Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  54  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17010301--17010815
135
3.8
135
87
2
676
27
21
20
30
1.98
17019850--17019910
32
1.9
32
83
6
79
65
1
6
26
1.26
17021336--17021785
133
3.4
132
82
6
500
26
21
20
31
1.98
17030996--17031450
135
3.4
135
86
3
621
30
20
21
27
1.98
17032860--17032942
32
2.7
32
75
17
79
25
7
2
65
1.31
17035186--17035262
39
2.0
41
89
7
124
33
25
6
33
1.82
17047697--17047741
21
2.1
21
87
0
63
15
22
22
40
1.91
17054110--17054157
22
2.2
22
100
0
96
45
8
4
41
1.53
17054110--17054167
22
2.6
22
91
5
82
44
6
5
43
1.53
17057351--17057384
17
2.1
16
94
5
59
17
23
14
44
1.86
17058999--17059046
24
2.0
24
84
8
62
31
0
4
64
1.12
17059002--17059068
25
2.9
23
77
14
66
32
1
5
59
1.31
17064525--17064707
50
3.7
49
78
3
177
30
26
18
24
1.98
17066690--17066733
20
2.3
20
88
11
67
70
0
20
9
1.14
17074474--17074534
2
30.5
2
100
0
122
49
0
50
0
1.00
17074532--17074561
4
7.5
4
100
0
60
26
0
73
0
0.84
17092524--17092570
5
9.4
5
100
0
94
38
0
21
40
1.53
17094245--17094293
19
2.5
20
80
9
66
65
0
2
32
1.04
17094250--17094319
29
2.6
27
80
11
72
65
1
4
28
1.20
17094252--17094312
29
2.1
29
84
3
77
65
1
4
27
1.22
17097634--17097673
15
2.7
15
100
0
80
25
15
17
42
1.88
17101675--17101755
26
3.2
26
96
3
155
35
27
6
30
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17106623--17106653
12
2.6
12
94
0
53
16
51
22
9
1.73
17106883--17106925
22
2.0
22
100
0
86
32
16
18
32
1.93
17106888--17106935
22
2.2
22
88
0
69
35
16
16
31
1.92
17107089--17107129
21
1.9
21
85
5
55
36
9
12
41
1.76
17109835--17109916
26
3.2
26
98
0
155
37
26
4
30
1.77
17113506--17113539
16
2.1
16
94
0
59
35
5
2
55
1.39
17118578--17118616
15
2.4
17
87
8
55
71
0
2
25
0.98
17122904--17123094
43
4.4
43
87
2
258
27
30
17
24
1.97
17122904--17123094
86
2.2
86
88
1
294
27
30
17
24
1.97
17123085--17123164
41
2.0
40
82
7
99
55
3
3
37
1.36
17123641--17123889
23
10.9
23
79
7
247
40
22
4
32
1.75
17123703--17123759
22
2.5
23
77
2
62
47
22
1
28
1.61
17125627--17125728
30
3.4
30
82
5
118
30
21
3
44
1.70
17125627--17125743
30
4.0
28
74
12
92
30
21
3
44
1.69
17126115--17126172
3
19.0
3
80
16
50
70
0
29
0
0.87
17126118--17126146
10
2.9
10
100
0
58
62
0
37
0
0.96
17126115--17126168
7
8.0
7
80
11
51
70
0
29
0
0.88
17126438--17126505
11
6.3
10
83
9
73
79
0
20
0
0.73
17126645--17126682
16
2.3
17
86
4
51
23
0
2
73
0.95
17126835--17127350
17
29.5
17
68
21
202
33
11
11
43
1.77
17126846--17126899
16
3.2
16
75
14
56
35
14
9
40
1.78
17126892--17127019
38
3.4
38
76
6
109
35
13
9
42
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17126856--17127208
36
9.8
35
70
14
150
34
12
11
41
1.78
17126892--17127031
74
1.9
74
83
2
183
38
12
9
40
1.75
17126970--17127077
57
1.9
56
85
7
148
38
12
11
37
1.78
17126858--17127350
35
14.1
34
70
19
157
33
11
11
43
1.77
17127253--17127307
16
3.4
16
78
14
67
36
9
12
41
1.75
17127236--17127356
33
3.7
33
82
6
113
34
9
13
42
1.77
17127266--17127355
16
5.5
16
76
15
78
31
11
13
44
1.78
17139389--17140089
314
2.2
305
79
10
790
28
13
21
36
1.91
17139010--17139999
383
2.6
382
95
1
1738
28
13
21
35
1.92
17139848--17140053
54
3.5
54
67
17
151
27
14
20
37
1.91
17139772--17140089
123
2.6
123
92
1
521
26
14
21
37
1.92
17139010--17139931
192
4.8
192
97
1
1732
29
13
20
35
1.92
17140012--17140422
191
2.2
185
82
9
493
27
17
18
37
1.93
17140012--17140261
91
2.8
90
83
8
316
27
18
18
35
1.94
17140257--17140290
15
2.5
13
82
17
50
11
8
8
70
1.34
17140262--17140290
15
1.9
15
100
0
58
13
6
6
72
