genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73752652--73752851	43	4.7	43	80	6	219	27	18	27	28	1.98
73752654--73752851	84	2.3	86	80	3	231	27	17	26	28	1.98
73757840--73757989	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73757864--73758047	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73764286--73764455	43	4.0	43	75	9	152	25	18	26	30	1.98
73764298--73764459	84	1.9	84	83	5	211	25	17	26	29	1.98
73780960--73781067	46	2.3	49	82	6	125	27	20	17	34	1.95
73784929--73784976	24	2.0	24	100	0	96	54	12	4	29	1.56
73790101--73790174	27	2.7	27	89	0	103	27	18	20	33	1.96
73790144--73790511	136	2.7	135	79	10	360	31	10	19	38	1.85
73790146--73790512	80	4.5	81	81	5	370	31	10	19	38	1.85
73790144--73790503	27	13.4	27	80	4	352	31	10	20	38	1.86
73790826--73790887	28	2.2	28	97	0	115	24	35	16	24	1.95
73793665--73793741	27	2.9	27	90	3	111	27	18	18	36	1.94
73793936--73794068	53	2.5	54	80	2	142	33	10	17	39	1.84
73793708--73794067	27	13.4	27	81	2	330	31	10	19	39	1.85
73795960--73796111	64	2.3	67	80	10	175	32	16	28	22	1.96
73799150--73799901	377	2.0	377	95	0	1353	34	22	9	33	1.86
73802475--73802527	25	2.1	25	100	0	106	37	18	11	32	1.87
73807892--73807931	12	3.3	12	96	0	71	22	42	27	7	1.80
73814663--73814772	41	2.7	40	83	5	132	28	17	22	31	1.96
73815278--73815482	101	2.0	101	95	0	365	32	16	26	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73815745--73815790	23	2.0	24	91	4	76	54	6	0	39	1.26
73815764--73815868	39	2.7	38	81	5	113	47	4	6	40	1.51
73822973--73822997	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
73823391--73823533	68	2.1	71	84	6	186	42	4	4	48	1.44
73829878--73829916	19	2.1	19	100	0	78	23	10	15	51	1.73
73833338--73833585	39	6.4	37	87	6	307	30	27	20	21	1.98
73833338--73833585	78	3.2	78	90	2	392	30	27	20	21	1.98
73833338--73833585	117	2.1	117	91	3	401	30	27	20	21	1.98
73838318--73838494	39	4.5	39	87	2	230	31	27	20	19	1.97
73842927--73843174	39	6.4	37	85	7	298	31	27	20	21	1.98
73842927--73843174	78	3.2	78	89	1	381	31	27	20	21	1.98
73842927--73843174	117	2.1	117	89	3	383	31	27	20	21	1.98
73844836--73844889	26	2.1	26	85	0	72	27	29	16	25	1.97
73849573--73849602	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
73851830--73851920	46	2.0	46	86	0	128	25	30	9	34	1.88
73851899--73852084	47	4.0	47	88	1	248	25	30	11	32	1.91
73873722--73873782	30	2.0	30	93	0	104	36	16	22	24	1.94
73885865--73886007	43	3.3	42	80	9	137	23	17	25	33	1.96
73885909--73886007	42	2.3	43	84	5	139	25	15	24	35	1.94
73885909--73886026	43	2.8	42	81	3	139	24	15	25	34	1.94
73895744--73895838	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
73895769--73895851	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73901361--73901386	12	2.2	12	100	0	52	15	15	15	53	1.73
73906524--73906640	56	2.1	56	93	0	198	27	5	11	55	1.58
73906646--73906690	22	2.0	23	86	4	65	48	2	6	42	1.41
73909572--73909619	20	2.5	20	90	10	73	41	4	0	54	1.20
73914127--73914251	51	2.5	48	76	12	126	54	10	4	31	1.53
73917224--73917397	43	4.1	43	87	2	226	24	31	18	25	1.98
73919263--73919292	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
73929734--73929814	41	2.0	41	95	0	144	24	18	16	40	1.90
73930419--73930452	15	2.4	14	90	9	52	29	0	5	64	1.17
73941827--73941954	46	2.7	48	80	6	145	46	12	9	31	1.73
73944414--73944503	28	3.2	28	80	0	108	27	23	14	34	1.94
73944616--73944705	28	3.2	28	73	14	85	23	24	20	32	1.98
73944631--73944725	29	3.3	29	70	14	88	25	25	20	29	1.99
73944549--73944725	57	3.1	57	82	0	194	28	23	16	30	1.97
73944829--73944940	53	2.2	52	80	6	129	30	23	8	37	1.85
73955355--73955495	47	3.0	47	93	2	232	28	12	14	44	1.81
73956298--73956428	44	3.0	45	92	4	214	23	23	28	24	2.00
73956955--73956987	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
