genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23053805--23053842	17	2.2	17	86	9	51	50	10	18	21	1.76
23071880--23071945	27	2.7	24	80	15	80	43	0	36	19	1.51
23073006--23073041	18	2.0	18	89	10	56	44	0	22	33	1.53
23074680--23074745	34	1.9	34	81	6	80	27	22	24	25	2.00
23084201--23084266	27	2.7	24	80	15	80	43	0	36	19	1.51
23085327--23085362	18	2.0	18	89	10	56	44	0	22	33	1.53
23086983--23087078	34	2.8	33	78	7	104	29	25	21	23	1.99
23098903--23099095	94	2.1	94	100	0	386	25	23	14	36	1.93
23104207--23104241	15	2.3	15	90	0	52	65	0	5	28	1.15
23107226--23107263	5	7.6	5	100	0	76	81	0	0	18	0.69
23109217--23109503	154	1.9	154	100	0	574	39	10	16	34	1.82
23110424--23110497	36	2.1	36	100	0	148	50	13	14	21	1.78
23119696--23119896	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
23127747--23127947	27	7.4	27	85	3	242	30	26	14	27	1.95
23132372--23132401	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
23136262--23136320	26	2.2	26	75	3	64	28	20	13	37	1.91
23141241--23141650	208	2.0	208	91	0	669	34	14	16	34	1.89
23146851--23147068	46	4.7	46	91	1	312	40	15	23	21	1.90
23150285--23150339	25	2.2	25	87	3	76	16	3	0	80	0.86
23150285--23150379	6	16.0	6	73	10	70	18	4	1	75	1.02
23155523--23155629	55	1.9	55	86	3	153	14	32	29	23	1.94
23163502--23163551	24	2.1	24	88	0	73	26	18	38	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23164094--23164175	40	2.0	40	100	0	164	56	4	14	24	1.58
23164099--23164168	20	3.2	24	66	29	75	52	5	14	27	1.63
23181501--23181541	18	2.3	18	83	8	57	14	26	41	17	1.88
23181649--23181705	26	2.2	26	90	0	87	29	19	14	36	1.91
23188174--23188212	20	2.0	20	85	10	53	20	10	2	66	1.33
23200759--23200846	25	3.7	23	69	19	63	23	3	1	71	1.08
23200814--23200867	25	2.3	23	78	15	56	24	1	1	72	1.05
23204173--23204214	17	2.6	17	85	10	54	40	0	0	59	0.97
23205528--23205678	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
23205598--23205820	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
23206148--23206211	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
23206155--23206211	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
23213068--23213119	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
23213080--23213230	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
23213149--23213372	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
23213701--23213764	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
23213708--23213764	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
23218363--23218414	26	2.0	26	100	0	104	34	7	19	38	1.80
23220731--23220761	16	1.9	16	93	0	53	67	16	12	3	1.35
23248902--23248952	21	2.4	21	81	15	61	23	5	9	60	1.50
23251513--23251579	21	3.2	20	78	16	64	58	4	4	32	1.38
23251811--23251846	14	2.6	14	91	8	56	50	0	8	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23253564--23253632	31	2.2	31	82	10	88	27	17	5	49	1.69
23253684--23253808	57	2.2	58	80	2	144	39	11	16	33	1.84
23256419--23256446	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
23261127--23261214	34	2.6	33	79	12	90	30	25	21	22	1.99
23263472--23263606	60	2.2	60	84	8	168	25	25	20	28	1.99
23263472--23263570	28	3.4	27	70	20	74	25	28	20	26	1.99
23265121--23265367	122	2.0	122	98	0	476	22	36	20	20	1.95
23266129--23266174	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
23266638--23266707	36	2.0	35	82	2	86	24	44	0	31	1.54
23268242--23268274	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
23270070--23270106	18	2.0	19	94	5	67	32	10	29	27	1.90
23271725--23271846	42	2.9	42	80	7	122	32	27	16	23	1.96
23271781--23271887	44	2.5	42	78	6	108	33	24	17	24	1.96
23278318--23278431	43	2.7	42	77	13	108	32	21	15	29	1.95
23281963--23282077	43	2.7	43	81	6	153	26	18	24	31	1.97
23282712--23282796	34	2.5	34	82	3	109	22	2	31	43	1.66
