genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  203  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65583001--65583103	51	2.0	51	90	3	163	13	26	28	32	1.94
65592930--65593050	46	2.7	46	88	1	172	30	27	20	21	1.98
65604652--65604709	28	2.1	27	87	3	80	29	25	22	22	1.99
65604657--65604717	28	2.2	28	84	0	77	29	24	21	24	1.99
65605067--65605423	27	13.3	27	86	0	410	26	21	17	34	1.95
65608633--65608810	45	4.0	45	77	6	143	26	15	25	32	1.96
65618476--65618688	112	1.9	111	91	0	345	26	13	25	35	1.92
65618481--65618691	56	3.8	56	84	3	282	26	14	25	34	1.94
65618480--65618722	56	4.4	54	74	13	172	25	13	26	35	1.92
65618479--65618720	112	2.2	111	85	6	319	25	13	26	35	1.92
65620387--65620431	22	2.0	22	100	0	90	31	11	17	40	1.85
65626003--65626063	22	2.9	22	92	4	99	55	11	24	8	1.62
65627330--65627373	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
65627374--65627404	11	2.8	11	100	0	62	54	9	0	35	1.33
65628377--65628401	7	3.6	7	100	0	50	32	0	12	56	1.36
65629280--65629317	10	3.8	10	85	0	58	28	36	0	34	1.58
65636623--65636802	27	6.7	27	85	3	247	29	24	7	38	1.82
65636623--65636802	54	3.4	54	90	2	274	29	24	7	38	1.82
65636842--65636948	27	3.9	27	78	11	92	42	17	8	31	1.79
65636859--65636966	27	3.9	27	77	11	103	40	18	9	31	1.82
65637894--65637976	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
65638111--65638202	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65638226--65638340	31	3.7	31	88	1	169	30	15	24	29	1.96
65658969--65659116	43	3.5	42	81	6	156	31	25	18	25	1.97
65661498--65661760	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
65669458--65669720	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
65672693--65672743	23	2.2	23	89	0	75	25	31	29	13	1.94
65674207--65674290	43	2.0	43	88	4	125	30	28	15	25	1.96
65678164--65678322	43	3.7	43	74	7	135	25	16	25	32	1.96
65685561--65685668	37	2.9	37	94	0	180	25	31	19	24	1.98
65685809--65686098	48	6.0	48	91	0	463	31	25	6	36	1.83
65701388--65701487	51	2.0	51	86	4	139	25	15	25	35	1.94
65704258--65704302	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
65704637--65704663	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
65706820--65706864	17	2.7	18	76	13	51	15	15	0	68	1.21
65711940--65712076	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
65712050--65712338	47	6.1	47	88	4	409	26	29	11	32	1.91
65716451--65716721	46	5.8	46	73	10	196	27	20	29	23	1.99
65722581--65722610	15	2.0	15	93	0	51	40	10	20	30	1.85
65722838--65722881	20	2.2	20	84	8	54	52	6	13	27	1.66
65722855--65722998	56	2.6	55	81	6	155	47	7	14	30	1.72
65723374--65723426	21	2.5	21	85	11	65	66	5	0	28	1.15
65723375--65723437	19	3.2	19	80	14	58	61	6	1	30	1.30
65726427--65726846	208	2.0	208	99	0	822	39	15	17	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65727323--65727480	79	2.0	79	100	0	316	46	6	18	27	1.73
65729121--65729163	21	2.0	21	100	0	86	51	30	4	13	1.62
65735777--65735810	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
65736301--65736410	54	2.0	54	96	0	202	40	8	19	32	1.81
65738167--65738758	94	6.3	94	86	1	767	27	20	18	33	1.96
65738260--65738696	44	9.4	44	66	19	181	27	21	17	33	1.96
65738304--65738746	50	9.3	50	67	20	236	27	20	17	33	1.96
65740784--65740941	68	2.3	68	77	11	160	19	27	17	36	1.94
65744659--65744823	40	4.2	40	85	6	228	27	27	21	23	1.99
65763128--65763401	39	7.0	38	86	3	314	31	27	20	20	1.98
65763160--65763401	78	3.1	78	88	1	360	30	27	20	21	1.98
65763127--65763401	117	2.3	118	86	3	394	30	28	20	20	1.98
65768760--65769395	96	6.7	96	93	2	1081	32	8	29	29	1.87
65768760--65769395	47	13.4	47	92	3	1033	32	8	29	29	1.87
65769513--65769591	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
