genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  224  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73014140--73014364	47	4.8	46	76	6	177	30	19	27	23	1.98
73014140--73014360	93	2.4	94	81	9	256	30	19	26	23	1.98
73017277--73017448	46	3.7	46	79	13	208	20	20	29	29	1.98
73017270--73017441	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
73028720--73028931	40	5.3	39	83	4	264	27	27	20	24	1.99
73028739--73028931	80	2.4	80	95	0	350	26	28	20	24	1.99
73036786--73036997	40	5.3	39	83	5	264	27	28	20	23	1.99
73036786--73036997	80	2.7	80	91	0	345	27	28	20	23	1.99
73039430--73039605	46	3.8	46	73	14	164	22	19	27	31	1.98
73039426--73039597	93	1.8	93	86	4	249	22	19	27	30	1.98
73043561--73043732	46	3.7	46	77	7	168	23	19	26	30	1.98
73043554--73043725	93	1.8	93	88	2	265	23	20	26	29	1.99
73045294--73045424	50	2.6	51	87	2	201	38	12	14	34	1.85
73045432--73045517	39	2.2	39	89	0	127	45	13	9	31	1.76
73049255--73049333	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
73049452--73050039	47	12.5	47	95	0	978	29	29	8	32	1.87
73054549--73054721	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
73054546--73054716	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
73054945--73054982	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73061994--73062281	132	2.2	132	80	1	312	35	19	17	27	1.94
73064735--73065536	131	6.1	131	92	1	1297	27	26	17	27	1.98
73064982--73065176	45	4.4	44	67	11	103	28	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73065558--73065681	64	1.9	64	87	6	180	37	13	15	33	1.87
73066772--73066806	3	11.7	3	87	0	52	0	25	0	74	0.82
73066770--73066819	6	8.7	6	80	8	50	0	20	2	78	0.86
73066770--73066807	18	2.1	18	95	0	67	0	23	0	76	0.79
73069802--73069881	38	2.1	38	86	6	110	26	30	18	25	1.98
73070000--73070324	47	7.0	47	88	5	466	28	31	8	31	1.88
73070051--73070320	134	2.0	135	95	1	488	30	29	7	32	1.85
73074030--73074372	40	8.6	40	87	3	426	24	27	23	25	2.00
73074022--73074372	120	2.9	120	87	3	485	24	27	23	25	2.00
73074680--73074758	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
73074740--73074842	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
73076692--73076770	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
73076889--73077358	47	10.1	47	94	1	786	28	30	9	31	1.88
73076889--73077358	184	2.5	186	91	2	764	28	30	9	31	1.88
73076940--73077358	231	1.8	231	97	0	793	29	29	8	31	1.87
73081083--73082259	587	2.0	587	95	0	2131	30	21	18	29	1.97
73083009--73083475	132	3.5	129	75	8	413	35	17	19	27	1.94
73084580--73084626	19	2.5	19	86	3	60	53	2	10	34	1.48
73093681--73093720	20	2.0	20	85	0	53	30	7	20	42	1.79
73099819--73099844	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
73105582--73105683	42	2.4	43	81	6	118	29	23	18	28	1.98
73122006--73122067	31	2.0	31	87	0	88	40	14	24	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73122572--73122685	31	3.5	33	82	5	119	51	4	3	40	1.39
73126613--73126728	41	2.8	41	93	0	187	44	6	27	21	1.75
73134005--73134481	243	2.0	242	92	1	794	23	20	19	35	1.95
73138103--73138338	49	4.8	49	80	7	289	30	26	17	26	1.97
73138104--73138342	99	2.4	99	84	5	297	30	26	17	25	1.97
73143774--73143901	49	2.6	49	87	0	184	28	19	27	24	1.98
73145793--73145832	19	2.1	19	85	0	53	12	30	40	17	1.86
73147265--73147312	24	2.0	24	84	12	62	27	2	27	43	1.66
73163338--73163385	17	2.9	17	81	3	62	47	10	18	22	1.79
73173489--73173532	19	2.3	19	96	0	79	25	2	9	63	1.35
73178851--73178896	22	2.1	22	100	0	92	41	8	8	41	1.67
73181327--73181441	25	4.6	25	74	2	106	31	19	20	28	1.97
73187337--73187378	20	2.0	21	90	4	68	16	7	0	76	1.00
73187343--73187386	20	2.1	21	87	4	63	20	6	0	72	1.07
73188764--73189255	171	2.8	170	86	6	623	24	29	23	22	1.99
