genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  82  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24975035--24975128	40	2.4	39	83	1	116	41	27	15	14	1.87
25006481--25006536	20	2.7	21	83	10	71	35	0	7	57	1.26
25006486--25006536	21	2.5	20	87	6	68	37	0	5	56	1.23
25006524--25006562	11	3.5	11	85	0	60	30	2	0	66	1.05
25008698--25008835	46	3.0	46	93	0	222	39	14	23	23	1.91
25008699--25008859	46	3.5	46	87	5	200	41	13	22	22	1.89
25008759--25008901	46	3.1	45	81	3	126	44	16	20	19	1.87
25008699--25008879	92	2.0	92	82	4	222	41	14	22	22	1.89
25017468--25017522	23	2.4	23	100	0	110	27	50	9	12	1.70
25017526--25017602	40	1.9	40	83	0	100	40	31	14	14	1.85
25043440--25043493	27	2.0	27	96	0	99	51	5	11	31	1.60
25048943--25048982	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
25053198--25053334	50	2.8	50	84	5	165	30	25	15	28	1.96
25056514--25056595	27	3.1	27	80	5	87	21	23	17	37	1.93
25058980--25059041	30	2.1	30	84	0	79	17	25	27	29	1.98
25060674--25060750	27	2.9	28	82	7	97	22	23	18	36	1.95
25079879--25079925	23	2.0	23	91	0	76	29	4	21	44	1.71
25082446--25082479	13	2.6	13	90	0	50	14	32	35	17	1.91
25091269--25091352	25	3.4	25	79	11	91	20	16	26	36	1.93
25094299--25094336	14	2.7	14	84	8	51	42	0	0	57	0.98
25097944--25097994	11	4.5	11	76	16	50	35	7	0	56	1.28
25098851--25098876	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25102328--25102382	20	2.8	20	78	10	60	47	3	0	49	1.19
25103215--25103263	21	2.4	21	81	15	59	28	0	6	65	1.16
25104612--25104782	93	1.8	93	94	2	308	27	29	21	21	1.98
25104604--25104779	46	3.8	46	79	10	214	28	29	21	21	1.98
25112711--25112762	3	16.7	3	78	4	50	59	1	9	28	1.40
25119849--25119886	17	2.3	17	86	4	51	63	2	0	34	1.09
25119969--25120012	11	4.3	11	80	16	58	54	9	0	36	1.32
25119979--25120043	19	3.5	18	80	12	78	58	4	4	32	1.39
25124078--25124160	27	3.2	25	79	6	76	25	19	27	27	1.99
25131502--25131587	37	2.3	37	82	4	102	23	23	18	34	1.96
25131704--25131818	28	4.1	28	83	6	117	28	14	15	40	1.87
25138216--25138265	24	2.1	24	100	0	100	24	24	0	52	1.48
25145287--25145432	27	5.4	27	88	0	184	27	21	8	42	1.82
25145422--25145588	27	6.2	26	74	12	106	39	20	10	29	1.86
25145287--25145432	54	2.7	54	86	2	213	27	21	8	42	1.82
25145431--25145586	81	1.9	81	85	7	219	41	18	10	29	1.85
25145484--25145644	54	2.9	54	80	6	164	40	18	8	32	1.81
25145464--25145643	27	6.6	27	78	9	118	41	19	8	30	1.81
25145599--25145650	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
25146517--25146547	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
25146578--25146647	25	2.8	25	93	4	115	25	24	24	25	2.00
25146578--25146678	25	4.0	24	83	10	114	28	21	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25146578--25146678	50	2.0	51	83	9	127	28	21	23	25	1.99
25146795--25146886	42	2.2	42	94	0	157	26	11	22	39	1.89
25148898--25149043	27	5.4	27	89	0	184	26	21	8	42	1.82
25149035--25149173	27	5.2	26	71	8	91	36	22	12	28	1.90
25149042--25149197	81	1.9	81	83	5	199	40	19	10	28	1.86
25149075--25149198	27	4.6	27	80	2	124	41	21	8	28	1.81
25149083--25149276	54	3.6	54	75	8	176	39	18	10	31	1.84
25149176--25149261	27	3.1	27	80	11	102	38	15	10	36	1.81
25149302--25149375	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
25150235--25150326	42	2.2	42	90	3	141	29	11	21	36	1.89
25152305--25152450	27	5.4	27	81	3	177	27	22	8	41	1.83
25152482--25152605	27	4.6	26	76	11	97	41	20	7	29	1.79
25152583--25152660	28	2.8	28	73	19	72	44	16	6	32	1.73
25152583--25152668	27	3.1	27	71	17	77	40	16	8	34	1.78
25153596--25153689	25	3.8	25	88	5	138	24	23	24	27	2.00
25153596--25153716	25	5.0	24	83	9	81	26	22	23	27	2.00
