Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  17  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5922874--5923368
273
1.8
273
89
1
778
34
19
17
27
1.95
5923283--5924665
122
11.3
122
85
2
1731
33
17
17
30
1.94
5923283--5924617
611
2.2
611
86
2
1844
33
17
18
30
1.94
5928822--5929074
127
2.0
124
90
3
391
41
16
9
32
1.80
5930103--5930136
17
2.0
17
94
0
59
61
5
0
32
1.20
5930293--5930343
20
2.6
19
78
6
57
35
5
7
50
1.55
5941067--5941103
13
2.8
13
95
0
65
37
45
0
16
1.47
5941091--5941147
17
3.6
17
71
22
61
29
50
0
19
1.47
5941078--5941147
29
2.4
30
90
2
106
31
50
0
18
1.48
5941507--5941673
3
55.7
3
69
12
85
29
2
2
64
1.24
5941517--5941673
17
9.6
16
70
16
83
29
3
3
63
1.25
5941522--5941673
20
7.4
20
69
15
80
30
3
2
63
1.24
5942267--5942495
126
1.8
126
92
0
386
27
16
18
37
1.92
5946863--5947158
127
2.3
128
82
4
346
38
10
14
36
1.81
5947408--5947444
18
2.1
17
90
5
56
32
2
0
64
1.07
5950265--5950305
21
2.0
21
90
0
64
58
7
0
34
1.26
5951633--5951694
30
2.0
29
84
9
79
48
8
14
29
1.72
5956885--5956967
28
3.0
27
89
7
121
19
3
31
45
1.67
5956911--5956978
28
2.7
23
76
20
73
17
4
32
45
1.68
5957193--5957243
21
2.4
21
83
0
75
15
25
27
31
1.96
5962301--5962348
21
2.3
20
82
3
51
20
39
25
14
1.91
5964830--5964857
8
3.5
8
100
0
56
64
0
10
25
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5968932--5968989
17
3.3
17
68
17
55
44
1
10
43
1.48
5968933--5969006
36
2.1
36
97
0
139
41
2
9
45
1.50
5973620--5973689
31
2.3
30
83
7
97
35
1
10
52
1.44
5973631--5973688
31
1.9
30
92
3
98
31
1
12
55
1.47
5973894--5974052
73
2.2
72
94
2
275
44
5
4
45
1.47
5974296--5974324
5
5.8
5
100
0
58
41
17
20
20
1.90
5981264--5981328
33
2.0
33
82
11
80
50
0
3
46
1.17
5981491--5981539
21
2.3
22
85
7
73
44
4
8
42
1.53
5981934--5981999
32
2.1
32
97
0
123
25
13
13
46
1.80
5983921--5983974
27
2.0
27
85
0
72
31
27
20
20
1.97
5983970--5984069
40
2.5
40
88
3
139
34
21
19
26
1.96
5984141--5984269
40
3.2
40
77
12
156
37
20
16
24
1.93
5983997--5984349
195
1.8
195
83
1
467
33
18
20
27
1.96
5985419--5985480
14
4.5
14
76
11
65
16
1
40
41
1.57
5985415--5985480
7
9.7
7
73
11
57
16
1
37
43
1.57
5985415--5985480
27
2.4
28
78
16
75
16
1
37
43
1.57
5987779--5987807
14
2.1
14
93
6
51
34
0
10
55
1.34
5988171--5988213
21
2.0
22
90
4
70
39
16
27
16
1.90
5988419--5988509
47
1.9
47
95
0
164
24
6
20
48
1.73
5988605--5988684
42
1.9
41
86
0
106
32
20
23
23
1.98
5988605--5988745
43
3.3
43
80
1
158
28
20
24
26
1.99
5990404--5990531
51
2.5
51
92
0
202
32
14
24
28
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5990453--5990576
58
2.1
58
93
0
212
33
11
24
30
1.90
5991829--5991855
9
3.0
9
100
0
54
66
11
0
22
1.22
6008274--6008327
20
2.6
21
82
2
65
75
1
7
14
1.09
6010670--6010702
11
3.2
11
87
12
52
42
0
0
57
0.98
6010661--6010713
18
2.8
19
83
11
65
43
0
0
56
0.99
6010665--6010714
20
2.5
19
78
15
57
44
0
0
56
0.99
6023540--6023670
68
1.9
68
96
0
244
41
12
21
24
1.88
6023542--6023707
68
2.4
68
86
2
226
42
14
18
24
1.88
6030004--6030073
18
3.6
19
74
12
63
45
0
2
51
1.16
6033811--6033851
21
2.0
20
86
9
57
26
7
7
58
1.51
6044908--6044964
25
2.3
25
84
6
71
33
19
28
19
1.96
6052963--6053009
9
5.1
9
79
10
51
34
2
0
63
1.06
6052965--6052998
17
1.9
18
88
5
52
32
0
0
67
0.91
6053242--6053288
24
1.9
25
83
12
62
34
0
10
55
1.35
6054034--6054067
14
2.4
14
86
13
52
44
2
14
38
1.61
6054063--6054101
19
2.0
20
85
5
53
28
12
12
46
1.79
6054176--6054244
20
3.7
19
