genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59127154--59127709	81	6.9	81	81	4	525	38	22	9	29	1.87
59127688--59127761	27	2.7	27	79	8	87	40	16	12	31	1.85
59129583--59129616	13	2.6	13	95	0	59	11	20	47	20	1.81
59131040--59131156	43	2.8	42	80	5	137	29	25	15	29	1.96
59136776--59136808	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59137877--59137938	28	2.2	28	91	0	97	32	27	9	30	1.89
59138048--59138137	28	3.2	26	76	7	81	18	23	23	34	1.96
59138058--59138137	27	2.9	28	79	5	99	20	25	21	33	1.97
59138058--59138162	55	1.9	56	82	5	133	19	24	20	36	1.95
59140785--59140844	25	2.4	25	94	0	102	40	8	6	45	1.61
59144343--59144430	6	14.3	6	71	17	65	47	13	18	20	1.82
59144352--59144430	31	2.5	31	87	0	113	48	12	18	20	1.81
59144571--59144632	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
59144945--59145114	27	6.3	28	85	10	187	25	21	17	36	1.94
59144945--59145114	54	3.1	54	84	5	227	25	21	17	36	1.94
59145096--59145362	81	3.3	80	80	6	270	32	8	20	38	1.83
59145135--59145383	27	9.2	27	85	1	286	31	8	20	39	1.83
59147687--59147722	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
59156959--59157028	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
59162209--59162252	12	3.7	12	84	9	63	70	6	6	15	1.31
59162207--59162252	23	2.0	24	91	4	76	67	8	6	17	1.39
59163185--59163241	5	11.0	5	78	17	55	80	0	17	1	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59163189--59163237	25	1.9	25	87	4	71	81	0	16	2	0.78
59163185--59163239	16	3.5	15	90	5	74	81	0	16	1	0.77
59163185--59163228	6	8.2	6	83	16	53	81	0	18	0	0.68
59163174--59163241	21	3.2	20	83	8	82	79	0	17	2	0.86
59171568--59171644	25	3.1	25	88	1	84	27	19	22	31	1.98
59171582--59171644	25	2.5	25	94	0	108	25	23	23	26	2.00
59171690--59171728	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
59171689--59171729	21	2.0	21	100	0	82	29	14	17	39	1.89
59176825--59177050	32	7.0	32	74	13	185	32	9	23	34	1.87
59176844--59177063	65	3.4	65	95	0	395	31	10	24	33	1.89
59176844--59177065	33	6.8	33	76	8	231	31	10	24	33	1.89
59176847--59177101	130	2.0	130	85	4	354	32	10	25	30	1.90
59181843--59181964	43	2.9	42	78	7	147	30	23	13	31	1.94
59183504--59183576	38	1.9	38	85	0	101	52	4	13	30	1.59
59187177--59187239	31	2.0	31	87	0	90	26	23	12	36	1.91
59187454--59187546	47	2.0	47	95	0	168	31	21	22	24	1.98
59187445--59187549	24	4.4	24	91	3	167	28	21	20	28	1.99
59187599--59187665	20	3.3	20	85	0	98	34	20	11	32	1.90
59191465--59191723	46	5.5	46	75	12	197	27	16	30	24	1.97
59204725--59204802	27	2.9	26	86	1	93	19	20	25	34	1.96
59204750--59204808	27	2.2	27	93	0	100	18	18	23	38	1.93
59204751--59204815	27	2.4	27	85	10	96	20	18	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59207097--59207154	27	2.1	29	87	6	84	27	1	18	51	1.56
59207251--59207370	41	2.9	42	86	4	156	20	18	25	35	1.95
59212169--59212283	46	2.4	47	82	5	144	27	19	31	21	1.97
59229704--59229950	38	6.4	38	81	2	217	23	19	24	32	1.97
59231972--59232036	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
59232154--59232231	27	2.8	28	80	5	95	21	25	20	32	1.98
59232695--59232733	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
59237204--59237388	40	4.7	40	81	6	207	25	22	26	25	2.00
59237257--59237421	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
59245247--59245431	40	4.7	40	82	7	209	24	23	27	25	2.00
59245247--59245431	79	2.3	81	83	7	227	24	23	27	25	2.00
59245300--59245464	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	2.00
59251181--59251245	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
59251351--59251440	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
59251351--59251465	55	2.1	56	80	8	128	19	23	22	34	1.96
59251904--59251942	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
