genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33832365--33832419	30	1.9	27	89	10	83	18	20	10	50	1.76
33833578--33833685	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
33835282--33835422	27	5.2	28	78	16	145	19	23	22	34	1.96
33835282--33835422	54	2.6	55	87	7	209	19	23	22	34	1.96
33835282--33835439	81	2.0	80	81	10	189	20	24	20	34	1.96
33836843--33836880	16	2.4	16	86	8	51	55	0	28	15	1.41
33836908--33836937	15	2.0	15	93	0	51	53	0	23	23	1.46
33840546--33841024	20	24.1	20	65	11	148	15	27	19	37	1.91
33840546--33840992	40	11.2	40	84	1	531	15	27	19	38	1.91
33841762--33841817	20	2.8	19	83	5	58	51	3	23	21	1.63
33844635--33844689	15	3.6	16	76	14	53	34	1	5	58	1.32
33846947--33846991	21	2.1	21	84	8	56	31	2	17	48	1.59
33848828--33848887	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
33848849--33848912	33	2.0	32	84	3	83	37	20	21	20	1.94
33850793--33850855	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
33851099--33851155	24	2.4	23	77	13	62	42	0	3	54	1.17
33851114--33851193	3	28.0	3	68	14	53	37	0	6	56	1.25
33851114--33851193	12	6.5	12	77	11	63	37	0	6	56	1.25
33851319--33851367	3	16.7	3	79	12	57	38	0	2	59	1.09
33851318--33851367	13	3.7	13	75	24	50	40	0	2	58	1.10
33851319--33851365	16	2.9	16	83	3	67	38	0	2	59	1.09
33851319--33851365	19	2.4	21	76	20	57	38	0	2	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33852537--33852625	18	5.1	18	75	16	73	43	0	22	33	1.53
33852535--33852629	12	8.1	13	72	19	59	42	0	23	34	1.54
33853823--33853955	69	1.9	70	92	4	225	33	12	17	37	1.86
33854733--33855122	119	3.3	119	84	2	480	22	22	27	28	1.99
33854714--33855102	39	9.9	39	85	2	438	21	22	28	28	1.99
33861812--33861846	12	2.8	13	83	16	56	40	5	0	54	1.24
33862092--33862136	20	2.2	20	84	8	54	68	2	11	17	1.29
33862856--33863066	40	5.3	39	78	4	208	15	27	17	39	1.90
33862856--33863066	80	2.6	80	81	3	237	15	27	17	39	1.90
33863810--33863865	20	2.8	19	83	5	58	51	1	23	23	1.57
33864681--33864782	43	2.4	42	81	6	123	17	25	31	25	1.97
33874231--33874281	25	2.0	25	100	0	102	45	7	7	39	1.62
33891562--33891608	17	2.6	17	86	6	58	48	8	14	27	1.73
33892540--33892611	23	3.2	21	63	14	54	48	8	16	26	1.74
33892536--33892627	46	2.0	46	100	0	184	47	6	15	30	1.70
33894728--33894767	16	2.4	17	83	8	55	80	2	17	0	0.83
33897646--33897670	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
33899018--33899087	30	2.3	30	82	7	79	52	12	12	21	1.72
33909334--33909382	23	2.2	22	92	3	80	71	0	6	22	1.08
33910092--33910140	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
33911971--33912200	94	2.4	94	82	4	259	27	17	18	36	1.94
33912073--33912366	137	2.1	139	83	3	353	27	17	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33911867--33912546	231	2.9	232	82	3	746	28	18	17	35	1.94
33911975--33912503	44	11.5	44	67	15	194	27	17	18	35	1.94
33912210--33912460	94	2.7	94	85	0	331	28	17	19	33	1.95
33915852--33915886	6	5.8	6	96	0	52	34	40	8	17	1.80
33919669--33919943	45	6.0	45	83	5	311	26	19	29	24	1.98
33921927--33921963	11	3.4	11	100	0	74	32	29	0	37	1.58
33923248--33923286	21	1.9	19	85	10	51	17	43	12	25	1.85
33928345--33928369	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
33935074--33935121	25	1.9	25	91	0	78	68	0	10	20	1.18
33935260--33935285	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
33938508--33938586	40	2.0	40	87	0	113	17	16	30	35	1.92
33945625--33945701	40	1.9	40	91	0	127	15	15	32	36	1.89
33947833--33947869	16	2.3	17	81	13	51	37	2	0	59	1.12
33947854--33947928	34	2.4	29	79	18	73	54	0	0	45	0.99
33948355--33948402	20	2.3	21	89	3	71	37	35	6	20	1.78
33948456--33948543	35	2.5	34	83	8	106	48	23	2	25	1.62
