genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14150423--14150499	39	2.0	39	94	2	138	37	2	14	45	1.59
14154274--14154340	21	3.3	20	78	14	59	38	1	10	49	1.46
14154273--14154356	26	3.1	26	71	18	89	38	1	11	48	1.48
14183711--14183762	21	2.5	21	80	0	59	15	28	13	42	1.85
14185702--14185729	6	4.7	6	100	0	56	14	0	67	17	1.22
14196017--14196065	21	2.6	17	75	22	53	34	6	4	55	1.44
14196026--14196065	21	1.9	21	100	0	80	35	7	5	52	1.51
14197713--14197787	25	3.3	24	66	24	63	49	2	6	41	1.43
14197713--14197797	43	2.0	42	93	2	143	51	2	5	40	1.39
14204043--14204069	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
14204212--14204255	21	2.1	21	83	8	54	6	27	11	54	1.61
14206113--14206150	20	1.9	20	84	10	51	63	2	7	26	1.35
14221395--14221439	22	2.0	22	83	8	56	35	15	8	40	1.79
14223849--14223878	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
14229678--14229799	46	2.7	46	87	2	156	20	23	15	40	1.91
14231090--14231264	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
14238661--14238836	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
14238658--14238829	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
14240141--14240302	46	3.5	46	92	0	243	22	22	14	39	1.91
14243840--14243904	13	4.9	13	75	7	69	33	7	20	38	1.81
14247507--14247552	23	2.0	23	100	0	92	56	13	4	26	1.55
14251506--14251559	20	2.7	20	82	5	65	61	12	12	12	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14252710--14252774	27	2.4	27	80	7	78	16	29	41	12	1.85
14252868--14252909	3	14.3	3	80	14	52	64	0	35	0	0.94
14252868--14252911	16	2.8	16	83	16	65	63	0	36	0	0.95
14253038--14253075	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
14253437--14253470	17	1.9	18	94	5	61	76	5	8	8	1.15
14253511--14254194	149	4.6	149	90	2	1067	57	8	6	26	1.53
14254144--14254182	20	2.0	20	85	10	53	76	12	0	10	1.01
14255367--14255506	42	3.3	41	76	15	124	27	22	20	29	1.99
14267716--14267778	21	3.0	21	88	0	90	49	9	19	22	1.76
14276744--14276884	29	4.9	29	75	3	131	21	24	12	40	1.89
14276684--14276886	58	3.5	58	72	6	167	22	22	14	40	1.90
14276743--14276912	87	2.0	87	84	2	225	22	24	12	40	1.89
14281174--14281323	27	5.6	27	79	9	162	41	20	8	30	1.81
14281174--14281327	81	1.9	82	82	6	197	40	21	7	30	1.81
14281333--14281517	54	3.4	54	92	1	298	28	23	8	40	1.83
14281335--14281517	27	6.7	27	85	1	258	28	23	8	39	1.83
14281511--14281592	27	3.1	27	77	5	71	46	24	4	24	1.72
14281375--14281560	81	2.3	81	83	0	219	32	23	7	37	1.83
14281525--14281619	27	3.7	25	77	8	93	46	21	6	26	1.75
14281525--14281650	27	4.8	27	74	5	87	40	22	8	28	1.83
14281632--14282178	27	20.3	27	89	0	761	35	18	21	24	1.96
14282590--14282647	25	2.3	25	84	0	71	20	18	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14285678--14286504	414	2.0	413	89	1	1271	29	13	22	34	1.93
14288923--14288974	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
14289013--14289071	27	2.2	26	84	3	73	22	22	18	37	1.94
14295942--14296003	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
14306950--14307098	73	2.0	73	97	0	280	34	12	14	38	1.83
14323007--14323089	23	3.9	23	78	13	97	39	22	19	18	1.92
14326197--14326251	23	2.7	19	70	20	56	14	36	27	21	1.93
14326197--14326253	21	2.7	21	71	23	57	14	35	28	22	1.93
14337849--14337883	17	2.1	17	94	0	61	45	2	14	37	1.59
14346538--14347048	73	6.9	73	87	5	681	28	17	22	32	1.96
14347036--14347063	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
14347069--14347293	75	3.0	74	90	3	337	28	17	21	32	1.96
14346905--14347212	164	1.9	163	89	2	483	27	17	22	32	1.97
14346811--14347852	239	4.4	237	81	12	1217	27	16	21	34	1.95
14347273--14347301	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
14347310--14347455	74	2.0	72	83	7	172	28	14	23	33	1.94
