genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66157014--66157049	17	2.1	18	90	10	58	75	0	19	5	1.00
66157030--66157075	24	1.9	24	90	0	74	80	2	13	4	0.95
66157162--66157200	19	2.1	19	85	9	53	46	5	0	48	1.24
66157162--66157201	20	2.1	19	85	4	53	47	5	0	47	1.24
66157455--66157502	24	2.0	24	88	4	71	39	0	0	60	0.97
66157460--66157508	24	2.1	23	85	7	64	34	0	2	63	1.06
66161219--66161248	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
66171693--66171723	15	2.1	15	93	0	53	77	9	6	6	1.12
66181870--66182065	43	4.6	44	88	8	298	30	32	25	12	1.93
66181870--66182065	83	2.3	86	88	6	294	30	32	25	12	1.93
66182067--66182138	34	2.2	33	85	5	99	30	29	20	19	1.97
66195178--66195355	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
66195178--66195355	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
66200575--66200785	43	4.9	42	92	2	332	28	33	24	12	1.92
66200778--66200857	37	2.1	37	88	2	115	31	28	20	20	1.97
66207730--66207787	27	2.1	27	93	0	98	18	22	20	37	1.94
66223010--66223066	27	2.1	27	83	6	71	31	12	24	31	1.92
66230517--66230562	17	2.7	18	76	10	51	39	17	19	23	1.92
66242361--66242409	11	4.4	11	76	23	57	38	0	16	44	1.48
66247212--66247467	55	4.8	54	79	10	246	35	17	25	22	1.95
66247220--66247420	108	1.8	110	87	4	300	34	16	24	23	1.96
66247279--66247467	53	3.6	51	83	7	170	35	17	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66247663--66247693	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
66251148--66251369	39	5.7	38	80	12	211	25	21	27	25	1.99
66251148--66251369	78	2.8	77	82	8	252	25	21	27	25	1.99
66251148--66251402	117	2.2	119	79	7	263	26	21	27	24	1.99
66251228--66251402	78	2.3	78	83	5	203	25	21	28	24	1.99
66258677--66258817	67	2.1	68	92	5	232	24	14	26	34	1.94
66258802--66259006	39	5.2	39	81	5	225	27	21	27	23	1.99
66258802--66258971	79	2.1	80	84	5	220	26	21	27	24	1.99
66258827--66259006	79	2.3	79	81	4	204	26	21	27	23	1.99
66261202--66261371	46	3.7	46	76	13	195	29	28	20	22	1.98
66261207--66261377	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
66266297--66266467	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
66266292--66266464	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
66269246--66269342	48	2.0	48	97	0	185	34	12	25	27	1.92
66273094--66273187	45	2.1	45	80	7	113	32	19	25	22	1.97
66273040--66273220	98	1.8	100	85	4	260	33	16	26	23	1.96
66273463--66273493	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
66282624--66282663	20	2.0	20	85	5	53	50	5	15	30	1.65
66286018--66286198	49	3.7	49	84	1	245	24	16	29	29	1.97
66286017--66286198	99	1.8	99	92	0	310	25	16	29	29	1.97
66300248--66300425	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
66300248--66300425	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66436556--66436733	27	6.6	27	83	5	198	26	15	28	29	1.96
66436557--66436712	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66440266--66440301	17	2.1	17	100	0	72	41	11	25	22	1.86
66442556--66442727	37	4.6	37	74	7	134	41	25	12	20	1.88
66442530--66442730	37	5.5	37	72	6	104	39	25	13	20	1.89
66446499--66446539	7	5.9	7	100	0	82	43	0	29	26	1.55
66446499--66446547	21	2.3	20	93	6	80	42	0	30	26	1.55
66448695--66448814	61	2.0	61	96	0	222	34	22	13	30	1.92
66448998--66449106	43	2.5	42	86	5	112	23	14	30	31	1.95
66449016--66449120	43	2.4	43	87	6	158	23	16	27	32	1.96
66455012--66455375	9	40.7	9	87	1	437	31	0	24	43	1.57
66460321--66460387	29	2.3	28	82	7	89	56	0	0	43	0.99
66460381--66460508	22	6.2	22	65	30	77	51	7	0	40	1.34
66460405--66460508	39	2.7	39	95	0	181	52	6	0	39	1.34
66460383--66460507	19	6.3	19	71	16	94	51	7	0	40	1.35
66460324--66460508	15	13.2	14	67	17	64	52	4	0	42	1.27
