genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70921914--70922078	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
70925181--70925431	80	3.2	80	91	0	396	23	20	27	27	1.99
70925180--70925431	40	6.3	40	78	2	274	24	20	27	27	1.99
70927574--70927599	7	3.7	7	100	0	52	26	11	0	61	1.30
70933599--70933637	14	2.8	14	100	0	78	35	23	5	35	1.77
70935147--70935304	43	3.7	42	77	8	133	28	27	20	24	1.99
70938661--70938773	28	4.0	28	81	1	118	27	15	32	24	1.95
70958503--70958563	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
70966402--70966443	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
70966475--70966504	16	1.9	15	93	6	51	30	6	3	60	1.39
70967198--70967228	10	3.0	10	95	4	53	38	0	3	58	1.15
70970043--70970142	46	2.2	46	87	3	139	46	6	31	17	1.72
70973206--70973263	30	1.9	30	100	0	116	31	1	20	46	1.61
70976177--70976266	29	3.1	28	88	4	126	30	28	13	27	1.94
70976479--70976521	16	2.7	16	89	7	61	16	20	11	51	1.75
70976479--70976521	8	5.4	8	78	10	52	16	20	11	51	1.75
70981060--70981085	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
70983933--70983990	28	2.0	29	93	3	100	27	29	13	29	1.94
70984205--70984247	16	2.7	16	81	0	59	6	13	20	58	1.59
70997179--70997235	28	2.0	28	100	0	114	31	14	10	43	1.79
70998277--70998314	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
70998277--70998314	10	3.9	10	86	3	51	65	2	0	31	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71000616--71000784	41	4.2	40	73	17	150	27	27	21	23	1.99
71003064--71003103	19	2.0	20	85	4	55	62	10	7	20	1.50
71003064--71003103	20	2.0	20	85	9	55	62	10	7	20	1.50
71008194--71008283	27	3.3	27	64	27	71	25	13	22	38	1.90
71008172--71008477	111	2.7	111	87	2	425	26	14	21	37	1.92
71008172--71008481	167	1.9	168	88	2	471	26	13	22	37	1.91
71008172--71008481	56	5.6	56	90	1	453	26	13	22	37	1.91
71008171--71008522	167	2.1	167	83	4	449	26	13	22	36	1.92
71010152--71010203	26	2.0	26	88	3	77	32	15	17	34	1.91
71019346--71019442	48	2.0	48	100	0	194	28	12	22	36	1.91
71021039--71021071	17	1.9	18	88	11	52	48	3	27	21	1.64
71021238--71021271	15	2.2	16	89	5	52	55	2	23	17	1.55
71055152--71055252	28	3.6	28	79	0	112	27	30	13	27	1.94
71057274--71057443	79	2.1	80	91	3	272	25	20	27	25	1.99
71057219--71057443	40	5.7	40	83	5	269	25	21	26	25	2.00
71057278--71057476	79	2.5	79	86	4	242	26	20	26	26	1.99
71058915--71058954	21	1.9	21	84	0	53	40	22	7	30	1.81
71066150--71066250	28	3.6	28	89	0	148	25	33	16	23	1.96
71074775--71074869	40	2.4	40	87	0	127	32	27	17	22	1.96
71094923--71095127	40	5.2	40	88	2	290	23	23	27	24	2.00
71094911--71095127	80	2.7	80	88	3	330	24	23	27	24	2.00
71100256--71100297	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71129094--71129406	47	6.6	47	91	1	500	32	8	30	28	1.86
71129094--71129406	143	2.2	141	91	1	500	32	8	30	28	1.86
71132667--71132816	56	2.6	56	75	6	131	34	20	15	30	1.93
71147113--71147167	21	2.5	22	82	2	67	16	32	34	16	1.91
71154726--71154754	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
71159979--71160049	34	2.1	33	86	2	97	26	23	23	25	2.00
71165953--71166105	43	3.6	42	74	7	130	30	24	16	27	1.97
71165990--71166121	43	3.1	43	78	9	112	32	24	16	26	1.96
71167683--71167769	42	2.1	42	100	0	174	43	19	6	29	1.77
71180256--71180426	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	21	1.98
71180249--71180422	46	3.8	46	77	13	185	30	28	19	21	1.98
71185770--71185941	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
71185762--71185937	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
71187505--71187566	27	2.3	27	97	2	115	24	37	4	33	1.77
71188354--71188469	58	2.0	58	96	0	214	27	24	18	29	1.98
71188412--71188526	43	2.7	42	80	6	133	31	22	13	32	1.93
