genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57843130--57843190	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
57843654--57843846	94	2.1	94	96	3	354	25	29	15	29	1.96
57845966--57846048	30	2.8	30	73	0	85	27	14	27	30	1.95
57848147--57848228	28	2.8	29	76	14	87	14	21	1	62	1.39
57848231--57848260	12	2.6	12	94	5	53	23	16	13	46	1.82
57848329--57848378	20	2.4	20	80	16	57	0	16	6	78	0.95
57850039--57850102	5	12.2	5	73	18	51	78	1	17	3	0.96
57850032--57850099	16	4.4	15	75	10	57	77	2	16	2	1.00
57850029--57850099	38	1.9	36	86	11	99	77	2	16	2	1.01
57850162--57850200	18	2.2	17	86	4	51	74	2	17	5	1.12
57852321--57852415	29	3.2	29	71	10	86	27	27	15	29	1.96
57854099--57854133	14	2.5	14	100	0	70	82	5	0	11	0.82
57854062--57854136	39	1.9	39	83	5	98	73	5	5	16	1.20
57855050--57855121	24	2.9	24	76	15	74	75	4	18	2	1.09
57855170--57855198	14	2.1	14	93	6	51	55	10	13	20	1.68
57857253--57857302	21	2.4	20	83	12	57	78	6	16	0	0.95
57857268--57857316	26	1.9	25	84	12	64	77	4	14	4	1.06
57857375--57857405	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
57857408--57857489	30	2.7	31	79	5	96	63	1	21	13	1.36
57859596--57859692	30	3.2	30	73	2	88	29	27	13	28	1.94
57861823--57862017	95	2.1	95	100	0	390	30	14	29	25	1.95
57862471--57862531	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57862472--57862532	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
57863532--57863590	14	4.4	14	78	4	68	11	3	6	77	1.07
57863522--57863551	11	2.7	11	94	0	51	6	3	6	83	0.90
57863522--57863590	12	5.3	13	80	16	81	11	4	7	76	1.12
57869742--57869787	10	4.6	10	83	0	56	34	17	26	21	1.95
57869742--57869787	20	2.3	20	92	0	74	34	17	26	21	1.95
57875668--57875714	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
57877266--57877299	12	2.9	12	91	4	52	85	2	8	2	0.80
57882305--57882359	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
57884859--57884915	20	2.8	20	78	2	60	28	33	12	26	1.92
57887186--57887221	16	2.2	16	90	9	56	80	0	0	19	0.71
57891896--57891992	30	3.2	31	72	5	92	29	28	13	27	1.94
57892850--57892898	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
57894646--57894691	20	2.3	20	85	3	67	23	26	15	34	1.94
57894657--57894690	10	3.4	10	83	0	50	17	26	17	38	1.92
57899884--57899916	12	2.8	12	95	0	57	81	9	0	9	0.87
57899884--57899918	13	2.8	13	91	4	54	80	8	0	11	0.92
57900812--57900846	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
57906287--57906383	30	3.2	30	76	2	97	29	14	26	28	1.95
57907943--57907982	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
57911829--57911868	14	2.8	14	84	3	53	2	15	7	75	1.14
57918158--57918187	13	2.3	13	100	0	60	43	13	6	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57924980--57925147	46	3.7	46	78	11	191	22	20	27	29	1.98
57924974--57925142	93	1.8	91	91	2	275	21	21	27	28	1.99
57925372--57925409	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
57928313--57928409	30	3.2	30	68	8	81	27	15	29	26	1.96
57929765--57929812	20	2.4	20	71	0	51	20	27	18	33	1.96
57933036--57933144	26	4.2	26	89	2	157	33	8	22	34	1.84
57936074--57936125	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
57937942--57937999	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
57937942--57938002	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
57939194--57939307	54	2.1	55	91	4	196	19	23	23	33	1.97
57939194--57939325	27	4.9	26	85	9	167	20	25	21	32	1.98
57944065--57944104	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
57945396--57945478	30	2.7	30	80	9	80	13	20	1	65	1.34
57945545--57945599	16	3.4	16	83	14	69	7	16	0	76	1.00
57946503--57946553	15	3.4	15	79	17	61	11	5	3	78	1.06
57946503--57946541	16	2.4	16	88	12	62	10	7	2	79	1.02
57946519--57946564	12	3.7	12	91	5	65	13	4	4	78	1.05
57948313--57948372	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
57948322--57948355	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
57954767--57954792	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
57955867--57955963	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
57962196--57962290	29	3.2	29	71	10	77	28	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57967198--57967251	23	2.4	22	77	20	58	9	20	1	68	1.27
57974830--57974889	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
57974839--57974872	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
57975947--57976043	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
57983594--57983645	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
57985462--57985519	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
57985462--57985522	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
57986714--57986827	54	2.1	55	91	4	196	19	23	23	33	1.97
57986714--57986845	27	4.9	26	85	9	167	20	25	21	32	1.98
57991589--57991628	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
57992921--57993003	30	2.7	31	79	5	98	13	19	1	66	1.31
57993074--57993113	16	2.5	16	95	0	71	10	10	0	80	0.92
57994029--57994066	17	2.3	16	95	4	67	15	7	0	76	1.01
57995759--57995855	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
58006654--58006705	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
58010855--58011449	47	12.6	47	93	1	992	28	29	8	33	1.87
58010855--58011449	190	3.1	190	96	0	1050	28	29	8	33	1.87
58014314--58014378	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
58016184--58016227	14	3.1	14	77	6	52	6	15	2	75	1.12
58016197--58016297	24	4.6	20	70	22	60	6	18	3	70	1.26
58016234--58016284	18	2.9	18	82	2	68	5	15	5	72	1.24
58016196--58016284	6	14.5	6	68	8	54	5	17	4	71	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58017288--58017341	12	4.7	12	75	13	51	3	16	1	77	1.00
58017282--58017341	19	2.8	20	82	17	68	5	16	1	76	1.04
58022867--58022908	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
58028670--58028716	10	4.7	10	83	0	58	21	27	17	34	1.95
58028671--58028717	20	2.3	20	88	0	76	23	25	17	34	1.96
58030736--58030792	24	2.4	23	80	13	62	75	0	17	7	1.02
58031969--58032017	20	2.3	22	86	10	66	46	14	6	32	1.69
58033876--58033935	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
58033882--58033929	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
58035232--58035287	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
58050019--58050078	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
58050025--58050072	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
58051293--58051389	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
58052647--58052671	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
58052876--58052929	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
58052876--58052949	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
58052876--58052940	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
58054560--58054619	21	2.7	22	84	5	77	78	1	15	5	1.00
58054576--58054612	10	3.5	10	86	13	56	89	0	8	2	0.58
58054576--58054612	12	3.4	11	89	10	58	89	0	8	2	0.58
58055614--58055677	27	2.2	28	86	13	87	71	4	15	7	1.26
58055636--58055677	18	2.3	18	83	0	57	73	4	14	7	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58055671--58055721	15	3.2	16	76	20	54	70	1	23	3	1.14
58055724--58055786	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
58057531--58057584	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
58057531--58057604	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
58057531--58057595	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
58060455--58060976	47	11.2	47	95	2	928	32	8	29	29	1.87
58060455--58060976	190	2.8	189	95	2	934	32	8	29	29	1.87
58065009--58065063	18	3.1	18	79	15	60	7	16	3	72	1.21
58065010--58065055	17	2.7	17	86	6	58	6	15	2	76	1.09
58068399--58068445	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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