genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19781180--19781903	259	2.8	260	86	0	1000	31	16	13	38	1.88
19781179--19781896	389	1.8	389	88	0	1085	31	16	13	38	1.88
19781314--19781903	63	9.1	63	65	11	172	31	16	13	38	1.88
19782654--19782702	21	2.3	20	80	13	53	18	22	4	55	1.60
19790223--19790334	54	2.1	54	86	3	154	36	21	25	16	1.94
19790223--19790334	27	4.2	26	85	5	134	36	21	25	16	1.94
19791942--19792050	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
19796005--19796119	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
19796005--19796119	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
19797725--19797834	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
19801616--19801666	23	2.2	23	82	10	59	56	19	3	19	1.57
19802393--19802428	14	2.6	14	95	0	63	52	25	0	22	1.47
19804758--19804787	13	2.4	13	94	5	53	16	0	6	76	0.99
19806626--19806687	32	2.0	31	90	3	97	43	4	6	45	1.51
19813838--19813916	32	2.4	33	83	10	92	63	11	10	15	1.52
19815795--19815868	37	2.0	37	100	0	148	40	10	8	40	1.70
19818381--19818438	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
19818417--19818488	19	3.9	19	83	10	105	37	13	9	38	1.78
19818410--19818488	35	2.2	36	82	13	101	36	15	8	39	1.78
19824292--19824348	29	1.9	30	82	3	71	61	15	0	22	1.34
19826435--19826490	29	2.0	28	92	3	94	44	3	8	42	1.53
19829473--19829519	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19829780--19829945	46	3.6	45	87	7	187	19	23	15	42	1.89
19829821--19830067	46	5.8	42	83	13	294	21	24	16	37	1.94
19829910--19830070	38	4.0	38	87	12	241	23	25	17	33	1.96
19829867--19830081	84	2.5	85	98	0	414	23	24	16	35	1.94
19834471--19834496	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
19839806--19839896	44	2.1	44	95	0	164	27	8	13	50	1.70
19841794--19841880	44	2.0	44	90	0	138	31	10	9	49	1.68
19846813--19846915	31	3.4	31	74	8	102	52	6	0	39	1.35
19846810--19846938	61	2.1	61	94	0	222	50	6	0	41	1.35
19849683--19849757	25	3.0	24	94	3	105	33	6	20	40	1.78
19849636--19849757	50	2.4	48	81	10	129	36	6	19	37	1.78
19851379--19851413	3	11.3	3	87	6	52	28	2	0	68	1.04
19851481--19851551	33	2.2	33	89	0	106	1	21	8	69	1.23
19851488--19851572	33	2.5	33	84	7	100	1	22	10	65	1.30
19852187--19852235	21	2.3	21	85	3	62	12	44	28	14	1.81
19860735--19861035	46	6.7	46	87	6	404	37	15	24	22	1.93
19860686--19860991	84	3.5	84	93	3	486	36	15	24	23	1.94
19861296--19861342	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
19865726--19865768	14	2.9	14	86	6	59	79	0	6	13	0.93
19879317--19879356	9	4.3	9	87	3	53	40	15	12	32	1.84
19880018--19880502	246	2.0	237	91	6	774	31	12	16	39	1.85
19883154--19883331	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19883151--19883331	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
19887465--19887540	36	2.1	36	95	4	136	34	14	28	22	1.93
19887479--19887554	36	2.1	36	87	4	109	36	10	30	22	1.88
19891195--19891372	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
19891192--19891372	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
19892996--19893026	16	1.9	16	93	0	53	58	25	3	12	1.50
19894132--19894166	16	2.2	16	89	0	52	57	20	17	5	1.60
19894389--19894454	29	2.3	28	89	5	96	24	16	28	30	1.97
19900626--19900674	16	3.1	16	85	5	64	55	22	4	18	1.60
19904749--19905138	216	1.8	210	91	4	638	17	5	20	55	1.62
19905207--19905250	19	2.3	19	88	0	61	13	2	25	59	1.46
19905397--19905437	5	8.2	5	100	0	82	21	19	19	39	1.93
19908883--19908913	8	3.9	8	100	0	62	9	0	0	90	0.46
19914743--19914911	85	2.0	85	95	0	302	33	17	13	36	1.88
19916560--19916608	23	2.1	24	84	3	64	8	18	8	65	1.44
19917860--19917901	21	2.0	20	86	13	59	33	0	7	59	1.25
