genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28283822--28283896	37	2.0	37	87	5	107	21	21	30	26	1.98
28291876--28291924	22	2.2	22	85	7	64	14	10	14	61	1.57
28294300--28294329	6	5.0	6	95	0	51	46	20	33	0	1.51
28294511--28294556	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
28297736--28297761	6	4.3	6	100	0	52	19	15	0	65	1.27
28301609--28301633	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28308544--28308700	67	2.3	67	81	9	178	22	27	15	35	1.94
28311121--28311308	40	4.7	40	88	6	292	26	27	21	25	1.99
28313799--28313882	25	3.4	25	80	11	75	32	23	26	17	1.97
28313934--28313985	25	2.0	25	85	10	70	42	23	17	17	1.89
28315030--28315070	20	2.0	20	95	0	73	58	19	7	14	1.59
28324953--28325321	47	7.8	49	69	18	178	24	27	19	28	1.98
28328202--28328227	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
28349974--28350052	38	2.1	38	100	0	158	63	2	2	31	1.21
28365016--28365103	25	3.6	24	76	15	81	31	23	23	20	1.98
28365154--28365208	26	2.1	26	82	3	65	36	20	23	20	1.95
28366853--28367161	49	6.3	49	71	7	171	29	30	15	25	1.96
28366938--28367168	98	2.4	98	85	1	284	27	29	16	26	1.97
28371242--28371466	76	3.0	76	79	0	243	24	18	21	34	1.96
28371415--28371502	36	2.4	36	81	3	97	27	20	21	30	1.98
28380548--28380611	21	3.2	21	64	31	59	31	9	15	43	1.78
28380538--28380645	38	2.9	38	98	1	209	32	8	17	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28380581--28380646	19	3.5	19	66	15	55	31	9	16	42	1.80
28392742--28392772	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28392739--28392778	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28392974--28393218	55	4.6	53	76	7	189	23	22	17	36	1.94
28393011--28393211	108	1.8	109	86	4	289	24	22	17	35	1.95
28396019--28396140	50	2.4	50	97	0	235	24	27	17	31	1.97
28396119--28396325	46	4.5	45	76	11	161	22	27	19	29	1.98
28399292--28399343	25	2.1	25	96	0	95	36	13	7	42	1.73
28417109--28417163	22	2.6	22	80	11	53	29	1	5	63	1.27
28417523--28417581	29	2.0	29	100	0	118	50	16	6	25	1.70
28423836--28423947	35	3.1	35	64	22	88	39	9	26	24	1.86
28423832--28423975	72	2.0	72	97	0	270	40	9	25	24	1.84
28425931--28425969	15	2.5	17	88	12	57	61	0	0	38	0.96
28426149--28426205	21	2.6	22	77	8	62	29	3	5	61	1.35
28428329--28428354	12	2.2	12	100	0	52	84	0	7	7	0.77
28429208--28429338	69	1.9	70	79	7	151	28	12	3	54	1.55
28429385--28429432	4	12.0	4	81	0	51	20	6	4	68	1.28
28433218--28433263	19	2.3	20	79	20	53	28	19	4	47	1.68
28436070--28436110	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
28436481--28436559	28	2.8	28	78	0	86	30	26	12	30	1.93
28442474--28442502	7	4.1	7	100	0	58	44	41	0	13	1.44
28443667--28443963	35	8.5	35	82	0	281	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28443667--28443963	70	4.3	70	82	0	317	28	14	25	31	1.95
28443667--28443963	105	2.8	105	80	0	335	28	14	25	31	1.95
28455853--28455883	14	2.2	14	94	0	53	25	0	29	45	1.54
28457877--28457901	11	2.3	11	100	0	50	48	24	0	28	1.52
28462202--28462231	14	2.2	14	94	5	53	83	0	16	0	0.65
28468818--28468861	14	3.2	13	79	20	54	81	2	9	6	0.94
28468839--28468884	24	1.9	24	90	0	74	76	4	13	6	1.14
28469975--28470159	64	2.8	64	86	2	244	29	18	14	37	1.90
28470523--28470906	176	2.2	176	82	3	481	30	16	22	29	1.96
28470686--28471181	264	1.9	266	83	5	646	30	16	22	29	1.96
28471628--28471652	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28475970--28476077	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
28478019--28478047	15	1.9	15	100	0	58	82	0	3	13	0.79
28479169--28479245	29	2.6	29	82	13	95	68	2	5	23	1.22
28479666--28479935	88	3.1	88	88	4	393	32	9	21	37	1.86
28482681--28482712	16	1.9	16	93	6	55	59	0	0	40	0.97