66464219--66464379	75	2.2	74	80	9	170	28	14	19	36	1.92
66465034--66465075	21	2.0	21	81	9	50	23	2	23	50	1.61
66465110--66465184	14	5.3	14	74	7	53	25	0	22	52	1.48
66465125--66465184	21	2.9	21	80	9	77	26	0	21	51	1.48
66476995--66477039	19	2.2	21	84	11	58	71	2	22	4	1.15
66478904--66479078	46	3.8	46	81	3	174	41	12	24	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66481697--66481732	18	2.0	18	88	0	54	77	0	16	5	0.94
66483736--66483963	46	5.0	46	87	1	287	38	13	24	23	1.91
66492850--66492879	12	2.5	12	94	0	51	30	0	43	26	1.55
66498280--66498642	9	40.7	9	89	1	453	30	0	25	44	1.57
66505356--66505471	37	3.1	37	93	0	187	25	31	18	23	1.97
66505590--66506212	47	12.7	47	86	8	818	29	30	8	32	1.87
66505590--66506212	143	4.2	142	89	6	858	29	30	8	32	1.87
66505590--66506212	190	3.2	190	92	4	917	29	30	8	32	1.87
66506016--66506156	65	2.2	65	93	2	239	31	29	5	33	1.81
66506063--66506107	18	2.6	18	93	6	76	35	28	0	35	1.58
66506081--66506191	49	2.3	49	95	3	199	29	28	7	34	1.84
66509720--66509765	24	2.0	23	83	12	58	32	17	6	43	1.75
66513389--66513447	22	2.6	23	83	8	66	49	6	1	42	1.39
66513437--66513501	20	3.3	19	72	20	62	58	3	0	38	1.14
66513418--66513521	39	2.7	39	96	0	190	53	5	0	39	1.31
66513434--66513521	11	6.8	12	71	21	63	55	4	0	39	1.20
66513396--66513520	19	6.3	19	72	16	103	52	6	0	40	1.33
66513360--66513521	15	11.6	14	68	18	72	52	4	0	41	1.27
66516105--66516268	40	4.1	40	89	0	231	29	27	20	22	1.98
66521024--66521325	40	7.6	40	90	1	446	23	23	26	26	2.00
66527305--66527510	40	5.2	40	92	0	315	28	27	21	23	1.99
66531571--66531922	188	1.9	186	82	5	449	29	15	19	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66532396--66532449	21	2.6	21	87	0	81	20	0	25	53	1.45
66532463--66532504	21	2.0	21	81	9	50	23	4	23	47	1.70
66532554--66532613	21	2.9	21	82	9	77	28	1	20	50	1.58
66534514--66534593	42	1.9	42	89	0	124	27	32	20	20	1.97
66549285--66549512	46	5.0	46	87	3	280	39	13	24	22	1.90
66552129--66552173	19	2.2	19	84	11	54	77	0	17	4	0.92
66554172--66554399	46	5.0	46	90	1	305	39	14	24	22	1.91
66591611--66591867	40	6.4	40	92	2	358	25	28	23	22	1.99
66599854--66600071	40	5.5	40	88	2	289	25	28	22	22	1.99
66603849--66603895	23	2.0	23	100	0	94	34	17	23	25	1.96
66604826--66605342	132	3.9	132	81	3	515	33	17	19	28	1.95
66605685--66605714	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
66606216--66606255	21	2.0	20	85	5	53	47	0	12	40	1.41
66609498--66609541	20	2.2	20	83	0	52	38	15	2	43	1.60
66611117--66611156	8	5.1	8	93	6	73	47	0	25	27	1.52
66611121--66611153	15	2.2	15	100	0	66	51	0	24	24	1.48
66612491--66612559	34	2.0	34	94	0	120	24	2	27	44	1.68
66617409--66617549	68	2.1	69	94	1	248	32	7	19	40	1.79
66636150--66636364	45	4.9	45	78	4	181	29	26	17	26	1.98
66636145--66636303	84	1.9	84	83	7	205	27	28	17	26	1.98
66643167--66643343	40	4.4	40	83	4	225	25	27	22	24	1.99
66651040--66651095	25	2.2	25	84	6	78	33	3	1	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66659533--66659681	64	2.2	65	82	12	169	33	16	26	22	1.96
66659557--66659681	64	1.9	66	85	11	177	31	16	28	24	1.96
66664726--66665044	47	6.7	47	97	1	566	31	8	30	30	1.87
66665162--66665239	36	2.1	37	88	2	113	24	17	32	25	1.97
66667857--66667892	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
66670114--66670225	27	4.1	27	82	7	129	15	23	23	38	1.92
66670114--66670225	54	2.1	54	88	3	163	15	23	23	38	1.92
66714456--66714647	40	4.8	40	90	2	253	25	30	21	21	1.99
66723844--66724028	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
66723825--66724028	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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