genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67029325--67029436	27	4.1	27	91	2	181	33	24	24	17	1.96
67039430--67039607	27	6.6	27	82	6	198	26	15	28	29	1.96
67039431--67039586	82	1.9	81	87	6	226	26	15	28	29	1.96
67039427--67039607	82	2.2	81	82	4	222	26	15	28	29	1.96
67041066--67041098	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
67048432--67048698	47	5.7	45	76	10	184	28	19	28	22	1.98
67050941--67051107	49	3.5	49	80	6	159	27	25	19	27	1.99
67050941--67051201	48	5.6	47	75	10	171	26	26	18	28	1.98
67055683--67055711	13	2.2	13	100	0	58	13	24	31	31	1.94
67060586--67060853	48	5.6	48	74	10	217	26	19	25	28	1.99
67069936--67070014	39	2.0	39	92	0	131	54	5	16	24	1.62
67070348--67070388	13	3.2	13	85	0	55	12	31	31	24	1.92
67078389--67078430	20	2.2	20	95	4	77	47	9	0	42	1.36
67080129--67080172	18	2.4	19	85	11	56	31	2	9	56	1.43
67080541--67080571	9	3.4	9	90	0	53	48	12	9	29	1.73
67080653--67080700	20	2.4	20	89	6	71	56	6	0	37	1.25
67080653--67080707	19	2.9	18	86	10	58	52	5	0	41	1.24
67082188--67082283	49	2.0	49	95	4	178	38	8	6	46	1.59
67086636--67086682	15	3.1	15	80	17	53	38	0	0	61	0.96
67094996--67095100	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
67094959--67095100	40	3.6	40	80	12	150	24	22	28	24	2.00
67094959--67095106	79	1.9	80	81	7	185	25	22	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67095325--67095537	46	4.6	47	91	1	331	32	7	30	28	1.86
67097511--67097768	40	6.5	40	96	0	464	23	21	29	25	1.99
67101752--67101828	39	1.9	39	89	2	118	25	22	27	24	2.00
67101715--67101856	40	3.6	40	79	12	141	24	21	28	25	1.99
67101765--67101863	39	2.5	39	85	4	101	25	21	28	25	1.99
67101715--67101862	79	1.9	80	80	7	176	25	21	28	24	1.99
67102080--67102341	47	5.6	47	92	0	425	33	7	30	28	1.85
67106054--67106140	41	2.1	41	95	0	156	29	1	26	42	1.63
67111857--67112111	39	6.5	39	90	3	354	29	28	23	19	1.98
67111874--67112111	77	3.1	77	86	4	327	29	28	22	19	1.98
67114177--67114206	15	1.9	16	93	6	53	40	16	6	36	1.75
67116986--67117093	29	3.8	29	75	6	103	27	30	15	25	1.96
67121931--67121965	18	1.9	18	88	0	52	51	28	0	20	1.47
67122029--67122074	17	2.5	19	82	13	60	58	6	0	34	1.24
67129979--67130233	55	4.8	54	75	8	222	36	16	25	22	1.94
67133189--67133223	18	1.9	18	88	0	52	51	28	0	20	1.47
67135863--67135927	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
67136033--67136118	27	3.1	27	80	11	86	18	24	22	34	1.96
67136547--67136585	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
67150071--67150224	76	2.0	76	94	0	272	36	9	18	36	1.82
67154686--67154773	29	3.1	28	77	11	97	28	30	14	26	1.95
67154695--67154809	29	4.0	28	78	4	113	29	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67159218--67159319	29	3.6	29	85	1	125	26	28	17	27	1.98
67159209--67159318	58	1.9	58	86	1	159	26	28	16	29	1.97
67160286--67160528	40	6.1	40	92	0	396	36	28	18	16	1.93
67162832--67162882	24	2.1	24	88	0	75	13	23	15	47	1.82
67162840--67162875	16	2.2	16	90	0	54	16	25	13	44	1.85
67167866--67168024	43	3.7	43	76	10	155	32	26	16	23	1.96
67196346--67196388	21	2.0	21	90	0	68	20	30	20	27	1.98
67200340--67200366	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
67208140--67208165	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
67208612--67208709	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
67208640--67208722	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
67215510--67215561	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
67223573--67223618	22	2.2	20	84	7	56	47	0	8	43	1.34
67224220--67224258	15	2.5	15	84	15	53	2	25	0	71	0.98
67227229--67227324	31	3.1	31	90	0	156	27	21	26	25	2.00
67227349--67227474	47	2.7	48	84	9	170	28	15	26	29	1.96
67227443--67227557	42	2.7	42	82	6	144	31	13	27	27	1.93
