genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26563253--26563339	18	4.8	19	69	17	62	42	1	2	54	1.20
26563335--26563390	12	4.5	12	77	18	53	69	0	12	17	1.18
26563411--26563457	14	3.5	13	77	11	58	70	0	29	0	0.88
26563416--26563459	14	3.1	15	80	12	65	75	0	25	0	0.81
26564865--26565103	126	1.9	126	90	3	383	41	15	15	28	1.87
26565721--26565811	21	4.3	21	72	15	62	61	2	5	30	1.31
26565735--26565766	17	1.9	17	93	6	57	59	0	3	37	1.13
26566841--26566876	17	2.3	15	90	9	54	8	0	47	44	1.33
26568728--26568804	29	2.8	28	86	5	111	23	24	14	37	1.92
26571089--26571142	20	2.7	20	82	5	65	16	31	33	18	1.93
26573080--26573106	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
26575324--26575376	27	1.9	28	85	11	74	26	7	5	60	1.46
26576855--26576880	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
26577166--26577209	11	4.0	11	84	0	61	43	0	4	52	1.22
26577411--26577453	21	2.0	21	95	0	77	16	20	23	39	1.92
26577920--26577954	18	1.9	18	88	0	52	42	0	5	51	1.25
26583470--26583501	7	4.6	7	100	0	64	25	31	0	43	1.55
26586986--26587082	31	3.2	30	80	11	85	47	12	14	25	1.79
26587947--26588007	8	7.5	8	78	10	61	60	1	1	36	1.16
26596464--26596543	27	3.0	27	88	0	88	15	20	35	30	1.93
26596479--26596711	27	8.6	27	86	0	259	13	17	39	30	1.88
26596492--26596711	81	2.7	81	84	0	305	13	16	40	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26601157--26601189	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
26601157--26601202	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
26601997--26602027	5	6.2	5	92	0	53	19	16	19	45	1.86
26602227--26602289	33	1.9	33	90	0	99	23	39	6	30	1.80
26602237--26602386	54	2.8	53	75	6	149	22	41	6	29	1.79
26604471--26604510	21	2.0	21	90	5	64	37	12	0	50	1.41
26605534--26605883	175	2.0	175	99	0	691	41	18	10	29	1.83
26618523--26619188	268	2.5	266	80	1	749	36	12	20	30	1.90
26618523--26619215	134	5.2	133	79	1	569	36	12	19	31	1.90
26622658--26622717	30	2.0	30	96	0	111	30	25	3	41	1.71
26623121--26623164	4	11.2	4	80	4	54	18	0	2	79	0.83
26623224--26623253	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
26629235--26629424	98	1.9	97	82	3	238	31	17	15	35	1.91
26629316--26629591	126	2.2	126	85	1	367	31	16	14	37	1.89
26629664--26629760	34	2.9	33	75	7	88	47	10	0	42	1.37
26639816--26639857	22	1.9	22	95	0	75	35	7	2	54	1.41
26639953--26640007	18	3.4	16	75	17	51	43	7	1	47	1.41
26640583--26640627	21	2.3	19	81	11	54	68	2	2	26	1.12
26640567--26640625	29	2.0	30	83	3	75	62	5	1	30	1.26
26640723--26640777	20	2.7	21	71	18	53	20	1	40	38	1.63
26642766--26642840	23	3.3	23	98	0	141	33	26	21	18	1.96
26643067--26643104	17	2.2	17	86	9	51	47	21	0	31	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26650156--26650231	23	3.3	23	94	0	134	31	27	21	19	1.97
26654388--26654510	48	2.6	47	83	7	144	30	19	27	22	1.98
26658232--26658266	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
26664746--26664804	24	2.4	23	81	10	64	20	10	32	37	1.86
26678482--26678529	9	4.9	10	77	12	55	75	0	25	0	0.81
26682634--26682678	19	2.4	19	80	0	54	35	0	2	62	1.08
26683975--26684032	24	2.4	24	80	13	66	60	3	0	36	1.14
26684103--26684158	18	3.1	17	72	23	51	50	0	0	50	1.00
26684121--26684187	21	3.1	21	79	16	75	53	0	1	44	1.09
26684137--26684194	21	2.8	19	80	12	53	58	1	1	37	1.18
26684152--26684218	35	1.9	34	88	8	100	56	1	2	38	1.24
26685399--26685434	19	1.9	18	94	5	63	27	2	2	66	1.19
26685459--26685512	27	2.0	27	86	13	76	38	0	7	53	1.29
26685479--26685528	20	2.6	20	87	6	68	38	0	8	54	1.30
26686564--26686600	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
26686642--26686681	9	4.4	9	83	0	53	40	22	10	27	1.86
26686642--26686683	18	2.3	18	95	0	75	38	21	9	30	1.85
