genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76596568--76596616	24	2.0	24	100	0	98	20	26	8	44	1.79
76598293--76598368	39	1.9	40	86	5	109	34	15	18	31	1.92
76599225--76599263	20	2.0	20	85	10	53	30	17	10	41	1.83
76603526--76603568	20	2.0	22	86	8	63	34	4	2	58	1.32
76608579--76608637	27	2.2	27	87	6	84	45	3	3	47	1.36
76609870--76609903	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
76610024--76610084	30	2.0	30	90	0	95	55	11	6	26	1.59
76614318--76614416	44	2.3	43	86	8	139	25	18	23	33	1.97
76614321--76614429	44	2.5	43	85	5	123	25	18	23	32	1.97
76617105--76617252	48	3.1	48	91	0	233	30	24	7	37	1.83
76619574--76619617	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
76620106--76620199	47	2.0	47	100	0	188	31	14	25	27	1.95
76625396--76625546	42	3.5	42	80	9	164	25	18	25	30	1.98
76625396--76625554	43	3.7	43	80	4	178	24	18	26	30	1.98
76638990--76639029	16	2.6	16	92	4	64	52	0	0	47	1.00
76639506--76639541	13	2.6	14	86	8	56	50	0	2	47	1.15
76642368--76642414	21	2.2	21	85	7	60	36	19	2	42	1.63
76642727--76642762	18	1.9	19	94	5	65	38	8	8	44	1.65
76646165--76646216	27	1.9	27	88	0	77	40	17	0	42	1.49
76655670--76655702	17	1.9	18	88	11	52	54	0	9	36	1.32
76656451--76656526	30	2.5	30	80	4	82	32	21	19	26	1.97
76662770--76662802	13	2.5	13	90	9	50	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76665952--76666050	36	2.8	36	93	0	162	19	12	45	23	1.83
76666084--76666138	15	3.5	15	72	13	56	29	7	50	12	1.67
76666069--76666145	33	2.3	33	90	0	127	25	7	49	16	1.73
76666075--76666127	15	3.2	17	69	15	56	24	3	52	18	1.62
76669836--76669890	27	2.1	26	83	10	67	49	1	1	47	1.23
76669875--76669931	21	2.6	21	83	5	60	49	3	5	42	1.42
76670613--76671327	247	2.9	249	89	4	1030	30	20	12	36	1.90
76680894--76680933	16	2.4	16	88	12	55	2	22	0	75	0.93
76681833--76681916	34	2.5	35	86	2	100	29	16	11	41	1.84
76682963--76683005	11	3.8	11	81	3	50	55	2	2	39	1.25
76683153--76683200	17	2.7	18	77	6	53	60	0	2	37	1.09
76684005--76684040	17	2.1	18	94	5	65	47	0	0	52	1.00
76684276--76684325	15	3.2	16	83	13	61	58	0	0	42	0.98
76684289--76684326	10	4.0	10	83	13	53	60	0	0	39	0.97
76694593--76694649	23	2.5	23	80	5	62	64	3	8	22	1.37
76701514--76701643	41	3.2	40	81	6	138	20	21	5	52	1.66
76712520--76712593	25	2.8	26	81	10	87	77	2	5	14	1.07
76712508--76712593	6	14.5	6	74	13	72	76	2	5	15	1.07
76712508--76712597	31	2.8	32	75	14	96	76	2	5	15	1.07
76717957--76717988	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
76717976--76718019	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
76718014--76718043	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76721487--76721530	20	2.2	20	84	15	65	65	0	0	34	0.93
76727905--76727936	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
76727924--76727967	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
76727962--76727991	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
76730218--76730253	18	2.0	18	88	0	54	41	13	8	36	1.75
76730394--76730424	6	5.2	6	92	0	53	45	19	19	16	1.86
76730394--76730428	18	1.9	18	100	0	70	42	17	22	17	1.88
76733068--76733129	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
76733154--76733204	23	2.3	22	82	3	57	72	1	3	21	1.11
76733575--76733614	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
76737112--76737153	17	2.5	17	88	0	57	23	26	33	16	1.96
76743662--76743712	23	2.3	23	96	3	95	21	13	3	60	1.49
76750732--76750768	18	2.0	19	89	5	58	2	62	0	35	1.10
76750730--76750771	18	2.4	17	84	11	57	2	57	0	40	1.12
76753573--76753636	32	2.0	32	100	0	128	31	25	21	21	1.98
76760430--76760605	46	3.8	46	78	15	191	22	19	27	29	1.98
