genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24700222--24700270	25	2.0	25	87	0	71	32	18	14	34	1.91
24711034--24711126	39	2.4	39	82	7	109	39	34	11	13	1.82
24718106--24718181	40	1.9	40	86	0	107	39	31	11	17	1.85
24719420--24719559	71	2.0	71	95	0	253	33	19	25	22	1.97
24719527--24719571	21	2.1	21	95	0	81	33	15	17	33	1.92
24719527--24719583	21	2.7	21	86	0	69	35	15	15	33	1.90
24722231--24722285	23	2.4	23	78	6	67	54	0	0	45	0.99
24726680--24726732	3	17.7	3	80	7	63	30	5	1	62	1.29
24726766--24726814	24	2.1	23	82	14	57	38	8	4	48	1.52
24737896--24737924	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
24739133--24739460	44	7.6	44	73	12	218	31	21	20	26	1.98
24739663--24739738	21	3.5	21	72	13	82	39	13	19	27	1.89
24739684--24739757	23	3.3	23	70	14	82	33	16	17	32	1.92
24739662--24739776	44	2.6	44	94	0	194	34	13	22	28	1.93
24741012--24741061	3	16.7	3	79	8	57	30	6	2	62	1.31
24741095--24741143	24	2.1	23	82	14	57	38	8	4	48	1.52
24753382--24753413	8	4.0	8	95	0	55	9	3	0	87	0.64
24753538--24753767	117	2.0	118	92	0	381	28	30	17	22	1.97
24754697--24754758	5	12.0	5	77	16	56	82	0	1	16	0.75
24754697--24754759	16	4.0	15	84	12	74	82	0	1	15	0.74
24754698--24754759	6	10.7	6	79	20	62	83	0	1	14	0.71
24764981--24765007	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765282--24765381	49	2.0	49	83	7	123	40	1	15	44	1.53
24766687--24766735	15	3.3	14	81	13	53	42	4	0	53	1.20
24770318--24770416	47	2.1	47	92	0	162	31	19	12	37	1.88
24773094--24773130	19	1.9	19	100	0	74	16	21	18	43	1.88
24776056--24776106	27	1.9	27	84	4	68	62	3	1	31	1.24
24781049--24781140	47	2.0	46	84	2	121	35	21	19	22	1.96
24799762--24799833	24	3.1	24	66	28	64	33	13	1	51	1.50
24799740--24799833	46	2.0	46	93	0	161	31	12	2	53	1.51
24800447--24800490	18	2.7	17	80	20	58	45	0	2	52	1.13
24802005--24802042	20	1.9	19	94	5	67	44	0	21	34	1.52
24802003--24802048	21	2.3	19	85	7	65	41	0	23	34	1.55
24806017--24806047	15	2.1	15	93	0	53	25	22	19	32	1.97
24806919--24806958	20	2.0	20	100	0	80	20	5	10	65	1.42
24810823--24810875	26	2.0	26	100	0	106	22	22	11	43	1.85
24816480--24816661	68	2.7	68	86	1	249	35	16	20	27	1.94
24824492--24824562	35	2.0	35	97	0	133	28	33	23	14	1.94
24835592--24835632	20	2.0	20	100	0	82	31	9	24	34	1.88
24836605--24836656	28	1.9	26	84	7	68	17	3	13	65	1.41
24847765--24847793	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
24853104--24853168	28	2.3	29	78	5	71	9	23	3	64	1.37
24858484--24858545	29	2.1	29	82	11	74	37	8	0	54	1.30
24858500--24858558	15	3.9	15	74	14	59	33	3	0	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24858543--24858572	10	3.0	10	100	0	60	30	0	0	70	0.88
24858871--24859003	24	5.7	22	69	19	58	29	5	1	63	1.25
24870901--24871451	206	2.7	206	88	0	832	31	17	21	29	1.96
24873151--24873228	12	7.0	11	79	5	70	34	2	0	62	1.09
24873138--24873224	30	3.1	27	78	16	79	34	4	0	60	1.17
24873198--24873228	10	3.0	10	95	4	53	32	0	0	67	0.91
24875816--24875913	10	9.4	10	80	16	110	33	27	0	38	1.57
24875817--24875913	32	3.0	32	95	3	169	34	26	0	39	1.57
24876062--24876158	47	2.0	48	90	2	151	34	6	3	56	1.40
24877104--24877149	7	6.6	7	94	0	83	30	0	10	58	1.32
24877762--24877796	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
24877946--24877990	24	2.0	23	86	8	65	28	33	20	17	1.95
24878233--24878330	27	3.6	27	70	22	87	33	4	5	57	1.40
24878215--24878352	56	2.5	56	93	0	240	38	2	7	51	1.45
24884320--24884427	26	4.2	26	93	0	189	35	24	8	32	1.85
24884981--24885044	26	2.4	25	90	10	101	39	15	1	43	1.56
24885046--24885080	17	1.9	17	88	11	52	54	31	0	14	1.40
