genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86765930--86765993	31	2.1	31	84	0	83	17	23	37	21	1.94
86766300--86766329	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
86766354--86766385	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
86770084--86770140	6	9.2	6	79	11	53	21	1	0	77	0.86
86770084--86770140	17	3.1	19	73	17	57	21	1	0	77	0.86
86770092--86770147	28	2.0	28	82	6	69	23	1	1	73	1.03
86771049--86771101	4	13.2	4	80	7	54	73	0	1	24	0.93
86771653--86771682	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
86779864--86780007	18	7.9	18	89	4	211	36	15	11	36	1.84
86779864--86780007	35	4.0	36	89	8	213	36	15	11	36	1.84
86779864--86780007	53	2.7	54	94	3	254	36	15	11	36	1.84
86780123--86780161	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
86795655--86795700	18	2.6	18	85	0	56	50	10	17	21	1.77
86800173--86800211	19	2.1	19	100	0	78	23	25	20	30	1.98
86805612--86805640	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
86814844--86814954	45	2.6	41	81	7	123	22	18	27	30	1.98
86823785--86823841	30	1.9	30	89	7	89	33	3	14	49	1.60
86823785--86823849	30	2.2	30	83	5	78	35	7	12	44	1.71
86824282--86824321	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
86824483--86824522	20	2.0	21	90	5	64	15	10	0	75	1.05
86824483--86824522	13	2.9	14	88	7	64	15	10	0	75	1.05
86824483--86824522	7	5.9	7	91	5	64	15	10	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86830332--86830388	14	3.6	15	72	21	53	45	1	1	50	1.22
86830429--86830475	18	2.6	18	87	9	69	44	0	2	53	1.12
86830443--86830486	19	2.3	19	84	7	54	47	2	2	47	1.27
86830446--86830507	32	1.9	32	83	6	81	50	1	1	46	1.20
86833678--86833714	3	12.3	3	88	0	56	32	0	2	64	1.07
86841278--86841318	11	3.7	11	80	0	55	21	14	7	56	1.63
86841355--86841417	30	2.1	30	88	5	92	28	3	11	57	1.49
86841500--86841538	18	2.2	18	86	9	53	17	0	15	66	1.25
86841493--86841539	19	2.5	18	77	19	51	21	0	12	65	1.25
86843313--86843453	66	2.1	66	98	0	273	42	17	14	24	1.88
86848377--86848409	17	1.9	17	93	0	57	75	0	24	0	0.80
86848378--86848412	13	2.8	13	91	4	54	74	0	25	0	0.82
86849328--86849445	51	2.2	53	82	4	132	16	17	22	42	1.89
86849583--86849635	18	2.9	18	82	0	61	37	11	13	37	1.80
86855874--86856016	38	3.7	39	87	2	191	19	21	25	33	1.97
86861126--86861150	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
86867703--86867823	25	4.8	25	85	0	134	16	25	19	38	1.92
86867744--86867842	50	2.0	50	81	0	117	18	24	20	37	1.94
86867828--86867875	25	1.9	25	86	0	69	27	29	14	29	1.95
86868275--86868358	42	2.0	42	92	0	141	38	15	8	38	1.78
86870633--86870681	24	2.0	24	84	7	64	16	8	0	75	1.03
86872688--86872713	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86873383--86873654	9	28.6	9	69	13	127	63	3	1	30	1.22
86873426--86873467	20	2.0	20	86	4	57	61	2	0	35	1.09
86873383--86873566	37	4.9	36	73	12	140	64	3	0	30	1.15
86873405--86873504	29	3.6	29	74	14	93	64	4	0	32	1.12
86873496--86873545	26	1.9	26	88	8	75	68	4	2	26	1.18
86873383--86873654	19	14.3	19	68	15	116	63	3	1	30	1.22
86873582--86873644	30	2.1	30	88	5	92	65	1	3	30	1.18
86873525--86873634	49	2.3	47	78	13	109	63	0	2	32	1.15
86874175--86874222	17	2.8	18	84	9	64	29	2	0	68	1.01
86874184--86874221	9	4.6	9	81	18	55	28	0	0	71	0.87
86879976--86880029	21	2.5	22	84	6	74	57	0	1	40	1.09
86880153--86880185	5	6.6	5	100	0	66	63	0	0	36	0.95
86882649--86882877	113	2.0	113	98	0	440	23	13	21	41	1.89
86883374--86883423	19	2.6	19	90	0	73	22	2	0	76	0.89
86883374--86883423	8	5.9	8	84	13	55	22	2	0	76	0.89
86885562--86885788	46	4.9	46	92	1	339	39	15	23	21	1.91
86886785--86887045	134	2.0	133	81	0	306	37	13	10	39	1.79
86900554--86900580	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
