genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14918643--14918697	23	2.4	22	80	14	58	23	12	3	60	1.49
14929770--14929809	22	1.9	21	90	10	64	65	0	10	25	1.24
14930558--14930607	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
14934119--14934160	19	2.3	19	95	4	77	54	4	0	40	1.21
14934149--14934194	24	1.9	24	100	0	92	47	0	0	52	1.00
14936136--14936171	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
14939046--14939106	31	2.0	30	90	3	95	49	6	0	44	1.28
14953587--14953639	27	1.9	28	88	11	83	49	5	7	37	1.55
14956700--14956765	21	3.1	21	100	0	132	45	9	4	40	1.56
14956774--14956819	21	2.2	21	100	0	92	43	8	4	43	1.55
14956721--14956831	53	2.1	53	94	3	197	38	7	4	49	1.51
14958242--14958285	19	2.3	19	92	0	70	56	2	2	38	1.24
14968134--14968164	6	5.2	6	100	0	62	48	0	0	51	1.00
14968132--14968173	18	2.4	17	84	11	57	52	0	0	47	1.00
14968227--14968260	9	3.7	9	92	4	50	52	0	5	41	1.25
14969833--14970379	292	1.9	291	91	1	898	33	26	11	28	1.91
14975394--14975434	20	2.0	20	85	4	55	39	2	0	58	1.11
14976000--14976052	26	2.0	27	82	10	65	58	18	1	20	1.49
14979505--14979557	25	2.2	24	83	10	63	15	24	24	35	1.94
14981715--14981750	19	1.9	19	88	5	56	58	13	0	27	1.36
14981812--14981849	20	1.9	20	89	10	60	26	10	0	63	1.27
14987245--14987331	28	3.0	28	75	18	88	44	4	2	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14987245--14987318	30	2.6	28	79	12	78	43	5	1	50	1.33
14990655--14990685	15	2.1	15	100	0	62	32	0	29	38	1.57
14993451--14993535	36	2.4	36	100	0	170	21	24	25	28	1.99
14993890--14994201	3	103.0	3	65	19	82	30	6	3	60	1.37
14994271--14994327	8	7.1	8	78	11	55	29	3	1	64	1.20
14994442--14994514	22	3.3	23	76	16	73	36	2	5	54	1.38
14994436--14994492	19	2.8	19	76	19	53	40	3	3	52	1.35
14994539--14994613	23	3.2	24	74	11	75	33	4	4	58	1.35
14994711--14994740	9	3.3	9	90	0	51	40	0	0	60	0.97
14998014--14998061	25	1.9	25	87	8	71	58	0	4	37	1.18
14998195--14998246	19	2.5	20	78	12	61	65	3	0	30	1.10
15008137--15008171	16	2.2	16	90	5	54	40	2	0	57	1.14
15014346--15014444	30	3.2	30	75	17	85	37	2	7	53	1.40
15018731--15018782	20	2.7	19	85	5	68	32	7	9	50	1.64
15023757--15023813	30	1.9	30	96	0	105	36	17	15	29	1.91
15025216--15025257	15	2.5	17	77	14	52	64	0	0	35	0.94
15029700--15029755	28	2.0	28	100	0	112	42	14	14	28	1.84
15041107--15041180	30	2.5	30	100	0	148	47	2	6	43	1.44
15041322--15041385	32	2.0	32	100	0	128	43	9	12	34	1.75
15041695--15041762	30	2.2	31	82	7	86	17	11	23	47	1.81
15044207--15044244	14	2.6	15	91	4	60	13	0	2	84	0.73
15045528--15045552	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15046469--15046570	39	2.8	36	75	11	107	28	46	6	18	1.75
15046495--15046571	39	2.0	39	89	0	118	31	44	6	18	1.75
15052178--15052323	56	2.6	57	94	2	251	34	13	8	43	1.74
15052403--15052427	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
15061945--15062012	8	8.1	8	72	18	50	57	2	0	39	1.14
15061939--15062020	43	2.0	39	83	9	101	58	2	0	39	1.11
15065741--15065797	30	1.9	30	82	13	73	47	5	0	47	1.24
15065842--15065871	3	9.7	3	92	7	51	63	3	0	33	1.11
15066262--15066316	28	2.0	28	100	0	110	25	18	36	20	1.94
15068834--15068868	14	2.5	14	90	0	52	37	20	5	37	1.76
15069648--15069679	8	4.0	8	91	0	55	50	21	0	28	1.49
15069695--15069819	62	2.0	62	92	0	205	48	8	6	36	1.60
15073737--15073796	27	2.2	27	90	0	93	21	23	33	21	1.97
15074027--15074064	18	2.1	19	90	9	62	34	0	10	55	1.34
15074442--15074479	17	2.2	17	86	9	51	47	7	7	36	1.62
15074615--15074644	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
15074615--15074655	22	1.9	21	90	5	64	29	0	0	70	0.87