25153837--25153928	42	2.2	42	94	0	157	28	11	21	38	1.89
25158029--25158066	18	2.1	19	90	5	60	15	23	0	60	1.35
25159626--25159809	48	3.8	48	86	2	235	30	17	23	28	1.97
25162895--25163161	27	9.9	27	72	12	124	26	22	17	32	1.97
25162910--25163022	26	4.3	26	73	15	88	25	21	20	32	1.97
25165136--25165161	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25165129--25165161	11	2.8	12	86	13	50	54	0	3	42	1.15
25170702--25170733	15	2.3	15	89	10	50	6	21	40	31	1.78
25172988--25173025	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
25176901--25176948	23	2.1	23	84	7	62	22	2	0	75	0.91
25176901--25176965	29	2.2	30	83	2	78	24	3	1	70	1.10
25186408--25186459	18	2.9	18	94	0	86	36	13	9	40	1.77
25186879--25187143	72	3.7	72	89	2	390	24	5	15	54	1.61
25191368--25191403	3	12.0	3	87	0	54	30	2	36	30	1.72
25199632--25199670	19	2.1	18	95	4	69	48	5	0	46	1.24
25199708--25199758	26	2.0	25	85	11	68	56	11	0	31	1.35
25199708--25199758	25	2.0	26	85	11	70	56	11	0	31	1.35
25203760--25203834	28	2.7	28	85	0	105	36	10	24	29	1.89
25204245--25204285	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
25208106--25208152	24	1.9	25	86	4	69	12	6	31	48	1.66
25208121--25208215	40	2.4	39	82	7	109	14	15	27	42	1.86
25209138--25209385	128	1.9	129	90	2	392	36	19	16	27	1.93
25210478--25210503	11	2.4	11	100	0	52	61	7	7	23	1.49
25211975--25212451	175	2.7	173	81	4	485	23	22	20	34	1.97
25211995--25212451	87	5.2	86	82	6	454	23	21	20	33	1.97
25223921--25224223	128	2.4	123	78	6	333	35	20	17	25	1.95
25223984--25224229	128	1.9	129	86	0	350	36	18	17	27	1.94
25233960--25234005	6	7.5	6	87	4	65	19	2	2	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25233960--25234005	19	2.5	19	89	3	67	19	2	2	76	1.00
25233967--25234015	25	2.0	25	83	0	62	20	4	2	73	1.10
25235756--25235814	30	2.0	30	86	6	84	18	35	32	13	1.90
25238792--25238833	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
25248965--25249200	116	2.0	116	94	0	409	19	17	21	41	1.90
25262874--25262902	13	2.1	14	93	6	51	65	0	6	27	1.18
25265275--25265299	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25289339--25289429	45	2.0	45	97	0	173	34	8	18	38	1.82
25292664--25292714	22	2.4	21	83	3	66	62	1	0	35	1.06
25305759--25305802	10	4.1	10	78	16	52	54	29	4	11	1.56
25305956--25306001	23	2.0	22	83	4	56	50	30	2	17	1.58
25306556--25306653	42	2.3	42	83	1	124	32	25	16	25	1.96
25306588--25306697	44	2.6	42	80	12	125	34	24	17	23	1.96
25313939--25313968	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
25313977--25314020	16	2.6	18	75	14	56	34	22	0	43	1.54
25314214--25314295	42	1.9	43	87	7	123	32	23	18	25	1.97
25314191--25314341	43	3.5	42	79	11	130	30	23	19	26	1.98
25319464--25319504	17	2.4	17	84	8	57	60	7	7	24	1.48
25326273--25326509	41	5.8	41	93	1	379	33	25	24	16	1.96
25326688--25326763	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
25326781--25326824	21	2.0	22	82	4	54	31	0	27	40	1.56
25330504--25330888	133	2.9	133	98	0	743	20	10	18	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25332836--25332875	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
25338095--25338127	15	2.3	15	89	5	50	63	0	9	27	1.24
25339344--25339616	43	6.3	43	72	5	176	26	19	22	31	1.98
25339354--25339625	130	2.1	129	82	5	325	27	19	20	31	1.97
25342796--25342942	43	3.4	42	78	5	116	27	17	21	32	1.96
25342801--25342937	42	3.2	44	81	5	145	29	16	21	32	1.96
25343315--25343351	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
25355794--25355861	25	2.6	27	79	11	79	23	26	10	39	1.87
25358245--25358292	15	3.1	15	90	3	78	12	18	8	60	1.57
25359822--25359890	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290