86901879--86901919	7	6.0	7	94	2	57	68	0	0	31	0.90
86901879--86901927	14	3.5	14	81	8	55	69	0	0	30	0.89
86903335--86903632	134	2.2	133	81	4	325	35	20	18	25	1.95
86903564--86903939	132	2.9	131	81	3	416	35	18	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86906744--86907320	132	4.4	132	89	1	852	27	24	19	29	1.98
86906836--86907300	45	10.5	45	63	10	145	27	24	18	29	1.98
86918511--86918563	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
86920044--86920151	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
86922240--86922523	132	2.2	132	81	4	333	33	15	20	30	1.94
86922318--86922608	132	2.2	131	84	4	363	33	16	17	32	1.93
86929922--86929951	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
86931771--86931813	22	2.0	21	90	4	68	55	0	0	44	0.99
86932456--86932498	20	2.2	20	84	16	54	69	2	2	25	1.12
86934188--86934248	24	2.4	26	81	8	63	36	4	6	52	1.49
86937466--86937522	18	3.2	18	77	5	62	14	42	24	19	1.88
86948648--86948696	22	2.2	21	79	10	53	22	10	4	63	1.43
86952493--86952789	78	3.9	77	80	7	300	42	12	16	28	1.84
86956490--86956750	62	4.2	62	86	1	353	27	23	24	23	2.00
86956488--86956734	123	2.0	124	87	0	361	27	24	25	22	2.00
86959927--86959997	5	14.2	5	96	0	133	39	0	21	39	1.53
86961512--86961537	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
86963381--86963597	93	2.4	92	83	5	260	35	18	9	35	1.84
86963650--86963795	39	3.8	37	77	10	107	64	1	2	32	1.14
86963681--86963807	28	4.4	27	74	14	85	65	0	2	31	1.11
86963683--86963794	30	3.9	27	77	15	91	67	0	2	28	1.10
86963656--86963774	39	3.0	39	82	3	123	66	1	1	30	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86963675--86963802	10	13.1	11	72	18	81	67	0	2	29	1.09
86963675--86963811	29	4.7	29	77	11	136	65	0	2	31	1.10
86963675--86963802	49	2.6	47	84	9	152	67	0	2	29	1.09
86963675--86963811	19	7.1	18	75	16	96	65	0	2	31	1.10
86963719--86963847	59	2.2	59	83	6	165	62	0	6	31	1.20
86963643--86963811	29	5.9	28	73	16	114	63	1	1	33	1.13
86963742--86963843	19	5.1	21	72	18	60	60	0	6	32	1.23
86963681--86963847	20	8.6	19	73	15	103	63	0	4	31	1.19
86964030--86964056	13	2.1	13	100	0	54	22	7	0	70	1.12
86964168--86964392	89	2.5	88	85	7	278	34	7	19	38	1.80
86964909--86964981	9	8.2	9	95	1	121	21	10	28	38	1.88
86970880--86970906	14	1.9	14	100	0	54	37	7	25	29	1.83
86971008--86971042	18	2.1	18	89	10	56	25	20	11	42	1.85
86974388--86974421	16	2.1	16	88	0	50	50	5	14	29	1.67
86975084--86975167	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
86975088--86975181	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
86975393--86975453	20	3.0	20	78	7	70	13	24	27	34	1.93
86982891--86983015	59	2.1	60	89	1	189	39	13	19	28	1.89
86985953--86986290	43	7.7	42	67	15	141	26	22	21	29	1.99
86985811--86986433	133	4.7	133	90	2	874	27	22	20	29	1.98
86985811--86986433	265	2.3	266	87	2	883	27	22	20	29	1.98
86989760--86989807	25	1.9	25	95	0	87	12	25	31	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86989684--86989897	100	2.1	100	92	4	351	18	18	30	32	1.95
86989785--86989968	69	2.6	72	83	10	225	21	16	29	31	1.96
86997182--86997402	104	2.1	103	92	2	363	17	19	31	31	1.95
86997322--86997472	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
87000579--87000672	40	2.4	40	83	3	120	36	38	13	11	1.82
87003011--87003201	82	2.3	82	92	2	310	20	7	26	45	1.77
87006570--87006604	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
87006895--87006967	19	3.9	19	87	7	114	38	15	8	38	1.77
87006907--87006959	17	3.0	17	84	10	79	37	13	9	39	1.77
87006905--87006976	36	2.0	36	86	10	103	38	13	9	37	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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