genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24362365--24362403	18	2.2	18	100	0	78	38	12	5	43	1.65
24367982--24368036	13	4.2	13	81	11	60	74	3	0	21	0.97
24375145--24375406	48	5.5	47	81	3	247	24	31	18	25	1.98
24375104--24375329	96	2.4	96	84	3	285	23	30	19	27	1.98
24375146--24375430	144	2.0	144	84	2	376	25	30	17	26	1.98
24375145--24375406	96	2.7	95	79	3	283	24	31	18	25	1.98
24378062--24378094	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24383769--24383807	18	2.1	19	85	4	53	69	0	10	20	1.17
24385321--24385492	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
24385314--24385489	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
24389209--24389261	21	2.6	21	81	3	63	62	7	0	30	1.23
24394020--24394077	29	2.0	28	83	12	73	65	5	1	27	1.23
24395423--24395607	92	2.0	92	98	0	361	29	7	16	46	1.75
24397074--24397113	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
24401476--24401571	26	3.5	26	67	15	66	41	2	3	53	1.28
24401952--24401982	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
24402667--24402721	20	2.7	21	84	13	71	54	1	0	43	1.10
24403786--24403811	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24416022--24416119	28	3.4	27	72	20	74	27	26	18	27	1.98
24415992--24416166	60	2.9	61	79	11	182	28	25	19	26	1.99
24420045--24420150	28	3.7	27	74	19	90	26	25	18	29	1.98
24420050--24420189	60	2.3	60	84	6	176	27	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24428180--24428240	29	2.1	29	93	0	104	26	11	8	54	1.64
24436765--24436803	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
24438975--24439010	17	2.1	17	100	0	72	25	16	27	30	1.97
24440501--24440531	14	2.2	14	94	0	53	25	22	32	19	1.97
24440598--24440676	19	4.2	19	88	9	117	36	10	17	35	1.84
24440617--24440654	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
24440604--24440676	36	2.0	37	91	5	121	36	10	16	35	1.84
24447659--24447701	19	2.3	19	91	0	68	23	2	0	74	0.93
24447747--24447773	14	1.9	14	100	0	54	0	18	0	81	0.69
24449564--24449603	21	1.9	21	85	10	55	22	10	10	57	1.61
24460017--24460134	58	2.0	58	100	0	236	33	26	6	33	1.83
24460037--24460127	28	3.2	28	64	11	76	34	26	7	31	1.85
24462033--24462067	18	2.0	17	88	5	52	60	8	2	28	1.41
24463197--24463255	23	2.5	22	83	8	64	44	0	1	54	1.10
24463462--24463509	16	2.9	16	76	14	53	52	0	0	47	1.00
24464245--24464269	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
24465237--24465273	20	1.9	20	94	5	67	40	2	0	56	1.13
24468273--24468299	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
24468362--24468510	31	4.8	31	83	8	187	27	18	27	26	1.98
24468527--24468757	47	4.9	49	82	10	220	28	14	26	30	1.95
24468629--24468792	42	3.7	43	84	9	190	29	14	27	28	1.95
24470487--24470515	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24471142--24471200	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
24471182--24471225	19	2.2	20	80	4	54	77	4	2	15	1.04
24472695--24472733	18	2.2	18	86	4	53	23	23	0	53	1.46
24473087--24473139	21	2.7	19	81	16	63	67	3	0	28	1.07
24473085--24473148	22	2.9	22	84	15	80	70	4	0	25	1.06
24475268--24475386	3	39.0	3	66	18	50	28	10	1	58	1.41
24475286--24475356	23	3.2	21	77	15	72	26	14	1	57	1.45
24475270--24475366	49	1.9	51	83	10	128	28	12	1	57	1.42
24475447--24475496	3	16.7	3	87	0	73	32	4	2	62	1.25
24479313--24479358	21	2.2	20	88	3	65	63	8	0	28	1.24
24485946--24485997	22	2.4	22	87	6	70	23	3	3	69	1.22
24486701--24486732	16	2.0	16	100	0	64	31	31	0	37	1.58
24487650--24487715	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
24491959--24492009	18	2.7	18	84	6	57	74	5	15	3	1.16
24500827--24500995	93	1.8	93	94	2	304	27	29	21	21	1.98
24500825--24500992	46	3.6	46	77	17	195	28	29	21	20	1.98
