genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78355703--78355841	69	2.0	69	100	0	278	45	7	7	40	1.59
78358874--78358914	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
78364456--78364515	30	2.0	30	100	0	120	56	13	16	13	1.67
78366424--78366481	21	2.8	20	76	7	62	51	17	1	29	1.55
78366430--78366482	20	2.6	21	84	3	72	49	16	1	32	1.57
78366810--78366915	53	2.0	53	94	0	185	40	16	16	26	1.89
78367057--78367254	99	2.0	99	95	0	360	37	17	12	32	1.87
78368449--78368485	18	1.9	19	89	10	58	75	0	0	24	0.80
78380377--78380437	17	3.7	16	74	22	54	27	19	1	50	1.57
78380375--78380437	33	1.9	33	87	6	92	28	20	1	49	1.58
78380375--78380431	6	10.4	5	76	16	51	26	21	1	50	1.58
78380636--78380683	5	9.4	5	93	2	78	79	2	0	18	0.84
78381451--78381479	14	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
78381442--78381483	18	2.5	17	85	14	61	52	2	0	45	1.13
78387473--78387540	25	2.7	25	86	0	91	48	14	16	20	1.81
78387658--78387713	27	2.1	26	83	3	67	37	23	19	19	1.94
78388388--78388724	27	13.0	27	79	10	251	25	19	16	37	1.93
78388423--78388468	23	2.0	23	91	8	76	30	13	19	36	1.90
78388389--78388724	54	6.5	54	78	8	338	25	19	16	37	1.93
78388494--78388690	99	2.0	99	93	0	340	25	21	14	38	1.91
78388467--78388717	126	2.0	126	89	0	385	25	21	15	37	1.92
78388755--78389059	80	3.8	79	75	12	248	32	9	20	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78388755--78389002	53	4.7	52	80	6	230	32	9	18	39	1.83
78388728--78389053	27	12.2	27	75	8	222	31	9	20	38	1.85
78390668--78390729	17	3.8	16	78	16	56	29	20	0	50	1.49
78391719--78391763	18	2.6	17	86	6	63	48	0	2	48	1.13
78391724--78391763	18	2.3	18	91	4	64	47	0	2	50	1.14
78394347--78394399	24	2.2	23	80	9	61	67	11	7	13	1.40
78394361--78394408	24	2.0	24	100	0	96	62	16	4	16	1.48
78397133--78397170	16	2.3	17	90	4	60	18	13	0	68	1.21
78401950--78401976	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
78402815--78402873	31	2.0	30	83	12	77	42	15	11	30	1.83
78403493--78403575	18	4.6	17	71	23	55	46	2	1	49	1.22
78412867--78412895	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
78417713--78417824	27	4.2	26	79	7	116	37	22	23	16	1.94
78417713--78417824	54	2.1	54	83	3	136	37	22	23	16	1.94
78419255--78419328	24	3.1	24	92	3	114	20	41	6	31	1.78
78420347--78420397	17	2.9	17	94	2	84	41	5	23	29	1.78
78420386--78420421	18	2.0	18	100	0	72	50	11	27	11	1.72
78420595--78420621	8	3.4	8	100	0	54	22	40	11	25	1.87
78425565--78425622	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
78430202--78430455	40	6.4	40	86	3	309	27	26	21	24	1.99
78431706--78432034	72	4.6	72	86	3	441	52	14	7	25	1.68
78432449--78432494	18	2.4	19	85	14	67	36	17	8	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78432459--78432493	18	1.9	18	100	0	70	42	11	11	34	1.77
78434012--78434074	31	2.1	31	88	8	94	26	4	9	58	1.49
78435427--78435480	22	2.5	22	81	0	63	50	5	24	20	1.69
78438593--78438652	24	2.5	24	78	10	68	38	10	20	31	1.85
78438659--78438741	23	3.6	23	85	0	103	48	31	13	7	1.69
78441050--78441125	40	1.9	40	84	10	102	36	2	1	59	1.20
78450744--78450784	19	2.2	19	90	0	64	53	7	0	39	1.29
78455821--78455859	17	2.3	17	86	8	53	64	0	0	35	0.94
78458384--78458449	13	5.1	13	78	14	82	36	22	7	33	1.83
78459513--78459706	76	2.5	78	75	9	189	21	20	9	48	1.77
78462859--78462940	39	2.1	40	83	2	103	37	0	6	56	1.24
78462880--78463027	59	2.6	55	85	7	197	39	0	6	54	1.25
78469324--78469429	42	2.5	42	93	3	178	58	3	8	29	1.45
78469337--78469402	19	3.3	19	64	15	51	56	3	12	28	1.51
78469934--78469958	13	1.9	13	100	0	50	8	16	0	76	1.02
78471491--78471544	22	2.5	21	75	3	63	27	5	48	18	1.70
78475590--78475664	18	4.2	18	85	0	105	34	18	20	26	1.95
