genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  269  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86469555--86469591	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
86469686--86469720	14	2.5	14	90	0	52	54	2	8	34	1.46
86484437--86484521	45	1.9	44	88	7	127	29	18	24	27	1.98
86484161--86484694	178	3.0	177	87	3	734	28	19	22	29	1.98
86484371--86484646	89	3.1	87	66	14	213	27	19	24	28	1.99
86493667--86493705	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
86493686--86493731	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
86497568--86497654	40	2.2	40	89	2	129	28	10	11	49	1.72
86506265--86506332	16	4.2	16	92	0	109	29	0	35	35	1.58
86506313--86506403	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
86506568--86506602	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
86506455--86506768	157	2.0	157	96	0	574	44	2	5	47	1.40
86506705--86506745	16	2.6	16	84	11	57	53	0	0	46	1.00
86506705--86506755	15	3.5	15	84	10	61	52	0	0	47	1.00
86512644--86512907	68	3.9	68	90	0	402	25	22	24	27	2.00
86513087--86513132	23	2.0	23	100	0	92	52	17	13	17	1.75
86513091--86513129	10	3.6	10	81	18	51	51	20	12	15	1.76
86513176--86513298	45	2.7	45	84	0	156	35	18	21	23	1.95
86513595--86513636	22	1.9	22	100	0	84	33	26	16	23	1.96
86514945--86515041	3	33.0	3	69	4	54	27	5	5	61	1.38
86515184--86515279	28	3.4	28	76	13	106	26	10	2	61	1.39
86515179--86515285	56	1.9	54	92	7	162	26	12	1	59	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86515332--86515733	3	135.0	3	64	17	81	29	8	3	57	1.46
86519822--86519846	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
86519882--86520053	84	2.0	85	96	1	319	25	27	9	37	1.87
86520864--86520912	25	2.0	25	83	0	62	20	18	4	57	1.57
86521466--86521495	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
86521956--86521984	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
86522283--86522329	13	3.6	13	77	11	51	51	0	2	46	1.13
86526876--86527203	165	2.0	165	90	1	523	41	17	8	32	1.79
86530121--86530278	27	5.9	26	83	7	183	34	20	25	18	1.96
86530138--86530281	54	2.7	54	92	2	236	34	22	25	17	1.96
86530668--86530697	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
86533455--86533630	3	58.0	3	71	14	103	30	4	3	61	1.34
86533437--86533506	9	7.4	9	74	15	61	35	4	1	58	1.26
86533559--86533630	16	4.6	16	81	13	69	30	2	4	62	1.28
86533535--86533612	38	2.1	38	83	9	97	32	2	3	61	1.27
86533733--86533820	27	3.2	28	75	12	67	30	1	5	62	1.26
86534049--86534079	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
86534060--86534118	25	2.3	27	80	8	70	32	6	6	54	1.53
86534356--86534426	25	2.8	25	78	4	88	33	7	5	53	1.51
86535474--86535541	25	2.8	24	81	16	77	55	1	5	36	1.33
86535474--86535554	25	3.4	24	77	15	71	55	2	6	35	1.38
86535510--86535558	22	2.3	21	86	13	66	55	4	4	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86535846--86535924	39	2.0	39	100	0	158	64	2	5	27	1.27
86537169--86537202	11	2.9	12	86	8	52	14	0	14	70	1.17
86537417--86538053	44	14.4	44	78	2	587	27	20	19	31	1.97
86537446--86538053	88	6.9	88	83	0	658	27	21	19	32	1.97
86537444--86538002	132	4.2	132	84	0	652	27	21	18	31	1.97
86543845--86543871	13	2.1	13	100	0	54	48	7	14	29	1.71
86544832--86544959	39	3.3	39	86	0	193	22	25	19	32	1.98
86546150--86546179	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
86553311--86553378	25	2.8	24	81	16	77	55	1	5	36	1.33
86553347--86553389	22	2.0	21	86	13	61	55	4	4	34	1.41
86553487--86553541	25	2.3	24	84	6	67	63	7	1	27	1.31
86555545--86555570	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
86555670--86555741	35	2.1	33	87	7	99	22	16	8	52	1.70
86556154--86556201	21	2.3	21	85	3	62	25	6	2	66	1.26
86556148--86556228	35	2.3	33	79	12	83	28	6	1	64	1.25