26693356--26693425	29	2.4	30	83	11	99	22	2	28	45	1.67
26693386--26693517	29	4.6	28	71	11	88	18	3	25	52	1.62
26694396--26694441	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
26694402--26694453	23	2.2	24	83	10	63	44	15	5	34	1.70
26697963--26698011	24	2.0	24	100	0	98	51	20	16	12	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26704601--26704913	158	2.0	158	83	3	396	38	15	13	32	1.87
26707822--26707879	29	2.0	30	82	3	73	41	13	8	36	1.76
26725558--26725633	35	2.1	36	87	4	118	40	26	9	23	1.84
26730555--26730591	15	2.6	14	87	8	56	75	0	0	24	0.80
26736178--26736234	26	2.2	25	84	6	78	43	3	17	35	1.66
26736191--26736243	26	2.0	26	100	0	106	41	3	15	39	1.65
26741934--26741981	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
26741976--26742038	27	2.3	26	81	10	72	52	11	0	36	1.37
26742674--26742927	96	2.6	96	90	4	404	30	28	15	25	1.96
26743881--26743988	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
26746692--26746748	5	11.4	5	77	17	57	77	0	3	19	0.92
26746692--26746749	23	2.6	23	78	18	68	77	0	3	18	0.91
26746718--26746750	6	5.7	6	89	7	50	78	0	3	18	0.87
26746692--26746748	17	3.4	16	86	13	80	77	0	3	19	0.92
26753116--26753143	10	2.8	10	100	0	56	60	0	7	32	1.24
26764386--26764509	41	3.0	42	86	6	114	22	18	25	33	1.96
26764401--26764521	41	2.9	43	89	6	178	19	19	27	33	1.96
26776339--26776470	44	3.0	44	75	9	133	29	15	26	28	1.96
26776538--26776656	44	2.7	45	83	8	129	28	20	24	26	1.99
26776761--26776854	45	2.1	46	90	6	147	31	19	25	23	1.98
26776911--26777080	44	3.8	44	76	0	151	32	17	20	29	1.96
26776881--26777078	88	2.2	89	81	2	220	31	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26777145--26777268	44	2.8	44	79	7	126	28	20	23	27	1.99
26780235--26780264	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
26783068--26783097	15	2.0	15	100	0	60	13	6	6	73	1.24
26786016--26786123	37	3.1	35	73	18	100	41	1	2	53	1.26
26787229--26787270	22	1.9	22	85	9	59	21	0	21	57	1.41
26788706--26788869	42	3.7	43	81	12	174	28	28	14	28	1.95
26788789--26788959	47	3.6	48	85	6	206	29	27	15	27	1.96
26788741--26788959	95	2.4	94	81	10	231	30	27	14	27	1.95
26788968--26788996	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
26788995--26789174	31	5.8	31	91	2	263	25	28	19	27	1.99
26789150--26789278	50	2.5	51	90	5	199	24	22	17	34	1.96
26796385--26796576	35	5.5	35	84	0	249	17	13	33	35	1.89
26796388--26796576	70	2.7	70	92	1	308	17	13	33	35	1.88
26801143--26801199	17	3.2	17	78	9	60	42	1	1	54	1.21
26801165--26801270	9	10.8	10	72	18	55	43	0	1	53	1.18
26801098--26801272	79	2.2	79	88	4	255	42	1	2	53	1.26
26801209--26801270	19	3.3	18	77	6	61	40	1	0	58	1.08
26802072--26802128	15	3.9	14	76	17	53	59	0	0	40	0.97
26805926--26805964	20	2.1	17	86	13	51	2	15	0	82	0.79
26807533--26807619	31	2.9	28	73	19	70	41	16	10	32	1.82
26814530--26814575	23	2.1	21	88	8	65	78	4	6	10	1.08
26814530--26814587	24	2.5	23	80	2	62	75	6	6	10	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26814996--26815046	22	2.4	22	86	3	68	45	5	25	23	1.75
26815311--26815336	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
26815614--26815650	17	2.2	17	95	0	65	16	0	18	64	1.29
26817875--26817928	22	2.4	24	79	17	71	53	0	1	44	1.11
26818485--26818541	14	4.3	13	76	10	53	29	1	8	59	1.38
26818486--26818544	26	2.2	28	88	8	88	30	1	8	59	1.37
26818501--26818544	14	3.3	14	84	12	65	29	2	6	61	1.34
26820855--26820966	44	2.5	44	82	2	145	45	11	12	30	1.77
26820893--26821748	429	2.0	429	87	1	1225	32	22	16	29	1.95
26822691--26822742	27	1.9	27	100	0	104	25	19	15	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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