Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  180  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58068779--58068828
12
4.0
12
87
12
66
16
10
2
72
1.21
58069128--58069171
22
2.0
22
95
0
79
34
4
36
25
1.76
58071479--58071575
30
3.2
30
75
2
106
28
26
15
28
1.96
58072638--58072702
20
3.3
19
73
16
51
38
16
21
23
1.93
58076111--58076157
20
2.3
20
81
0
58
23
12
34
29
1.92
58078985--58079034
19
2.4
19
83
12
55
4
10
4
82
0.94
58079726--58079833
6
17.7
6
69
10
67
72
3
17
6
1.21
58079794--58079831
13
2.8
13
82
17
51
73
0
18
7
1.06
58079795--58079845
21
2.4
21
74
6
50
74
1
17
5
1.11
58079848--58079910
33
1.9
33
84
12
85
53
6
26
12
1.62
58085197--58085261
10
6.5
10
71
13
53
24
21
15
38
1.92
58085197--58085250
20
2.7
20
85
0
72
25
20
16
37
1.93
58085197--58085270
30
2.5
30
84
8
80
22
20
17
39
1.92
58085197--58085261
20
3.2
20
73
16
62
24
21
15
38
1.92
58088015--58088047
17
2.0
17
88
5
50
63
0
24
12
1.28
58088033--58088087
12
4.6
12
76
13
51
65
0
21
12
1.26
58091583--58091630
20
2.4
20
67
0
51
33
18
27
20
1.96
58093591--58093672
18
4.4
18
72
14
76
7
19
4
68
1.32
58095847--58095894
20
2.4
20
67
0
51
33
18
27
20
1.96
58103100--58103133
6
5.7
6
96
0
50
44
23
0
32
1.54
58103141--58103184
20
2.2
20
84
8
54
9
27
0
63
1.24
58103122--58103187
27
2.5
27
82
2
80
15
25
0
59
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58104182--58104230
14
3.4
14
97
2
89
12
2
6
79
0.99
58104182--58104230
15
3.3
15
94
2
82
12
2
6
79
0.99
58109199--58109232
16
2.1
17
88
5
52
55
0
14
29
1.40
58114308--58114372
20
3.3
19
73
16
51
38
16
21
23
1.93
58118997--58119061
20
3.3
19
73
16
51
38
16
21
23
1.93
58124156--58124453
40
7.5
40
90
1
431
22
22
28
26
1.99
58127488--58127512
13
1.9
13
100
0
50
76
0
8
16
1.02
58129699--58129753
18
2.9
18
82
17
67
74
3
18
3
1.11
58129700--58129761
18
3.3
18
82
13
63
74
4
14
6
1.19
58139375--58139412
17
2.3
16
86
13
51
10
7
5
76
1.15
58139375--58139412
16
2.4
16
83
12
51
10
7
5
76
1.15
58141152--58141194
20
2.2
20
86
0
59
53
2
30
13
1.53
58146002--58146044
20
2.2
20
86
0
59
53
2
30
13
1.53
58148793--58148889
30
3.2
30
73
2
88
28
13
27
29
1.94
58151359--58151413
12
4.8
12
80
8
60
74
5
5
14
1.18
58151370--58151411
22
1.9
22
90
0
66
78
2
4
14
1.01
58154756--58154790
18
1.9
18
88
11
54
22
20
0
57
1.41
58163908--58163993
30
2.9
30
77
10
86
29
17
24
29
1.97
58176339--58176382
11
3.7
12
85
14
56
77
6
4
11
1.11
58177312--58177353
5
8.0
5
85
15
50
76
0
16
7
1.00
58183360--58183412
23
2.4
22
76
20
56
9
18
1
69
1.25
58187644--58189882
559
4.0
559
99
0
4415
37
13
19
29
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58190996--58191039
6
7.3
6
84
0
52
4
18
2
75
1.09
58191034--58191065
12
2.7
12
95
0
55
28
12
12
46
1.78
58191113--58191169
5
11.0
5
75
20
55
3
17
1
77
1.00
58191113--58191169
16
3.7
14
82
15
60
3
17
1
77
1.00
58191113--58191180
21
3.2
21
76
15
61
2
17
2
76
1.04
58193787--58193883
30
3.2
30
76
2
106
27
16
27
27
1.97
58197685--58197749
20
3.3
19
73
16
51
38
16
21
23
1.93
58199526--58199588
33
1.9
33
84
12
85
12
25
6
55
1.60
58199648--58199711
12
5.6
12
78
10
62
4
17
4
73
1.18
58199618--58199711
24
4.2
23
75
11
81
5
18
3
73
1.16
58199583--58199730
57
2.6
56
73
14
128
7
20
2
69
1.25
58199603--58199698
6
15.7
6
72
8
77
5
17
3
73
1.14
58199606--58199720
12
9.6
12
72
10
56
7
18
2
71
1.22
58200792--58200840
13
3.5
13
79
15
53
20
6
2
71
1.18
58203611--58203707
30
3.2
30
72
5
88
27
25
16
29
1.97
58209078--58209108
12
2.6
12
100
0
62
80
6
0
12
0.89
58209156--58209219
27
2.3
27