14347450--14347735	74	3.8	73	77	9	324	27	16	21	34	1.95
14347143--14347853	154	4.5	158	79	8	748	27	15	22	34	1.94
14347835--14347869	17	2.1	17	89	10	54	11	17	5	65	1.43
14348004--14348255	75	3.4	74	82	7	276	25	17	20	36	1.94
14348236--14348279	13	3.3	13	81	6	52	18	13	4	63	1.46
14348236--14348298	14	4.5	14	82	7	65	22	12	3	61	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14348263--14348295	15	2.2	15	94	0	57	21	9	0	69	1.15
14349044--14349186	61	2.4	60	91	6	238	25	48	3	22	1.66
14349055--14349186	30	4.4	30	87	3	194	25	48	3	22	1.65
14352304--14352586	65	3.9	74	77	10	287	30	17	23	28	1.97
14352444--14352586	74	1.9	74	88	2	214	32	18	22	26	1.97
14352611--14352755	75	1.9	76	90	2	229	31	18	22	26	1.97
14352436--14352936	169	3.0	168	89	3	738	30	18	19	31	1.96
14352669--14352857	92	2.1	91	85	5	247	26	20	18	34	1.96
14352759--14353014	77	3.3	77	80	5	273	30	17	17	34	1.94
14352590--14353054	248	1.9	241	83	5	601	30	18	18	32	1.95
14352759--14352982	79	2.9	76	85	4	250	30	18	18	33	1.95
14352993--14353028	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
14353030--14353078	24	2.0	24	100	0	98	32	16	24	26	1.96
14353150--14353207	30	1.9	30	89	6	91	20	8	25	44	1.80
14352789--14353330	277	2.0	266	82	6	658	29	16	19	35	1.93
14354328--14354366	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
14354428--14354468	16	2.8	16	85	14	61	75	0	0	24	0.80
14355096--14355136	11	3.9	11	84	6	50	39	0	4	56	1.21
14355428--14355468	16	2.6	16	78	17	50	31	7	2	58	1.38
14357261--14357334	36	2.1	36	97	0	139	44	13	4	37	1.63
14357691--14357763	31	2.4	31	83	0	101	31	9	13	45	1.76
14361247--14361284	6	6.3	6	91	8	60	86	0	13	0	0.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14364612--14364655	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
14365482--14365511	15	2.0	15	93	0	51	83	6	10	0	0.81
14365952--14365985	13	2.5	13	95	4	59	14	0	44	41	1.45
14366603--14366751	54	2.8	54	88	2	210	38	16	12	32	1.86
14366744--14366776	13	2.4	14	85	10	50	60	6	12	21	1.53
14366709--14366943	86	2.8	85	87	5	323	37	17	16	28	1.92
14366748--14367126	185	2.1	176	84	8	485	39	18	16	26	1.91
14366948--14367101	79	1.9	79	94	0	272	33	20	17	27	1.95
14367950--14368065	51	2.5	45	80	16	153	18	24	15	42	1.88
14367972--14368074	51	2.0	51	100	0	206	19	26	13	40	1.88
14379181--14379210	15	2.1	14	93	6	51	53	6	0	40	1.27
14379377--14379433	21	2.7	21	77	0	51	56	1	10	31	1.44
14379591--14379696	53	2.0	53	96	0	194	53	8	5	32	1.54
14379742--14379776	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
14379744--14379794	12	4.2	12	84	0	57	64	0	5	29	1.17
14380599--14380628	15	2.0	15	93	0	51	83	6	10	0	0.81
14381072--14381105	13	2.5	13	95	4	59	14	0	44	41	1.45
14383847--14383942	25	3.7	25	68	16	61	32	8	3	56	1.45
14384876--14384910	18	1.9	18	88	0	52	45	8	8	37	1.65
14385470--14385511	22	2.0	21	90	4	66	73	2	2	21	1.06
14387293--14387318	11	2.4	11	100	0	52	23	7	26	42	1.81
14387681--14387743	28	2.2	28	94	0	108	41	11	17	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14394200--14394266	28	2.4	28	92	0	107	25	23	26	23	2.00
14402185--14402251	28	2.5	27	78	11	75	16	17	22	43	1.88
14402391--14402490	28	3.4	28	75	12	92	25	22	25	28	1.99
14402420--14402484	33	2.0	33	93	0	112	26	23	26	24	2.00
14405089--14405156	31	2.1	32	84	10	86	42	2	4	50	1.37
14405160--14405227	25	2.5	28	79	11	70	48	1	4	45	1.31
14405158--14405227	29	2.4	30	80	4	72	50	1	4	44	1.30
14408220--14408259	21	1.9	21	90	10	64	60	0	10	30	1.30
14408224--14408289	33	2.0	34	82	8	82	65	0	7	27	1.20
14412949--14413000	20	2.8	18	76	23	54	57	0	3	38	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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