78476209--78476250	22	1.9	22	85	0	57	28	4	47	19	1.69
78480100--78480137	17	2.2	17	86	9	51	71	2	0	26	1.00
78480593--78480656	30	2.2	30	83	8	78	40	14	10	34	1.80
78488304--78488334	14	2.2	14	100	0	62	38	0	16	45	1.47
78488600--78488639	21	1.9	21	89	0	62	67	20	2	10	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78488598--78488648	21	2.4	22	75	15	54	66	15	3	13	1.39
78489036--78489095	26	2.3	25	83	11	68	8	6	8	76	1.15
78489997--78490028	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
78490098--78490201	14	6.9	14	69	19	59	16	3	3	75	1.09
78496589--78496627	19	2.1	19	90	0	60	23	15	28	33	1.95
78497002--78497117	58	2.0	58	86	0	160	52	5	29	12	1.61
78502276--78502489	44	4.8	44	73	7	191	31	16	22	29	1.96
78502141--78502499	140	2.6	134	80	7	393	33	17	20	28	1.95
78502692--78502736	21	2.3	18	81	11	54	71	15	2	11	1.24
78503128--78503154	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
78503128--78503165	14	2.8	13	88	11	51	13	2	0	84	0.73
78503767--78503812	23	2.0	22	84	12	58	50	10	2	36	1.50
78504457--78507131	862	3.0	858	87	7	3486	31	21	11	35	1.89
78505320--78507334	917	2.2	917	95	0	3626	31	22	12	34	1.91
78508593--78508629	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
78508653--78508720	35	1.9	35	84	0	91	16	5	2	75	1.13
78508659--78508782	27	4.6	27	69	17	89	17	4	4	74	1.14
78509771--78509821	13	3.9	13	81	0	66	29	7	29	33	1.85
78509771--78509821	26	2.0	26	92	0	84	29	7	29	33	1.85
78520022--78520064	22	2.0	22	82	17	54	74	2	2	20	1.04
78534629--78534680	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
78554735--78554863	47	2.7	48	81	1	161	20	15	31	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78561436--78561529	40	2.3	40	83	7	127	42	25	14	17	1.87
78562068--78562194	7	17.9	7	74	3	83	25	0	44	30	1.55
78562068--78562127	21	2.9	21	92	0	102	26	0	45	28	1.54
78562067--78562199	57	2.3	57	82	3	187	25	0	42	32	1.56
78564574--78564602	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
78565011--78565086	21	3.6	21	78	0	80	27	17	50	5	1.67
78565335--78565400	31	2.1	31	85	0	87	16	10	21	51	1.74
78565449--78565540	43	2.1	43	82	4	105	28	22	21	27	1.99
78569074--78569186	27	4.1	27	84	8	140	37	23	23	15	1.93
78569074--78569186	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	15	1.93
78570487--78570560	24	3.1	23	79	9	78	22	35	4	37	1.74
78576845--78576939	28	3.4	28	75	5	95	40	24	20	15	1.91
78578370--78578426	24	2.4	24	100	0	114	29	36	0	33	1.58
78579529--78579628	41	2.4	43	86	8	145	37	25	20	18	1.94
78585955--78586070	27	4.3	27	85	5	146	27	25	8	38	1.85
78585955--78586070	54	2.2	54	87	4	164	27	25	8	38	1.85
78586074--78586225	27	5.7	26	84	6	108	40	20	9	28	1.84
78586069--78586251	54	3.4	52	79	7	161	40	19	9	30	1.83
78586102--78586251	27	5.6	27	86	4	187	42	21	6	29	1.78
78586102--78586251	81	1.9	81	85	2	212	42	21	6	29	1.78
78586260--78586315	27	2.1	26	87	9	78	41	12	8	37	1.74
78586356--78586429	27	2.7	27	76	12	71	40	20	17	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78586369--78586433	27	2.4	27	82	5	78	38	18	21	21	1.93
78586704--78586869	42	4.0	42	82	3	190	22	15	28	33	1.95
78586699--78586868	84	2.0	85	86	3	236	22	16	28	32	1.96
78586934--78587000	32	2.1	32	85	0	89	37	4	26	31	1.77
78589451--78589775	48	6.8	48	77	9	270	26	20	28	24	1.99
78589461--78589726	96	2.8	95	83	7	324	26	20	30	23	1.98
78589451--78589775	143	2.3	143	82	5	388	26	20	28	24	1.99
78589699--78589800	48	2.3	45	83	10	120	28	16	23	31	1.96
78590649--78590706	29	2.0	29	100	0	116	37	6	13	41	1.72
78593956--78594084	42	3.1	42	82	6	174	26	14	24	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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