genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85913398--85913526	40	3.2	40	87	0	186	30	20	22	26	1.99
85913583--85913669	40	2.2	40	83	4	104	34	18	18	28	1.95
85913654--85913831	74	2.4	75	88	1	259	32	16	21	29	1.95
85914217--85914247	7	4.4	7	100	0	62	16	0	25	58	1.38
85914217--85914281	21	3.0	21	82	6	60	15	0	36	47	1.46
85914242--85914302	21	2.9	20	81	13	61	16	0	45	37	1.47
85914929--85914964	18	2.0	18	88	0	54	8	41	2	47	1.48
85914843--85914995	72	2.1	73	86	1	218	11	35	3	49	1.57
85917074--85917113	21	1.9	21	94	0	71	25	25	37	12	1.91
85918179--85918432	47	5.4	47	78	10	229	21	29	21	28	1.98
85918176--85918432	94	2.8	92	78	13	285	21	28	21	28	1.98
85921662--85921901	42	5.8	41	77	12	163	23	16	29	30	1.96
85921646--85921901	83	3.1	80	80	10	259	23	16	28	31	1.96
85922010--85922244	116	2.0	117	84	0	310	34	17	17	31	1.92
85931159--85931194	15	2.4	15	95	0	63	22	5	25	47	1.73
85931834--85931871	19	2.0	19	100	0	76	21	15	21	42	1.89
85932159--85932208	21	2.3	22	82	6	66	44	14	10	32	1.78
85935033--85935092	29	2.1	29	81	3	68	38	3	26	31	1.73
85938875--85938939	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
85938871--85938939	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
85952791--85952940	37	4.1	37	95	0	255	26	30	19	23	1.98
85953145--85953329	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85953238--85953313	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
85968207--85968250	19	2.4	18	81	7	54	50	2	6	40	1.42
85968271--85968307	19	2.0	19	89	5	58	59	8	0	32	1.27
85969337--85969554	81	2.7	82	89	3	332	41	8	17	33	1.79
85971923--85971949	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
85975698--85975722	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
85976235--85976342	49	2.2	48	80	11	114	19	37	23	20	1.95
85988737--85988844	26	4.2	26	95	0	198	35	26	7	30	1.84
85990908--85990973	30	2.2	30	86	5	89	43	21	6	28	1.76
85996211--85996284	32	2.3	32	90	4	114	28	39	14	17	1.89
85997642--85997736	33	2.9	33	87	1	120	21	24	12	42	1.87
86003855--86003996	57	2.5	56	85	5	187	40	21	16	22	1.91
86003857--86003996	28	4.9	28	78	5	147	40	20	15	22	1.90
86008432--86008591	6	26.7	6	96	0	293	34	0	15	50	1.45
86020960--86021026	33	2.0	33	97	0	125	47	8	16	26	1.76
86022500--86022674	42	4.2	42	88	0	224	36	19	20	24	1.95
86022500--86022712	84	2.5	84	82	1	239	37	18	19	24	1.94
86023119--86023164	21	2.3	20	88	7	67	0	6	10	82	0.83
86023118--86023165	20	2.3	21	85	3	71	0	6	10	83	0.81
86028727--86028955	45	5.0	45	70	12	160	34	16	24	25	1.95
86028916--86029109	55	3.6	54	84	6	250	35	18	24	22	1.96
86028921--86029131	108	2.0	109	86	3	302	36	17	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86034516--86034560	4	11.2	4	95	0	81	51	2	24	22	1.60
86035396--86035459	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
86035652--86035795	24	6.0	24	89	8	213	28	21	20	29	1.98
86035853--86035909	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86035849--86035911	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
86035948--86035995	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86039752--86039790	20	2.0	20	85	10	53	66	2	10	20	1.33
86044369--86044409	6	6.8	6	100	0	82	68	14	0	17	1.22
86049935--86050142	64	3.2	65	77	10	192	23	29	16	31	1.96
86056693--86056739	25	1.9	25	87	12	71	55	4	6	34	1.45
86057190--86057236	25	2.0	23	84	12	60	40	6	2	51	1.39
86057674--86057712	14	2.7	14	85	14	53	84	0	12	2	0.72
86057834--86057899	3	22.0	3	93	0	105	62	0	4	33	1.16
86058813--86058865	9	5.7	9	75	16	54	41	0	1	56	1.10
86058764--86058878	29	4.0	27	70	16	81	45	0	1	53	1.10
86061738--86061767	10	2.9	10	95	5	51	50	0	10	40	1.36
86065126--86065189	30	2.2	28	81	15	76	60	3	0	35	1.12