89
7
94
78
3
7
10
1.07
58209156--58209219
26
2.3
28
86
7
87
78
3
7
10
1.07
58210027--58210072
20
2.2
20
84
3
56
65
0
26
8
1.21
58210079--58210114
12
3.0
12
87
0
54
33
0
25
41
1.55
58214100--58214152
23
2.4
22
76
20
56
9
18
1
69
1.25
58218624--58218720
30
3.2
30
76
2
106
27
27
16
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58224730--58224774
14
3.3
14
84
6
65
37
0
13
48
1.42
58233356--58233437
30
2.7
31
79
7
89
12
20
1
65
1.32
58233505--58233572
21
3.3
19
78
15
64
4
17
1
76
1.03
58233519--58233561
15
2.8
15
85
3
59
0
18
2
79
0.85
58239941--58239997
13
4.5
13
84
8
73
19
3
5
71
1.19
58240387--58240415
15
1.9
15
100
0
58
34
0
34
31
1.58
58242153--58242199
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
58243511--58243554
22
2.0
22
95
0
79
34
4
36
25
1.76
58246188--58246293
48
2.2
47
85
9
135
59
1
24
14
1.45
58249497--58249543
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
58251017--58251048
16
2.0
16
100
0
64
12
12
25
50
1.75
58252628--58252681
23
2.3
23
80
3
54
48
12
5
33
1.65
58257393--58257426
12
2.8
12
81
0
50
17
38
0
44
1.49
58260477--58260649
77
2.3
73
77
10
170
35
12
6
46
1.67
58261253--58261299
20
2.3
20
81
0
58
29
34
12
23
1.92
58262742--58262791
19
2.4
21
87
12
68
80
4
12
4
1.00
58262756--58262791
10
3.8
9
89
10
54
86
2
8
2
0.77
58262742--58262800
22
2.7
21
84
5
73
77
3
13
5
1.05
58264695--58264783
18
4.8
18
69
17
56
65
1
23
10
1.30
58269236--58269282
20
2.3
20
81
0
58
29
34
12
23
1.92
58271179--58271225
17
2.7
18
80
6
60
44
14
4
36
1.65
58272638--58272688
11
4.6
11
90
4
68
76
5
3
13
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58276110--58276161
23
2.3
22
75
21
54
9
23
1
65
1.32
58276119--58276173
12
4.6
12
73
15
51
12
23
0
63
1.29
58276155--58276192
17
2.2
18
85
4
51
10
23
2
63
1.39
58279349--58279391
16
2.9
14
80
16
50
76
4
16
2
1.05
58279460--58279484
12
2.1
12
100
0
50
76
0
16
8
1.02
58279454--58279495
18
2.3
19
83
4
50
69
2
19
9
1.28
58279460--58279541
30
2.7
31
77
5
96
63
1
21
13
1.36
58281659--58281746
30
2.9
30
72
0
86
29
26
14
29
1.95
58282272--58282369
30
3.3
30
71
4
81
28
26
15
29
1.96
58282817--58282841
13
1.9
13
100
0
50
16
32
16
36
1.90
58285147--58285191
20
2.2
20
100
0
90
17
22
24
35
1.95
58285271--58285318
15
3.3
15
73
5
53
29
0
27
43
1.55
58285265--58285308
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
58285265--58285324
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
58286297--58286341
14
3.3
14
78
6
56
48
15
0
35
1.45
58291104--58291200
30
3.2
31
71
11
94
27
28
16
26
1.97
58292058--58292106
20
2.3
20
82
10
53
32
8
14
44
1.74
58293723--58293784
24
2.6
24
92
0
106
32
27
11
29
1.91
58293851--58293885
17
2.0
18
94
5
63
42
11
5
40
1.65
58295293--58295336
22
2.0
22
95
0
79
25
36
4
34
1.76
58304148--58304205
10
5.7
10
76
11
64
29
27
13
29
1.94
58304148--58304208
20
3.0
20
83
9
79
27
26
13
32
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58305415--58305466
23
2.3
22
75
21
54
9
23
1
65
1.32
58309239--58309334
30
3.2
30
68
11
81
27
15
29
28
1.96
58310297--58310404
57
1.9
56
83
9
139
60
1
20
17
1.46
58327376--58327458
30
2.7
30
81
9
89
12
21
1
65
1.33
58327527--58327575
21
2.3
20
80
10
53
2
18
4
75
1.06
58327527--58327572
15
3.1
14
84
12
56
2
17
4
76
1.06
58328498--58328536
11
3.7
10
86
10
51
15
2
5
76
1.06
58328509--58328537
11
2.6
11
100
0
58
13
0
6
79
0.93
58330072--58330118
17
2.7
18
80
6
60
36
4
14
44
1.65
58332905--58332942
12
3.4
11
86
13
51
21
0
2
76
0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290