24885078--24885138	32	1.9	32	86	6	88	44	39	0	16	1.48
24902352--24902475	41	3.0	41	77	8	106	31	19	16	33	1.94
24902310--24902888	51	12.5	44	69	16	167	30	18	16	34	1.93
24902438--24902814	51	7.8	48	72	16	244	29	17	17	35	1.93
24902310--24902905	44	12.9	45	71	13	271	30	17	16	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24902393--24902862	191	2.5	191	84	2	588	30	17	16	35	1.92
24902439--24902862	96	4.4	95	85	3	546	30	17	16	35	1.93
24905811--24905875	33	2.0	33	93	0	112	32	13	20	33	1.91
24917431--24917480	13	4.1	12	85	10	57	60	4	0	36	1.16
24917446--24917480	11	3.1	11	84	8	52	62	0	0	37	0.95
24924217--24924303	42	2.1	42	93	0	147	13	5	47	33	1.67
24924343--24924867	48	10.8	48	78	7	327	23	4	47	24	1.70
24924387--24926433	96	21.0	97	77	7	1141	20	4	49	25	1.68
24924343--24924870	144	3.6	143	81	3	563	23	4	47	24	1.70
24924638--24924942	75	4.1	75	70	6	231	23	4	47	24	1.70
24924782--24924876	24	3.7	26	66	18	74	23	5	49	22	1.70
24924952--24925038	27	3.5	26	68	18	67	24	3	43	28	1.70
24924863--24926424	144	10.8	144	86	1	1478	19	4	50	25	1.67
24925027--24925110	21	3.7	21	68	17	60	16	3	55	23	1.56
24925699--24925782	21	3.7	21	68	17	60	16	4	57	21	1.58
24925940--24926022	21	3.7	21	70	17	67	16	1	59	22	1.45
24925940--24926019	24	3.3	24	64	25	60	16	1	58	23	1.45
24926081--24926163	24	3.5	23	68	19	71	18	3	54	24	1.59
24926227--24926310	21	3.7	21	72	17	78	15	3	58	22	1.53
24926200--24926286	27	3.5	26	71	18	76	18	4	51	25	1.65
24926299--24926400	48	2.2	45	83	10	141	19	3	49	27	1.66
24924932--24926424	240	6.2	240	85	0	1493	19	4	50	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24930520--24930568	23	2.1	23	84	0	62	51	6	6	36	1.52
24932368--24932850	43	11.2	42	71	10	332	21	22	20	34	1.96
24932365--24932850	87	5.6	86	80	5	464	21	22	20	34	1.97
24932368--24933052	130	5.2	130	77	7	678	21	23	20	34	1.96
24932858--24933061	43	4.7	44	71	5	155	21	22	21	34	1.97
24932668--24933040	187	2.0	189	94	1	651	20	24	20	34	1.97
24932902--24933052	43	3.5	43	72	5	160	21	22	21	35	1.96
24932855--24933049	87	2.2	87	94	0	336	21	23	20	35	1.96
24933136--24933259	64	1.9	64	93	0	212	37	12	17	32	1.87
24935367--24935414	21	2.2	21	92	3	78	37	16	12	33	1.86
24940632--24940685	3	17.7	3	84	3	72	37	3	0	59	1.15
24940790--24940837	3	16.0	3	78	8	53	35	2	2	60	1.20
24940792--24940857	18	3.8	18	74	20	52	36	1	3	59	1.22
24940933--24940983	3	17.0	3	80	15	61	31	0	1	66	1.03
24941099--24941168	11	6.6	11	71	14	58	34	4	7	54	1.47
24941107--24941168	20	3.0	22	86	6	76	33	3	6	56	1.41
24941099--24941164	31	2.2	31	81	8	73	33	4	7	54	1.49
24941216--24941246	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
24941539--24941599	30	2.0	29	81	12	70	31	11	4	52	1.58
24941833--24941866	14	2.4	14	95	0	59	20	14	5	58	1.57
24943477--24943524	22	2.1	23	84	3	62	50	6	6	37	1.53
24946549--24946609	30	2.1	29	87	9	88	32	1	8	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24946639--24946684	23	2.0	23	86	0	65	26	15	17	41	1.88
24947038--24947085	24	2.0	25	83	4	62	70	2	0	27	0.98
24949397--24949448	26	2.0	26	92	0	86	44	1	1	51	1.23
24949423--24949474	21	2.4	22	87	6	79	40	1	3	53	1.30
24950068--24950111	17	2.6	17	81	0	52	45	6	15	31	1.73
24955505--24955612	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
24959845--24959890	18	2.4	20	82	7	60	47	2	23	26	1.63
24960021--24960101	37	2.2	37	93	0	135	40	4	17	37	1.71
24969708--24969738	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
24969878--24969939	26	2.4	25	81	8	61	24	6	4	64	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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