genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9591450--9591484	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9591730--9591770	16	2.6	16	96	0	73	36	36	0	26	1.57
9593582--9593628	19	2.6	18	80	6	58	36	0	0	63	0.94
9593729--9593788	30	2.0	30	96	0	111	23	11	20	45	1.83
9594628--9594682	21	2.4	23	80	17	62	49	0	0	50	1.00
9600347--9600441	31	3.1	30	77	6	100	53	4	1	41	1.27
9612708--9612733	12	2.2	12	100	0	52	50	19	7	23	1.73
9614409--9614447	21	1.9	20	85	15	53	23	10	2	64	1.37
9614422--9614477	26	2.2	24	79	14	60	23	7	3	66	1.33
9622185--9622211	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
9627286--9627352	26	2.6	26	95	0	116	37	14	23	23	1.93
9628674--9628748	36	2.1	36	97	0	141	24	25	16	34	1.95
9649415--9649578	35	4.5	38	78	11	157	32	10	23	34	1.88
9649434--9649582	75	2.0	74	82	3	183	32	11	22	34	1.89
9653371--9653625	44	5.8	45	77	6	245	29	20	23	27	1.98
9653375--9653571	86	2.3	88	83	3	247	28	22	23	25	1.99
9653462--9653661	89	2.3	87	82	4	222	29	18	25	27	1.98
9654766--9654808	13	3.2	13	78	12	50	65	2	6	25	1.30
9655477--9655548	28	2.7	27	73	14	76	27	8	1	62	1.32
9655716--9655766	15	3.3	16	78	10	61	29	3	0	66	1.09
9658213--9658239	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
9658430--9658473	22	2.0	22	86	0	61	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9658469--9658505	18	2.1	19	90	10	60	51	5	0	43	1.24
9664855--9664891	17	2.2	17	100	0	74	48	8	18	24	1.75
9666304--9666355	25	2.1	25	85	0	68	38	7	15	38	1.76
9669851--9669894	21	2.1	21	100	0	88	34	4	27	34	1.77
9679174--9679229	29	1.9	29	92	0	94	32	3	5	58	1.37
9681821--9681849	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
9684593--9684629	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
9685285--9685313	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
9685781--9685820	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
9686531--9686589	26	2.3	25	80	8	66	47	1	22	28	1.61
9688086--9688125	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
9688154--9688192	16	2.4	16	86	0	51	66	0	33	0	0.92
9690274--9690501	46	5.0	46	92	1	377	40	14	24	21	1.90
9690288--9690501	91	2.3	92	96	0	394	40	15	23	20	1.90
9690288--9690549	46	5.6	46	88	2	364	40	14	24	19	1.90
9706033--9706435	123	3.2	126	76	9	370	25	15	19	39	1.91
9707686--9707738	24	2.0	26	82	13	65	52	0	1	45	1.11
9708927--9709015	38	2.3	39	84	7	110	33	1	2	62	1.15
9717593--9717659	25	2.6	27	83	6	77	32	23	23	19	1.97
9720543--9720887	93	3.7	93	78	2	327	27	14	16	41	1.88
9722871--9723004	59	2.3	59	92	0	223	27	13	11	47	1.78
9722890--9723028	31	4.6	31	76	7	133	28	14	11	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9726824--9726848	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
9727279--9727362	36	2.3	36	97	0	159	14	51	19	15	1.77
9732160--9732539	188	2.0	188	100	0	760	32	16	13	37	1.88
9736140--9736166	8	3.4	8	100	0	54	62	0	22	14	1.31
9740151--9740184	15	2.3	15	90	10	52	55	0	11	32	1.36
9741120--9741154	18	1.9	18	88	0	52	71	0	22	5	1.07
9741882--9742366	177	2.7	177	82	6	565	26	22	19	31	1.98
9742161--9742257	44	2.2	44	79	3	106	25	24	21	27	1.99
9742137--9742498	133	2.7	133	83	4	329	26	20	20	31	1.98
9741871--9742411	177	3.1	173	79	7	561	26	21	20	30	1.98
9742040--9742792	310	2.4	310	83	5	943	26	22	20	30	1.98
9742310--9742636	177	1.8	176	84	3	433	26	20	20	32	1.98
9742206--9742544	133	2.5	133	85	3	371	26	21	20	31	1.98
9742206--9742590	133	2.9	133	82	4	305	26	21	20	31	1.98
9742580--9743037	44	10.4	44	66	10	209	25	23	20	30	1.98
9742536--9743037	132	3.8	130	88	3	668	25	22	20	30	1.98