86556403--86556457	22	2.5	21	85	5	65	34	0	7	58	1.26
86558126--86558163	19	1.9	19	89	5	58	36	0	18	44	1.50
86561010--86561063	14	3.8	14	77	20	58	83	7	9	0	0.82
86561020--86561058	18	2.2	18	86	9	53	84	10	5	0	0.76
86563033--86563724	85	8.1	85	90	2	1021	36	21	22	19	1.95
86563032--86563724	342	2.0	340	89	3	1061	36	21	22	19	1.95
86563736--86563826	44	2.1	44	87	0	128	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86564736--86564864	15	8.9	14	73	17	70	25	6	1	65	1.26
86564736--86564843	29	3.8	28	69	18	78	25	7	1	64	1.30
86564823--86564889	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
86564779--86564900	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
86564992--86565053	25	2.5	24	75	17	63	33	9	0	56	1.32
86565203--86565433	125	1.8	125	83	1	302	28	16	19	35	1.93
86570772--86570852	40	2.0	41	83	7	103	61	1	1	35	1.12
86570766--86570823	30	1.9	30	86	6	82	60	1	0	37	1.07
86573160--86573194	18	1.9	18	88	0	52	48	2	22	25	1.64
86576342--86576468	22	5.7	22	94	0	218	33	20	25	19	1.96
86577911--86577978	22	3.1	22	75	10	77	45	13	17	23	1.84
86583597--86583655	28	2.1	28	90	0	91	25	30	11	32	1.92
86586615--86586698	42	2.0	42	100	0	168	28	7	28	35	1.84
86589847--86589917	37	1.9	37	97	0	133	53	8	1	36	1.40
86589853--86589916	21	3.3	21	64	20	57	53	7	1	37	1.40
86594747--86595062	157	2.0	157	96	0	578	33	20	13	32	1.92
86598798--86598823	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
86609751--86610053	154	2.0	154	92	1	509	28	17	11	41	1.85
86610873--86610900	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
86612634--86613430	132	6.0	132	96	0	1416	28	26	18	26	1.98
86616710--86617048	74	4.6	74	87	4	440	41	8	7	42	1.62
86616709--86617048	147	2.3	147	85	5	458	41	8	7	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86617987--86618028	15	2.7	15	79	13	50	54	0	11	33	1.37
86620761--86620785	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
86620763--86620873	45	2.5	45	90	0	186	21	19	17	41	1.90
86620748--86620878	45	2.7	49	83	11	180	19	20	18	41	1.91
86620853--86620877	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
86621059--86621249	18	10.6	18	76	10	149	34	10	15	38	1.83
86621047--86621231	72	2.6	72	80	6	171	36	10	14	38	1.81
86621256--86621329	36	2.1	36	76	0	76	35	10	16	37	1.83
86633840--86633899	25	2.5	24	78	10	68	33	6	1	58	1.34
86640231--86640432	103	2.0	102	97	1	377	28	19	22	29	1.98
86644826--86644941	24	4.8	24	89	0	160	36	30	13	19	1.91
86645394--86645421	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
86655511--86655626	24	4.8	24	90	0	178	35	30	13	20	1.92
86655469--86655626	72	2.2	72	82	2	183	35	29	12	23	1.91
86667437--86667475	21	1.9	21	89	5	62	15	12	7	64	1.49
86668794--86668858	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
86670693--86670800	26	4.2	26	93	0	189	37	23	7	32	1.82
86678313--86678368	27	2.1	27	83	6	69	23	32	16	28	1.96
86678365--86680880	936	2.7	936	83	4	3061	31	16	16	35	1.91
86691504--86691554	25	2.0	25	88	7	77	43	3	11	41	1.60
86703426--86703481	24	2.3	24	90	0	94	12	35	25	26	1.91
86710894--86711064	45	3.8	45	79	1	173	39	17	24	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86711967--86712294	181	1.8	181	82	2	426	23	21	20	34	1.97
86714403--86714437	7	5.1	7	89	6	54	0	82	0	17	0.66
86714403--86714436	13	2.5	13	95	4	59	0	82	0	17	0.67
86719483--86719623	40	3.5	40	87	0	203	25	24	25	24	2.00
86727628--86727851	40	5.6	40	87	3	297	24	22	25	26	2.00
86727628--86727851	83	2.8	80	87	4	299	24	22	25	26	2.00
86738881--86738921	19	2.1	20	86	4	57	41	7	7	43	1.60
86740525--86740579	6	9.3	6	75	18	53	63	1	0	34	1.05
86749154--86749203	25	2.0	25	96	0	91	10	12	36	42	1.76
86756802--86756877	35	2.2	35	95	0	134	34	22	6	36	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290