genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  29  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9306394--9306453	30	2.0	30	84	12	79	26	3	11	58	1.49
9307735--9307831	48	2.1	45	82	5	113	45	17	19	17	1.86
9308666--9308709	21	2.1	21	87	8	63	65	4	2	27	1.23
9309160--9309184	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9313406--9313562	54	2.9	54	84	0	206	29	22	17	30	1.96
9313415--9313599	54	3.4	54	81	1	201	31	22	16	30	1.95
9313990--9314015	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9317695--9317763	35	1.9	36	85	2	95	31	4	1	62	1.24
9317695--9317765	36	2.0	36	86	5	99	32	4	1	61	1.23
9322579--9322653	34	2.1	34	83	9	89	50	1	9	38	1.43
9322849--9322887	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
9324431--9324724	44	6.8	44	72	8	149	26	22	20	30	1.98
9324470--9324768	44	6.8	45	73	13	182	26	21	20	31	1.98
9324651--9324768	46	2.6	46	84	5	143	27	18	22	32	1.97
9344785--9344819	14	2.5	14	85	0	52	60	2	2	34	1.26
9344874--9344947	37	2.0	38	87	7	109	59	2	2	35	1.26
9344957--9345017	22	2.6	24	82	7	81	60	0	8	31	1.26
9345026--9345085	26	2.5	24	78	10	59	58	8	8	25	1.55
9345359--9345436	25	3.0	28	66	21	69	53	3	5	37	1.41
9346525--9346566	21	2.0	22	85	4	59	4	16	21	57	1.58
9350515--9350545	14	2.1	14	94	5	53	64	0	0	35	0.94
9358532--9358580	24	2.0	24	88	0	71	55	8	4	32	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9359484--9359526	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
9359491--9359558	14	4.8	14	75	8	57	22	0	29	48	1.51
9359514--9359572	28	2.1	28	87	0	82	27	0	20	52	1.47
9360056--9360115	7	8.6	7	75	14	52	16	0	35	48	1.47
9365809--9365856	21	2.3	21	100	0	96	22	18	58	0	1.39
9366151--9366326	43	4.1	42	86	4	235	27	18	21	32	1.96
9371575--9371604	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9373561--9373592	4	8.0	4	92	0	55	46	25	3	25	1.67
9376432--9376459	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9389934--9389977	22	2.0	22	100	0	88	13	13	18	54	1.71
9391580--9391659	38	2.1	38	95	0	142	33	7	17	41	1.78
9392619--9392670	20	2.8	18	78	21	63	51	0	1	46	1.12
9393109--9393150	22	2.0	21	85	4	57	45	9	2	42	1.49
9396769--9396881	60	1.9	59	81	5	138	38	16	16	27	1.91
9399109--9399309	100	2.0	100	97	0	375	21	16	12	49	1.78
9399633--9399694	28	2.2	28	97	0	115	29	17	12	40	1.87
9402911--9402959	11	4.2	12	78	17	50	48	0	0	51	1.00
9403082--9403173	46	2.1	43	84	10	114	38	21	5	34	1.77
9406308--9406378	15	4.7	15	94	0	115	8	15	53	22	1.69
9406308--9406391	30	2.8	30	88	0	96	9	14	53	22	1.69
9414069--9414137	34	2.0	34	100	0	138	37	8	17	36	1.81
9416793--9416837	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9420564--9420608	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
9420819--9421015	97	2.0	98	97	1	369	38	13	14	32	1.86
9431113--9431143	15	2.1	15	94	5	55	22	0	0	77	0.77
9437688--9439522	916	2.0	916	99	0	3589	32	15	12	39	1.85
9439724--9439755	16	2.0	16	93	0	55	25	18	21	34	1.96
9454927--9455233	162	1.9	165	86	6	446	31	17	21	28	1.96
9455264--9455388	44	2.8	44	80	6	119	35	17	19	28	1.94
9455320--9455395	21	3.5	21	72	13	82	39	13	19	27	1.89
9455319--9455433	44	2.6	43	91	2	176	34	13	22	29	1.92
9455340--9455414	23	3.4	22	70	15	73	33	14	17	34	1.90
9459862--9459895	15	2.3	15	94	0	59	41	29	5	23	1.78
9463070--9463139	36	1.9	36	100	0	140	31	22	17	28	1.96
9463782--9463895	42	2.7	42	89	4	167	28	26	14	30	1.95
9463867--9463986	47	2.6	45	80	6	141	29	25	15	29	1.96
9464008--9464125	31	3.8	31	93	0	191	25	28	19	26	1.99
9464101--9464229	50	2.5	51	93	2	224	24	24	17	34	1.96
9467404--9467452	24	2.1	22	82	14	55	61	8	0	30	1.25