23286989--23287026	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
23289625--23289700	35	2.2	35	83	9	93	39	1	5	53	1.32
23291409--23291478	26	2.7	26	80	2	70	38	7	20	34	1.80
23294561--23294701	27	5.3	27	87	5	153	41	21	11	25	1.86
23294561--23294701	54	2.6	52	85	6	183	41	21	11	25	1.86
23294818--23294859	18	2.3	18	84	8	59	16	35	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23299710--23299875	23	7.1	23	93	3	262	28	20	22	28	1.98
23299710--23299876	47	3.6	47	92	3	275	28	20	22	28	1.98
23299690--23299875	70	2.6	69	89	7	268	27	21	22	27	1.99
23299926--23299992	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
23299926--23299981	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
23300029--23300076	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
23301195--23301230	18	1.9	19	88	5	56	75	8	13	2	1.15
23307854--23308018	23	7.1	23	93	4	262	28	20	21	29	1.98
23307854--23308019	47	3.6	47	92	4	275	28	20	21	29	1.98
23307833--23308018	70	2.7	69	89	8	270	27	21	22	28	1.99
23308068--23308134	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
23308068--23308123	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
23308171--23308218	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
23309337--23309371	18	1.9	18	94	0	61	71	11	14	2	1.25
23313838--23313919	6	13.3	6	70	19	53	47	15	18	18	1.83
23313840--23313919	31	2.6	31	87	0	115	47	16	18	17	1.83
23314065--23314198	67	1.9	67	83	5	169	33	20	26	18	1.96
23314136--23314187	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23314424--23314753	27	12.2	27	84	0	345	41	6	20	31	1.76
23314424--23314753	81	4.1	81	84	2	394	41	6	20	31	1.76
23314730--23314846	27	4.3	28	77	16	86	29	7	21	41	1.80
23314730--23314907	54	3.3	53	77	10	175	28	9	21	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23314776--23314899	27	4.7	25	73	17	74	27	9	23	39	1.86
23315480--23315809	27	12.2	27	82	1	338	40	6	20	31	1.78
23315480--23315809	81	4.1	81	83	3	394	40	6	20	31	1.78
23315480--23315792	54	5.8	54	84	0	374	41	6	20	31	1.77
23315786--23315876	27	3.3	28	76	17	84	26	7	21	43	1.79
23315786--23315963	54	3.3	54	80	7	193	28	8	22	41	1.83
23315801--23315955	27	5.8	27	75	12	115	27	9	23	40	1.84
23316536--23316865	27	12.2	27	82	1	338	40	6	20	31	1.78
23316536--23316865	81	4.1	81	83	3	394	40	6	20	31	1.78
23316536--23316848	54	5.8	54	84	0	374	41	6	20	31	1.77
23316842--23316932	27	3.3	28	76	17	84	26	7	21	43	1.79
23316842--23317019	54	3.3	54	80	7	193	28	8	22	41	1.83
23316857--23317011	27	5.8	27	75	12	115	27	9	23	40	1.84
23317592--23317921	27	12.2	27	82	1	329	41	5	21	32	1.76
23317592--23317921	81	4.1	81	83	3	376	41	5	21	32	1.76
23317592--23317904	54	5.8	54	84	0	365	42	5	20	31	1.75
23317898--23317988	27	3.3	28	76	17	84	26	7	21	43	1.79
23317898--23318075	54	3.3	54	78	7	175	28	9	22	39	1.85
23317913--23318067	27	5.8	27	74	9	113	27	10	23	39	1.87
23318648--23318977	27	12.2	27	82	1	338	40	5	20	32	1.76
23318648--23318977	81	4.1	81	84	3	394	40	5	20	32	1.76
23318954--23319044	27	3.3	28	76	17	84	26	7	21	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23318954--23319131	54	3.3	54	79	7	184	28	8	22	40	1.84
23318969--23319123	27	5.8	27	76	9	122	27	9	23	40	1.85
23324028--23324139	27	4.1	27	79	7	120	16	24	21	37	1.94
23324028--23324139	54	2.1	54	88	3	163	16	24	21	37	1.94
23327663--23327832	46	3.7	46	80	10	220	30	30	18	20	1.97
23327671--23327842	93	1.8	93	96	0	317	29	30	19	20	1.97
23330212--23330277	15	4.5	15	79	9	73	56	13	18	12	1.68
23335605--23335679	15	5.1	15	78	10	75	58	14	16	10	1.62
23338478--23338646	92	1.8	91	92	3	286	28	30	19	21	1.97
23338470--23338636	46	3.7	45	79	10	198	29	30	18	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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