738	79	1.9	80	80	6	177	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81801558--81801742	40	4.7	40	79	7	189	28	25	21	24	1.99
81815011--81815072	27	2.2	28	80	8	74	64	1	9	24	1.33
81815154--81815200	23	2.0	23	83	0	58	55	8	6	29	1.55
81823234--81823282	22	2.2	23	82	10	57	61	0	14	24	1.33
81824769--81824813	18	2.5	19	78	10	58	37	6	0	55	1.26
81825001--81825054	21	2.6	21	77	13	58	33	1	5	59	1.31
81829766--81829986	40	5.6	39	84	7	268	21	23	29	24	1.99
81829770--81829986	80	2.7	80	90	2	314	21	24	29	24	1.99
81839256--81839306	16	3.1	16	81	13	50	56	1	0	41	1.10
81840914--81840986	36	2.0	37	91	5	121	24	15	8	52	1.70
81845772--81845936	43	3.8	43	77	9	165	26	16	22	33	1.96
81846519--81846584	33	2.0	33	84	0	87	24	25	21	28	1.99
81864162--81864263	42	2.4	43	78	1	107	22	17	26	33	1.96
81864119--81864266	44	3.5	42	73	8	111	23	18	27	31	1.97
81867310--81867371	30	2.0	31	84	6	81	40	0	11	48	1.39
81867451--81867480	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
81869839--81869907	24	2.8	25	77	16	74	24	0	7	68	1.15
81870490--81870599	26	4.2	26	95	0	175	34	5	24	35	1.79
81872385--81872672	137	2.1	137	95	0	513	25	18	23	31	1.97
81873868--81873914	22	2.1	22	84	0	58	14	31	21	31	1.94
81880292--81880324	13	2.3	15	90	10	52	54	0	3	42	1.15
81880409--81880461	27	2.0	27	85	7	72	39	0	1	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81892880--81892929	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
81892900--81892958	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
81901842--81901870	5	5.8	5	100	0	58	0	20	0	79	0.74
81915634--81915732	24	4.0	24	80	9	103	24	21	18	36	1.95
81915673--81915767	24	3.9	24	78	12	86	28	21	15	34	1.94
81915694--81915765	25	2.9	25	82	10	78	31	20	13	33	1.92
81917449--81917585	39	3.5	39	76	4	139	41	18	7	32	1.78
81918471--81918531	6	10.2	6	84	7	52	18	36	1	44	1.59
81918473--81918531	18	3.3	18	78	0	64	18	35	1	44	1.60
81920507--81920551	22	2.0	22	86	0	63	33	13	8	44	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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