9467645--9467743	44	2.3	43	83	10	121	64	0	7	28	1.19
9467661--9467734	12	5.5	14	82	12	68	67	0	6	25	1.15
9467701--9467741	15	2.9	14	85	7	55	65	0	7	26	1.18
9468520--9468593	38	1.9	38	83	8	96	32	10	4	52	1.55
9482572--9482610	20	2.0	20	90	9	64	53	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9482596--9482640	22	2.0	22	100	0	90	42	0	0	57	0.98
9488037--9488209	42	4.0	43	82	12	203	30	26	13	29	1.94
9488105--9488240	49	2.8	48	90	4	195	30	27	13	28	1.95
9488119--9488286	47	3.6	47	86	3	178	29	27	15	27	1.96
9488078--9488286	95	2.3	94	81	8	225	29	26	15	29	1.96
9488309--9488457	31	4.8	31	92	3	237	24	28	20	26	1.99
9488433--9488561	50	2.5	51	87	5	181	24	21	17	36	1.94
9491632--9491679	20	2.4	19	78	18	53	43	2	16	37	1.60
9493767--9493799	16	2.1	16	88	11	50	18	6	0	75	1.00
9493789--9493839	21	2.3	23	74	22	54	37	1	0	60	1.08
9493804--9493851	21	2.3	21	86	10	64	43	2	0	54	1.12
9495903--9495936	9	3.8	9	84	0	50	44	2	32	20	1.67
9496214--9496266	23	2.1	23	83	13	61	47	0	3	49	1.19
9496474--9496521	22	2.1	22	84	7	60	41	8	0	50	1.33
9502270--9502323	22	2.5	22	85	8	74	16	24	18	40	1.90
9510124--9510162	2	19.5	2	83	0	51	0	41	2	56	1.13
9513430--9513468	14	2.7	15	84	11	55	25	0	2	71	0.98
9514425--9514465	14	3.2	13	83	12	50	43	0	0	56	0.99
9515049--9515097	21	2.6	18	77	20	55	61	2	0	36	1.08
9520067--9520107	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
9533471--9533750	147	1.9	147	82	4	350	38	17	16	27	1.91
9534059--9534114	27	2.1	27	100	0	112	33	21	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9535598--9535705	26	4.2	26	92	0	180	32	7	24	36	1.83
9537292--9537420	27	4.8	28	81	10	160	19	25	21	33	1.97
9537297--9537432	54	2.5	54	90	2	202	19	25	21	33	1.97
9537292--9537449	27	5.9	26	77	12	135	20	25	20	34	1.96
9543769--9543834	23	2.7	24	77	17	73	34	0	7	57	1.27
9543783--9543834	23	2.3	23	86	0	77	34	0	5	59	1.21
9543874--9543948	30	2.5	30	80	8	89	34	2	8	54	1.44
9543874--9543944	29	2.4	30	85	4	90	35	2	7	54	1.42
9544028--9544064	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
9544133--9544169	9	4.1	9	85	0	56	37	0	2	59	1.12
9544135--9544172	18	2.1	18	95	0	67	36	0	2	60	1.11
9544397--9544466	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
9544573--9544628	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
9555571--9555677	43	2.4	43	84	4	124	28	23	14	32	1.95
9569359--9569426	26	2.6	26	92	0	118	32	5	26	35	1.81
9570730--9570780	26	1.9	26	84	4	66	33	17	13	35	1.89
9570882--9570986	27	3.9	26	80	8	113	21	23	20	34	1.97
9574327--9574384	30	2.0	29	86	10	82	31	5	5	58	1.42
9579447--9579491	22	2.0	22	83	8	56	40	0	4	55	1.20
9583262--9583287	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
9583522--9583583	26	2.4	25	84	13	72	54	3	1	40	1.26
9587130--9587160	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9589404--9589430	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
9590831--9591025	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
9591058--9591091	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
9591058--9591096	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
9591062--9591101	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
9591181--9591232	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
9591049--9591347	119	2.5	119	89	5	457	41	2	5	50	1.39
9591309--9591350	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
9591300--9591341	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
9591285--9591597	154	2.0	155	95	2	567	46	4	3	45	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290