65772447--65772627	28	6.5	28	92	1	283	33	26	12	27	1.92
65776727--65776763	19	2.0	18	94	5	65	2	5	10	81	0.96
65780841--65780880	20	1.9	22	90	10	66	35	5	10	50	1.58
65784045--65784171	48	2.6	48	87	0	200	35	25	19	19	1.95
65790801--65790954	28	5.5	28	90	1	220	33	26	12	27	1.92
65798903--65799056	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
65802758--65802917	85	1.9	84	83	6	207	26	23	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65802758--65802909	42	3.6	42	82	3	180	26	23	17	31	1.97
65810868--65810961	47	2.0	47	95	0	170	39	11	8	40	1.72
65813611--65813727	27	4.4	26	80	7	110	35	17	19	28	1.94
65813587--65813727	54	2.6	54	82	1	158	35	18	18	27	1.94
65814075--65814134	28	2.1	28	84	0	75	26	26	23	23	2.00
65821695--65821746	22	2.4	22	75	18	54	44	26	0	28	1.55
65828899--65828926	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
65834501--65834552	27	2.0	26	84	3	68	17	25	23	34	1.96
65834482--65834623	67	2.1	67	82	5	167	18	26	23	31	1.97
65851688--65852080	191	2.1	191	90	0	606	31	13	22	32	1.93
65854641--65855367	47	15.5	47	96	0	1238	31	8	30	29	1.87
65855486--65855564	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
65859881--65860035	43	3.7	43	77	8	183	25	16	28	29	1.97
65859880--65860035	84	1.9	84	89	8	246	25	16	28	29	1.97
65862060--65862116	28	2.0	28	100	0	114	42	21	3	33	1.70
65864804--65864833	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
65875370--65875578	47	4.6	48	76	15	221	31	13	22	33	1.93
65875470--65875627	38	3.9	38	78	13	181	29	15	25	30	1.96
65875414--65875616	85	2.4	84	91	2	334	30	14	23	31	1.94
65875338--65875578	132	1.8	132	86	3	351	30	14	23	32	1.94
65882090--65882153	33	1.9	33	90	0	101	28	25	20	26	1.99
65882340--65882398	27	2.2	26	82	5	73	37	20	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65882535--65882667	54	2.5	54	89	0	194	28	21	16	33	1.95
65882535--65882679	27	5.4	26	82	6	155	28	20	15	35	1.94
65886614--65886781	27	6.2	27	82	2	185	25	20	18	36	1.95
65886614--65886781	81	2.1	81	83	4	205	25	20	18	36	1.95
65904949--65905172	40	5.6	40	80	6	247	25	25	22	25	2.00
65904949--65905172	83	2.8	79	83	5	270	25	25	22	25	2.00
65916547--65916838	48	6.0	48	89	1	413	38	6	22	32	1.79
65916541--65916832	96	3.0	98	88	2	464	39	6	21	32	1.78
65916552--65916838	98	3.0	97	89	1	459	38	6	22	32	1.79
65916968--65917118	37	4.1	37	93	1	241	24	18	30	26	1.98
65918399--65918773	40	9.4	40	93	0	615	24	18	27	28	1.98
65918801--65918989	57	3.3	57	82	2	220	22	16	29	30	1.96
65918833--65918930	29	3.4	29	76	8	101	23	16	29	30	1.96
65918801--65918961	28	5.7	29	71	6	114	22	16	29	31	1.96
65922499--65922786	48	6.0	48	88	1	418	38	5	23	32	1.78
65922499--65922780	94	3.0	95	89	1	449	38	5	22	33	1.78
65922916--65923066	37	4.1	37	94	1	250	25	17	31	25	1.97
65935919--65936104	40	4.7	39	91	3	266	25	21	29	24	1.99
65943713--65943858	40	3.7	38	84	11	179	26	21	28	23	1.99
65946614--65946640	10	2.7	10	100	0	54	29	7	33	29	1.85
65949306--65949361	14	4.0	14	88	0	85	41	5	32	21	1.76
65949307--65949370	28	2.3	28	91	0	101	39	3	32	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65952829--65952879	12	4.3	12	73	11	52	15	5	5	72	1.24
65954483--65954953	27	17.4	27	75	9	156	36	21	8	32	1.85
65954495--65954777	54	5.2	53	75	9	178	33	22	8	35	1.84
65954584--65954959	54	6.9	54	72	8	201	38	21	8	31	1.84
65954748--65954960	81	2.6	81	76	7	186	39	22	8	29	1.84
65955764--65955830	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
65955880--65956015	26	5.3	26	85	5	181	29	20	23	26	1.99
65956148--65956239	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
65956263--65956339	31	2.5	31	86	0	109	32	19	22	25	1.97
65958121--65958223	27	3.8	27	86	0	134	30	23	8	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290