15074615--15074672	16	3.9	15	80	17	59	29	1	0	68	0.99
15077896--15077943	14	3.4	14	76	2	51	72	4	2	20	1.11
15079349--15079391	23	1.9	22	86	13	61	20	11	6	60	1.54
15079556--15079634	26	3.0	26	100	0	158	45	3	11	39	1.58
15079563--15079633	14	5.4	14	73	13	78	46	4	12	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15079648--15079679	14	2.4	14	94	5	57	81	0	0	18	0.70
15080169--15080231	29	2.3	27	83	10	74	47	1	0	50	1.10
15080179--15080235	8	6.5	8	79	15	51	49	1	0	49	1.11
15080169--15080283	18	6.0	18	68	16	61	46	1	0	52	1.11
15080332--15080357	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
15080342--15080481	70	2.0	68	91	2	226	44	1	3	50	1.28
15080461--15080530	9	7.8	9	72	12	54	40	0	1	58	1.07
15080345--15080490	69	2.1	70	88	5	215	45	1	3	50	1.27
15080468--15080533	17	3.7	17	75	16	71	39	0	1	59	1.07
15080610--15080649	20	2.0	21	85	9	57	40	5	0	55	1.22
15085568--15085637	31	2.3	30	75	4	70	42	12	7	37	1.71
15087319--15087371	23	2.2	24	83	12	65	39	3	16	39	1.67
15087798--15087852	26	2.2	25	87	9	76	60	12	0	27	1.33
15089504--15089626	3	41.7	3	75	6	99	64	2	6	26	1.31
15094714--15094771	18	3.4	17	81	6	57	32	8	20	37	1.83
15098343--15098377	12	2.9	12	95	0	61	54	2	0	42	1.15
15101773--15101825	27	2.0	27	88	0	79	35	22	13	28	1.92
15102810--15102984	40	4.4	40	89	2	255	23	28	22	25	2.00
15110606--15110780	40	4.4	40	91	2	273	23	28	22	26	1.99
15112872--15112914	22	2.0	22	85	0	59	13	20	23	41	1.88
15114630--15114659	13	2.4	13	94	5	53	40	6	20	33	1.78
15120545--15120606	28	2.3	27	80	11	72	45	12	16	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15120950--15121001	9	6.2	9	78	17	67	30	1	0	67	1.02
15120938--15120999	24	2.7	23	87	5	88	32	1	0	66	1.02
15122447--15122491	18	2.6	18	89	3	65	28	8	26	35	1.87
15126291--15126398	35	3.1	35	78	0	108	33	22	14	29	1.94
15127995--15128169	87	2.0	87	100	0	350	30	14	16	38	1.89
15127999--15128189	87	2.2	87	94	3	323	33	14	15	36	1.88
15137608--15137646	16	2.4	17	91	8	64	48	0	0	51	1.00
15138909--15138945	19	1.9	19	88	0	56	16	21	21	40	1.91
15144341--15144398	22	2.6	23	78	8	66	29	22	17	31	1.96
15145370--15145651	100	2.9	95	81	10	293	45	3	5	46	1.42
15145594--15145651	28	2.0	29	83	3	73	36	1	8	53	1.42
15151163--15151336	32	5.3	32	77	11	165	32	10	23	33	1.89
15151166--15151334	65	2.6	65	92	0	275	32	10	23	33	1.89
15151182--15151338	33	4.8	33	78	8	169	32	10	23	33	1.89
15151182--15151374	65	3.0	65	86	4	176	33	11	23	31	1.90
15158225--15158291	33	2.0	33	100	0	134	37	8	14	38	1.78
15158335--15158513	33	5.5	33	75	10	152	31	10	24	34	1.88
15158346--15158501	32	4.8	31	75	7	132	31	8	23	35	1.86
15158343--15158513	65	2.6	65	89	0	252	31	9	24	34	1.87
15159806--15159898	35	2.6	34	83	8	114	41	25	11	20	1.86
15161217--15161316	52	1.9	51	82	6	121	66	2	3	29	1.18
15164950--15164988	19	2.1	19	100	0	78	35	25	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15166373--15166477	41	2.5	41	82	3	120	29	28	18	23	1.98
15168190--15168214	9	2.8	9	100	0	50	12	8	24	56	1.62
15168210--15168239	14	2.1	14	100	0	60	36	0	26	36	1.57
15183303--15183327	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15186377--15186534	3	54.3	3	72	12	89	62	0	8	29	1.29
15186369--15186469	39	2.6	39	83	10	111	63	0	6	29	1.20
15186555--15186604	23	2.1	23	82	10	57	66	0	12	22	1.24
15186845--15186974	3	44.7	3	70	15	69	64	2	5	27	1.27
15190665--15190709	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
15191362--15192077	45	15.9	43	71	13	277	28	21	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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