24503431--24503473	20	2.2	19	84	12	52	53	4	6	34	1.49
24508090--24508134	13	3.3	15	76	17	53	31	22	6	40	1.80
24508639--24508675	18	2.0	19	89	5	58	64	8	0	27	1.21
24508793--24508834	19	2.2	19	100	0	84	61	4	9	23	1.45
24509068--24509092	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24519739--24519810	35	2.1	35	97	0	135	43	6	11	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24526396--24526486	34	2.7	33	82	1	110	27	20	24	27	1.99
24528075--24528207	66	2.0	66	97	0	248	23	14	27	34	1.93
24536957--24537097	67	2.1	67	98	0	273	30	14	17	37	1.90
24540937--24540964	11	2.5	11	100	0	56	82	0	10	7	0.85
24552643--24552704	27	2.2	29	77	11	67	50	3	3	43	1.34
24552849--24552922	34	2.2	32	83	9	85	58	0	5	36	1.21
24552866--24552907	19	2.1	19	86	13	57	57	0	4	38	1.20
24554694--24554765	21	3.3	21	66	27	60	19	29	13	37	1.90
24554484--24554917	44	9.9	44	89	0	654	27	28	14	29	1.95
24566802--24566863	27	2.2	29	77	11	67	50	3	3	43	1.34
24567009--24567056	24	2.0	23	84	12	60	56	0	6	37	1.25
24567025--24567066	19	2.1	19	86	13	57	57	0	4	38	1.20
24567015--24567069	20	2.6	23	81	18	66	58	0	5	36	1.21
24581277--24581316	6	6.7	6	100	0	80	32	0	15	52	1.43
24585240--24585272	6	5.5	6	86	13	50	84	0	0	15	0.61
24586477--24586508	15	2.1	16	94	5	57	65	6	3	25	1.31
24586727--24586756	13	2.3	13	94	0	51	63	0	3	33	1.11
24586794--24586834	21	2.0	21	85	9	57	65	12	4	17	1.42
24588312--24588536	45	5.0	43	72	12	143	27	18	19	35	1.94
24588311--24588535	89	2.5	91	80	7	228	27	18	19	35	1.95
24588582--24588875	44	6.6	44	69	9	168	25	27	16	30	1.96
24604626--24604728	43	2.5	42	85	3	127	14	22	33	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24605573--24605638	13	5.1	13	81	7	80	34	7	21	36	1.82
24607470--24607500	8	3.9	8	95	0	53	38	16	12	32	1.86
24613447--24613506	27	2.2	28	96	3	113	66	11	13	8	1.44
24616649--24616909	47	5.6	45	73	12	181	22	29	20	27	1.98
24619623--24619655	13	2.7	12	90	9	57	24	3	0	72	0.98
24632529--24632912	89	4.3	87	86	2	448	32	17	19	30	1.94
24632495--24632903	44	9.2	44	81	5	421	32	16	20	31	1.94
24634805--24634867	26	2.3	28	75	8	67	19	7	7	65	1.44
24635285--24635346	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
24635809--24635868	25	2.6	22	74	10	59	15	8	10	66	1.43
24639627--24639662	18	2.0	18	88	0	54	19	0	8	72	1.10
24643079--24643111	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
24646571--24646616	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
24646724--24646774	25	2.1	22	82	13	57	1	9	11	76	1.10
24650623--24650668	12	3.8	12	88	0	65	50	15	21	13	1.78
24650807--24650966	83	1.9	83	92	0	266	31	35	14	18	1.91
24651701--24651725	9	2.8	9	100	0	50	36	0	16	48	1.46
24652827--24653031	54	3.9	53	78	10	204	28	24	13	33	1.94
24653107--24653152	17	2.7	17	96	0	83	26	8	4	60	1.44
24661471--24661500	16	1.9	16	93	6	53	53	16	0	30	1.44
24661850--24662051	44	4.6	44	75	12	164	28	19	22	29	1.98
24661844--24662098	133	1.9	134	82	2	325	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24663654--24663699	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
24663807--24663863	27	2.2	25	82	17	64	5	8	8	77	1.13
24675884--24675917	13	2.8	12	82	8	50	32	0	0	67	0.91
24678582--24678623	21	2.0	22	85	4	59	28	23	0	47	1.52
24684349--24684475	23	5.5	22	69	16	69	32	5	4	57	1.42
24685071--24685096	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24688549--24688615	25	2.7	25	71	13	66	59	0	5	34	1.22
24690236--24690326	45	2.0	44	81	10	105	38	7	26	27	1.83
24695458--24695482	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
24699612--24699642	16	1.9	16	93	0	53	38	29	22	9	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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