genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

This is table  202  of  290  ( 34756 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65200900--65201069	41	4.2	40	74	18	161	27	27	21	22	1.99
65205912--65205956	15	3.0	15	90	0	72	15	11	33	40	1.83
65216353--65216570	47	4.7	46	74	9	176	26	19	29	25	1.98
65216353--65216572	94	2.4	91	83	6	257	26	19	29	25	1.98
65217383--65217508	55	2.3	55	80	5	157	19	22	34	24	1.96
65221065--65221220	65	2.4	65	81	2	179	23	19	21	35	1.96
65222738--65222789	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65225634--65225658	12	2.1	12	100	0	50	8	48	0	44	1.32
65227670--65227712	15	2.6	17	79	20	56	25	13	23	37	1.92
65227678--65227709	15	2.1	15	100	0	64	25	12	25	37	1.91
65232888--65233115	48	4.9	48	82	5	286	25	19	26	28	1.99
65232888--65233115	91	2.4	94	84	5	284	25	19	26	28	1.99
65246361--65246405	23	1.9	24	86	13	67	64	0	4	31	1.13
65246487--65246517	15	2.1	15	93	0	53	19	3	32	45	1.66
65250408--65250442	10	3.4	10	84	7	52	68	5	0	25	1.11
65250408--65250446	11	3.6	12	80	19	50	66	5	0	28	1.12
65250456--65250526	27	2.8	25	82	12	83	52	0	0	47	1.00
65250546--65250596	24	2.1	24	96	0	93	31	13	7	47	1.72
65254567--65254711	40	3.6	40	83	0	146	24	25	24	26	2.00
65254584--65254711	40	3.2	39	84	5	157	25	25	24	25	2.00
65262569--65262736	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
65262592--65262736	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65265368--65265458	46	2.0	46	93	4	157	30	8	12	48	1.71
65269381--65269555	51	3.4	51	78	2	154	31	25	17	25	1.97
65269410--65269598	50	3.7	50	80	2	189	32	24	17	25	1.97
65269468--65269592	52	2.5	50	82	2	133	35	24	15	24	1.94
65271901--65271988	46	1.9	46	97	0	167	34	9	9	47	1.67
65273147--65273184	13	2.9	13	84	0	58	18	42	26	13	1.87
65276734--65276762	13	2.2	13	100	0	58	65	0	13	20	1.26
65281491--65281662	40	4.3	40	92	2	267	25	28	21	24	1.99
65281491--65281715	80	2.8	79	83	5	256	25	27	21	24	1.99
65281493--65281715	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
65282845--65282964	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
65283792--65283835	13	3.5	13	90	3	72	15	38	29	15	1.89
65290399--65290475	32	2.4	32	77	20	90	33	5	15	45	1.69
65290399--65290478	29	2.5	32	80	15	87	33	5	15	46	1.67
65290493--65290563	35	2.2	33	82	12	85	29	1	18	50	1.55
65291928--65291966	17	2.3	17	86	0	51	25	15	20	38	1.92
65294682--65294799	6	19.3	6	72	19	93	48	15	17	18	1.82
65294691--65294799	31	3.5	31	94	1	175	48	14	18	18	1.81
65294694--65294772	25	3.2	25	84	12	85	46	16	18	17	1.84
65295311--65295426	27	4.3	27	83	4	155	25	18	18	38	1.92
65295312--65295426	53	2.1	54	85	4	153	25	18	17	39	1.92
65295462--65295781	27	11.9	27	80	3	245	30	8	21	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65295517--65295781	54	4.9	54	88	0	352	30	8	21	39	1.83
65295456--65295781	81	4.0	82	80	6	324	30	8	21	39	1.83
65296764--65296870	54	2.0	55	90	1	171	24	23	14	37	1.93
65296849--65296970	47	2.6	47	94	0	208	27	24	13	35	1.92
65296942--65297061	47	2.5	47	78	9	136	24	22	19	34	1.97
65297687--65297744	30	1.9	30	89	0	89	31	24	10	34	1.89
65299638--65299679	11	3.6	11	81	12	57	57	2	0	40	1.12
65301810--65301940	48	2.7	48	86	2	183	17	16	29	37	1.91
65301858--65301934	24	3.2	24	63	26	63	18	16	28	36	1.93
65323609--65323736	47	2.7	47	88	1	184	22	15	29	32	1.95
65325568--65325726	53	3.0	53	81	1	176	37	11	22	27	1.89
65325849--65325967	57	2.1	57	83	0	157	31	15	21	31	1.94
65325874--65325966	29	3.3	27	71	14	71	30	16	23	30	1.96
65325876--65325983	57	1.9	57	82	0	135	32	15	22	29	1.95
65334391--65336256	466	4.0	467	95	0	3295	27	11	22	38	1.89
65344985--65345154	93	1.8	93	92	0	286	30	27	20	22	1.98
65344979--65345151	46	3.7	46	76	13	183	30	26	20	23	1.98
65354637--65354824	27	7.0	26	79	8	155	25	13	18	42	1.87
