genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6420410--6420441	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
6432954--6433170	114	1.9	116	87	2	303	44	10	15	29	1.80
6432958--6433205	115	2.1	116	82	3	286	45	10	15	28	1.79
6437375--6437415	21	2.0	20	85	4	55	63	4	2	29	1.28
6438368--6438401	11	3.2	11	91	4	52	0	29	0	70	0.87
6440571--6440632	32	2.0	31	87	6	90	40	12	1	45	1.52
6444577--6444867	41	7.2	39	82	7	278	35	22	22	19	1.96
6444577--6444867	82	3.6	81	84	3	316	35	22	22	19	1.96
6444608--6444867	123	2.1	122	84	4	328	35	23	22	18	1.96
6445047--6445122	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
6448860--6449243	132	2.9	133	98	0	752	20	9	18	51	1.74
6457209--6457351	41	3.7	40	82	14	176	25	19	25	30	1.98
6457209--6457508	41	7.5	40	74	16	171	26	20	24	28	1.99
6458311--6458399	29	3.1	28	81	9	99	39	19	2	39	1.64
6461087--6461135	25	2.0	25	87	0	71	36	6	8	48	1.58
6461357--6461399	22	2.0	22	86	9	61	25	4	11	58	1.52
6461461--6461510	24	2.1	24	100	0	100	42	4	0	54	1.19
6467557--6467581	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
6469150--6469461	41	7.7	40	84	11	393	27	18	23	30	1.98
6469150--6469459	82	3.8	82	92	4	477	27	19	23	30	1.98
6469150--6469459	122	2.5	123	88	7	459	27	19	23	30	1.98
6469150--6469459	163	1.9	164	88	5	477	27	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6475320--6475344	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
6476909--6477260	41	8.6	40	85	10	448	27	18	23	30	1.98
6476909--6477258	82	4.3	82	92	4	525	27	18	23	30	1.98
6476909--6477258	122	2.9	123	91	4	541	27	18	23	30	1.98
6483067--6483145	40	2.0	40	87	2	113	48	16	24	11	1.79
6483960--6484127	73	2.3	74	84	8	245	27	14	17	39	1.90
6484105--6484137	16	2.1	16	94	5	59	15	12	6	66	1.42
6484105--6484141	14	2.5	15	87	12	51	21	13	5	59	1.54
6484046--6484263	88	2.4	89	88	4	314	28	16	17	37	1.92
6484126--6484558	147	3.1	141	84	8	522	27	15	18	38	1.91
6484355--6484462	54	2.0	54	98	0	207	27	13	18	39	1.89
6484126--6484556	127	3.1	140	85	8	550	27	15	18	38	1.91
6484665--6484840	59	3.1	55	87	7	264	32	15	17	35	1.91
6486388--6486933	47	11.6	47	95	0	912	28	29	9	33	1.88
6490975--6491023	25	2.0	25	87	0	71	36	6	8	48	1.58
6491245--6491287	22	2.0	22	86	9	61	25	4	11	58	1.52
6491349--6491391	20	2.2	20	100	0	86	41	4	0	53	1.21
6503349--6503401	25	2.1	25	89	0	79	37	18	20	22	1.94
6506122--6506163	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
6508798--6508896	53	1.9	51	84	12	130	64	5	0	30	1.15
6508855--6508903	25	2.0	24	84	4	62	69	4	0	26	1.06
6508872--6508910	21	1.9	20	89	5	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6509381--6509426	21	2.2	21	84	7	58	15	21	34	28	1.94
6510678--6510795	37	3.2	37	81	0	119	37	16	5	40	1.72
6510696--6510797	37	2.8	37	82	5	125	40	15	6	37	1.74
6511865--6511902	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
6513689--6513753	26	2.4	28	80	12	82	26	4	4	64	1.32
6518725--6518815	30	2.8	33	80	15	111	26	4	13	56	1.56
6518874--6518913	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
6523488--6523521	13	2.5	14	90	4	52	0	23	0	76	0.79
6526873--6526919	19	2.5	19	96	0	85	12	8	21	57	1.62
6536163--6536203	20	2.2	20	86	8	59	63	2	9	24	1.37
6539233--6539260	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
6545483--6545519	14	2.6	15	87	8	51	8	8	0	83	0.80
6552842--6552971	58	2.2	59	82	6	158	40	15	7	36	1.76
6553111--6553136	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
6557291--6557320	13	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