74
16
63
44
2
0
52
1.16
6054182--6054221
20
2.0
20
95
0
71
52
0
0
47
1.00
6057333--6057359
14
1.9
14
100
0
54
37
14
18
29
1.91
6058010--6058176
77
2.2
78
83
3
203
37
8
21
32
1.85
6062026--6062140
31
3.8
31
73
14
89
24
17
32
26
1.97
6064466--6064510
23
2.0
23
86
4
65
44
20
4
31
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6064463--6064520
22
2.6
22
84
7
73
41
20
3
34
1.69
6068226--6068480
55
4.8
53
78
7
225
35
18
25
20
1.95
6068236--6068433
108
1.8
110
85
4
285
34
18
24
22
1.96
6072394--6072438
23
2.0
23
91
4
74
46
17
4
31
1.68
6072420--6072470
19
2.9
17
83
11
66
35
17
7
39
1.79
6072391--6072448
22
2.6
22
86
7
82
43
18
3
34
1.68
6072404--6072461
19
2.8
20
84
10
64
39
17
5
37
1.72
6073174--6073282
42
2.6
42
81
7
132
31
25
18
24
1.98
6073169--6073329
42
3.8
41
74
11
130
32
26
17
23
1.97
6085950--6086010
31
2.0
31
86
0
86
31
13
16
39
1.87
6088924--6088956
7
4.6
7
92
7
57
15
0
0
84
0.61
6088922--6088955
15
2.3
15
94
0
59
17
0
0
82
0.67
6089017--6089046
14
2.1
14
93
0
51
46
36
0
16
1.47
6089671--6089878
54
3.6
53
75
18
211
31
25
17
25
1.97
6089676--6089916
120
2.0
120
96
0
446
31
24
16
26
1.96
6092767--6092796
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
6097308--6097347
17
2.3
18
86
4
55
35
2
2
60
1.24
6098484--6098533
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
6100166--6100223
21
2.8
20
85
10
73
36
3
1
58
1.25
6104028--6104070
17
2.5
17
82
17
54
32
0
2
65
1.06
6108685--6108745
24
2.3
27
82
17
76
45
0
3
50
1.17
6108677--6108742
28
2.4
28
82
10
82
46
0
4
48
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6109947--6110066
51
2.3
52
76
7
129
41
10
15
32
1.81
6119485--6119523
16
2.4
16
91
0
60
33
7
28
30
1.85
6120750--6120774
11
2.3
11
100
0
50
28
16
24
32
1.96
6121590--6121634
17
2.6
18
86
10
67
51
6
8
33
1.59
6122335--6122365
3
10.3
3
100
0
62
67
0
0
32
0.91
6122850--6122879
13
2.4
13
94
5
53
20
6
16
56
1.62
6122849--6122880
12
2.4
14
85
15
50
18
6
15
59
1.57
6123139--6123227
30
2.9
30
80
5
90
47
4
19
29
1.69
6123152--6123227
30
2.5
31
86
2
100
46
5
19
28
1.72
6127700--6127742
20
2.2
20
100
0
86
32
0
13
53
1.41
6134713--6134779
29
2.3
29
97
0
125
32
20
11
34
1.90
6138818--6138842
8
3.1
8
100
0
50
88
0
0
12
0.53
6140693--6140733
16
2.4
16
88
8
55
73
0
26
0
0.84
6142489--6142679
18
10.6
18
75
10
140
33
10
17
37
1.85
6144817--6144847
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
6144927--6144957
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
6146502--6146754
131
1.9
131
87
0
371
34
18
17
29
1.94
6152480--6152522
2
21.5
2
100
0
86
51
0
48
0
1.00
6168568--6168758
80
2.4
80
93
1
321
31
10
28
28
1.90
6168708--6168910
79
2.6
79
85
0
273
32
9
26
31
1.88
6171698--6172103
151
2.7
145
80
8
413
33
9
26
31
1.88
6173627--6173698
36
2.0
36
94
0
126
34
9
8
47
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6179141--6179193
26
2.0
26
100
0
106
22
11
28
37
1.89
6179329--6179370
15
2.7
15
88
3
57
30
0
0
69
0.89
6182825--6182858
17
2.0
17
88
0
50
58
14
5
20
1.57
6190958--6190997
14
2.9
14
84
0
53
32
7
17
42
1.77
6190981--6191018
20
1.9
20
88
0
58
28
5
13
52
1.61
6195032--6195058
4
6.8
4
100
0
54
51
25
0
22
1.48
6198071--6198131
18
3.4
18
79
0
68
13
40
6
39
1.70
6201223--6201259
17
2.2
16
90
4
56
35
0
0
64
0.94
6201976--6202001
5
5.2
5
100
0
52
57
0
0
42
0.98
6201946--6202086
67
2.0
67
86
6
192
48
5
6
39
1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290