71190621--71190658	19	2.0	19	89	0	58	42	7	18	31	1.79
71207274--71207449	46	3.8	45	76	10	176	22	19	28	29	1.98
71207270--71207441	93	1.8	93	92	0	290	22	20	29	28	1.98
71213366--71213417	26	2.0	26	100	0	104	34	26	7	30	1.85
71220242--71220471	40	5.8	40	84	2	268	24	22	27	25	2.00
71224693--71224748	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71225602--71225739	54	2.5	53	80	4	177	29	18	21	30	1.97
71227799--71227844	22	2.1	22	95	0	83	15	8	26	50	1.73
71228121--71228179	31	1.9	31	86	3	84	22	35	30	11	1.90
71229147--71229192	22	2.1	22	95	0	83	43	28	19	8	1.80
71229395--71229456	22	2.8	23	78	11	67	33	20	22	22	1.97
71229600--71229722	41	3.0	41	87	0	183	27	28	21	21	1.99
71229973--71230026	27	2.0	27	85	0	72	35	11	12	40	1.79
71229988--71230213	27	8.3	26	79	9	100	30	7	19	42	1.78
71230055--71230302	27	9.2	27	78	11	177	29	8	20	41	1.81
71230029--71230302	54	5.1	54	77	8	218	29	8	20	41	1.81
71230038--71230277	81	3.0	81	75	11	210	28	7	21	42	1.81
71230071--71230251	55	3.3	56	81	8	212	27	7	22	43	1.79
71230296--71230393	27	3.6	26	88	2	133	30	22	16	30	1.96
71232637--71232844	39	5.4	39	84	4	271	31	26	19	22	1.98
71232637--71232843	75	2.7	76	83	6	247	31	26	19	22	1.98
71232638--71232844	114	1.8	114	94	0	369	31	26	19	22	1.98
71238507--71238539	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71243898--71243955	6	9.5	6	76	10	55	15	5	0	79	0.90
71243899--71243938	5	7.8	5	84	15	55	17	2	0	80	0.83
71243910--71243970	32	1.9	32	83	6	79	18	4	0	77	0.95
71246633--71246665	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71248098--71248136	18	2.2	18	95	0	69	38	7	7	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71250169--71250367	6	32.3	6	72	17	133	48	13	18	19	1.80
71250244--71250336	19	4.6	19	75	21	100	48	13	19	18	1.81
71250238--71250304	25	2.7	25	92	0	116	47	14	19	17	1.82
71250233--71250367	62	2.2	63	95	4	256	48	14	19	18	1.81
71250234--71250367	37	3.4	37	72	23	98	47	14	19	18	1.82
71250307--71250367	25	2.4	25	91	0	104	47	13	19	19	1.82
71250269--71250339	19	3.8	19	83	10	101	47	15	19	16	1.82
71250486--71250545	27	2.3	26	85	2	75	35	20	25	20	1.96
71250513--71250650	67	2.0	67	83	5	168	30	22	28	18	1.98
71250584--71250635	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
71250880--71251101	27	8.3	27	85	0	257	24	19	18	36	1.94
71250884--71251101	81	2.7	81	87	2	298	24	20	17	37	1.94
71251086--71251587	27	18.6	27	77	9	186	31	8	21	38	1.84
71251194--71251587	27	14.6	27	84	2	477	31	8	21	38	1.84
71251222--71251587	54	6.8	54	91	0	545	31	8	21	39	1.83
71253565--71253756	6	31.3	6	74	14	160	50	14	17	18	1.79
71253592--71253706	25	4.6	25	87	6	162	49	14	18	17	1.80
71253576--71253706	49	2.7	49	86	3	147	50	13	17	18	1.78
71253586--71253756	37	4.6	37	80	8	204	49	14	17	18	1.79
71253634--71253750	31	3.8	31	77	13	141	48	14	17	18	1.81
71253973--71254023	26	2.0	26	84	7	68	35	19	27	17	1.94
71254268--71254652	27	14.3	27	80	9	351	24	18	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71254268--71254650	54	7.1	54	81	4	443	24	19	19	36	1.94
71254272--71254650	81	4.7	81	85	4	471	24	19	18	36	1.94
71254252--71254631	187	2.0	187	94	0	670	25	19	18	36	1.95
71254698--71255080	27	14.2	27	77	8	183	31	9	20	38	1.84
71254743--71255080	27	12.6	27	87	0	471	31	9	21	38	1.84
71254743--71255080	54	6.3	54	91	0	543	31	9	21	38	1.84
71257181--71257352	46	3.7	46	76	10	188	22	20	27	29	1.98
71257177--71257347	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
71257576--71257613	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
71263523--71263560	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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