65354637--65354822	54	3.5	53	75	8	178	25	13	18	42	1.87
65354637--65354813	81	2.2	81	79	8	198	26	11	18	43	1.84
65358797--65358847	21	2.5	20	83	3	66	35	0	21	43	1.53
65358797--65358849	20	2.6	21	84	3	72	35	0	22	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65358815--65358906	20	4.6	20	76	10	71	32	5	19	42	1.74
65359068--65359154	29	3.0	29	88	3	131	35	9	19	35	1.84
65379235--65379473	130	1.8	129	82	4	302	26	18	19	34	1.95
65382568--65382612	20	2.2	21	84	11	58	24	20	11	44	1.83
65390245--65390416	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
65390238--65390413	46	3.8	46	76	12	189	29	28	20	21	1.98
65405837--65405883	25	1.9	24	87	12	69	53	21	8	17	1.70
65408820--65408946	36	3.4	36	75	17	127	29	22	21	25	1.99
65408808--65408946	74	1.9	74	85	8	194	28	22	22	26	1.99
65408844--65408979	38	3.6	37	76	11	125	27	25	22	24	2.00
65413745--65413782	14	2.7	14	92	8	60	60	10	15	13	1.59
65418484--65418528	1	45.0	1	95	0	81	0	2	97	0	0.15
65428680--65428855	40	4.4	40	90	0	262	26	25	22	25	2.00
65428651--65428855	40	5.2	40	86	0	259	25	25	23	25	2.00
65431005--65431180	46	3.8	46	76	12	180	28	27	19	23	1.99
65431056--65431199	46	3.1	46	72	11	116	30	26	18	25	1.98
65433562--65433617	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
65436544--65436716	93	1.9	93	89	4	269	28	28	20	21	1.98
65436537--65436712	46	3.8	46	76	12	173	29	28	20	21	1.98
65442162--65442200	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
65443277--65443408	65	2.0	65	91	0	210	34	20	15	30	1.93
65451057--65451184	47	2.8	45	83	11	152	23	31	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65455300--65455388	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
65455300--65455368	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
65457851--65457890	16	2.5	16	100	0	80	22	12	37	27	1.90
65464551--65464626	11	6.8	11	68	24	52	42	1	2	53	1.23
65468252--65468344	28	3.3	28	84	11	118	31	12	31	24	1.93
65471728--65471788	30	2.1	30	90	3	97	27	16	24	31	1.96
65478997--65479057	30	2.1	30	93	3	106	26	16	26	31	1.96
65483442--65483473	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
65492933--65492963	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65492930--65492969	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65493199--65493415	55	4.0	54	78	7	235	22	24	17	35	1.95
65493207--65493407	108	1.8	110	87	4	300	23	24	17	34	1.96
65500401--65500431	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65500398--65500437	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65500628--65500882	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
65500675--65500875	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
65507975--65508005	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65507972--65508011	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65508202--65508456	55	4.8	53	82	8	238	21	25	17	36	1.95
65508249--65508449	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.96
65516926--65517022	46	2.1	47	86	7	135	27	23	13	35	1.92
65522608--65522737	71	1.9	70	82	4	165	33	15	30	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65531038--65531062	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
65537630--65537692	31	2.0	31	96	0	117	42	11	7	38	1.70
65539479--65539510	15	2.1	15	100	0	64	31	6	12	50	1.65
65543903--65543931	11	2.7	11	94	5	51	6	10	0	82	0.83
65548213--65548438	46	4.9	45	77	8	197	22	30	18	29	1.97
65548753--65548779	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35
65555511--65555573	31	2.0	31	96	0	117	19	19	25	36	1.94
65560530--65560621	46	2.0	46	97	0	175	23	18	21	35	1.95
65561679--65561877	43	4.6	43	94	0	335	33	33	23	10	1.88
65582417--65582522	27	3.9	27	78	2	97	29	18	17	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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