genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37457587--37457780	47	4.1	46	83	5	228	27	28	9	35	1.88
37466001--37466111	23	4.9	23	78	12	104	23	22	18	36	1.95
37466014--37466112	22	4.4	22	81	9	103	23	22	19	35	1.96
37465979--37466117	45	3.1	44	79	12	147	24	22	16	36	1.94
37469608--37469639	15	2.2	15	94	5	57	43	25	12	18	1.85
37473643--37473767	45	2.6	47	79	8	121	24	22	17	35	1.95
37473725--37473771	23	2.0	23	84	8	60	23	21	17	38	1.93
37475237--37475288	27	1.9	27	96	0	95	30	28	5	34	1.81
37475382--37475503	45	2.7	45	76	2	138	22	20	11	45	1.83
37479060--37479166	50	2.1	50	87	0	151	28	12	22	36	1.90
37479063--37479142	25	3.2	24	77	13	90	28	15	22	33	1.94
37482277--37482394	54	2.2	54	95	3	202	41	23	8	26	1.83
37483490--37483659	86	2.0	86	96	0	313	34	35	16	13	1.88
37486933--37487137	104	2.0	104	95	0	365	28	21	19	30	1.97
37488426--37488533	30	3.4	30	77	14	126	29	13	23	33	1.93
37489924--37490023	50	2.0	50	96	0	182	27	13	21	39	1.90
37492854--37493033	71	2.5	73	79	4	197	37	23	18	20	1.94
37495197--37495310	44	2.6	44	83	2	142	27	16	23	32	1.96
37499839--37499956	39	3.0	39	85	2	148	21	28	14	35	1.92
37499822--37499907	19	4.6	19	66	16	54	25	26	9	38	1.86
37499977--37500064	39	2.3	39	91	0	140	15	32	19	31	1.93
37503754--37503823	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37503754--37503851	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
37512335--37512383	21	2.4	20	83	6	62	20	10	8	61	1.53
37525515--37525560	19	2.4	19	100	0	92	32	45	15	6	1.71
37528205--37528312	41	2.6	42	79	7	112	26	14	25	32	1.95
37530606--37530685	30	2.7	29	90	1	115	31	11	26	31	1.91
37531057--37531235	46	3.8	47	77	8	177	24	18	33	22	1.97
37538869--37538992	46	2.7	46	84	13	157	27	17	31	23	1.97
37540571--37540644	38	1.9	38	88	0	112	40	14	13	31	1.85
37548947--37548983	13	2.8	13	95	0	65	13	35	32	18	1.90
37549382--37549461	39	2.1	39	92	0	133	48	18	2	30	1.61
37601848--37601877	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
37604215--37604253	17	2.3	18	83	16	57	71	5	0	23	1.05
37604217--37604247	14	2.2	14	100	0	62	74	0	0	25	0.82
37607603--37607652	24	2.1	24	85	7	66	34	22	22	22	1.97
37615859--37615972	46	2.5	46	80	0	138	29	19	21	29	1.97
37617059--37617144	27	3.2	27	85	4	113	24	22	11	41	1.86
37617075--37617160	26	3.3	26	85	4	102	27	18	11	41	1.85
37617181--37617306	27	4.7	27	79	5	139	41	22	7	29	1.80
37617148--37617282	54	2.5	54	81	4	148	38	20	11	30	1.87
37617181--37617361	54	3.3	54	81	2	182	41	20	8	29	1.82
37617429--37617490	27	2.3	27	91	0	106	30	19	27	22	1.98
37617429--37617500	27	2.7	27	86	4	92	29	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37618296--37618471	26	6.8	26	87	1	239	27	22	22	27	1.99
37618616--37618707	42	2.2	42	90	0	139	29	14	22	33	1.93
37618730--37618806	31	2.5	31	89	0	118	31	18	24	25	1.97
37621208--37621401	50	3.9	49	79	6	194	27	28	18	25	1.98
37635120--37635199	39	2.1	39	92	0	133	30	2	18	48	1.61
37635598--37635634	13	2.8	13	95	0	65	18	32	35	13	1.90
37640371--37640610	91	2.7	91	84	2	279	30	20	21	27	1.98
37640748--37640785	18	2.1	18	95	0	67	31	5	21	42	1.75
37661144--37661178	17	2.0	18	94	5	63	42	22	5	28	1.76
37661366--37661559	89	2.1	91	83	5	241	26	23	20	29	1.99
37674816--37674864	17	2.7	19	84	9	75	59	6	2	32	1.34
37677711--37677772	31	2.0	31	100	0	124	41	12	16	29	1.85
37683178--37683238	31	2.0	31	96	0	113	31	22	9	36	1.87
37698510--37698752	27	9.0	27	78	2	211	38	17	14	29	1.90
37698537--37698725	80	2.3	81	88	2	274	40	16	13	29	1.87
37698713--37699020	27	11.5	26	84	7	325	19	17	20	42	1.89
37698715--37699020	81	3.8	81	83	6	374	19	17	20	43	1.89