73962403--73962583	48	3.8	48	73	2	148	25	21	27	24	1.99
73967137--73967165	11	2.6	11	100	0	58	65	6	17	10	1.44
73972697--73972724	6	4.7	6	100	0	56	14	53	17	14	1.73
73979117--73979179	29	2.2	29	100	0	126	42	28	12	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73981652--73981983	27	12.4	27	81	5	334	39	19	9	31	1.83
73982010--73982467	27	17.0	27	88	0	574	36	18	20	24	1.94
73982807--73982866	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
73984971--73985301	27	12.3	27	83	4	348	38	19	9	32	1.83
73985022--73985337	27	11.7	27	74	11	112	38	19	8	32	1.83
73985329--73985787	27	17.0	27	88	0	603	36	18	20	24	1.95
73986232--73986288	6	9.3	6	75	17	55	17	17	15	49	1.81
73988246--73988313	2	34.0	2	90	0	109	48	0	50	1	1.10
73991095--73991241	57	2.5	58	81	6	172	34	21	18	25	1.96
73992533--73992633	49	2.1	49	94	0	175	20	19	20	38	1.93
73997081--73997125	10	4.4	10	85	2	54	46	13	20	20	1.83
73997079--73997125	20	2.3	21	81	3	60	46	12	19	21	1.82
74002679--74002840	42	3.8	43	76	8	154	28	25	17	29	1.97
74006154--74006318	36	4.6	35	79	6	152	13	13	32	40	1.83
74014850--74014874	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
74015157--74015182	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
74016056--74016125	21	3.3	22	78	9	74	17	20	24	38	1.93
74022220--74022298	39	2.0	39	90	0	122	35	13	24	26	1.93
74028766--74028799	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
74031527--74031559	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
74031805--74031869	28	2.3	28	91	0	103	33	29	7	29	1.85
74031985--74032064	27	2.9	28	83	5	108	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74031985--74032075	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
74031985--74032089	55	1.9	56	82	5	133	19	24	20	35	1.96
74036210--74036246	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
74039478--74039552	39	1.9	39	88	0	114	37	16	5	41	1.71
74047444--74047515	32	2.2	32	82	0	90	38	37	11	12	1.79
74048063--74048125	20	3.1	21	77	8	60	74	6	15	3	1.15
74056307--74056368	24	2.6	23	85	7	79	22	16	27	33	1.95
74064271--74064331	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
74075424--74075586	27	6.0	26	83	9	186	42	20	17	19	1.89
74075574--74075785	27	7.8	27	73	4	158	27	16	19	37	1.92
74075577--74075763	81	2.3	81	82	1	205	29	16	17	36	1.92
74076650--74076680	16	1.9	16	93	0	53	48	22	6	22	1.73
74077965--74078083	29	4.2	29	81	4	145	31	14	27	26	1.95
74082151--74082449	47	6.3	48	90	3	421	32	9	30	27	1.89
74086168--74086253	42	2.0	42	84	4	111	32	10	27	29	1.90
74088742--74088773	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
74090983--74091154	40	4.3	40	81	7	176	24	20	26	27	1.99
74090983--74091154	80	2.2	79	85	7	224	24	20	26	27	1.99
74091382--74091423	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
74093153--74093202	16	3.2	15	83	8	55	54	16	20	10	1.70
74093427--74093529	29	3.6	29	75	8	104	26	14	32	27	1.95
74093417--74093528	57	2.0	57	82	10	140	27	13	30	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74097052--74097245	27	7.2	27	81	2	185	43	21	13	21	1.87
74097052--74097245	54	3.6	53	83	3	219	43	21	13	21	1.87
74097237--74097477	54	4.5	54	81	3	261	25	14	19	40	1.90
74097237--74097469	107	2.2	108	81	3	290	25	14	19	40	1.90
74097208--74097477	27	10.0	27	78	6	226	26	14	19	38	1.91
74097807--74097855	18	2.7	18	93	0	80	20	24	14	40	1.89
74105337--74105372	18	1.9	19	88	5	56	41	19	0	38	1.52
74105336--74105378	18	2.3	19	80	8	52	39	23	2	34	1.67
74106534--74106655	43	2.9	41	74	11	120	27	21	17	33	1.95
74109835--74109885	16	3.2	16	77	0	57	49	21	19	9	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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