9754708--9754761	23	2.3	25	81	9	69	44	0	0	55	0.99
9758026--9758098	23	3.2	23	65	7	67	27	23	8	41	1.82
9758012--9758105	46	2.0	46	100	0	188	27	22	8	41	1.83
9758035--9758109	23	3.3	23	66	7	71	26	22	9	41	1.84
9771384--9771468	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
9771539--9771741	47	4.3	47	88	3	286	27	30	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9771631--9771706	22	3.3	22	67	22	66	26	31	10	31	1.90
9783091--9783135	22	2.0	22	100	0	90	42	4	13	40	1.64
9783111--9783248	62	2.2	62	98	0	267	42	9	12	36	1.75
9783732--9783768	18	2.0	19	89	5	58	56	0	10	32	1.34
9783786--9783842	12	4.3	14	72	16	50	59	1	5	33	1.30
9786790--9786851	31	2.0	32	87	3	90	43	4	9	41	1.59
9790606--9790634	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
9797405--9797442	19	2.0	19	89	0	58	60	0	2	36	1.11
9797783--9797835	22	2.4	23	84	9	67	50	1	0	47	1.12
9818551--9818599	25	2.0	25	100	0	98	44	18	8	28	1.78
9826548--9826587	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
9828932--9829020	43	2.1	43	100	0	178	11	10	20	58	1.61
9842969--9842995	13	2.1	13	100	0	54	29	25	7	37	1.83
9851343--9851414	21	3.5	21	68	11	67	29	15	19	36	1.92
9851330--9851412	41	2.0	41	97	0	157	30	16	18	34	1.93
9853884--9854030	73	2.0	73	93	0	249	39	10	19	30	1.86
9858651--9858720	29	2.3	29	85	4	86	22	14	15	47	1.82
9862168--9862276	35	3.0	37	82	9	118	35	22	10	31	1.88
9862185--9862278	35	2.7	35	88	0	143	36	25	8	29	1.86
9863664--9863717	26	2.1	26	83	13	67	29	3	7	59	1.42
9883478--9883590	30	3.8	30	92	2	174	31	21	17	29	1.96
9883617--9883845	114	2.0	114	90	1	361	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9885201--9885261	30	2.0	30	87	6	88	32	14	19	32	1.92
9887259--9887311	19	2.7	19	82	2	61	37	22	7	32	1.82
9887504--9887570	24	2.8	24	95	0	116	34	16	23	25	1.95
9889384--9889417	17	2.1	16	88	5	50	58	2	0	38	1.13
9889384--9889417	8	4.1	8	88	7	50	58	2	0	38	1.13
9889575--9889625	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
9891240--9891941	44	16.0	44	76	6	609	29	26	16	27	1.97
9891288--9891941	132	5.0	132	96	0	1186	29	26	16	27	1.97
9922388--9922426	16	2.5	16	91	4	62	89	2	7	0	0.56
9928480--9928528	24	2.0	24	84	7	64	44	6	0	48	1.27
9929215--9929244	15	2.0	15	93	0	51	26	10	13	50	1.73
9934434--9934493	30	2.0	30	96	0	111	16	15	23	45	1.85
9938808--9938848	19	2.0	21	86	9	59	31	9	2	56	1.45
9941731--9941758	11	2.5	11	100	0	56	39	0	17	42	1.50
9947187--9947220	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
9947346--9947408	30	2.1	30	84	0	81	60	9	3	26	1.43
9950152--9950204	23	2.3	23	74	6	54	18	3	9	67	1.33
9950435--9950789	41	8.8	40	82	6	326	37	18	22	21	1.94
9950459--9950789	122	2.7	120	80	6	360	38	18	22	21	1.93
9953983--9954033	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
9953993--9954035	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
9963018--9963536	89	5.9	87	74	12	425	33	19	19	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9963019--9963434	176	2.4	177	90	2	640	34	19	18	26	1.96
9963019--9963532	176	2.9	173	85	4	579	33	19	19	27	1.96
9963590--9963800	88	2.4	90	84	7	281	31	19	23	25	1.98
9963594--9963828	89	2.7	88	80	9	273	31	20	22	25	1.98
9963743--9964021	44	6.2	44	69	11	120	31	18	22	26	1.97
9963743--9964098	134	2.6	134	87	2	482	32	19	22	26	1.97
9963750--9963962	44	4.7	46	71	11	170	33	20	21	24	1.97
9964513--9964572	17	3.2	19	83	13	79	38	11	16	33	1.85
9967257--9967518	39	6.7	38	90	3	355	30	28	21	19	1.98
9967591--9967672	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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