6560438--6560464	12	2.2	12	100	0	54	70	7	0	22	1.12
6567667--6567710	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
6567759--6567834	28	2.6	27	78	12	71	26	5	0	68	1.11
6572004--6572048	23	2.0	23	86	0	63	33	2	0	64	1.06
6572064--6572150	40	2.1	41	87	2	122	22	1	9	66	1.27
6572387--6572442	23	2.4	24	82	5	71	42	3	1	51	1.29
6573255--6573279	13	1.9	13	100	0	50	40	44	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6573776--6573817	23	2.0	22	86	13	61	23	4	0	71	1.05
6574135--6574209	38	2.0	38	89	5	116	33	9	2	54	1.46
6574177--6574216	3	13.0	3	89	5	62	32	5	0	62	1.17
6578602--6578646	11	4.0	11	79	2	54	77	0	4	17	0.92
6588333--6588415	43	2.0	42	85	2	112	49	7	7	36	1.58
6597152--6597187	16	2.2	16	95	0	63	55	0	0	44	0.99
6597973--6598005	15	2.2	15	89	10	50	33	0	0	66	0.92
6602463--6602489	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
6611273--6611306	17	1.9	17	88	5	50	52	5	2	38	1.41
6612618--6612660	16	2.7	16	96	0	77	11	25	32	30	1.91
6615664--6615692	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
6616143--6616184	13	3.3	13	80	3	50	52	0	4	42	1.22
6618689--6618720	12	2.4	14	90	10	50	18	6	3	71	1.20
6621691--6621793	30	3.4	30	71	9	93	38	1	7	51	1.42
6624006--6624061	26	2.2	26	83	0	67	41	19	10	28	1.85
6628415--6628473	30	2.0	29	93	3	100	55	11	3	28	1.52
6633731--6634527	198	4.1	199	82	4	913	36	15	14	32	1.89
6636770--6636807	18	2.1	19	85	14	53	44	0	0	55	0.99
6637691--6637729	15	2.6	15	84	11	53	38	0	2	58	1.12
6637691--6637737	14	3.2	14	77	16	51	38	0	2	59	1.09
6644355--6644384	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
6651902--6651964	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6656023--6656121	37	2.6	37	80	1	108	46	2	5	46	1.36
6656459--6656552	44	2.1	44	88	7	136	32	27	6	32	1.82
6656534--6656604	16	4.4	16	94	0	124	28	29	7	35	1.83
6657097--6657254	46	3.4	46	82	6	185	20	29	22	27	1.99
6662531--6662587	24	2.3	25	82	11	73	56	5	0	38	1.22
6665965--6666002	20	1.9	20	88	0	58	21	5	2	71	1.19
6665994--6666027	16	2.1	16	88	0	50	47	2	0	50	1.16
6666006--6666049	23	2.0	21	86	8	61	50	4	0	45	1.22
6666048--6666094	23	2.0	23	83	0	58	48	6	2	42	1.40
6666058--6666111	23	2.4	23	84	3	65	37	3	1	57	1.27
6666657--6666681	8	3.1	8	100	0	50	60	0	16	24	1.36
6669179--6669492	159	2.0	162	86	5	442	18	11	18	52	1.74
6676030--6676420	146	2.6	146	80	7	435	28	13	24	33	1.93
6679192--6679225	15	2.2	16	89	5	52	2	20	0	76	0.92
6681533--6681561	15	1.9	15	100	0	58	41	0	24	34	1.55
6698434--6698491	3	19.3	3	85	0	80	63	1	3	31	1.21
6698971--6698998	12	2.3	12	100	0	56	0	42	35	21	1.53
6700068--6700223	43	3.4	43	71	17	143	29	25	17	27	1.97
6700066--6700245	95	1.9	95	95	0	324	30	23	17	27	1.97
6700426--6701116	88	7.9	88	91	2	936	25	23	22	28	1.99
6701432--6701537	53	2.0	53	100	0	212	30	26	11	32	1.91
6703287--6703316	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6708203--6708275	38	2.0	37	86	10	105	54	0	9	35	1.33
6708192--6708279	36	2.4	34	81	18	99	54	1	7	36	1.37
6708406--6708463	3	19.3	3	85	0	80	63	1	3	31	1.21
6708943--6708970	12	2.3	12	100	0	56	0	42	35	21	1.53
6711302--6711376	13	5.8	13	82	0	87	29	6	26	37	1.82
6721297--6721592	127	2.3	127	85	2	407	38	18	17	26	1.92
6722456--6722497	20	2.2	20	87	12	61	64	7	0	28	1.20
6737301--6738036	178	4.2	178	87	4	1005	29	19	23	27	1.98
6737744--6737839	44	2.2	46	81	9	110	30	17	25	27	1.97
6739457--6739562	32	3.2	32	72	12	88	27	5	6	60	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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