28492777--28492874	49	2.0	49	100	0	196	38	8	18	34	1.80
28495136--28495168	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
28495490--28495532	19	2.3	19	87	0	59	25	25	11	37	1.90
28498702--28498754	27	2.0	27	85	7	72	33	20	24	20	1.97
28498736--28498790	18	3.1	18	100	0	110	27	27	32	12	1.93
28498772--28498869	27	3.6	27	85	10	146	31	23	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28500467--28500574	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
28504553--28504638	26	3.3	27	77	19	103	34	25	23	16	1.95
28506218--28506325	26	4.2	26	90	3	173	37	24	6	32	1.81
28510300--28510352	18	2.9	18	94	0	97	26	26	33	13	1.93
28510335--28510430	27	3.6	27	92	5	151	32	22	28	16	1.96
28512030--28512137	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
28517451--28517488	19	2.0	19	89	0	58	63	0	28	7	1.23
28519939--28520192	42	6.0	43	74	12	186	31	24	16	27	1.96
28519939--28520191	85	3.0	85	80	4	280	30	24	16	28	1.96
28520459--28520690	115	2.0	115	100	0	464	44	19	8	27	1.80
28521554--28521590	13	2.8	13	95	0	65	43	13	2	40	1.58
28522479--28522511	17	2.0	17	88	5	50	27	6	3	63	1.32
28522596--28522646	24	2.1	24	96	0	93	23	13	13	49	1.78
28523787--28523866	28	2.8	29	79	11	101	47	28	3	20	1.67
28524004--28524045	17	2.5	17	80	7	50	33	16	0	50	1.46
28525305--28525338	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
28525464--28525523	29	2.1	29	81	12	70	65	5	0	30	1.14
28531586--28531669	28	3.0	28	89	1	123	46	29	2	21	1.64
28531572--28531642	28	2.9	23	75	18	70	46	30	4	18	1.68
28532757--28532816	8	7.5	8	81	7	59	63	3	3	30	1.27
28532768--28532816	24	2.1	22	88	7	71	63	4	2	30	1.24
28532927--28532986	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28532927--28533034	25	4.9	22	72	13	71	58	5	5	30	1.44
28533057--28533192	25	5.6	25	71	13	86	55	2	5	35	1.39
28533446--28533484	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
28533663--28533731	30	2.3	30	97	0	129	14	5	50	28	1.66
28534385--28534682	87	3.4	86	79	6	298	35	19	14	29	1.92
28534385--28534706	88	3.6	85	79	8	288	37	19	13	29	1.90
28534611--28535160	77	7.2	76	79	12	533	34	21	16	28	1.95
28534645--28535160	151	3.4	150	82	11	606	33	21	16	28	1.95
28535007--28535140	71	1.9	71	92	0	223	29	20	17	32	1.95
28534873--28535226	159	2.3	155	83	8	405	33	19	17	29	1.95
28535258--28535561	77	4.0	75	85	6	366	31	21	16	29	1.96
28535298--28535556	77	3.5	76	87	5	368	30	22	15	32	1.94
28535744--28535788	13	3.4	13	84	6	63	68	6	8	15	1.36
28535572--28535860	100	2.9	101	89	3	415	39	19	16	24	1.91
28535768--28535935	73	2.3	74	88	1	248	33	20	17	27	1.95
28542986--28543041	24	2.3	24	79	11	62	64	1	3	30	1.21
28542986--28543037	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
28542990--28543037	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
28543186--28543379	23	8.1	23	69	18	94	55	4	6	33	1.47
28543188--28543332	24	5.9	24	71	18	93	55	4	6	32	1.47
28543269--28543398	23	5.6	24	77	7	108	55	3	6	35	1.40
28543681--28543719	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28543897--28543995	30	3.3	30	88	0	153	18	5	48	28	1.69
28546217--28546288	28	2.5	29	84	4	101	47	31	2	18	1.63
28546341--28546366	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
28546450--28546488	17	2.3	17	90	0	60	30	23	0	46	1.53
28546447--28546495	23	2.1	24	88	3	73	34	20	0	44	1.52
28547721--28547758	17	2.3	16	83	16	51	57	5	2	34	1.35
28548932--28548966	17	2.0	18	88	5	54	17	45	25	11	1.81
28553742--28553776	15	2.2	16	90	5	54	42	0	5	51	1.25
28554477--28554519	19	2.3	18	84	11	52	32	4	2	60	1.30
28558733--28558840	26	4.2	26	87	0	162	37	22	6	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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