86065130--86065188	32	1.9	29	86	10	82	59	3	0	37	1.14
86067402--86067436	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
86067692--86067767	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
86067721--86067818	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
86067728--86067818	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86068166--86068439	45	6.1	45	75	8	252	26	26	14	32	1.95
86068180--86068348	89	1.9	89	90	0	266	26	27	14	31	1.94
86068385--86068594	78	2.7	78	87	0	303	25	23	18	32	1.97
86068786--86068911	44	2.8	44	79	3	137	23	24	17	34	1.96
86068935--86069151	78	2.8	78	87	4	321	24	24	18	32	1.97
86068219--86069414	556	2.1	556	92	1	1950	26	23	17	32	1.97
86077652--86077746	18	4.7	21	79	12	74	40	16	7	35	1.77
86077652--86077709	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
86077688--86077761	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
86077681--86077761	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
86077691--86077770	37	2.2	37	88	6	110	38	13	12	35	1.83
86078233--86078301	24	2.9	24	86	4	95	46	8	7	37	1.63
86078586--86078619	16	2.1	16	94	0	59	17	11	14	55	1.68
86078646--86078691	16	2.9	16	83	0	56	19	32	10	36	1.87
86078898--86079073	93	1.9	93	93	0	307	29	23	7	39	1.82
86089275--86089322	21	2.3	21	85	0	60	27	22	35	14	1.93
86090240--86090300	24	2.5	24	91	2	95	44	8	6	40	1.60
86090240--86090310	24	2.9	24	87	2	79	45	7	7	40	1.58
86090249--86090317	24	2.9	24	82	4	59	46	5	7	40	1.55
86090331--86090393	30	2.1	30	87	0	90	28	14	12	44	1.82
86092013--86092054	21	2.1	19	86	8	57	54	30	0	14	1.40
86098992--86099018	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86101613--86101664	24	2.2	24	85	0	68	36	3	5	53	1.43
86101914--86102035	60	2.0	60	100	0	244	21	19	9	49	1.77
86107146--86107219	18	4.2	17	75	13	69	32	2	2	62	1.23
86107148--86107220	17	4.2	16	75	13	56	31	2	2	63	1.23
86107898--86107935	20	1.9	20	88	0	58	26	13	5	55	1.59
86132858--86132943	18	4.7	18	83	1	109	41	13	8	36	1.75
86133071--86133234	47	3.5	47	90	1	240	42	23	18	16	1.89
86133265--86133289	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
86134060--86134122	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
86148214--86148244	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
86148825--86148859	17	2.0	17	88	5	52	8	11	5	74	1.22
86151295--86151412	59	2.0	59	98	0	227	34	11	26	27	1.91
86152719--86152751	14	2.3	15	94	5	59	60	0	0	39	0.97
86153317--86153400	27	3.1	27	78	0	87	19	21	29	29	1.97
86156822--86156948	66	1.9	66	88	0	191	25	11	47	14	1.79
86156822--86156935	33	3.5	33	86	0	165	25	12	48	14	1.78
86161176--86161288	60	1.9	60	96	0	208	52	8	0	38	1.33
86161447--86161536	3	31.0	3	81	14	109	1	28	0	70	0.95
86163921--86163988	16	4.2	16	94	0	118	25	0	36	38	1.56
86164204--86164245	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
86164213--86164254	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
86164207--86164688	120	4.0	120	94	0	734	50	4	1	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86164323--86164387	15	4.4	15	77	13	64	50	1	0	47	1.10
86164481--86164664	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
86164464--86164617	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
86170505--86170544	21	1.9	21	84	0	53	37	0	2	60	1.11
86170531--86170570	20	2.0	21	85	14	57	45	2	2	50	1.28
86171652--86171781	25	5.2	25	72	10	90	34	17	27	20	1.95
86171833--86171925	24	3.9	24	73	5	71	36	18	24	20	1.95
86177022--86177083	32	1.9	33	86	3	90	22	24	33	19	1.97
86184195--86184249	27	2.0	27	100	0	110	41	14	10	32	1.81
86184450--86184489	21	1.9	21	85	10	55	42	15	25	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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