59253929--59253964	13	2.8	13	86	0	54	61	2	0	36	1.11
59256934--59257062	46	2.8	46	96	0	231	29	28	21	20	1.98
59266028--59266209	93	2.0	92	82	5	224	32	12	17	38	1.86
59266867--59266973	56	1.9	57	88	1	162	31	20	6	41	1.78
59268142--59268451	47	6.6	47	91	2	460	29	29	8	33	1.87
59274446--59274475	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59280048--59280117	28	2.5	28	88	4	97	27	15	28	28	1.96
59282661--59282806	38	3.8	38	90	3	206	21	22	26	29	1.99
59282799--59282953	43	3.6	43	95	0	274	12	26	31	29	1.92
59284331--59284359	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
59285435--59285515	27	3.0	27	82	8	85	35	20	23	19	1.96
59285537--59285741	97	2.1	98	86	1	295	35	28	17	18	1.93
59285747--59285825	27	3.0	26	87	5	95	36	21	21	20	1.95
59286044--59286231	27	7.0	28	84	3	68	28	19	18	34	1.95
59286054--59286232	54	3.3	54	84	0	241	27	20	17	35	1.95
59286054--59286231	81	2.2	81	88	0	266	27	20	16	35	1.94
59288312--59288393	27	3.1	27	81	8	78	36	19	23	20	1.95
59288606--59288688	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
59288903--59288961	27	2.2	28	78	9	68	28	15	23	32	1.95
59288930--59289296	27	13.6	27	83	2	432	25	18	19	36	1.94
59289280--59289539	27	9.7	27	78	11	268	28	10	21	39	1.86
59288940--59289475	54	10.0	54	77	10	282	27	15	19	37	1.92
59289010--59289485	81	5.9	81	80	6	319	26	15	19	37	1.92
59289280--59289539	53	4.9	52	79	9	233	28	10	21	39	1.86
59289280--59289539	80	3.2	80	90	3	373	28	10	21	39	1.86
59296847--59297000	40	3.9	40	89	2	231	24	22	25	27	2.00
59297040--59297168	29	4.5	28	78	8	118	22	17	28	31	1.97
59297008--59297196	57	3.3	57	85	2	238	22	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59297012--59297168	28	5.6	27	77	8	134	22	19	28	29	1.98
59297040--59297196	28	5.6	27	71	12	84	22	17	29	29	1.97
59306624--59306756	59	2.4	54	80	13	137	25	15	24	34	1.95
59311947--59312197	94	2.7	94	96	0	457	31	10	18	39	1.84
59319678--59319951	94	2.9	94	96	0	494	31	10	18	39	1.84
59319988--59320051	24	2.6	25	80	9	80	21	14	29	34	1.93
59321404--59321510	55	1.9	55	98	0	205	44	17	10	27	1.81
59321706--59321742	17	2.1	18	85	14	51	54	0	10	35	1.36
59324152--59324404	126	2.0	126	94	0	443	35	13	10	40	1.79
59329129--59329502	105	3.6	105	95	1	669	18	20	30	30	1.97
59332957--59333029	36	2.0	36	94	0	128	21	1	23	53	1.54
59335884--59335962	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
59335871--59336095	49	4.7	48	96	1	391	30	8	31	29	1.87
59335871--59336095	96	2.3	95	94	3	389	30	8	31	29	1.87
59336213--59336290	36	2.1	37	88	2	113	24	17	32	25	1.97
59338283--59338323	20	2.1	19	86	4	55	31	17	7	43	1.76
59344146--59344190	20	2.2	20	100	0	90	22	15	20	42	1.89
59345461--59345508	19	2.3	21	75	20	55	45	29	2	22	1.64
59345470--59345509	19	2.1	19	95	0	71	45	30	0	25	1.54
59346341--59346572	49	4.7	48	78	7	250	31	27	16	25	1.97
59350822--59351051	40	5.8	40	91	1	327	24	27	21	26	1.99
59357802--59357847	20	2.3	20	80	0	56	23	13	32	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59368666--59368695	14	2.1	14	100	0	60	26	0	33	40	1.57
59370096--59370318	47	4.7	47	92	0	356	28	30	8	32	1.86
59374295--59374354	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
59374322--59374463	67	2.1	67	86	5	194	30	22	28	18	1.97
59374393--59374444	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
59374704--59374740	8	4.6	8	89	0	56	5	40	32	21	1.76
59374704--59374743	16	2.5	16	100	0	80	5	37	32	25	1.77
59392714--59392774	28	2.2	28	93	0	104	18	22	36	22	1.95
59395527--59395587	30	2.0	30	84	6	79	36	8	24	31	1.85
59396226--59396453	49	4.6	50	83	2	307	25	18	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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