19919404--19919466	31	2.0	31	84	6	81	34	9	12	42	1.76
19927703--19927730	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
19933708--19933732	9	2.8	9	100	0	50	56	12	0	32	1.36
19938018--19938044	13	2.1	13	100	0	54	29	37	14	18	1.91
19938429--19938516	40	2.2	40	89	0	131	51	7	7	32	1.60
19938444--19938527	40	2.1	40	97	0	159	45	7	9	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19938576--19938685	49	2.2	49	82	3	141	40	11	12	34	1.80
19939704--19939776	32	2.2	32	80	4	83	13	10	24	50	1.74
19941119--19941282	43	3.8	43	80	0	168	29	14	23	32	1.94
19944162--19944201	21	1.9	21	94	0	71	27	12	15	45	1.82
19950388--19950430	21	2.0	21	86	0	59	27	16	18	37	1.92
19957801--19957983	48	3.8	48	85	0	231	36	29	14	19	1.92
19961141--19961571	216	2.0	215	90	0	682	34	24	12	28	1.92
19969266--19969372	55	2.0	54	86	1	151	28	28	29	12	1.93
19972437--19972607	47	3.8	44	76	16	179	22	19	29	29	1.98
19975518--19975595	15	5.4	15	77	13	83	10	17	12	58	1.61
19975509--19975591	28	2.9	28	82	10	96	10	16	15	56	1.66
19977982--19978154	46	3.7	46	76	10	181	23	18	27	31	1.97
19977979--19978149	93	1.8	93	89	0	270	22	18	28	30	1.98
19982754--19982870	48	2.4	48	89	0	189	36	26	17	19	1.94
19985560--19985626	28	2.4	28	77	2	73	43	17	13	25	1.86
19987088--19987218	41	3.3	40	84	5	169	24	17	24	33	1.96
19989584--19989612	11	2.5	12	88	11	51	17	13	13	55	1.70
19988876--19989672	398	2.0	399	97	0	1524	33	10	17	38	1.84
19989830--19989911	23	3.5	22	76	5	65	37	10	12	39	1.78
19989876--19989922	23	2.0	23	84	8	60	44	10	12	31	1.77
19991814--19991877	27	2.3	27	86	7	85	31	3	0	65	1.08
19991912--19992124	89	2.4	87	83	6	259	34	7	17	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19998262--19998302	6	6.8	6	88	0	64	56	0	26	17	1.41
19998450--19998520	25	2.8	25	82	2	79	43	9	18	28	1.81
20000982--20001229	127	2.0	127	92	0	415	31	10	22	35	1.88
20004312--20004351	20	2.0	20	90	0	62	45	5	0	50	1.23
20014956--20015345	205	1.9	205	95	0	708	37	20	4	36	1.73
20016833--20016880	23	2.0	25	84	15	66	10	29	4	56	1.52
20020767--20020856	45	2.0	45	93	0	153	26	31	12	30	1.92
20027355--20027389	18	1.9	18	88	11	54	40	51	8	0	1.33
20034304--20034335	10	3.4	10	83	16	50	50	0	0	50	1.00
20034520--20034558	12	3.2	13	85	7	55	12	0	15	71	1.14
20036913--20036957	16	2.8	16	79	0	54	53	11	2	33	1.49
20041152--20041200	25	1.9	26	84	12	66	59	2	32	6	1.34
20043467--20043521	17	3.2	18	80	15	62	67	1	0	30	1.01
20043592--20043621	16	1.9	15	93	6	51	53	6	3	36	1.44
20043563--20043615	26	2.1	26	86	10	74	54	7	5	32	1.52
20045529--20045827	83	3.7	83	78	13	311	28	21	17	32	1.96
20045652--20045796	73	2.0	73	95	0	263	26	18	18	35	1.94
20045754--20046198	119	3.7	119	97	0	818	29	20	17	32	1.96
20047036--20047069	7	4.9	7	96	0	59	8	2	0	88	0.62
20057887--20057935	17	2.9	16	82	8	53	65	2	2	30	1.15
20057899--20057938	19	2.0	20	85	4	55	65	0	2	32	1.06
20058010--20058039	16	1.9	15	93	6	51	53	10	3	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20058191--20058227	12	2.9	13	80	19	51	59	0	5	35	1.20
20058233--20058299	7	9.6	7	72	18	50	67	2	2	26	1.20
20058187--20058244	25	2.4	24	76	2	62	63	0	3	32	1.11
20062234--20062270	19	1.9	19	88	0	56	32	0	0	67	0.91
20088114--20088276	65	2.5	65	79	7	177	33	11	7	47	1.67
20089629--20089672	19	2.4	19	84	3	54	56	2	11	29	1.46
20091556--20091869	89	3.5	89	73	10	269	27	21	20	30	1.98
20091878--20092440	131	4.3	131	86	2	799	27	23	21	27	1.99
20092064--20092243	42	4.2	42	70	9	119	26	24	21	27	1.99
20091889--20092440	263	2.1	262	89	3	842	27	23	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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