76760426--76760598	93	1.9	93	92	0	292	23	20	28	28	1.99
76765973--76766023	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
76767011--76767049	17	2.3	17	90	0	60	66	23	0	10	1.22
76767920--76767974	27	2.0	27	92	0	92	43	0	9	47	1.35
76768147--76768200	26	2.1	26	100	0	108	44	11	3	40	1.58
76772684--76772738	25	2.2	25	93	0	92	36	14	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76773136--76773204	35	2.0	35	100	0	138	34	11	11	42	1.78
76774220--76774254	18	1.9	18	88	0	52	51	5	34	8	1.56
76775792--76775820	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
76784779--76784830	20	2.7	20	85	8	63	44	28	21	5	1.75
76785076--76785208	61	2.2	58	84	4	176	41	2	3	53	1.29
76792061--76792163	43	2.4	43	86	0	116	36	21	13	28	1.91
76798896--76798949	27	2.0	27	96	0	99	31	12	22	33	1.92
76805484--76805533	3	17.3	3	79	8	59	38	0	2	60	1.09
76807447--76807487	16	2.5	17	84	11	59	53	0	0	46	1.00
76807780--76807834	25	2.1	28	90	10	89	45	1	3	49	1.30
76811029--76811112	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
76812601--76812653	26	2.0	26	82	7	63	37	20	16	24	1.93
76814300--76814341	19	2.2	19	83	8	50	61	11	4	21	1.48
76814510--76814564	24	2.3	24	81	6	67	41	16	12	29	1.85
76815062--76815131	32	2.2	32	86	0	95	22	40	22	14	1.90
76816786--76816928	42	3.4	42	77	10	157	23	13	20	41	1.88
76831419--76831534	45	2.6	44	80	5	126	43	18	16	21	1.88
76831747--76831832	40	2.2	40	84	0	109	40	15	10	33	1.81
76832622--76832747	5	25.6	5	96	3	238	60	0	0	39	0.97
76836270--76836328	29	2.0	28	84	12	75	66	6	5	22	1.36
76837117--76837154	18	2.2	17	90	9	60	60	34	0	5	1.19
76839632--76839667	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76848008--76848130	62	2.0	63	93	1	212	35	16	23	24	1.94
76847932--76848203	138	2.0	138	84	4	361	30	17	23	28	1.97
76848235--76848379	75	1.9	77	88	2	222	33	18	22	26	1.97
76848066--76848442	169	2.2	168	92	2	625	31	18	19	30	1.96
76848414--76848611	53	3.5	53	71	19	177	25	13	22	38	1.91
76848408--76848632	116	1.9	116	95	0	405	25	13	23	37	1.92
76848563--76848752	72	2.6	73	85	4	260	25	14	23	35	1.93
76848992--76849113	57	2.2	56	88	5	176	27	12	18	41	1.86
76849082--76849142	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
76848538--76849179	288	2.2	280	75	11	634	26	15	21	36	1.93
76852173--76852225	27	2.0	26	81	3	61	50	3	5	39	1.44
76856487--76856550	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
76856655--76856795	54	2.6	54	94	2	239	17	24	22	34	1.96
76856655--76856813	27	5.9	27	83	11	193	18	25	21	34	1.96
76856655--76856812	81	2.0	80	86	8	223	18	25	20	34	1.96
76857754--76857797	23	2.0	23	86	4	63	47	6	6	38	1.57
76857816--76857856	17	2.4	17	84	15	50	56	0	4	39	1.21
76858674--76858718	5	8.6	5	85	5	54	35	0	22	42	1.54
76858672--76858718	15	3.0	15	82	17	60	34	0	23	42	1.54
76861133--76861161	14	2.0	15	93	6	51	51	6	0	41	1.28
76862095--76862137	19	2.3	19	84	11	54	60	2	4	32	1.30
76864203--76864228	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76865295--76865327	13	2.4	14	90	5	50	63	3	3	30	1.24
76865854--76865879	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76865896--76865951	20	2.6	21	80	13	60	30	5	1	62	1.28
76866784--76866817	15	2.3	15	89	0	50	17	11	0	70	1.16
76867027--76867075	14	3.4	14	78	13	55	36	14	8	40	1.75
76868213--76868259	17	2.6	18	76	6	51	51	6	14	27	1.67
76870367--76870439	36	2.0	36	91	0	119	34	21	12	31	1.91
76873662--76873691	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
76873750--76873792	4	10.8	4	87	9	52	69	0	30	0	0.88
76875763--76875822	25	2.4	25	82	0	66	40	0	3	56	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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