37698715--37699020	54	5.7	54	84	3	377	19	17	20	43	1.89
37706584--37706611	12	2.3	12	100	0	56	46	35	0	17	1.49
37716483--37716655	45	3.8	45	78	15	192	21	21	28	28	1.99
37719650--37719731	40	2.0	40	97	0	155	32	14	18	34	1.91
37720477--37720516	19	2.1	19	86	9	55	20	10	5	65	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37721958--37722130	46	3.8	45	78	13	190	23	19	26	31	1.98
37730900--37731010	54	2.1	54	100	0	222	33	26	12	27	1.92
37750088--37750307	45	5.0	46	84	7	269	25	22	27	25	2.00
37755303--37755411	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
37755557--37755741	48	3.8	48	89	4	282	30	26	6	36	1.82
37755557--37755740	98	1.9	98	91	4	302	29	26	6	36	1.82
37755663--37755951	47	6.1	47	89	2	339	26	29	11	33	1.91
37755873--37755952	25	3.3	25	66	16	69	32	26	7	33	1.84
37759126--37759694	283	2.0	284	99	0	1122	33	17	8	40	1.79
37781094--37781191	43	2.3	43	82	7	119	26	13	25	34	1.93
37788864--37789020	43	3.7	43	76	9	142	27	16	25	30	1.97
37794329--37794369	22	2.0	20	85	9	55	31	24	0	43	1.54
37795931--37795988	31	1.9	30	85	3	80	37	18	22	20	1.94
37796688--37796894	54	3.9	54	87	2	283	25	20	19	34	1.96
37796688--37796894	27	7.7	27	84	2	256	25	20	19	34	1.96
37796886--37797090	27	7.6	27	75	7	130	29	9	23	38	1.86
37796696--37796901	107	1.9	108	87	1	288	26	18	19	34	1.95
37796921--37797082	54	3.0	54	76	7	177	27	10	24	37	1.88
37803855--37803967	27	4.2	26	85	8	145	15	24	23	36	1.94
37803855--37803967	55	2.1	54	86	5	156	15	24	23	36	1.94
37808728--37808771	22	2.0	22	90	0	70	38	11	20	29	1.87
37811945--37811973	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37819500--37819556	19	3.1	19	79	18	59	57	0	0	42	0.98
37819576--37819605	15	2.0	15	93	0	51	70	0	6	23	1.11
37821141--37821178	20	1.9	20	88	0	58	50	5	7	36	1.54
37821228--37821268	22	1.9	21	85	5	55	68	9	19	2	1.29
37831584--37831721	69	2.0	69	88	0	204	24	18	25	31	1.97
37831708--37831838	50	2.6	50	91	0	199	29	16	25	29	1.97
37831652--37831849	50	3.9	50	79	3	191	27	18	24	28	1.98
37832049--37832080	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
37833105--37833344	43	5.6	42	87	3	302	31	30	16	22	1.95
37833103--37833344	85	2.8	85	86	1	306	32	29	16	21	1.95
37833341--37833377	18	2.1	18	90	5	58	56	0	0	43	0.99
37838670--37838776	7	15.1	7	71	13	51	41	37	0	21	1.53
37838699--37838815	14	8.3	14	70	9	76	47	33	0	19	1.50
37838699--37838871	7	24.4	7	71	9	64	46	30	0	21	1.56
37839162--37839266	39	2.6	39	81	3	129	22	23	24	28	1.99
37839047--37839425	154	2.5	155	86	1	501	26	21	22	29	1.99
37839319--37839446	40	3.2	40	84	4	143	21	21	25	32	1.98
37842035--37842078	15	2.9	15	82	0	52	13	22	15	47	1.81
37843689--37844063	50	7.4	50	76	4	297	26	18	25	29	1.98
37843689--37844063	101	3.7	99	76	8	310	26	18	25	29	1.98
37843732--37844063	151	2.2	151	87	1	477	27	19	25	28	1.99
37844229--37844260	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37844592--37844924	180	1.9	180	87	1	488	39	9	17	33	1.82
37849480--37849527	25	1.9	25	87	8	71	37	10	18	33	1.85
37860898--37861216	96	3.3	94	83	7	340	24	28	19	27	1.98
37860898--37861225	144	2.3	139	79	10	331	24	28	19	27	1.99
37860898--37861229	48	6.9	48	75	8	248	24	28	19	27	1.98
37868655--37868887	48	4.9	47	78	10	204	26	27	18	27	1.98
37868701--37868877	96	1.8	96	85	0	246	24	27	19	28	1.98
37874844--37874921	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
37874874--37875198	171	1.9	174	92	1	548	29	14	24	31	1.95
37882999--37883076	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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