73190486--73190578	24	3.9	24	80	1	80	36	20	20	22	1.95
73192622--73192740	36	3.3	36	84	4	150	47	25	10	17	1.79
73203515--73203548	16	2.1	16	94	0	59	26	17	8	47	1.77
73225191--73225336	40	3.7	40	82	7	172	24	22	27	25	2.00
73225191--73225369	80	2.2	80	80	6	186	26	21	26	25	2.00
73232868--73233013	40	3.7	40	82	7	172	24	22	27	25	2.00
73232868--73233046	80	2.2	80	80	6	186	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73239852--73240005	28	5.5	28	95	0	274	33	26	11	27	1.91
73247983--73248108	28	4.5	28	89	2	173	32	27	12	26	1.93
73250675--73250730	29	2.0	29	86	10	80	37	23	21	17	1.94
73251333--73251371	21	1.9	20	84	5	51	48	25	0	25	1.51
73258362--73258416	29	1.9	28	85	3	74	32	27	23	16	1.96
73260079--73260103	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
73263136--73263168	16	2.1	16	100	0	66	36	0	6	57	1.23
73265447--73265498	25	2.1	25	96	0	95	25	15	21	38	1.92
73285297--73285346	22	2.3	22	92	0	82	32	18	22	28	1.97
73286726--73286861	26	5.2	26	94	0	218	33	5	24	36	1.80
73288302--73288377	26	2.8	26	84	4	89	35	21	11	31	1.89
73288480--73288619	27	5.2	27	86	2	174	18	24	22	35	1.96
73288480--73288619	54	2.6	55	88	2	194	18	24	22	35	1.96
73290344--73290477	26	5.2	26	95	0	241	31	6	25	36	1.82
73295251--73295275	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
73297622--73297658	16	2.2	17	90	4	58	29	5	5	59	1.42
73300929--73301099	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
73300924--73301096	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
73302446--73302675	70	3.3	70	92	1	374	31	11	16	40	1.84
73307378--73307431	27	2.0	27	92	0	90	24	29	3	42	1.72
73307672--73307705	14	2.3	15	95	5	61	0	20	2	76	0.92
73309436--73309487	26	1.9	27	88	7	79	15	15	1	67	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73316868--73316900	16	2.1	16	100	0	66	18	27	18	36	1.94
73317101--73317134	17	1.9	17	88	5	50	0	11	2	85	0.71
73318393--73318438	21	2.2	21	84	3	67	58	2	2	36	1.22
73318403--73318447	21	2.1	21	84	8	56	62	4	2	31	1.27
73319169--73319203	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
73319869--73320143	142	1.9	142	96	0	505	34	20	12	32	1.89
73320975--73321096	5	24.4	5	100	0	244	59	0	0	40	0.97
73321276--73321318	22	2.0	22	100	0	86	46	9	13	30	1.75
73321336--73321480	72	2.0	72	100	0	290	37	11	12	38	1.79
73329221--73329391	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
73329214--73329388	46	3.8	46	75	13	187	29	27	20	22	1.98
73345479--73345671	39	5.0	39	80	7	180	23	21	27	27	1.99
73355757--73355884	45	2.8	44	84	5	150	25	26	14	32	1.95
73355757--73355875	46	2.6	44	85	6	150	25	26	15	32	1.96
73361370--73361409	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
73361602--73361628	14	1.9	14	100	0	54	33	7	29	29	1.85
73364254--73364429	40	4.4	40	87	3	214	24	19	27	28	1.99
73365926--73366184	49	5.5	48	73	12	166	24	28	20	27	1.99
73366066--73366183	46	2.5	46	85	8	141	24	27	19	28	1.99
73368243--73368418	50	3.5	49	83	1	199	25	17	26	30	1.97
73375536--73375591	11	5.2	11	82	4	69	32	17	17	32	1.94
73380933--73381114	40	4.6	40	90	2	260	24	24	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73383932--73384072	50	2.8	50	89	4	196	20	32	18	28	1.96
73387871--73388030	42	3.8	42	78	4	180	26	23	18	32	1.97
73387871--73388030	83	1.9	84	79	3	180	26	23	18	32	1.97
73397594--73397646	19	2.8	19	82	0	61	22	0	1	75	0.90
73397588--73397646	12	4.7	13	72	6	50	22	0	1	76	0.88
73402358--73402414	28	2.0	28	93	0	96	24	26	7	42	1.80
73421084--73421206	34	3.7	34	79	8	126	24	22	23	29	1.99
73421092--73421204	33	3.4	32	83	8	129	25	22	23	29	1.99
73421189--73421218	14	2.1	14	100	0	60	20	26	16	36	1.93
73422026--73422077	26	2.0	26	100	0	104	30	26	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290