67231887--67232013	50	2.5	51	89	3	186	35	15	23	25	1.94
67231989--67232168	31	5.8	31	87	2	238	28	18	26	27	1.98
67232192--67232315	47	2.7	47	85	1	151	29	14	26	29	1.95
67233669--67233850	40	4.6	40	90	2	269	25	26	23	24	2.00
67239311--67239345	18	1.9	18	88	0	52	25	28	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67246822--67246982	49	3.3	49	92	1	243	24	24	22	28	1.99
67246822--67247169	49	7.3	49	77	9	226	25	26	20	28	1.99
67247053--67247178	46	2.7	46	88	2	173	23	28	16	30	1.96
67257995--67258448	230	2.0	230	93	0	784	31	22	15	30	1.95
67262263--67262485	40	5.7	40	83	7	269	25	21	27	26	1.99
67262263--67262485	79	2.8	78	80	8	263	25	21	27	26	1.99
67270088--67270306	79	2.8	79	85	5	266	26	21	26	25	1.99
67270049--67270273	40	5.7	40	86	5	287	24	21	27	25	1.99
67304463--67304492	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
67306009--67306095	21	4.0	23	76	10	83	37	24	20	17	1.93
67306466--67306523	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
67306797--67306836	15	2.7	14	85	11	53	12	15	7	65	1.47
67316793--67316911	29	4.2	30	76	8	115	26	29	13	30	1.94
67316795--67316907	58	2.0	58	82	5	140	25	30	14	30	1.95
67321840--67321890	26	2.0	26	84	3	68	49	0	1	49	1.12
67321842--67321898	14	4.3	14	82	14	50	50	0	1	47	1.11
67321838--67321893	25	2.2	24	81	9	67	50	0	1	48	1.11
67323508--67323581	37	2.0	37	100	0	148	56	21	0	21	1.42
67325369--67325410	21	1.9	23	85	9	61	40	0	7	52	1.29
67330311--67330366	24	2.3	24	96	0	103	32	33	7	26	1.84
67334840--67334895	29	2.0	28	89	3	85	25	33	12	28	1.92
67337574--67337656	26	3.2	26	96	0	148	36	25	6	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67340138--67340248	56	2.0	56	90	0	177	28	12	23	35	1.91
67341282--67341418	46	3.0	46	90	0	211	24	30	9	35	1.87
67341392--67341672	47	6.0	47	92	0	429	25	28	11	33	1.91
67341551--67341628	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
67341529--67341603	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
67366814--67367034	40	5.6	40	83	4	270	25	28	22	23	1.99
67366814--67367034	80	2.8	80	86	2	304	25	28	22	23	1.99
67375266--67375472	40	5.2	40	84	4	258	26	28	22	23	1.99
67378109--67378138	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
67378348--67378631	50	5.6	50	76	6	227	32	25	15	27	1.96
67393009--67393121	27	4.2	26	82	10	111	17	23	22	37	1.94
67393009--67393121	55	2.1	54	81	8	131	17	23	22	37	1.94
67396563--67396840	50	5.5	50	79	5	238	32	26	16	25	1.96
67396555--67396842	151	1.9	149	86	3	407	31	26	17	25	1.97
67403880--67403927	24	2.0	24	100	0	96	37	20	8	33	1.83
67403884--67403938	24	2.3	24	87	3	67	36	21	7	34	1.81
67404115--67404268	56	2.8	56	91	2	247	30	25	16	27	1.96
67408773--67408984	40	5.3	40	91	0	318	29	25	22	23	1.99
67410360--67410385	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
67414886--67415031	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
67422783--67422928	40	3.7	40	87	3	170	27	28	21	23	1.99
67425044--67425176	28	4.7	28	72	10	101	27	15	33	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67425055--67425177	29	4.3	29	76	7	83	28	15	33	22	1.95
67425082--67425182	29	3.5	29	79	4	116	26	16	32	23	1.96
67429088--67429125	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
67432192--67432227	19	1.9	19	88	5	56	63	0	22	13	1.29
67435066--67435168	43	2.4	42	78	12	104	29	26	22	22	1.99
67436148--67436199	26	2.0	26	100	0	104	34	19	15	30	1.93
67442723--67442898	46	3.8	45	78	10	203	20	19	30	29	1.97
67442720--67442890	93	1.8	93	93	0	297	20	20	30	28	1.98
67447764--67447855	27	3.4	26	82	5	103	34	18	21	25	1.96
67508358--67508528	40	4.4	40	81	8	192	26	28	19	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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