1.26
17140366--17140583
54
4.1
55
85
8
306
29
16
16
37
1.91
17140851--17140952
30
3.4
31
82
5
113
29
21
3
45
1.70
17141337--17141394
3
19.0
3
80
16
50
70
0
29
0
0.87
17141340--17141368
10
2.9
10
100
0
58
62
0
37
0
0.96
17141337--17141390
7
8.0
7
80
11
51
70
0
29
0
0.88
17141471--17141509
15
2.6
14
84
8
51
84
12
2
0
0.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17141629--17141684
11
5.0
11
82
4
67
82
0
17
0
0.68
17141633--17141680
14
3.4
14
77
5
51
81
0
18
0
0.70
17141631--17141686
20
2.9
19
80
14
71
82
0
17
0
0.68
17141828--17141865
16
2.3
17
86
4
51
23
0
2
73
0.95
17142017--17142540
17
29.8
18
69
14
224
33
11
10
43
1.76
17142028--17142081
16
3.2
16
75
14
56
35
14
9
40
1.78
17142118--17142201
38
2.3
38
83
4
109
36
15
9
38
1.80
17142038--17142282
36
6.7
37
73
14
140
34
13
10
42
1.77
17142074--17142249
74
2.4
75
82
4
196
37
12
9
40
1.75
17142071--17142356
36
7.8
35
70
16
129
35
12
10
41
1.78
17142532--17142570
20
2.0
20
84
0
51
48
7
0
43
1.31
17142561--17142598
16
2.3
17
81
4
51
36
15
10
36
1.82
17145710--17145819
26
4.2
26
94
2
168
36
23
4
35
1.76
17147412--17147536
41
3.0
41
83
2
135
27
16
14
41
1.87
17147533--17147571
18
2.2
18
86
9
53
17
0
2
79
0.84
17147674--17147727
7
7.7
7
97
0
99
24
0
1
74
0.92
17147681--17147753
7
9.2
8
82
10
57
27
1
2
68
1.11
17148283--17148348
21
3.1
21
80
2
69
45
36
1
16
1.57
17148367--17148411
14
3.2
14
87
6
65
51
24
0
24
1.49
17148505--17148552
14
3.4
14
76
2
51
43
29
0
27
1.55
17148610--17148641
11
2.9
11
95
0
55
37
40
0
21
1.54
17149038--17149138
40
2.6
39
81
7
107
28
19
22
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17149075--17149368
115
2.9
95
83
12
304
31
20
21
26
1.98
17149157--17149541
115
3.3
115
94
0
673
31
19
20
28
1.97
17154157--17154224
35
1.9
35
100
0
136
26
8
19
45
1.79
17167770--17167802
13
2.4
14
90
5
50
54
3
0
42
1.15
17168195--17168236
11
3.8
11
78
9
50
73
0
2
23
0.94
17168765--17168802
19
2.0
19
89
0
58
60
2
0
36
1.11
17171027--17171053
14
1.9
14
100
0
54
37
0
0
62
0.95
17171027--17171059
12
2.5
13
90
9
50
42
0
0
57
0.98
17171080--17171157
18
4.6
17
75
10
70
55
0
1
43
1.08
17171323--17171352
15
2.1
15
93
6
53
36
20
6
36
1.79
17171834--17171871
13
2.7
14
88
8
51
2
13
2
81
0.90
17175351--17175391
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
17182416--17182586
87
2.0
88
95
1
308
43
8
10
37
1.70
17197238--17197398
42
3.7
42
85
8
180
29
26
14
29
1.95
17197308--17197410
49
2.1
51
88
3
156
33
26
13
27
1.94
17197420--17197506
31
2.8
31
89
0
138
25
28
20
25
1.99
17197482--17197610
50
2.5
51
92
2
215
26
22
16
34
1.95
17205948--17205987
20
1.9
22
85
10
57
12
2
15
70
1.28
17209316--17209360
22
2.0
23
86
4
65
44
0
0
55
0.99
17209348--17209404
30
2.0
27
90
10
87
52
0
0
47
1.00
17209583--17209674
46
2.0
44
85
8
123
38
25
5
31
1.78
17209653--17209703
16
3.2
16
82
0
75
27
23
5
43
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17210256--17210350
13
6.4
14
68
23
52
47
2
3
47
1.30
17210309--17210345
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
17210386--17210417
16
1.9
17
93
6
57
37
0
0
62
0.95
17210681--17210768
16
5.5
16
86
5
115
37
5
28
28
1.80
17210750--17210843
44
2.1
44
82
7
109
36
4
23
36
1.75
17210948--17211071
58
2.2
56
85
5
160
52
4
0
42
1.26
17212674--17212750
26
3.2
26
66
27
78
61
6
5
27
1.42
17213046--17213149
52
2.0
52
98
0
199
39
20
13
26
1.89
17216873--17216917
23
2.0
22
91
4
72
55
0
35
8
1.31
17217197--17217227
15
2.1
15
100
0
62
38
6
32
22
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290