33948570--33948615	21	2.2	21	84	0	56	50	23	2	23	1.61
33948619--33948676	20	2.9	19	80	14	55	43	39	3	13	1.61
33948635--33948716	34	2.4	33	82	8	85	40	36	3	19	1.69
33951336--33951376	7	5.6	7	91	8	64	65	2	0	31	1.05
33951329--33951376	23	2.1	23	92	7	80	66	2	0	31	1.03
33951325--33951383	8	7.5	8	84	7	68	66	1	1	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33951484--33951698	25	8.8	23	74	18	154	55	4	4	34	1.41
33951595--33951710	11	10.0	11	71	17	74	57	4	2	35	1.32
33951809--33951863	12	4.6	12	78	13	60	60	1	1	36	1.18
33951894--33951947	15	3.6	14	78	11	54	61	1	5	31	1.30
33952626--33952665	20	2.0	21	85	14	57	80	2	12	5	0.98
33956210--33956323	41	2.7	43	82	9	135	25	20	31	22	1.98
33956251--33956418	49	3.5	47	80	7	180	27	20	29	22	1.98
33956290--33956419	49	2.6	50	87	4	192	28	22	28	20	1.99
33959387--33959614	46	5.0	46	91	1	323	21	24	14	39	1.91
33961363--33961424	29	2.1	29	100	0	124	29	24	0	46	1.53
33961661--33961696	11	3.3	11	96	0	63	0	22	0	77	0.76
33966792--33967142	48	7.3	48	76	7	252	28	19	27	24	1.98
33966789--33967110	50	6.7	50	77	9	287	28	19	27	23	1.99
33966829--33967111	95	2.9	97	80	6	306	29	19	27	22	1.98
33966840--33967108	144	1.9	143	85	3	371	28	19	27	23	1.98
33973054--33973699	47	13.6	47	91	2	1031	33	8	29	29	1.86
33973054--33973699	96	6.8	96	92	2	1056	33	8	29	29	1.86
33973054--33973699	143	4.5	143	92	1	1066	33	8	29	29	1.86
33973818--33973955	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
33978633--33978752	29	4.2	28	83	6	134	29	31	14	25	1.94
33994661--33994704	22	2.0	22	86	0	61	56	0	0	43	0.99
34001316--34001408	7	13.0	7	72	13	64	38	38	1	21	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34001461--34001507	7	6.7	7	80	0	58	46	25	0	27	1.53
34001461--34001512	14	3.7	14	84	0	68	48	23	0	28	1.51
34001679--34001845	41	4.1	40	82	3	190	20	20	20	37	1.94
34001679--34001845	81	2.0	82	84	5	214	20	20	20	37	1.94
34011514--34011606	47	2.0	48	80	6	109	18	22	19	39	1.92
34016725--34016785	18	3.4	17	75	8	59	42	22	8	26	1.81
34016723--34016803	36	2.2	36	86	0	108	44	22	7	25	1.79
34017052--34017129	29	2.8	28	90	5	113	51	15	3	29	1.61
34029372--34029488	58	2.0	58	93	3	200	29	30	11	27	1.92
34031182--34031217	15	2.4	15	100	0	72	36	0	0	63	0.94
34031177--34031216	15	2.5	17	80	16	57	37	0	0	62	0.95
34040199--34040237	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
34043241--34043383	33	4.3	33	71	10	121	32	19	25	23	1.98
34043406--34043522	45	2.6	45	91	0	189	38	17	23	21	1.93
34048933--34048970	15	2.3	18	73	26	55	36	7	5	50	1.54
34048937--34048970	15	2.3	15	100	0	68	35	5	5	52	1.50
34070384--34070423	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
34070542--34070597	28	2.0	28	82	10	69	23	42	16	17	1.88
34070906--34070967	30	2.1	30	93	0	106	58	25	3	12	1.50
34077034--34077067	6	5.7	6	92	0	59	14	14	17	52	1.74
34077482--34077520	14	2.8	14	80	0	51	2	7	5	84	0.84
34079367--34079398	16	2.0	16	93	0	55	25	28	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34079671--34079708	18	2.1	19	85	5	51	23	10	26	39	1.87
34080789--34080837	20	2.5	20	93	0	80	36	2	0	61	1.08
34080789--34080848	20	3.0	19	83	9	57	41	1	0	56	1.09
34080931--34080984	19	2.8	18	83	10	63	22	1	5	70	1.18
34090602--34090762	42	3.8	42	79	6	173	27	22	14	34	1.94
34096732--34096813	22	3.7	23	73	11	80	57	1	0	41	1.06
34096860--34096913	17	3.3	17	68	19	51	40	0	5	53	1.24
34096826--34096934	32	3.2	33	75	11	114	43	1	3	51	1.30
34103887--34103939	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
34104964--34105002	20	1.9	20	85	15	53	38	15	2	43	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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